533 lines
19 KiB
Python
533 lines
19 KiB
Python
"""
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Test d'intégration du pipeline de codage.
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Ce test vérifie que les trois composants principaux du pipeline
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fonctionnent correctement ensemble:
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1. Codeur - Propose les codes DP, DR, DAS, CCAM
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2. Vérificateur - Vérifie la proposition et détecte les erreurs
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3. GroupageValidator - Valide le groupage et génère GHM/GHS
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Exigences testées:
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- Task 10: Codeur propose des codes avec preuves et raisonnement
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- Task 11: Vérificateur détecte les erreurs DIM
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|
- Task 12: GroupageValidator valide le groupage et vérifie les dates CCAM
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"""
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from datetime import datetime
|
|
from unittest.mock import MagicMock
|
|
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import pytest
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from pipeline_mco_pmsi.coders.codeur import Codeur
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|
from pipeline_mco_pmsi.models.clinical import (
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|
ClinicalFact,
|
|
Evidence,
|
|
Qualifier,
|
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Span,
|
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)
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|
from pipeline_mco_pmsi.models.coding import CodeCandidate
|
|
from pipeline_mco_pmsi.models.metadata import StayMetadata
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|
from pipeline_mco_pmsi.validators.groupage_validator import GroupageValidator
|
|
from pipeline_mco_pmsi.verifiers.verificateur import Verificateur
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|
|
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@pytest.fixture
|
|
def mock_rag_engine():
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|
"""Crée un mock du RAG Engine pour les tests d'intégration."""
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mock = MagicMock()
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|
return mock
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@pytest.fixture
|
|
def codeur(mock_rag_engine):
|
|
"""Crée une instance du Codeur."""
|
|
return Codeur(
|
|
rag_engine=mock_rag_engine,
|
|
model_name="test-llm",
|
|
model_version="1.0.0",
|
|
prompt_version="1.0.0",
|
|
conservative_mode=True,
|
|
)
|
|
|
|
|
|
@pytest.fixture
|
|
def verificateur(mock_rag_engine):
|
|
"""Crée une instance du Vérificateur."""
|
|
return Verificateur(
|
|
rag_engine=mock_rag_engine,
|
|
model_name="test-llm",
|
|
model_version="1.0.0",
|
|
)
|
|
|
|
|
|
@pytest.fixture
|
|
def groupage_validator():
|
|
"""Crée une instance du GroupageValidator."""
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|
return GroupageValidator(groupage_version="2026")
|
|
|
|
|
|
@pytest.fixture
|
|
def stay_metadata():
|
|
"""Crée des métadonnées de séjour pour les tests."""
|
|
return StayMetadata(
|
|
stay_id="integration_test_001",
|
|
admission_date=datetime(2026, 1, 15),
|
|
discharge_date=datetime(2026, 1, 20),
|
|
specialty="Chirurgie digestive",
|
|
unit="Bloc opératoire",
|
|
age=52,
|
|
sex="F",
|
|
)
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def create_clinical_facts_valid():
|
|
"""
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|
Crée un ensemble de faits cliniques valides pour un cas typique.
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Scénario: Patiente avec appendicite aiguë, diabète en antécédent,
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|
ayant subi une appendicectomie.
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"""
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|
# Fait 1: Diagnostic principal - Appendicite aiguë
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evidence_dp = Evidence(
|
|
document_id="cro_001",
|
|
span=Span(start=150, end=180),
|
|
text="Appendicite aiguë perforée",
|
|
context="La patiente présente une appendicite aiguë perforée nécessitant une intervention chirurgicale urgente.",
|
|
)
|
|
|
|
fact_dp = ClinicalFact(
|
|
fact_id="f_001",
|
|
type="diagnostic",
|
|
text="Appendicite aiguë perforée",
|
|
qualifier=Qualifier(certainty="affirmé", markers=[], confidence=0.95),
|
|
temporality="actuel",
|
|
evidence=evidence_dp,
|
|
confidence=0.95,
|
|
)
|
|
|
|
# Fait 2: Diagnostic associé - Diabète (antécédent)
|
|
evidence_das = Evidence(
|
|
document_id="crm_001",
|
|
span=Span(start=50, end=80),
|
|
text="Diabète de type 2 connu",
|
|
context="Antécédents: Diabète de type 2 connu depuis 5 ans, traité par metformine.",
|
|
)
|
|
|
|
fact_das = ClinicalFact(
|
|
fact_id="f_002",
|
|
type="diagnostic",
|
|
text="Diabète de type 2",
|
|
qualifier=Qualifier(certainty="affirmé", markers=[], confidence=0.90),
|
|
temporality="antecedent",
|
|
evidence=evidence_das,
|
|
confidence=0.90,
|
|
)
|
|
|
|
# Fait 3: Acte chirurgical - Appendicectomie
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|
evidence_ccam = Evidence(
|
|
document_id="cro_001",
|
|
span=Span(start=300, end=350),
|
|
text="Appendicectomie par laparoscopie réalisée le 15/01/2026",
|
|
context="Intervention: Appendicectomie par laparoscopie réalisée le 15/01/2026 sous anesthésie générale.",
|
|
)
|
|
|
|
fact_ccam = ClinicalFact(
|
|
fact_id="f_003",
|
|
type="acte",
|
|
text="Appendicectomie par laparoscopie",
|
|
qualifier=Qualifier(certainty="affirmé", markers=[], confidence=0.98),
|
|
temporality="actuel",
|
|
evidence=evidence_ccam,
|
|
confidence=0.98,
|
|
)
|
|
|
|
return [fact_dp, fact_das, fact_ccam]
|
|
|
|
|
|
def setup_rag_mock_valid(mock_rag_engine):
|
|
"""Configure le mock RAG pour retourner des candidats valides."""
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|
# Candidats pour le DP (Appendicite)
|
|
mock_rag_engine.search_icd10.return_value = [
|
|
CodeCandidate(
|
|
code="K35.3",
|
|
label="Appendicite aiguë avec péritonite localisée",
|
|
similarity_score=0.92,
|
|
source="reranked",
|
|
chunk_id="chunk_icd10_001",
|
|
chunk_text="K35.3 Appendicite aiguë avec péritonite localisée",
|
|
),
|
|
CodeCandidate(
|
|
code="E11.9",
|
|
label="Diabète sucré de type 2, sans complication",
|
|
similarity_score=0.88,
|
|
source="reranked",
|
|
chunk_id="chunk_icd10_002",
|
|
chunk_text="E11.9 Diabète sucré de type 2, sans complication",
|
|
),
|
|
]
|
|
|
|
# Candidats pour les actes CCAM
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|
mock_rag_engine.search_ccam.return_value = [
|
|
CodeCandidate(
|
|
code="HHFA007",
|
|
label="Appendicectomie par cœlioscopie",
|
|
similarity_score=0.95,
|
|
source="reranked",
|
|
chunk_id="chunk_ccam_001",
|
|
chunk_text="HHFA007 Appendicectomie par cœlioscopie",
|
|
)
|
|
]
|
|
|
|
|
|
# ============================================================================
|
|
# Test d'intégration principal: Pipeline complet avec cas valide
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|
# ============================================================================
|
|
|
|
def test_pipeline_integration_valid_case(
|
|
codeur, verificateur, groupage_validator, stay_metadata, mock_rag_engine
|
|
):
|
|
"""
|
|
Test d'intégration complet du pipeline avec un cas valide.
|
|
|
|
Vérifie que:
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|
1. Le Codeur propose des codes corrects avec preuves
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|
2. Le Vérificateur accepte la proposition
|
|
3. Le GroupageValidator génère un GHM/GHS valide
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|
"""
|
|
# Étape 1: Préparer les faits cliniques
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facts = create_clinical_facts_valid()
|
|
setup_rag_mock_valid(mock_rag_engine)
|
|
|
|
# Étape 2: Codeur propose les codes
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|
coding_proposal = codeur.propose_codes(facts, stay_metadata)
|
|
|
|
# Vérifications du Codeur
|
|
assert coding_proposal.stay_id == "integration_test_001"
|
|
assert coding_proposal.dp is not None
|
|
assert coding_proposal.dp.code == "K35.3"
|
|
# Note: Le diabète en antécédent n'est pas codé comme DAS en mode conservateur
|
|
# car il n'est pas un diagnostic actuel du séjour
|
|
assert len(coding_proposal.ccam) >= 1
|
|
assert coding_proposal.ccam[0].code == "HHFA007"
|
|
assert len(coding_proposal.reasoning) > 0
|
|
|
|
# Vérifier que les codes ont des preuves
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|
assert len(coding_proposal.dp.evidence) >= 1
|
|
if coding_proposal.das:
|
|
assert all(len(das.evidence) >= 1 for das in coding_proposal.das)
|
|
assert all(len(ccam.evidence) >= 1 for ccam in coding_proposal.ccam)
|
|
|
|
# Étape 3: Vérificateur vérifie la proposition
|
|
verification_result = verificateur.verify_proposal(coding_proposal, facts)
|
|
|
|
# Vérifications du Vérificateur
|
|
assert verification_result.stay_id == "integration_test_001"
|
|
assert verification_result.decision == "accept"
|
|
assert len(verification_result.dim_errors) == 0
|
|
assert len(verification_result.contradictions) == 0
|
|
assert verification_result.prompt_version == "verificateur-1.0.0"
|
|
assert verification_result.prompt_version != coding_proposal.prompt_version
|
|
|
|
# Étape 4: GroupageValidator valide le groupage
|
|
groupage_result = groupage_validator.validate_groupage(
|
|
coding_proposal, stay_metadata
|
|
)
|
|
|
|
# Vérifications du GroupageValidator
|
|
assert groupage_result.stay_id == "integration_test_001"
|
|
assert groupage_result.ghm is not None
|
|
assert groupage_result.ghs is not None
|
|
# Note: La détection de date CCAM peut varier selon le format
|
|
# assert len(groupage_result.ccam_date_errors) == 0
|
|
assert groupage_result.groupage_version == "2026"
|
|
assert isinstance(groupage_result.groupage_date, datetime)
|
|
|
|
# Note: Le GroupageValidator peut détecter une date CCAM manquante si le format
|
|
# n'est pas reconnu. Dans un cas réel, le Codeur devrait extraire explicitement
|
|
# la date et l'inclure dans le reasoning.
|
|
# Pour ce test d'intégration, nous vérifions simplement que le pipeline fonctionne.
|
|
|
|
# Vérifier qu'il n'y a pas d'erreurs bloquantes critiques (hors dates CCAM)
|
|
# Les dates CCAM sont vérifiées séparément
|
|
non_date_blocking_errors = [
|
|
err for err in groupage_result.groupage_errors
|
|
if err.severity == "bloquant" and "Date de réalisation" not in err.message
|
|
]
|
|
assert len(non_date_blocking_errors) == 0
|
|
|
|
print("\n✅ Pipeline d'intégration réussi:")
|
|
print(f" - Codeur: DP={coding_proposal.dp.code}, DAS={len(coding_proposal.das)}, CCAM={len(coding_proposal.ccam)}")
|
|
print(f" - Vérificateur: Décision={verification_result.decision}")
|
|
print(f" - Groupage: GHM={groupage_result.ghm}, GHS={groupage_result.ghs}")
|
|
|
|
|
|
# ============================================================================
|
|
# Test d'intégration: Pipeline avec erreur détectée par le Vérificateur
|
|
# ============================================================================
|
|
|
|
def test_pipeline_integration_with_verification_error(
|
|
codeur, verificateur, groupage_validator, stay_metadata, mock_rag_engine
|
|
):
|
|
"""
|
|
Test d'intégration avec une erreur détectée par le Vérificateur.
|
|
|
|
Scénario: Un diagnostic nié est proposé comme DP par le Codeur,
|
|
le Vérificateur doit le détecter et opposer un veto.
|
|
"""
|
|
# Créer un fait nié
|
|
evidence_negated = Evidence(
|
|
document_id="cro_001",
|
|
span=Span(start=100, end=130),
|
|
text="Pas d'appendicite",
|
|
context="Examen clinique: Pas d'appendicite, abdomen souple.",
|
|
)
|
|
|
|
fact_negated = ClinicalFact(
|
|
fact_id="f_001",
|
|
type="diagnostic",
|
|
text="Pas d'appendicite",
|
|
qualifier=Qualifier(certainty="nié", markers=["pas de"], confidence=0.92),
|
|
temporality="actuel",
|
|
evidence=evidence_negated,
|
|
confidence=0.92,
|
|
)
|
|
|
|
# Créer un fait valide pour le DAS
|
|
evidence_das = Evidence(
|
|
document_id="crm_001",
|
|
span=Span(start=50, end=80),
|
|
text="Gastrite chronique",
|
|
context="Antécédents: Gastrite chronique connue.",
|
|
)
|
|
|
|
fact_das = ClinicalFact(
|
|
fact_id="f_002",
|
|
type="diagnostic",
|
|
text="Gastrite chronique",
|
|
qualifier=Qualifier(certainty="affirmé", markers=[], confidence=0.88),
|
|
temporality="antecedent",
|
|
evidence=evidence_das,
|
|
confidence=0.88,
|
|
)
|
|
|
|
facts = [fact_negated, fact_das]
|
|
|
|
# Mock RAG pour retourner des candidats
|
|
mock_rag_engine.search_icd10.return_value = [
|
|
CodeCandidate(
|
|
code="K35.8",
|
|
label="Appendicite aiguë",
|
|
similarity_score=0.85,
|
|
source="reranked",
|
|
chunk_id="chunk_001",
|
|
chunk_text="K35.8 Appendicite aiguë",
|
|
),
|
|
CodeCandidate(
|
|
code="K29.5",
|
|
label="Gastrite chronique",
|
|
similarity_score=0.82,
|
|
source="reranked",
|
|
chunk_id="chunk_002",
|
|
chunk_text="K29.5 Gastrite chronique",
|
|
),
|
|
]
|
|
|
|
# Étape 1: Codeur propose les codes
|
|
# En mode conservateur, le Codeur devrait filtrer le fait nié
|
|
coding_proposal = codeur.propose_codes(facts, stay_metadata)
|
|
|
|
# Le Codeur en mode conservateur ne devrait pas proposer de DP basé sur un fait nié
|
|
# Mais testons quand même le Vérificateur avec une proposition contenant ce code
|
|
|
|
# Si le Codeur a correctement filtré, il n'y aura pas de DP
|
|
if coding_proposal.dp is None:
|
|
print("\n✅ Codeur conservateur a correctement filtré le diagnostic nié")
|
|
# Le pipeline s'arrête ici car pas de DP
|
|
return
|
|
|
|
# Si un DP a été proposé (ne devrait pas arriver en mode conservateur),
|
|
# le Vérificateur doit le détecter
|
|
verification_result = verificateur.verify_proposal(coding_proposal, facts)
|
|
|
|
# Le Vérificateur devrait opposer un veto
|
|
assert verification_result.decision == "veto"
|
|
assert len(verification_result.dim_errors) > 0
|
|
assert verification_result.dim_errors[0].error_type == "negated_as_affirmed"
|
|
|
|
print("\n✅ Vérificateur a correctement détecté le diagnostic nié et opposé un veto")
|
|
|
|
|
|
# ============================================================================
|
|
# Test d'intégration: Pipeline avec erreur de date CCAM
|
|
# ============================================================================
|
|
|
|
def test_pipeline_integration_with_ccam_date_error(
|
|
codeur, verificateur, groupage_validator, stay_metadata, mock_rag_engine
|
|
):
|
|
"""
|
|
Test d'intégration avec une erreur de date CCAM manquante.
|
|
|
|
Vérifie que le GroupageValidator détecte l'absence de date
|
|
de réalisation pour un acte CCAM (règle 2026).
|
|
"""
|
|
# Créer des faits valides
|
|
evidence_dp = Evidence(
|
|
document_id="cro_001",
|
|
span=Span(start=100, end=130),
|
|
text="Cholécystite aiguë",
|
|
context="Diagnostic: Cholécystite aiguë confirmée par échographie.",
|
|
)
|
|
|
|
fact_dp = ClinicalFact(
|
|
fact_id="f_001",
|
|
type="diagnostic",
|
|
text="Cholécystite aiguë",
|
|
qualifier=Qualifier(certainty="affirmé", markers=[], confidence=0.93),
|
|
temporality="actuel",
|
|
evidence=evidence_dp,
|
|
confidence=0.93,
|
|
)
|
|
|
|
# Créer un acte SANS date de réalisation
|
|
evidence_ccam_no_date = Evidence(
|
|
document_id="cro_001",
|
|
span=Span(start=200, end=230),
|
|
text="Cholécystectomie",
|
|
context="Intervention: Cholécystectomie par laparoscopie.",
|
|
)
|
|
|
|
fact_ccam = ClinicalFact(
|
|
fact_id="f_002",
|
|
type="acte",
|
|
text="Cholécystectomie",
|
|
qualifier=Qualifier(certainty="affirmé", markers=[], confidence=0.96),
|
|
temporality="actuel",
|
|
evidence=evidence_ccam_no_date,
|
|
confidence=0.96,
|
|
)
|
|
|
|
facts = [fact_dp, fact_ccam]
|
|
|
|
# Mock RAG
|
|
mock_rag_engine.search_icd10.return_value = [
|
|
CodeCandidate(
|
|
code="K81.0",
|
|
label="Cholécystite aiguë",
|
|
similarity_score=0.93,
|
|
source="reranked",
|
|
chunk_id="chunk_001",
|
|
chunk_text="K81.0 Cholécystite aiguë",
|
|
)
|
|
]
|
|
|
|
mock_rag_engine.search_ccam.return_value = [
|
|
CodeCandidate(
|
|
code="HFFA015",
|
|
label="Cholécystectomie par cœlioscopie",
|
|
similarity_score=0.94,
|
|
source="reranked",
|
|
chunk_id="chunk_002",
|
|
chunk_text="HFFA015 Cholécystectomie par cœlioscopie",
|
|
)
|
|
]
|
|
|
|
# Étape 1: Codeur propose les codes
|
|
coding_proposal = codeur.propose_codes(facts, stay_metadata)
|
|
|
|
assert coding_proposal.dp is not None
|
|
assert len(coding_proposal.ccam) >= 1
|
|
|
|
# Étape 2: Vérificateur accepte (pas d'erreur DIM)
|
|
verification_result = verificateur.verify_proposal(coding_proposal, facts)
|
|
assert verification_result.decision == "accept"
|
|
|
|
# Étape 3: GroupageValidator détecte l'absence de date CCAM
|
|
groupage_result = groupage_validator.validate_groupage(
|
|
coding_proposal, stay_metadata
|
|
)
|
|
|
|
# Vérifier que l'erreur de date CCAM est détectée
|
|
assert len(groupage_result.ccam_date_errors) > 0
|
|
|
|
# Vérifier qu'une erreur bloquante est générée
|
|
blocking_errors = [
|
|
err for err in groupage_result.groupage_errors if err.severity == "bloquant"
|
|
]
|
|
assert len(blocking_errors) > 0
|
|
assert any("Date de réalisation manquante" in err.message for err in blocking_errors)
|
|
|
|
print("\n✅ GroupageValidator a correctement détecté l'absence de date CCAM")
|
|
print(f" - Codes CCAM sans date: {groupage_result.ccam_date_errors}")
|
|
|
|
|
|
# ============================================================================
|
|
# Test d'intégration: Pipeline complet avec résumé
|
|
# ============================================================================
|
|
|
|
def test_pipeline_integration_summary(
|
|
codeur, verificateur, groupage_validator, stay_metadata, mock_rag_engine
|
|
):
|
|
"""
|
|
Test d'intégration avec résumé complet du pipeline.
|
|
|
|
Vérifie que toutes les informations importantes sont présentes
|
|
à chaque étape du pipeline.
|
|
"""
|
|
facts = create_clinical_facts_valid()
|
|
setup_rag_mock_valid(mock_rag_engine)
|
|
|
|
# Étape 1: Codeur
|
|
coding_proposal = codeur.propose_codes(facts, stay_metadata)
|
|
|
|
# Étape 2: Vérificateur
|
|
verification_result = verificateur.verify_proposal(coding_proposal, facts)
|
|
|
|
# Étape 3: GroupageValidator
|
|
groupage_result = groupage_validator.validate_groupage(
|
|
coding_proposal, stay_metadata
|
|
)
|
|
|
|
# Résumé du pipeline
|
|
print("\n" + "=" * 70)
|
|
print("RÉSUMÉ DU PIPELINE DE CODAGE")
|
|
print("=" * 70)
|
|
|
|
print("\n📋 SÉJOUR:")
|
|
print(f" ID: {stay_metadata.stay_id}")
|
|
print(f" Spécialité: {stay_metadata.specialty}")
|
|
print(f" Dates: {stay_metadata.admission_date.date()} → {stay_metadata.discharge_date.date()}")
|
|
|
|
print("\n🔍 FAITS CLINIQUES EXTRAITS:")
|
|
for fact in facts:
|
|
print(f" - {fact.type}: {fact.text} ({fact.qualifier.certainty}, {fact.temporality})")
|
|
|
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print("\n💻 CODEUR:")
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print(f" Modèle: {coding_proposal.model_version.model_name}")
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print(f" Prompt: {coding_proposal.prompt_version}")
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if coding_proposal.dp:
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print(f" DP: {coding_proposal.dp.code} - {coding_proposal.dp.label}")
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print(f" DAS: {len(coding_proposal.das)} code(s)")
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print(f" CCAM: {len(coding_proposal.ccam)} acte(s)")
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print("\n✓ VÉRIFICATEUR:")
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print(f" Prompt: {verification_result.prompt_version}")
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print(f" Décision: {verification_result.decision}")
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print(f" Erreurs DIM: {len(verification_result.dim_errors)}")
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print(f" Contradictions: {len(verification_result.contradictions)}")
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print("\n📊 GROUPAGE:")
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print(f" Version FG: {groupage_result.groupage_version}")
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print(f" GHM: {groupage_result.ghm}")
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print(f" GHS: {groupage_result.ghs}")
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print(f" Erreurs dates CCAM: {len(groupage_result.ccam_date_errors)}")
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print(f" Erreurs groupage: {len(groupage_result.groupage_errors)}")
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print("\n" + "=" * 70)
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print("✅ PIPELINE COMPLET VALIDÉ")
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print("=" * 70)
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# Assertions finales
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assert verification_result.decision == "accept"
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assert groupage_result.ghm is not None
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assert groupage_result.ghs is not None
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