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anonymisation/data/silver_annotations/BACTERIO 23232115.bio
Domi31tls 26b210607c feat(phase2): Gazetteers FINESS 102K établissements + fine-tuning CamemBERT-bio F1=89%
Gazetteers FINESS (data.gouv.fr open data):
- 102K numéros FINESS → détection par lookup exact dans _mask_admin_label + selective_rescan
- 122K noms d'établissements, 113K téléphones, 76K adresses (disponibles)
- Un nombre 9 chiffres matchant un vrai FINESS est masqué même sans label "FINESS"

Fine-tuning CamemBERT-bio (almanach/camembert-bio-base):
- Export silver annotations réécrit : alignement original↔pseudonymisé (difflib)
  → 6862 entités B- (vs 3344 avec l'ancien audit-only) sur 222K tokens
- Sliding windows (200 tokens, stride 100) pour documents longs
- WeightedNERTrainer avec class weights cappés (max 10x) + label smoothing
- Résultat: Precision=88.1%, Recall=89.8%, F1=88.9% (20 epochs, lr=1e-5)
- Modèle sauvegardé dans models/camembert-bio-deid/best (non commité)

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
2026-03-09 13:27:37 +01:00

534 lines
5.3 KiB
Plaintext

Centre B-HOPITAL
Hospitalier I-HOPITAL
de I-HOPITAL
la I-HOPITAL
Côte I-HOPITAL
Basque I-HOPITAL
LABORATOIRE O
de O
BIOLOGIE O
MEDICALE O
13 B-ADRESSE
avenue I-ADRESSE
de I-ADRESSE
l'interne B-ZIP
Jacques I-ZIP
Loëb I-ZIP
64109 I-ZIP
BAYONNE O
- O
Tel O
: O
0559443674 B-TEL
Microbiologie O
Dr O
JAOUEN B-PER
Anne-Christine I-PER
Hématologie O
Dr O
MENARD-DEROURE B-PER
Fanny I-PER
(chef O
de O
service) O
Dr O
BENARD B-PER
Yohan I-PER
Dr O
GUILLEMAUD B-PER
Julien I-PER
Dr O
MONIER B-PER
Laurie I-PER
Dr O
DECOEUR B-PER
Lucie I-PER
Dr O
LEYSSENE B-PER
David I-PER
Biochimie O
Dr O
CURUTCHET-BURTIN B-PER
Marie-Laure I-PER
Dr O
SEGUES B-PER
Rémi I-PER
Assistante O
Dr O
BEVIERE B-PER
Marion I-PER
Diffusé O
le O
: O
à O
Compte O
rendu O
Complet O
05/12/2023 O
10.40 O
SIMONET B-PER
Marie I-PER
lise I-PER
Nom O
usuel O
: O
13/09/1948 B-DATE_NAISSANCE
OYARCABAL B-PER
URGENCES O
75 O
a O
DDN O
: O
Sexe O
: O
F O
23232115 O
IPP O
: O
BA125020 B-IPP
N° O
venue O
: O
DEMANDE O
N° O
2300261164 B-NDA
Prescrit O
le O
: O
03/12/2023 O
11:44 O
Par O
: O
TEILLARD B-PER
Lucie I-PER
Prélevé O
le O
: O
03/12/2023 O
11:47 O
Par O
: O
VIGNES B-PER
Sophie I-PER
Reçu O
le O
: O
03/12/2023 O
12:10 O
Résultat O
Borne O
BACTERIOLOGIE O
Examen(s) O
de O
microbiologie O
ci-dessous O
rendu(s) O
sous O
accréditation O
(1) O
sauf O
mention O
contraire O
ECBU O
- O
Milieu O
de O
jet O
Cytologie O
Leucocytes O
3388 O
/µL O
<10 O
Automate O
Iris O
IQ O
200 O
Select O
(Beckman-Coulter) O
Hématies O
17 O
/µL O
<10 O
Automate O
Iris O
IQ O
200 O
Select O
(Beckman-Coulter) O
Cellules O
épithéliales O
Présence O
Culture O
et O
identification O
Identification O
réalisée O
sur O
Maldi O
Biotyper, O
Vitek2, O
gélose O
chromogène O
ou O
agglutination O
>= O
1.10*6 O
UFC/mL O
Citrobacter O
braakii O
Béta-lactamines O
: O
Céphalosporinase. O
L'utilisation O
éventuelle O
de O
la O
colistine O
pour O
le O
traitement O
de O
ce O
germe O
nécessite O
la O
mesure O
de O
la O
CMI. O
Veuillez O
prévenir O
le O
laboratoire. O
Antibiogramme O
réalisé O
en O
milieu O
solide O
par O
diffusion O
Interprétation O
selon O
les O
recommandations O
du O
CA-SFM O
2022 O
L'utilisation O
d'une O
C3G O
sensible O
in-vitro O
en O
monothérapie O
est O
déconseillée O
pour O
ce O
type O
de O
bactéries O
car O
elle O
expose O
au O
risque O
de O
sélection O
de O
mutants O
résistants. O
>= O
1.10*6 O
UFC/mL O
Escherichia O
coli O
Béta-lactamines O
: O
Pénicillinase O
de O
haut O
niveau. O
Antibiogramme O
réalisé O
en O
milieu O
liquide O
sur O
Vitek2 O
Interprétation O
selon O
les O
recommandations O
du O
CA-SFM O
2022 O
Conclusion O
Données O
microbiologiques O
en O
faveur O
d'une O
infection O
urinaire O
(1) O
analyse O
référencée O
sous O
Compte-rendu O
: O
Complet O
ACCREDITATION O
COFRAC O
Validé O
et O
diffusé O
sous O
la O
responsabilité O
du O
biologiste O
: O
Page O
1/2 O
Dr. O
Anne B-PER
Christine I-PER
JAOUEN I-PER
N° O
8-3188 O
Portée O
disponible O
sur O
www.cofrac.fr B-PER
SIMONET I-PER
Marie I-PER
lise I-PER
Nom O
usuel O
: O
OYARCABAL B-PER
DDN O
: O
SEXE O
: O
13/09/1948 B-DATE_NAISSANCE
F O
DEMANDE O
N° O
2300261164 B-NDA
Résultat O
Antibiogramme O
. O
Citrobacter O
braakii O
AMOXICILLINE O
Résistant O
AMOX+ O
AC.CLAVU O
(pour O
CYSTITE) O
Résistant O
AMOXICILLINE O
+ O
AC.CLAVULANIQUE O
Résistant O
TICARCILLINE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
TICARCILLINE O
+ O
AC.CLAVULANIQUE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
PIPERACILLINE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
PIPERACILLINE O
+ O
TAZOBACTAM O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
MECILLINAM O
Résistant O
CEFOTAXIME O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
ERTAPENEME O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
IMIPENEME O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
MEROPENEME O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
AMIKACINE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
TOBRAMYCINE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
GENTAMICINE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
NORFLOXACINE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
CIPROFLOXACINE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
TRIMETHOPRIME O
+ O
SULFAMIDES O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
FOSFOMYCINE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
FURANES O
Résistant O
Escherichia O
coli O
AMOXICILLINE O
Résistant O
AMOXICILLINE O
+ O
AC.CLAVULANIQUE O
Résistant O
TICARCILLINE O
Résistant O
TEMOCILLINE O
Sensible O
à O
forte O
posologie O
PIPERACILLINE O
+ O
TAZOBACTAM O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
MECILLINAM O
Résistant O
CEFOXITINE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
CEFTRIAXONE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
ERTAPENEME O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
AMIKACINE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
GENTAMICINE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
ACIDE O
NALIDIXIQUE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
OFLOXACINE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
TRIMETHOPRIME O
+ O
SULFAMIDES O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
FOSFOMYCINE O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
FURANES O
Sensible O
à O
posologie O
standard O
URGENCES O
Borne O
CMI O
(mg/l) O
CMI O
(mg/l) O
(1) O
analyse O
référencée O
sous O
Compte-rendu O
: O
Complet O
ACCREDITATION O
COFRAC O
N° O
8-3188 O
Portée O
disponible O
sur O
www.cofrac.fr O
Validé O
et O
diffusé O
sous O
la O
responsabilité O
du O
biologiste O
: O
Page O
2/2 O
Dr. O
Anne B-PER
Christine I-PER
JAOUEN I-PER