- Remplace onclick inline par data-excerpt/data-page + event delegation
(élimine les problèmes d'échappement JS dans attributs HTML)
- Nettoie les "..." préfixe/suffixe des extraits avant recherche
- Fallback morceau central si l'extrait complet ne matche pas
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Ajoute source_page/source_excerpt à tous les types (biologie, imagerie,
traitements, actes CCAM, antécédents, complications). Convertit antecedents
et complications en types structurés (Antecedent/Complication) avec
validators backward-compat pour les vieux JSON. Étend _apply_source_tracking
à tous les éléments du dossier. Ajoute un endpoint /api/source-text/ et un
modal interactif dans le viewer avec surlignage du texte source.
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- das_filter: regex anti-répétition gère les espaces entre mots concaténés
("VentilationVentilation Ventilation..." désormais rejeté)
- cim10_extractor: regex antécédents s'arrête à "Signes Vitaux" (ne capture
plus le tableau de surveillance)
- Nouveau _is_valid_antecedent() filtre noms de service, mots de surveillance
isolés, infos admin (RPPS), répétitions, Mode de vie
- 28 nouveaux tests (TestIsValidAntecedent + das_filter repetition)
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Le 27b-cloud via Ollama Cloud est plus rapide (2m25 vs 4m) et
produit des résultats nettement supérieurs au 12b local :
- CPAM : plus de confusion Z45.80/Z43.6, preuves non hallucinées
- Contre-argumentation : 5334 chars vs 4394, citations du dossier
- Fallback local possible via OLLAMA_MODEL=gemma3:12b
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- Ajout threading.Lock sur _get_embed_model() pour empêcher les
chargements concurrents depuis ThreadPool(2) — élimine les erreurs
"meta tensor" et les doubles CUDA OOM
- Sentinelle _embed_failed évite les retries infinis après échec
- NotImplementedError ajouté aux exceptions capturées (meta tensor)
- Fallback CPU protégé par try/except avec _embed_failed
- QC: alertes_globales string wrappée en liste (évite itération par
caractère quand le LLM retourne une string au lieu d'une liste)
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low_cpu_mem_usage=False évite les meta tensors lors du chargement
de l'embedding (sentence-transformers 5.x + accelerate 1.12).
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- Prompt : consigne de toujours citer les codes CIM-10 avec libellé (jamais
"codage initial" sans préciser le code), appliquée dans conclusion et partout
- RAG résilient : _search_rag_for_control attrape toute exception (meta tensor,
CUDA OOM, index absent) et génère la contre-argumentation sans sources plutôt
que de perdre silencieusement tout le contrôle CPAM
- Embedding fallback : condition élargie pour couvrir "meta tensor" en plus de
"memory" dans le message d'erreur RuntimeError
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- Résolution des libellés CIM-10 pour les codes contestés (dp_ucr, da_ucr, dr_ucr)
- Fallback DP depuis dp_ucr quand le pipeline n'extrait pas de diagnostic principal
- Troncature arg_ucr augmentée de 200 à 500 chars pour conserver les citations de règles
- Requête RAG 4 : définitions CIM-10 (inclusion/exclusion) des codes contestés
- Requête RAG 5 : extraction et recherche des règles nommées (RègleT7, Annexe, etc.)
- Cap résultats RAG de 10 à 12 pour absorber les nouvelles requêtes
- Reprocess viewer : pipeline complet (fusion + GHM + CPAM) pour dossiers multi-PDF
- Affichage structuré response_data dans le viewer (analyse, preuves, références)
- 7 nouveaux tests CPAM, 6 nouveaux tests viewer
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Permet aux médecins DIM de valider/corriger les codes CIM-10 extraits
par le pipeline pour construire un gold standard (50 dossiers).
- ValidationManager : gestion annotations JSON dans data/gold_standard/
- Script sélection 50 dossiers (25 CPAM + 25 stratifiés CMD/confiance)
- Routes /validation, /api/cim10/search, /api/validation/save, /validation/metrics
- Formulaire avec autocomplete CIM-10, boutons Correct/Modifier/Supprimer
- Dashboard métriques : precision, recall, F1, hallucination par confiance/source
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Benchmark 4 modèles (gemma3:12b/27b, qwen3:14b, mistral-small3.2:24b)
sur 3 dossiers CPAM : le 12b domine en vitesse (30s vs 231s) et densité
argumentaire. Seul avantage du 27b : nuance (points d'accord 3/3 vs 1/3).
Solution : prompt nuancé qui force l'analyse équilibrée (étape 1 honnête,
points d'accord obligatoires, conclusion reconnaissant les points CPAM).
Résultat 12b-v2 : 3/3 points d'accord, 26s, refs verbatim +17%.
Supprime OLLAMA_MODEL_CPAM et OLLAMA_TIMEOUT_CPAM (gemma3:12b pour tout).
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Le pipeline utilise désormais gemma3:12b (rapide) pour le codage CIM-10
et gemma3:27b (meilleur raisonnement) pour la contre-argumentation CPAM.
Configurable via OLLAMA_MODEL_CPAM et OLLAMA_TIMEOUT_CPAM.
Inclut aussi : traçabilité source/page DAS, niveaux CMA ATIH, sévérité,
page tracker PDF, améliorations fusion et filtres DAS.
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- Rule 3 das_filter étendue pour rejeter "K 3.6", "B 12,5" (valeurs labo)
- Suppression codes parents dans la fusion (K85 retiré si K85.9 présent)
- Préférence du diagnostic enrichi RAG à confiance égale lors de la dédup
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Quand Ollama refuse la connexion ou timeout, call_ollama() bascule
automatiquement sur l'API Anthropic (Haiku par défaut). Configurable
via ANTHROPIC_API_KEY et ANTHROPIC_FALLBACK_MODEL dans .env.
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estimate_ghm() n'était appelée que dans process_pdf() pour chaque
document individuel, jamais après merge_dossiers(). Les 179/250
dossiers fusionnés n'avaient donc pas d'estimation GHM.
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1. Champ source sur Diagnostic : trackare/edsnlp/regex/llm_das
- Renseigné dans les 8 constructeurs de cim10_extractor.py
- Permet l'audit de provenance des DAS dans le JSON de sortie
2. Fallback code parent pour les codes LLM halluccinés :
- fallback_parent_code() dans cim10_dict.py (D71.9→D71, R69.8→R69)
- Intégré dans _apply_llm_result_diagnostic() de rag_search.py
- Récupère les codes rejetés dont le parent 3-char est valide
3. Règle 12 filtre DAS : en-têtes anatomiques + catégories vagues
- Rejette "Musculaire", "Digestif", "Hépatique" (mots isolés)
- Rejette "Musculaire - masse musculaire" (catégorie + description)
- 13 nouveaux tests unitaires au total
Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
- Nouveau singleton _get_reranker() : CrossEncoder ms-marco-MiniLM-L-6-v2
forcé sur CPU pour ne pas interférer avec Ollama sur GPU
- Fonction _rerank() : re-classe les résultats FAISS via cross-encoder,
conserve le score FAISS original dans score_faiss
- Intégré dans search_similar_cpam() après déduplication, avant priorisation
- Config RERANKER_MODEL externalisée via T2A_RERANKER_MODEL (.env)
- Fix fallback CUDA OOM : rattrapage de torch.AcceleratorError en plus
de torch.OutOfMemoryError
Latence : ~7-12s (incluant chargement one-time du modèle ~80Mo).
Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
- Externalise 13 variables de config via python-dotenv (chemins PDF,
modèles Ollama/embedding/NER, FINESS, seuils) avec défauts identiques
- Centralise EMBEDDING_MODEL dans config.py (était hardcodé en 3 endroits)
- Ajoute .env.example documenté et .env au .gitignore
- Ajoute openpyxl et pandas manquants au requirements.txt
- Ajoute data/referentiels au mkdir de run.sh
Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
Ajout d'une section listant les 6 sources built-in (CIM-10, CCAM, Guide Métho,
dictionnaires) avec compteurs de chunks et statut. Séparation claire entre
référentiels intégrés et référentiels utilisateur uploadés.
Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
Ajout d'un dashboard global (distribution confiance DP, top 15 codes CIM-10,
types GHM, sévérité) et d'une page listant tous les contrôles CPAM agrégés.
Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
- Filtre DAS identique au DP (violation règle PMSI) dans extracteur et fusion
- Correction automatique D55.9 → D64.9 pour "Anémie" non qualifiée (70 cas)
- 17 codes ajoutés aux supplements (K59.0, Z93.1, H92.0, A87.0, D64.9, etc.)
- 436 tests OK (+14 nouveaux)
Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
- SentenceTransformer : fallback CPU si CUDA OOM (Ollama peut occuper la VRAM)
- Bloc CPAM dans main.py : try/except pour éviter crash fatal du pipeline
Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
Piste 1 : ajout de cim10_supplements.json (40 sous-codes E10/E11/E13/F10)
fusionné au chargement par load_dict() — E11.9 et autres ne sont plus rejetés.
Piste 2 : export BIO_NORMALS depuis cim10_extractor, inclusion des plages
de référence [N: min-max] dans le contexte LLM et règle explicite dans le
prompt DAS pour éviter les hallucinations sur valeurs biologiques normales.
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Plus besoin du flag --control-cpam : si un .xlsx est présent dans
input/Control_cpam/, il est chargé automatiquement. Le flag reste
disponible comme override.
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Ajoute une étape de splitting entre extraction texte et parsing. Chaque chunk
est traité indépendamment par le pipeline existant, avec suffixe _partN en sortie.
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Détection automatique GPU/CPU avec fallback. Index FAISS reconstruit
en 1min (GPU) au lieu de 16min (CPU).
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- CLI accepte plusieurs chemins en entrée (nargs="*")
- Un dossier patient passé directement utilise son nom comme subdir
- Filtres Jinja format_dossier_name (15_23096332 → Dossier 23096332)
et format_doc_name (CRO_xxx_cim10 → CRO, Trackare, Fusionné)
- Sidebar : noms lisibles, fusionné mis en avant (★)
- NER CamemBERT en local_files_only (aucun appel réseau)
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Nouveau module das_filter.py avec 7 règles de rejet (trop court, chiffres,
lettre+chiffres OCR, mots concaténés/répétés, fragments non-médicaux) +
nettoyage newlines/ponctuation. Filtrage appliqué aux 3 sources de DAS :
trackare, regex et edsnlp. 31 tests unitaires.
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Le block Jinja2 {% block scripts %} était à l'intérieur d'une balise
<script> parente, causant des scripts imbriqués invalides qui cassaient
le chargement des modèles Ollama et le bouton reprocess.
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- Filtre format_duration : affiche les temps en min/s au lieu de secondes brutes
- Bouton reprocess : spinner animé, compteur temps réel, confirmation immédiate
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Ajout des règles d'exclusion symptôme (R00-R99) vs diagnostic précis (Chapitres I-XIV),
détection heuristique de sévérité CMA sur 25 racines CIM-10, et affichage des alertes
de codage dans le viewer Flask. 153 tests, 0 régression.
Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
Ajoute une interface web Flask pour visualiser les dossiers médicaux CIM-10,
avec temps de traitement par PDF, sélecteur de modèle Ollama, et centralisation
de la config Ollama dans src/config.py.
Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
Permet d'organiser les PDFs en sous-répertoires (un niveau) dans le
dossier d'entrée. Les sorties reflètent cette structure dans output/.
Les PDFs à la racine continuent de fonctionner comme avant.
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Pipeline complet de traitement de documents médicaux PDF :
- Extraction texte (pdfplumber) et classification (Trackare/CRH)
- Anonymisation multi-couche (regex + NER CamemBERT + sweep)
- Extraction médicale CIM-10 hybride : edsnlp (AP-HP) enrichit les
diagnostics, médicaments (codes ATC via Romedi) et négation,
avec fallback regex pour les patterns spécifiques
- Fix sentencepiece pinné à <0.2.0 pour compatibilité CamemBERT
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