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b196d00813
...
feature/q1
| Author | SHA1 | Date | |
|---|---|---|---|
| d324ada310 | |||
| 6a992d87de |
@@ -29,6 +29,7 @@ datas = []
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for relative_path, target_dir in [
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("config", "config"),
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("data/bdpm", "data/bdpm"),
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("data/edsnlp", "data/edsnlp"),
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("data/finess", "data/finess"),
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("data/insee", "data/insee"),
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("models/camembert-bio-deid/onnx", "models/camembert-bio-deid/onnx"),
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@@ -26,6 +26,7 @@ datas = []
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||||
for relative_path, target_dir in [
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||||
("config", "config"),
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||||
("data/bdpm", "data/bdpm"),
|
||||
("data/edsnlp", "data/edsnlp"),
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||||
("data/finess", "data/finess"),
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||||
("data/insee", "data/insee"),
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||||
("models/camembert-bio-deid/onnx", "models/camembert-bio-deid/onnx"),
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@@ -256,24 +256,62 @@ except ImportError:
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APP_VERSION = "0.11.0-mvp" # incrémenter avant rebuild release
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# Gazetteer médicaments extrait de edsnlp/resources/drugs.json et versionné dans
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# le dépôt (data/edsnlp/drugs.json). Lu EN PREMIER au runtime pour rester complet
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# dans le build Windows torch-free (Plan 3), où edsnlp — qui importe torch en dur —
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# n'est pas disponible. En mode frozen, __file__ pointe vers _MEIPASS, donc ce
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# chemin résout le fichier embarqué (cf _load_bdpm_medication_names).
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_EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH = Path(__file__).parent / "data" / "edsnlp" / "drugs.json"
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def _parse_edsnlp_drugs_json(path: Path) -> set:
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"""Parse un drugs.json edsnlp (code ATC → liste de noms).
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Retourne le set des noms mono-mot de longueur >= 4, en minuscules.
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Parsing IDENTIQUE à l'historique (garantie de non-régression du gazetteer)."""
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import json as _json
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data = _json.loads(path.read_text(encoding="utf-8"))
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result = set()
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for _code, names in data.items():
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for name in names:
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if " " not in name and len(name) >= 4:
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result.add(name.lower())
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return result
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def _load_edsnlp_drug_names() -> set:
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"""Charge les noms de médicaments mono-mot depuis edsnlp/resources/drugs.json.
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Retourne un set lowercase. Fallback silencieux si edsnlp absent."""
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"""Charge les noms de médicaments mono-mot pour la whitelist anti-faux-positif.
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Ordre de résolution (torch-free) :
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1. data/edsnlp/drugs.json (fichier versionné, 0 dépendance edsnlp/torch) ;
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2. fallback : package edsnlp (BASE_DIR/resources/drugs.json), comportement
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historique en mode dev ;
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3. échec total → log.warning explicite + set() (dégradation rendue visible).
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Retourne un set lowercase."""
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# 1. Fichier data versionné (disponible aussi en frozen torch-free).
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try:
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if _EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH.exists():
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return _parse_edsnlp_drugs_json(_EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH)
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except Exception as exc: # fichier corrompu → on tente le fallback
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log.debug("Lecture %s échouée : %s", _EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH, exc)
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# 2. Fallback package edsnlp (dev).
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try:
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import edsnlp as _edsnlp
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drugs_path = _edsnlp.BASE_DIR / "resources" / "drugs.json"
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if not drugs_path.exists():
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return set()
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import json as _json
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data = _json.loads(drugs_path.read_text(encoding="utf-8"))
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result = set()
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for _code, names in data.items():
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for name in names:
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if " " not in name and len(name) >= 4:
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result.add(name.lower())
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return result
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except Exception:
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return set()
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if drugs_path.exists():
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return _parse_edsnlp_drugs_json(drugs_path)
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except Exception as exc:
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log.debug("Fallback package edsnlp indisponible : %s", exc)
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# 3. Échec total : rendre la dégradation visible (risque de sur-masquage).
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log.warning(
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"Gazetteer médicaments edsnlp indisponible (ni data/edsnlp/drugs.json "
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"ni package edsnlp) — whitelist médicaments réduite, risque de sur-masquage"
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)
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return set()
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def _load_bdpm_medication_names() -> set:
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32
data/edsnlp/README.md
Normal file
32
data/edsnlp/README.md
Normal file
@@ -0,0 +1,32 @@
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# data/edsnlp — Gazetteer médicaments (extrait de edsnlp)
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## Contenu
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- `drugs.json` : dictionnaire code ATC → liste de noms de médicaments (1968 codes),
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extrait de **edsnlp 0.20.0**, fichier `edsnlp/resources/drugs.json`.
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## Usage
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Ce fichier alimente `_load_edsnlp_drug_names()` dans
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`anonymizer_core_refactored_onnx.py`. Les noms mono-mot de longueur ≥ 4 sont
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chargés (en minuscules) comme **gazetteer anti-faux-positif** : ils empêchent
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que des noms de médicaments (ex. « elisor », « kessar », « muse », « sirop »)
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soient pris à tort pour des noms de personnes et sur-masqués.
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Il est versionné dans le dépôt (et non lu depuis le package `edsnlp` au
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runtime) afin que la whitelist médicaments reste complète dans le build Windows
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**torch-free** (Plan 3), où `edsnlp` — qui importe `torch` en dur — n'est pas
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disponible.
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## Attribution / Licence
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`drugs.json` provient du projet **edsnlp**, distribué sous licence
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**BSD-3-Clause**.
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> Copyright (c) 2021, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
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||||
>
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||||
> Redistribution and use in source and binary forms, with or without
|
||||
> modification, are permitted under the terms of the BSD-3-Clause license.
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Source : https://github.com/aphp/edsnlp — `edsnlp/resources/drugs.json`
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(version 0.20.0).
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||||
4398
data/edsnlp/drugs.json
Normal file
4398
data/edsnlp/drugs.json
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
155
tests/unit/test_edsnlp_drugs_static.py
Normal file
155
tests/unit/test_edsnlp_drugs_static.py
Normal file
@@ -0,0 +1,155 @@
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#!/usr/bin/env python3
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"""
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Tests — chargement du gazetteer médicaments edsnlp depuis data/ (torch-free).
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Contexte : le build Windows torch-free (Plan 3) retire torch. Or edsnlp importe
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torch en dur → en frozen, `import edsnlp` échoue et l'ancienne
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`_load_edsnlp_drug_names()` retournait silencieusement set() → whitelist
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médicaments amputée de ~4206 noms → sur-masquage de médicaments pris pour des
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personnes.
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Correctif (Option A+B) :
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A. charger d'abord depuis data/edsnlp/drugs.json (versionné, 0 dépendance) ;
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fallback sur le package edsnlp (dev).
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B. log.warning explicite si NI le fichier data NI le package ne sont dispo.
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Aucun mock du contenu du gazetteer : on utilise le VRAI fichier data extrait.
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"""
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from __future__ import annotations
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from pathlib import Path
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import pytest
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import anonymizer_core_refactored_onnx as core
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ROOT_DIR = Path(__file__).resolve().parents[2]
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DATA_DRUGS = ROOT_DIR / "data" / "edsnlp" / "drugs.json"
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# Nombre exact de noms mono-mot (len>=4, lowercase) issus de drugs.json 0.20.0.
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# C'est aussi le compte historique produit par l'ancienne fonction en dev :
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# la garantie de non-régression est que la whitelist n'est PAS réduite.
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EXPECTED_COUNT = 4206
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# Noms de médicaments réellement présents dans le gazetteer extrait et qui
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# entrent en conflit avec des noms/prénoms INSEE (vérifiés, pas inventés).
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CONFLICT_NAMES = ["elisor", "kessar", "panos", "muse", "sirop"]
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def test_data_file_present_and_parses():
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"""Le fichier data doit exister et contenir 1968 codes ATC."""
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import json
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assert DATA_DRUGS.exists(), f"fichier data manquant : {DATA_DRUGS}"
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data = json.loads(DATA_DRUGS.read_text(encoding="utf-8"))
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assert len(data) == 1968
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def test_load_from_data_exact_count():
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"""Chargement depuis data/edsnlp/drugs.json → set de 4206 noms exactement."""
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result = core._load_edsnlp_drug_names()
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assert isinstance(result, set)
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assert len(result) == EXPECTED_COUNT
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def test_load_contains_conflict_names():
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"""Les noms-conflits INSEE vérifiés doivent être dans le set (anti-sur-masquage)."""
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result = core._load_edsnlp_drug_names()
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for name in CONFLICT_NAMES:
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assert name in result, f"{name!r} absent du gazetteer médicaments"
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def test_fallback_to_package_when_data_absent(monkeypatch, tmp_path):
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"""Si le fichier data est absent mais edsnlp importable → fallback package,
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même résultat (4206)."""
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pytest.importorskip("edsnlp")
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# Pointer la constante de chemin data vers un dossier vide → fichier absent.
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missing = tmp_path / "drugs.json"
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monkeypatch.setattr(core, "_EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH", missing)
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assert not missing.exists()
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result = core._load_edsnlp_drug_names()
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||||
assert len(result) == EXPECTED_COUNT
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for name in CONFLICT_NAMES:
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assert name in result
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||||
def test_warning_when_both_sources_absent(monkeypatch, tmp_path, caplog):
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"""Si le fichier data est absent ET edsnlp non importable → set() + log.warning."""
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import builtins
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missing = tmp_path / "drugs.json"
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monkeypatch.setattr(core, "_EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH", missing)
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_real_import = builtins.__import__
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||||
def _fake_import(name, *args, **kwargs):
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if name == "edsnlp" or name.startswith("edsnlp."):
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raise ImportError("edsnlp indisponible (torch-free)")
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return _real_import(name, *args, **kwargs)
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monkeypatch.setattr(builtins, "__import__", _fake_import)
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with caplog.at_level("WARNING", logger=core.log.name):
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result = core._load_edsnlp_drug_names()
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assert result == set()
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assert any(
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"edsnlp" in rec.message.lower() and rec.levelname == "WARNING"
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for rec in caplog.records
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), "aucun log.warning émis lors de l'échec total"
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def test_data_source_matches_package_source(monkeypatch, tmp_path):
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"""Le set chargé depuis data doit être IDENTIQUE à celui du fallback package
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||||
(garantie que l'extraction n'altère pas le gazetteer)."""
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pytest.importorskip("edsnlp")
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from_data = core._load_edsnlp_drug_names()
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missing = tmp_path / "drugs.json"
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monkeypatch.setattr(core, "_EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH", missing)
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from_package = core._load_edsnlp_drug_names()
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assert from_data == from_package
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def test_corrupted_data_falls_back_to_package(monkeypatch, tmp_path):
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"""Fichier data PRÉSENT mais corrompu + edsnlp DISPONIBLE → fail-safe :
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retombe sur le package et retourne 4206 (jamais un set partiel/tronqué)."""
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pytest.importorskip("edsnlp")
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corrupt = tmp_path / "drugs.json"
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corrupt.write_text("{ invalide", encoding="utf-8")
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monkeypatch.setattr(core, "_EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH", corrupt)
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result = core._load_edsnlp_drug_names()
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assert len(result) == EXPECTED_COUNT
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for name in CONFLICT_NAMES:
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assert name in result
|
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def test_corrupted_data_and_no_package_warns(monkeypatch, tmp_path, caplog):
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"""Fichier data corrompu ET edsnlp INDISPONIBLE → set() vide + log.warning
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||||
(dégradation rendue visible, pas de silence)."""
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||||
import builtins
|
||||
|
||||
corrupt = tmp_path / "drugs.json"
|
||||
corrupt.write_text("{ invalide", encoding="utf-8")
|
||||
monkeypatch.setattr(core, "_EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH", corrupt)
|
||||
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||||
_real_import = builtins.__import__
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||||
def _fake_import(name, *args, **kwargs):
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if name == "edsnlp" or name.startswith("edsnlp."):
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||||
raise ImportError("edsnlp indisponible (torch-free)")
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||||
return _real_import(name, *args, **kwargs)
|
||||
|
||||
monkeypatch.setattr(builtins, "__import__", _fake_import)
|
||||
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||||
with caplog.at_level("WARNING", logger=core.log.name):
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||||
result = core._load_edsnlp_drug_names()
|
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||||
assert result == set()
|
||||
assert any(
|
||||
"edsnlp" in rec.message.lower() and rec.levelname == "WARNING"
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for rec in caplog.records
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||||
), "aucun log.warning émis lors de l'échec total (data corrompu + pas de package)"
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