aivanov_database/omop/RUN_SCRIPT_GUIDE.md

🚀 Guide du Script run.sh

Vue d'ensemble

Le script run.sh est un script complet qui démarre toute la stack OMOP Pipeline avec vérifications et gestion d'erreurs.

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Utilisation

Démarrage simple

cd omop
./run.sh

C'est tout ! Le script s'occupe de tout.

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Ce que fait le script

1. Vérifications préalables ✅

Le script vérifie automatiquement :

• ✅ Python 3 est installé
• ✅ Node.js est installé
• ✅ npm est installé
• ✅ PostgreSQL est accessible
• ✅ Dépendances Python installées
• ✅ Dépendances npm installées
• ✅ Connexion à la base de données

2. Installation automatique 📦

Si des dépendances manquent, le script les installe automatiquement :

• Dépendances Python (requirements.txt + requirements-api.txt)
• Dépendances npm (frontend/node_modules)

3. Démarrage de la stack 🚀

Le script démarre dans l'ordre :

1. API FastAPI (port 8000)
2. Frontend React (port 4400)

4. Monitoring 📊

Le script :

• Vérifie que chaque service démarre correctement
• Affiche les PIDs des processus
• Crée des logs dans logs/api.log et logs/frontend.log
• Attend les signaux d'arrêt (Ctrl+C)

5. Arrêt propre 🛑

Quand tu appuies sur Ctrl+C :

• Le script arrête proprement l'API
• Le script arrête proprement le frontend
• Les processus sont nettoyés

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Ports utilisés

Service	Port	URL
Frontend	4400	http://localhost:4400
API	8000	http://localhost:8000
Docs API	8000	http://localhost:8000/docs

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Logs

Les logs sont automatiquement créés dans :

• logs/api.log - Logs de l'API FastAPI
• logs/frontend.log - Logs du frontend React

Pour consulter les logs en temps réel :

# Logs API
tail -f logs/api.log

# Logs Frontend
tail -f logs/frontend.log

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Messages du script

Messages d'information (bleu)

[INFO] Vérification de Python...
[INFO] Démarrage de l'API FastAPI...

Messages de succès (vert)

[SUCCESS] Python trouvé: Python 3.12.3
[SUCCESS] API démarrée (PID: 12345)

Messages d'avertissement (jaune)

[WARNING] Dépendances Python manquantes, installation...
[WARNING] Impossible de se connecter à la base de données

Messages d'erreur (rouge)

[ERROR] Python 3 n'est pas installé
[ERROR] Échec du démarrage de l'API

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Exemple de sortie

╔═══════════════════════════════════════════════════════════╗
║                                                           ║
║           🚀 OMOP PIPELINE - STACK COMPLÈTE 🚀            ║
║                                                           ║
╚═══════════════════════════════════════════════════════════╝

[INFO] Vérification de Python...
[SUCCESS] Python trouvé: Python 3.12.3
[INFO] Vérification de Node.js...
[SUCCESS] Node.js trouvé: v20.11.0
[INFO] Vérification de npm...
[SUCCESS] npm trouvé: v10.2.4
[INFO] Vérification de PostgreSQL...
[SUCCESS] PostgreSQL trouvé: psql (PostgreSQL) 16.11
[INFO] Vérification des dépendances Python...
[SUCCESS] Dépendances Python OK
[INFO] Vérification des dépendances frontend...
[SUCCESS] Dépendances frontend OK
[INFO] Vérification de la connexion PostgreSQL...
[SUCCESS] Connexion à la base de données OK

[INFO] ═══════════════════════════════════════════════════════════
[INFO]               DÉMARRAGE DE LA STACK
[INFO] ═══════════════════════════════════════════════════════════

[INFO] Démarrage de l'API FastAPI...
[SUCCESS] API démarrée (PID: 12345)
[SUCCESS] API disponible sur: http://localhost:8000
[SUCCESS] Documentation API: http://localhost:8000/docs
[INFO] Démarrage du frontend React...
[SUCCESS] Frontend démarré (PID: 12346)
[SUCCESS] Frontend disponible sur: http://localhost:4400

[SUCCESS] ═══════════════════════════════════════════════════════════
[SUCCESS]            ✅ STACK OMOP PIPELINE DÉMARRÉE ✅
[SUCCESS] ═══════════════════════════════════════════════════════════

  📊 Frontend:        http://localhost:4400
  🔌 API:             http://localhost:8000
  📚 Documentation:   http://localhost:8000/docs

  📝 Logs API:        logs/api.log
  📝 Logs Frontend:   logs/frontend.log

[INFO] Appuyez sur Ctrl+C pour arrêter la stack

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Arrêt de la stack

Arrêt normal

Appuie sur Ctrl+C dans le terminal où le script tourne :

^C
[WARNING] Arrêt de la stack OMOP Pipeline...
[INFO] Arrêt de l'API (PID: 12345)
[INFO] Arrêt du frontend (PID: 12346)
[SUCCESS] Stack arrêtée proprement

Arrêt forcé

Si le script ne répond pas, tu peux forcer l'arrêt :

# Trouver les processus
ps aux | grep "run_api.py\|vite"

# Tuer les processus
kill -9 <PID_API> <PID_FRONTEND>

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Troubleshooting

Le script ne démarre pas

Problème : Permission denied

Solution :

chmod +x run.sh
./run.sh

Python n'est pas trouvé

Problème : [ERROR] Python 3 n'est pas installé

Solution :

# Vérifier Python
python3 --version

# Installer Python si nécessaire
sudo apt install python3  # Ubuntu/Debian

Node.js n'est pas trouvé

Problème : [ERROR] Node.js n'est pas installé

Solution :

# Vérifier Node.js
node --version

# Installer Node.js si nécessaire
# Voir: https://nodejs.org/

PostgreSQL n'est pas accessible

Problème : [WARNING] Impossible de se connecter à la base de données

Solution :

# Vérifier que PostgreSQL tourne
sudo systemctl status postgresql

# Démarrer PostgreSQL si nécessaire
sudo systemctl start postgresql

# Tester la connexion
psql -U dom -d omop_cdm

L'API ne démarre pas

Problème : [ERROR] Échec du démarrage de l'API

Solution :

# Consulter les logs
cat logs/api.log

# Vérifier que le port 8000 est libre
lsof -i :8000

# Tester manuellement
python3 run_api.py

Le frontend ne démarre pas

Problème : [ERROR] Échec du démarrage du frontend

Solution :

# Consulter les logs
cat logs/frontend.log

# Vérifier que le port 4400 est libre
lsof -i :4400

# Réinstaller les dépendances
cd frontend
rm -rf node_modules package-lock.json
npm install

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Comparaison avec start_web.sh

Fonctionnalité	run.sh	start_web.sh
Vérifications préalables	✅ Complètes	❌ Basiques
Messages colorés	✅ Oui	❌ Non
Logs dans fichiers	✅ Oui	❌ Non
Gestion d'erreurs	✅ Avancée	⚠️ Basique
Arrêt propre	✅ Oui	✅ Oui
Installation auto	✅ Oui	✅ Oui
Vérification BDD	✅ Oui	❌ Non

Recommandation : Utilise run.sh pour un démarrage complet et robuste.

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Configuration

Changer les ports

Pour changer les ports, modifie :

Frontend (port 4400) :

// frontend/vite.config.js
server: {
  port: 4400,  // Changer ici
  ...
}

API (port 8000) :

# run_api.py
uvicorn.run(
    "src.api.main:app",
    host="0.0.0.0",
    port=8000,  # Changer ici
    ...
)

N'oublie pas de mettre à jour le CORS dans src/api/main.py :

allow_origins=["http://localhost:4400", ...]

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Utilisation avancée

Démarrer en mode debug

# Modifier run_api.py pour activer le debug
# Puis lancer
./run.sh

Démarrer uniquement l'API

python3 run_api.py

Démarrer uniquement le frontend

cd frontend
npm run dev

Consulter les logs en temps réel

# Terminal 1 - Logs API
tail -f logs/api.log

# Terminal 2 - Logs Frontend
tail -f logs/frontend.log

# Terminal 3 - Lancer la stack
./run.sh

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Intégration CI/CD

Le script peut être utilisé dans un pipeline CI/CD :

# .github/workflows/deploy.yml
- name: Start OMOP Stack
  run: |
    cd omop
    ./run.sh &
    sleep 10
    
- name: Run tests
  run: |
    curl http://localhost:8000/health
    curl http://localhost:4400

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Résumé

Commande unique :

./run.sh

Résultat :

• ✅ Vérifications complètes
• ✅ Installation automatique
• ✅ Démarrage de la stack
• ✅ Logs dans fichiers
• ✅ Arrêt propre

Accès :

• Frontend : http://localhost:4400
• API : http://localhost:8000
• Docs : http://localhost:8000/docs

Simple, robuste, complet ! 🚀