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t2a/tests/test_das_llm.py
dom e90450903e feat: enrichissement CIM-10 sous-codes + normes biologiques dans prompt DAS
Piste 1 : ajout de cim10_supplements.json (40 sous-codes E10/E11/E13/F10)
fusionné au chargement par load_dict() — E11.9 et autres ne sont plus rejetés.

Piste 2 : export BIO_NORMALS depuis cim10_extractor, inclusion des plages
de référence [N: min-max] dans le contexte LLM et règle explicite dans le
prompt DAS pour éviter les hallucinations sur valeurs biologiques normales.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
2026-02-12 23:46:42 +01:00

273 lines
10 KiB
Python

"""Tests pour le pass LLM d'extraction de DAS supplémentaires."""
from __future__ import annotations
from pathlib import Path
from unittest.mock import patch, MagicMock
import pytest
from src.config import Diagnostic, DossierMedical, Sejour
from src.medical.ollama_cache import OllamaCache
class TestExtractDasLlm:
"""Tests pour extract_das_llm() dans rag_search.py."""
def test_returns_das_from_llm(self):
"""Le pass LLM retourne des DAS supplémentaires."""
from src.medical.rag_search import extract_das_llm
mock_result = {
"diagnostics_supplementaires": [
{
"texte": "Hypertension artérielle",
"code_cim10": "I10",
"justification": "HTA mentionnée dans le texte",
},
]
}
with patch("src.medical.rag_search.call_ollama", return_value=mock_result):
result = extract_das_llm(
text="Patient hypertendu sous traitement",
contexte={"sexe": "M", "age": 65},
existing_das=["Diabète de type 2 (E11.9)"],
dp_texte="Pancréatite aiguë biliaire",
)
assert len(result) == 1
assert result[0]["code_cim10"] == "I10"
assert result[0]["texte"] == "Hypertension artérielle"
def test_returns_empty_when_ollama_unavailable(self):
"""Retourne une liste vide si Ollama est indisponible."""
from src.medical.rag_search import extract_das_llm
with patch("src.medical.rag_search.call_ollama", return_value=None):
result = extract_das_llm(
text="Texte médical",
contexte={},
existing_das=[],
dp_texte="",
)
assert result == []
def test_returns_empty_on_bad_format(self):
"""Retourne une liste vide si le format de réponse est inattendu."""
from src.medical.rag_search import extract_das_llm
with patch("src.medical.rag_search.call_ollama", return_value={"other_key": "value"}):
result = extract_das_llm(
text="Texte médical",
contexte={},
existing_das=[],
dp_texte="",
)
assert result == []
def test_cache_hit(self, tmp_path):
"""Le cache est utilisé quand disponible."""
from src.medical.rag_search import extract_das_llm
cache = OllamaCache(tmp_path / "cache.json", "test-model")
mock_result = {
"diagnostics_supplementaires": [
{"texte": "Anémie", "code_cim10": "D64.9", "justification": "test"},
]
}
# Premier appel : cache miss, appelle Ollama
with patch("src.medical.rag_search.call_ollama", return_value=mock_result) as mock_call:
result1 = extract_das_llm(
text="Patient anémique Hb basse",
contexte={},
existing_das=[],
dp_texte="",
cache=cache,
)
assert mock_call.call_count == 1
assert len(result1) == 1
# Vérifier que le cache contient bien l'entrée
assert len(cache) > 0
# Deuxième appel : cache hit, pas d'appel Ollama
with patch("src.medical.rag_search.call_ollama") as mock_call:
result2 = extract_das_llm(
text="Patient anémique Hb basse",
contexte={},
existing_das=[],
dp_texte="",
cache=cache,
)
mock_call.assert_not_called()
assert len(result2) == 1
assert result2[0]["code_cim10"] == "D64.9"
def test_prompt_includes_context(self):
"""Le prompt contient le contexte patient et les DAS existants."""
from src.medical.rag_search import _build_prompt_das_extraction
prompt = _build_prompt_das_extraction(
text="Patient hypertendu diabétique",
contexte={"sexe": "F", "age": 72, "duree_sejour": 5},
existing_das=["Diabète de type 2 (E11.9)", "Obésité (E66.0)"],
dp_texte="Pancréatite aiguë biliaire",
)
assert "Pancréatite aiguë biliaire" in prompt
assert "Diabète de type 2 (E11.9)" in prompt
assert "Obésité (E66.0)" in prompt
assert "Patient hypertendu diabétique" in prompt
class TestBioNormesInContext:
"""Tests pour l'inclusion des normes biologiques dans le contexte LLM."""
def test_format_contexte_includes_normes(self):
"""_format_contexte() affiche les normes [N: min-max] pour chaque résultat bio."""
from src.medical.rag_search import _format_contexte
contexte = {
"biologie_cle": [
("Créatinine", "76", False),
("CRP", "250", True),
("Lipasémie", "1200", True),
],
}
result = _format_contexte(contexte)
assert "[N: 50-120]" in result
assert "[N: 0-5]" in result
assert "[N: 0-60]" in result
# Créatinine normale → pas de marqueur ↑
assert "Créatinine 76 [N: 50-120]" in result
# CRP anormale → marqueur ↑
assert "CRP 250 [N: 0-5] (↑)" in result
def test_format_contexte_no_norme_for_unknown_test(self):
"""Les tests sans norme connue n'affichent pas de [N: ...]."""
from src.medical.rag_search import _format_contexte
contexte = {
"biologie_cle": [
("Test inconnu", "42", None),
],
}
result = _format_contexte(contexte)
assert "Test inconnu 42" in result
assert "[N:" not in result
def test_prompt_das_includes_bio_norms_rule(self):
"""Le prompt DAS contient la règle sur les normes biologiques."""
from src.medical.rag_search import _build_prompt_das_extraction
prompt = _build_prompt_das_extraction(
text="Patient avec créatinine normale",
contexte={"biologie_cle": [("Créatinine", "76", False)]},
existing_das=[],
dp_texte="Pancréatite aiguë",
)
assert "ATTENTION aux valeurs biologiques" in prompt
assert "[N: min-max]" in prompt
def test_bio_normals_exported(self):
"""BIO_NORMALS est bien exporté depuis cim10_extractor."""
from src.medical.cim10_extractor import BIO_NORMALS
assert "Créatinine" in BIO_NORMALS
assert BIO_NORMALS["Créatinine"] == (50, 120)
assert "CRP" in BIO_NORMALS
assert BIO_NORMALS["CRP"] == (0, 5)
class TestExtractDasLlmIntegration:
"""Tests d'intégration pour le pass LLM DAS dans cim10_extractor.py."""
def test_das_llm_called_when_use_rag_true(self):
"""Le pass LLM DAS est appelé quand use_rag=True."""
from src.medical.cim10_extractor import extract_medical_info
parsed = {
"type": "CRH",
"patient": {"sexe": "M"},
"sejour": {},
"diagnostics": [
{"libelle": "Pancréatite aiguë biliaire", "code_cim10": "K85.1", "type": "principal"},
],
}
with patch("src.medical.cim10_extractor._extract_das_llm") as mock_llm, \
patch("src.medical.cim10_extractor._enrich_with_rag"):
extract_medical_info(parsed, "texte médical", use_rag=True)
mock_llm.assert_called_once()
def test_das_llm_not_called_when_use_rag_false(self):
"""Le pass LLM DAS n'est PAS appelé quand use_rag=False."""
from src.medical.cim10_extractor import extract_medical_info
parsed = {
"type": "CRH",
"patient": {"sexe": "M"},
"sejour": {},
"diagnostics": [
{"libelle": "Pancréatite aiguë biliaire", "code_cim10": "K85.1", "type": "principal"},
],
}
with patch("src.medical.cim10_extractor._extract_das_llm") as mock_llm:
extract_medical_info(parsed, "texte médical", use_rag=False)
mock_llm.assert_not_called()
def test_das_llm_filters_invalid_codes(self):
"""Les codes CIM-10 invalides sont filtrés lors de l'intégration."""
from src.medical.cim10_extractor import _extract_das_llm
dossier = DossierMedical()
dossier.sejour = Sejour(sexe="M", age=50)
dossier.diagnostic_principal = Diagnostic(
texte="Pancréatite aiguë", cim10_suggestion="K85.9",
)
mock_result = [
{"texte": "Hypertension artérielle", "code_cim10": "I10", "justification": "ok"},
{"texte": "Diagnostic bidon", "code_cim10": "ZZZ.99", "justification": "invalide"},
]
with patch("src.medical.rag_search.extract_das_llm", return_value=mock_result):
_extract_das_llm("texte médical", dossier)
# I10 est valide → ajouté ; ZZZ.99 est invalide → filtré
codes = [d.cim10_suggestion for d in dossier.diagnostics_associes]
assert "I10" in codes
assert "ZZZ.99" not in codes
def test_das_llm_deduplicates(self):
"""Les codes déjà présents dans les DAS ne sont pas dupliqués."""
from src.medical.cim10_extractor import _extract_das_llm
dossier = DossierMedical()
dossier.sejour = Sejour(sexe="M", age=50)
dossier.diagnostic_principal = Diagnostic(
texte="Pancréatite aiguë", cim10_suggestion="K85.9",
)
dossier.diagnostics_associes = [
Diagnostic(texte="Hypertension artérielle", cim10_suggestion="I10"),
]
mock_result = [
{"texte": "HTA essentielle", "code_cim10": "I10", "justification": "doublon"},
{"texte": "Obésité", "code_cim10": "E66.0", "justification": "nouveau"},
]
with patch("src.medical.rag_search.extract_das_llm", return_value=mock_result):
_extract_das_llm("texte médical", dossier)
codes = [d.cim10_suggestion for d in dossier.diagnostics_associes]
assert codes.count("I10") == 1 # Pas de doublon
assert "E66.0" in codes # Nouveau ajouté