FASCICULE DE CODAGE
POUR LE PMSI
Maladies infectieuses
Mise à jour 2023
1Table des matières
FASCICULE DE CODAGE POUR LE PMSI .............................................................................................. 1
1. Codage des infections : généralités ................................................................................................. 3
1.1. Utilisation des catégories de la CIM-10 ........................................................................................ 3
1.2. Hiérarchisation des codes ............................................................................................................. 3
1.3. Codage des résistances antimicrobiennes .................................................................................. 3
1.3.1. Règles générales ..................................................................................................................... 3
1.3.2. Multirésistance ........................................................................................................................ 4
1.3.3. Bactéries hautement résistantes émergentes ..................................................................... 4
2. Codage de la sévérité des infections : sepsis et choc septique .......................................................................... 5
2.1. Diagnostic de sepsis et de choc septique .................................................................................... 5
2.2. Codes de sepsis et de choc septique en CIM-10 ......................................................................... 5
2.3. Consignes de codage du sepsis et du choc septique ................................................................ 6
2.3.1. Cas général du sepsis et du choc septique ......................................................................... 6
2.3.2. Utilisation du code A41.8 "Autres sepsis précisés"............................................................ 7
2.3.3. Codage du sepsis chez le nouveau-né ................................................................................. 8
2.3.4. Codage du sepsis sans étiologie et/ou sans germe retrouvés .......................................... 8
3. Codage de situations infectieuses particulières .............................................................................................. 9
3.1. Place du syndrome de réponse inflammatoire systémique (SRIS) ........................................... 9
3.2. Bactériémie ...................................................................................................................................... 9
3.3. Infections compliquant des actes ............................................................................................... 10
3.4. Infection urinaire ........................................................................................................................... 11
3.5. Syndrome infectieux sans germe ni organe source retrouvé .................................................. 11
Annexe : Scores SOFA ................................................................................................................................. 12
21. Codage des infections : généralités
1.1. Utilisation des catégories de la CIM-10
Le codage des infections peut recourir à plusieurs catégories de la CIM-10 selon la
situation clinique : 
• localisation à l’origine des symptômes infectieux, c’est-à-dire infection d’organe
causale : 
• agent infectieux lorsqu’il est connu : 
• résistance aux médicaments anti-infectieux : 
• complication infectieuse de soins : 
• sévérité de l’infection : sepsis et choc septique.
Pour les infections localisées, classables dans les chapitres « systèmes, appareils et
organes », des codes du Chapitre I peuvent être ajoutés pour identifier l’organisme
infectieux, lorsque cette information n’apparaît pas dans le titre de la catégorie. Le
groupe de catégories, B95-B98 à la fin du Chapitre I est prévu à cet usage1.
Lorsque le libellé du code de pathologie d’organe précise le germe en cause, il n’est
pas recommandé de coder celui-ci en plus.
• Exemple : Le codage de la pneumopathie à mycoplasme J15.7 (pneumopathie due à
Mycoplasma pneumoniae) n’autorise pas l’utilisation du code supplémentaire B96.0
Mycoplasmia pneumoniae.
1.2. Hiérarchisation des codes
Lorsque l’infection est le motif d’hospitalisation dans l’unité médicale, l’infection
d’organe est le diagnostic principal. Les informations concernant l’agent infectieux, la
résistance aux antibiotiques, les complications de l’infection sont codées en
diagnostics associés.
• Exemple : hospitalisation pour une pyélonéphrite à Escherichia coli
▪ Diagnostic principal : N10 Néphrite tubulo-interstitielle aigüe
▪ Diagnostic associé : B96.2 Escherichia coli, cause de maladies
classées dans d'autres chapitres
1.3. Codage des résistances antimicrobiennes
1.3.1. Règles générales
La description des résistances aux traitements antibiotiques repose sur trois
catégories : 
• U82 Résistance aux antibiotiques bétalactamines [bétalactames] : 
• U83 Résistance aux autres antibiotiques : 
• U84 Résistance aux autres antimicrobiens.
Les codes de résistance aux antibiotiques ont été enrichis en 2015 par l’ATIH
avec notamment l’ajout d’un caractère supplémentaire en 6e position2 pour indiquer
si la situation de résistance concerne un germe responsable d’une infection en cours
ou une situation de portage sain.
Dans le cadre du recueil PMSI, l’emploi des codes de ces catégories doit
respecter deux conditions : 
1 CIM-10 Volume 2 : 3.1.3 Deux codes pour certaines affections
2 Pour les codes qui ne comportent que 4 caractères, le signe « + » doit être noté en 5e position
3• la résistance doit être mentionnée dans le compte rendu du laboratoire de
bactériologie : résistance à un antibiotique ou résistances multiples ;
• la résistance doit entrainer une adaptation du schéma thérapeutique à cette
situation de résistance et/ou la mise en œuvre de mesures d’isolement
spécifiques3.
En conséquence : 
• les situations de résistance naturelle, c'est-à-dire les situations au cours
desquelles la résistance est inhérente à la nature du micro-organisme, ne se
codent pas : 
• les situations de portage sain de germe présentant une résistance et faisant
l’objet, du fait de cette résistance, de mesures telles que l’isolement, l’utilisation
de matériels ou d’un chariot de soins spécifiques autorisent le codage des codes
de ces catégories.
La mention de la résistance est indispensable : résistance à un antibiotique, ou
multirésistance.
Exemple : Pneumonie à pneumocoque résistant à la pénicilline : J13, U82.0+0.
1.3.2. Multirésistance
Le code U83.71– Bactérie multirésistante [BMR] doit être employé pour coder la
présence d’une bactérie multirésistante, c’est-à-dire une bactérie caractérisée
comme telle par le laboratoire de bactériologie ou selon les critères du CLIN de
l’établissement, sauf dans les cas où cette situation de multirésistance de type BMR
est spécifiquement décrite par un autre code. Ainsi, une résistance par
bétalactamases à spectre étendu se code U82.2– Résistance par bétalactamases
à spectre étendu [BLSE] et non U83.71–.
La seule présence de plusieurs résistances sans mention de BMR n'autorise pas
le code U83.71–.
Dans les situations où un germe présente plusieurs résistances qui répondent
aux conditions de codage mais qui ne correspondent pas à une situation de BMR
telle que définie ci-dessus, on recommande de coder chaque résistance
individuellement.
Exemples : Endocardite à Pseudomonas aeruginosa multirésistant : I33.0, B96.5,
U83.710 : 
Colonisation nasale par Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline [SARM] ayant
entrainé des mesures d’isolement et de décontamination : U82.101, Z22.3, Z29.0.
1.3.3. Bactéries hautement résistantes émergentes
La présence de bactérie hautement résistante émergente [BHRe], comme les
entérobactéries productrices de carbapénémases (EPC) et les entérocoques
résistants aux glycopeptides (ERG), se code U83.70–. Il s’agit là d’un codage
d’exception pour les situations qui relèvent de l’instruction
N°DGOS/PF2/DGS/RI1/2014/08 du [DATE] relative aux recommandations
pour la prévention de la transmission croisée des bactéries hautement résistantes
aux antibiotiques émergentes.
3 Par mesure d’isolement spécifique on entend les mesures d’hygiène de « précautions complémentaires » qui sont mises
en place selon le mode de transmission (air, gouttelettes, contact) de l’agent infectieux : port de vêtement spécifique, matériel
dédié, port de masque, limitation des contacts ou déplacements. Ces mesures se distinguent des précautions d’hygiène
standard.
42. Codage de la sévérité des infections : sepsis et choc septique
2.1. Diagnostic de sepsis et de choc septique
Le sepsis est défini par le consensus international « sepsis 3 », (cf. Annexes de ce
fascicule), publié en 2016, comme une défaillance d'organe(s) menaçant le pronostic
vital, causée par une réponse dérégulée de l'hôte à une infection bactérienne, virale,
fongique ou parasitaire avec un risque de mortalité à un mois évalué à 10% à 15%.
Le diagnostic des défaillances d’organe peut reposer sur le score SOFA (≥ 2 points,
ou augmenté de 2 points par rapport à un état basal). L’utilisation des codes de sepsis
est conditionnée par la mention du diagnostic de sepsis établi par le clinicien dans le
dossier médical du patient. La référence aux scores SOFA est recommandée mais
n’est pas nécessaire dans le cadre du codage de l’information médicale pour le PMSI.
D’autres scores SOFA ont été publiés pour l’enfant et pour les séjours en dehors d’une
unité de soins critiques. Ces scores sont présentés en Annexe.
Depuis l’élaboration du consensus Sepsis-3, le SRIS, avec ou sans défaillance
d’organe, n’est plus utilisé pour établir le diagnostic de sepsis dans un contexte
infectieux.
Le choc septique est défini selon le consensus international « sepsis 3 » par
l’association d’une défaillance circulatoire caractérisée chez l’adulte4 par le besoin d’un
traitement vasopresseur par catécholamines en continu pour maintenir une pression
artérielle moyenne ≥65 mm Hg et d’une souffrance cellulaire majeure documentée par
une augmentation des lactates sériques > 2mM (ou 18 mg/dl), malgré un remplissage
vasculaire adéquat.
Le sepsis peut être accompagné, ou non, du passage de germes dans la circulation
sanguine, avec hémoculture(s) positive(s). En accord avec cette nouvelle définition, le
terme de septicémie ne doit plus être utilisé.
2.2. Codes de sepsis et de choc septique en CIM-10
A02.1 Sepsis à Salmonella
A22.7 Sepsis charbonneux
A26.7 Sepsis à Erysipelothrix
A32.7 Sepsis à Listeria
A40.0 Sepsis à streptocoques, groupe A
A40.1 Sepsis à streptocoques, groupe B
A40.2 Sepsis à streptocoques groupe D et entérocoques
A40.3 Sepsis à Streptococcus pneumoniae
A40.8 Autres sepsis à streptocoques
A40.9 Sepsis à streptocoques, sans précision
A41.0 Sepsis à staphylocoques dorés
A41.1 Sepsis à d'autres staphylocoques précisés
A41.2 Sepsis à staphylocoques non précisés
A41.3 Sepsis à Haemophilus influenzae
A41.4 Sepsis à microorganismes anaérobies
A41.5 Sepsis à d'autres microorganismes Gram négatif
A41.8 Autres sepsis précisés
A41.9 Sepsis, sans précision
A42.7 Sepsis actinomycosique
4 Chez l’enfant, la mise à jour de la définition des entités « sepsis » et « choc septique » est annoncée par les
experts, et un addendum à ce fascicule sera dès lors publié par l’ATIH. Une note de cadrage de la HAS annonce
un travail de recommandations concernant la prise en charge du sepsis du nouveau-né, de l’enfant et de l’adulte
5B37.7 Sepsis à Candida
O85 Sepsis puerpéral
P36.-0 Sepsis du nouveau-né
R57.2 Choc septique
2.3. Consignes de codage du sepsis et du choc septique
2.3.1. Cas général du sepsis et du choc septique
2.3.1.1. Principes généraux
Le sepsis est codé lorsque le diagnostic est clairement mentionné dans le dossier du
patient.
À partir du 1er mars 2021 et à la suite de l’application de la définition du sepsis de
2016, le codage de celui-ci n’utilise plus les codes R65.0 (Syndrome de réponse
inflammatoire systémique d'origine infectieuse sans défaillance d'organe) ni R65.1
(Syndrome de réponse inflammatoire systémique d'origine infectieuse avec défaillance
d'organe), mais les codes CIM-10 de sepsis cités ci-dessous.
Le code R65.1 n’est plus accessible au codage, le code R65.0 n’est pas compatible
avec le codage des entités « sepsis » et « choc septique ». L’usage du code R65.0 est
précisé au chapitre 3 de ce fascicule.
Les consignes de codage du sepsis et du choc septique, énoncées ci-dessous dans le
cas général, sont illustrées par un arbre décisionnel d’aide au codage (Figure 1 : arbre
décisionnel d’aide au codage du sepsis et du choc septique).
2.3.1.2. Codage du sepsis sans choc septique
Le sepsis est codé en diagnostic associé significatif, le diagnostic principal est
l’infection étiologique, sauf dans deux situations : 
- En l’absence de foyer infectieux causal, le sepsis est codé en diagnostic principal
de façon dérogatoire.
- En cas d’admission5 en soins critiques, le sepsis est codé en diagnostic principal
du séjour de soins critiques, s’il s’agit du motif d’admission6.
On associe au codage du sepsis celui des diagnostics de défaillances d'organes en
codes CIM-10 lorsqu'ils existent et des actes CCAM de suppléances vitales réalisés
(ex. remplissage vasculaire, épuration extra-rénale...etc.).
Lorsque le libellé des codes de sepsis ou d’organe ne précise pas l’agent infectieux en
cause celui-ci doit être codé en sus.
Exemples : 
• Exemple 1 : Hospitalisation pour pyélonéphrite à Proteus mirabilis avec sepsis et
insuffisance cardiaque globale : 
o Diagnostic principal : N10 Néphrite tubulo-interstitielle aigüe
o Diagnostics associés : A41.5 Sepsis à d’autres micro-organismes gram
négatif, B96.4 Proteus (P. mirabilis) (P. morganii), cause de maladies classées
dans d'autres chapitres, I50.0- Insuffisance cardiaque congestive.
• Exemple 2 : Admission du patient en réanimation pour prise en charge du sepsis avec
insuffisance cardiaque globale : 
o Diagnostic principal : A41.5 Sepsis à d’autres micro-organismes gram
5 Admission au sens du guide méthodologique : « L’admission dans une unité médicale d’hospitalisation de MCO
est le facteur déclenchant de la production d’un résumé d’unité médicale (RUM) ».
6 Admissions directes, transferts et mutations.
6o Diagnostics associés : N10 Néphrite tubulo-interstitielle aigüe, B96.4
Proteus P. mirabilis (P. morganii), cause de maladies classées dans d’autres
chapitres, I50.0 Insuffisance cardiaque congestive.
2.3.1.3. Sepsis avec choc septique
Lorsque l’infection s’accompagne d’un sepsis avec choc septique comme défini ci-dessus, le
code R57.2 Choc septique devra être associé au code du sepsis.
Le choc septique est codé en diagnostic associé significatif, le diagnostic principal est l’infection
étiologique.
En cas d’admission7 en soins critiques, le choc septique est codé en diagnostic principal du
séjour de soins critiques s’il s’agit du motif d’admission.
On associe le codage de la ou des défaillance(s) d’organe présente(s) au codage du choc
septique.
Lorsque le libellé des codes de sepsis ou d’organe ne précise pas l’agent infectieux en cause
celui-ci doit être codé en sus.
Les actes CCAM de suppléance vitale réalisés, par exemple remplissage vasculaire, épuration
extra-rénale, etc. sont codés.
Exemples : 
• Exemple 1 : Hospitalisation pour diverticulite sigmoïdienne avec perforation et abcès, péritonite,
insuffisance cardiaque gauche et choc septique, sepsis à Escherichia Coli : 
o Diagnostic principal : K57.2 Diverticulose du gros intestin, avec perforation et
abcès
o Diagnostic associé : A41.5 Sepsis à d'autres micro-organismes Gram
Négatif, R57.2 Choc septique, B96.2 Escherichia coli, cause de maladies
classées dans d'autres chapitres, I50.1 Insuffisance ventriculaire gauche.
• Exemple 2 : Mutation du patient de l’unité médicale d’hospitalisation de la situation précédente
en soins critiques pour la prise en charge d’un choc septique
o Diagnostic principal : R57.2 Choc septique Diagnostic associé :
A41.5 Sepsis à d'autres micro-organismes Gram négatif.
2.3.2. Utilisation du code A41.8 "Autres sepsis précisés"
Les codes de sepsis ne sont pas exhaustifs dans la CIM-10 quant à l’expression de l’agent
infectieux causal. Il est recommandé d’utiliser le code A41.8 « Autres sepsis précisés » en
diagnostic associé dès lors que l’information la plus précise concernant l’agent infectieux en
cause est portée par le libellé de l’infection causale.
Exemples : 
• Exemple 1 : Sepsis au cours d’une méningite à méningocoque
o Diagnostic principal : A39.0† Méningite à méningocoques
o Diagnostics associés : G01* Méningite au cours d'affections bactérienne
classées ailleurs, A41.8 Autres sepsis précisés
• Exemple 2 : Sepsis au cours d’une infection à clostridium
o Diagnostic principal : A48.0 Gangrène gazeuse
o Diagnostic associé : A41.8 Autres sepsis précisés
• Exemple 3 : Sepsis au cours d’une infection virale
o Diagnostic principal : A97.2 Dengue sévère
o Diagnostic associé : A41.8 Autres sepsis précisés
7 Admission au sens du guide méthodologique : « L’admission dans une unité médicale d’hospitalisation de MCO
est le facteur déclenchant de la production d’un résumé d’unité médicale (RUM) »
72.3.3. Codage du sepsis chez le nouveau-né
Les codes à cinq caractères à usage PMSI, décrits ci-dessous, permettent de coder le sepsis
chez le nouveau-né : 
P36.00 Sepsis du nouveau-né à streptocoques, groupe B
P36.10 Sepsis du nouveau-né à streptocoques, autres et sans précision
P36.20 Sepsis du nouveau-né à staphylocoques dorés
P36.30 Sepsis du nouveau-né à staphylocoques, autres et sans précision
P36.40 Sepsis du nouveau-né à Escherichia coli
P36.50 Sepsis du nouveau-né à anaérobies
P36.80 Sepsis du nouveau-né à autres bactéries
P36.90 Sepsis du nouveau-né, bactérie non précisée
2.3.4. Codage du sepsis sans étiologie et/ou sans germe retrouvés
Dans certains cas plus rares, une infection accompagnée d’un sepsis est diagnostiquée sans
que l’infection d’organe causale ne soit déterminée. Dans ce cas le code de sepsis peut être
codé en diagnostic principal.
• Exemple : hospitalisation pour syndrome infectieux avec hémoculture positive à staphylocoque
aureus sans foyer infectieux causal documenté, avec insuffisance cardiaque globale. Le
diagnostic de sepsis est porté par le clinicien : 
o Diagnostic principal : A41.0 Sepsis à staphylocoques dorés
o Diagnostic associé : I50.0 Insuffisance cardiaque congestive
Dans le cas d’un sepsis avéré sans que le germe en cause ait pu être retrouvé, le code A41.9
sera utilisé.
• Exemple : pneumopathie, germe non identifié, accompagnée d’un sepsis sans hémoculture
positive, avec choc septique : 
o Diagnostic principal : J18.8 Autres pneumopathies, microorganisme non
précisé
o Diagnostic associé : A41.9 Sepsis, sans précision, R57.2 Choc septique
Figure 1 : arbre décisionnel d’aide au codage du sepsis et du choc septique
83. Codage de situations infectieuses particulières
3.1. Place du syndrome de réponse inflammatoire systémique (SRIS)
Depuis l’élaboration du consensus Sepsis-3, le SRIS, avec ou sans défaillance d’organe, ne
permet plus au clinicien d’établir le diagnostic de sepsis dans un contexte infectieux. Le codage
du SRIS peut cependant toujours être utilisé dans le cas de syndromes inflammatoires non
infectieux (pancréatite aiguë, syndrome de lyse tumorale, pathologies tumorales,
polytraumatismes, brûlures étendues, etc.)
Ce syndrome est caractérisé par l’association de signes cliniques et biologiques peu spécifiques
(fièvre ou hypothermie, tachycardie, …) pouvant être la conséquence de différentes agressions
cliniques graves (pancréatite aigüe, ischémie, polytraumatisme, infection…). Il n’est donc pas
spécifique d’une atteinte infectieuse.
On parle de SRIS lorsqu’au moins deux signes parmi les suivants sont présents : 
• température corporelle supérieure à 38°C ou inférieure à 36°C : 
• rythme cardiaque supérieur à 90 battements par minute chez l’adulte ou supérieur à 2
déviations standards selon l’âge chez l’enfant : 
• rythme respiratoire supérieur à 20 par minute (ou une hyperventilation se traduisant par une
baisse de la PaCO2 en-deçà de 32 mm Hg) chez l’adulte, ou supérieur à 2 déviations standards
selon l’âge chez l’enfant : 
• taux de leucocytes dans le sang supérieur à 12 000/mm3 ou inférieur à 4000/mm3 ou taux de
cellules immatures supérieur à 10%.
Il importe également de vérifier qu’un critère du SRIS ne soit pas expliqué par un mécanisme ne
témoignant pas d’une réponse à une agression (ex : une tachycardie sur trouble du rythme).
En cas d’infection hors sepsis, le syndrome de réponse inflammatoire systémique d’origine
infectieuse sans défaillance d’organe (R65.0) reste accessible au codage lorsqu’il apporte une
information supplémentaire sur la sévérité de l’infection.
3.2. Bactériémie
Le terme de bactériémie définit le passage de bactéries dans la circulation sanguine. On utilise
les termes de virémie, de fongémie et de parasitémie pour les autres microorganismes.
Une bactériémie isolée, sans infection d’organe ou porte d’entrée précisée ni critères de sepsis
et en dehors d’une complication suivant la pose de prothèses, d’implants et greffes internes
ou cardiaques et vasculaires, ne permet pas de coder l’infection ou le sepsis. Dans ce cas un
code de la catégorie A49 sera utilisé en DP.
Il est recommandé d’associer si besoin un code supplémentaire (B95-B98) pour identifier
l'agent infectieux.
Lorsque la bactériémie survient pendant ou au décours d'une infection d'organe identifiée (ou
d’un sepsis), alors le codage de l'infection l'emporte sur celle-ci. La bactériémie (A49.-) ne doit
dans ce cas pas être codée en plus.
En revanche, si la bactériémie survient suite à une complication d'acte à visée diagnostique
ou thérapeutique, ou sans qu'aucune étiologie précise ne soit identifiée, alors il faut la coder,
ainsi que l'agent infectieux retrouvé à l'hémoculture si besoin.
Exemples : 
• Exemple 1 : Bactériémie avec une porte d’entrée jugée très probable mais sans foyer
infectieux causal précis, comme une effraction cutanée non identifiée, une translocation
digestive sans colite identifiée etc. : 
o Diagnostic principal : A49.- Infection bactérienne à …, siège non précisé
o Diagnostic associé : microorganisme codé en B95-B96.
9• Exemple 2 : Fongémie à Candida Albicans isolée et traitée
o Diagnostic principal : B37.8 Autres localisations de candidose.
La situation des bactériémies liées aux soins est abordée au chapitre 3.3
3.3. Infections compliquant des actes
Le codage des complications infectieuses des actes et des dispositifs médicaux suit
les règles habituelles préconisées par l’OMS (cf. CIM-10, volume 2) : c’est le code de
la nature de cette infection qui est l’affection principale.
On y associe, en DAS, certains codes des catégories T80 à T88 du chapitre XIX de la
CIM 10 et un code des catégories Y83 ou Y84 du chapitre XX de la CIM 10 « Actes
chirurgicaux et autres actes médicaux à l'origine de réactions anormales du patient ou
de complications ultérieures, sans mention d'accident au cours de l'intervention »,
complété si besoin par un code des catégories B95-B98 pour identifier le germe.
En application de la règle générale rappelée ci-dessus, un code T peut être placé en
DP (exemple : T87.4 Infection d'un moignon d'amputation).
Le caractère nosocomial d’une infection autorise l’utilisation du code Y95 facteurs
nosocomiaux.
La situation particulière du codage des infections du site opératoire (ISO) après
prothèse de genou ou prothèse de hanche a été précisée par l’ATIH dans la note de
codage de 2018.
Pour une bactériémie iatrogène, on codera d’abord la complication dans T80-T88
lorsqu’elle est précisée et Y95 facteurs nosocomiaux lorsqu’ils sont présents.
En l’absence de tout signe infectieux local ou général, un examen microbiologique
positif isolé sur cathéter intraveineux de longue durée ne se code pas. Ainsi, les
résultats positifs consécutifs aux analyses effectuées de manière systématique après
le retrait du matériel ne sont pas à coder, en l’absence de symptomatologie et de
traitement.
Exemples
• Exemple 1 : Séjour pour infection d’un stimulateur cardiaque :
o Diagnostic principal : T82.7 Infection et réaction inflammatoire dues à d’autres
prothèses, implants et greffes cardiaques et vasculaires
o Diagnostic associé : A49.- lorsque l’hémoculture est positive, agent infectieux
codé en B95-B98
• Exemple 2 : Ostéite à staphylocoque doré sur prothèse de hanche : M86.-, T84.5,
B95.6, Y83.1.
o Diagnostic principal : M86.- Ostéomyélite
o Diagnostics associés : T84.5 Infection et réaction inflammatoire dues à une
prothèse articulaire : B95.6 Staphylococcus aureus, cause de maladies
classées dans d’autres chapitres : Y83.1 Intervention chirurgicale avec
implantation d'une prothèse interne
• Exemple 3 : Infection sur matériel d’ostéosynthèse : ;
o Diagnostic principal : codes de l’ostéite ou de l’ostéoarthrite
o Diagnostic associé : T84.6 Infection et réaction inflammatoire dues à un
appareil de fixation interne [toute localisation]
• Exemple 4 : Bactériémie à point de départ d’un cathéter à chambre implantable :
o Diagnostic principal : T82.7 Infection et réaction inflammatoire dues à d'autres
prothèses, implants et greffes cardiaques et vasculaires
10o Diagnostic associé : codes A49 ; agent infectieux codé en B95-B98
• Exemple 5 : Sepsis à point de départ d’un cathéter à chambre implantable :
o Diagnostic principal : T82.7 Infection et réaction inflammatoire dues à d'autres
prothèses, implants et greffes cardiaques et vasculaires
o Diagnostic associé : codes A40-A41 ; agent infectieux codé en B95-B98
3.4. Infection urinaire8
Le diagnostic de cystite aigüe est posé devant l’association de signes fonctionnels de
type pollakiurie, douleurs mictionnelles et d’une pyurie sur bandelette urinaire ou d’une
pyurie avec bactériurie en cas d’étude cytobactériologique urinaire. La mention de
cystite (aigüe), d’infection vésicale (aigüe) ou d’infection urinaire basse dans le dossier,
appuyée sur ces arguments, permet d’utiliser le code N30.0 Cystite aigüe pour
mentionner cette affection. Quand ces éléments manquent ou devant la présence
isolée de germes dans l’uroculture (bactériurie), on code N39.0 Infection des voies
urinaires, siège non précisé.
3.5. Syndrome infectieux sans germe ni organe source retrouvé
Au décours d’un séjour pour syndrome infectieux sans foyer ni agent causal
documenté, le code B99+1 Syndrome infectieux sans cause retrouvée peut être utilisé.
Exemples : 
• Exemple 1 : hospitalisation pour douleurs de l’hypochondre droit avec syndrome
infectieux, prélèvements bactériologiques négatifs, le diagnostic de cholécystite n’a pas
pu être affirmé, apyrexie obtenue en 48h sous traitement antibiotique.
o Diagnostic principal : B99.+1 Syndrome infectieux sans cause retrouvée
o Diagnostic associé : R10.1 Douleur localisée à la partie supérieure de
l'abdomen.
• Exemple 2 : patient en aplasie fébrile à la suite d’une chimiothérapie, hospitalisé en
urgence pour syndrome infectieux sans agent infectieux identifié, ni foyer infectieux
causal retrouvé : 
o Diagnostic principal : D70 Agranulocytose ou D61.1 Aplasie médullaire
médicamenteuse
o Diagnostic associé : B99+1 Syndrome infectieux sans cause retrouvée
8 La mise à jour de ce chapitre est inscrite au programme de travail de l’ATIH. Dans l’attente de cette mise à jour,
les consignes énoncées dans le fascicule publié en 2021 restent en vigueur.
11Annexe : Scores SOFA
A. Calcul du score SOFA (Sequential Organ Failure Assessment Score)
Pour les patients adultes (≥ [AGE]), le score SOFA peut être évalué en additionnant les points
(somme) pour chaque critère du tableau ci-dessous9 : 
Calcul du score 0 point 1 point 2 points 3 points 4 points
SOFA
PaO²/FiO² mm Hg >400 301-400 201-300 101-200 et VA ≤ 100 et VA
Plaquettes >150 101-150 51-100 21-50 ≤20
x103/mm3
Bilirubine totale <12 (<20) 12-19 (20-32) 20-59 (33-101) 60-119 (102- ≥120 (>204)
mg/L (µmol/L) 204)
Hypotension PAM≥70mmH PAM<70mmH Dopamine ≤5 Dopamine>5 ou Dopamine>15 ou
G G ou dobutamine adrénaline ≤0,1 adrénaline>0,1 ou
(toute dose) ou noradrénaline
noradrénaline >0,1
≤0,1
Score de Glasgow 15 13-14 10-12 6-9 <6
Créatinine mg/l <12 (<110) 12-19 (110- 20-34 (171- 35-49 (300-440) ≥50 (>440)
(μmol/l) 170) 299)
ou diurèse ml/j ou <500 ou <200
VA : Ventilation assistée, PAM : pression artérielle moyenne [estimée par (PAS+2xPAD)/3. Amines : dose en µg
/kg/mn
Le score SOFA de base est nul ou est supposé être nul chez les patients dont on sait qu'ils ne
présentent pas de dysfonctionnement d'organe préexistant.
Le sepsis est défini par une variation aigüe du SOFA ≥ 2 points dans un contexte de maladie
infectieuse1.
Un score SOFA ≥ 2 points, ou augmenté de 2 points par rapport à un état basal en cas de
défaillance chronique d’organe, permet d’affirmer le sepsis.
B. Calcul du score pSOFA (pediatric Sequential Organ Failure Assessment
Score)
Pour les patients mineurs (< [AGE]), les critères SOFA sont ajustés à l’âge dans le score
pSOFA. Ce score peut être évalué en additionnant les points (somme) pour chaque critère du
tableau ci-dessous10 : 
9 Tableau extrait de « Info-antibio n°68 » de la SPILF – Juin 2016
10 https : //jamanetwork.com/journals/jamapediatrics/fullarticle/2646857
12C. Calcul du qSOFA (Quick Sequential Organ Failure Assessment Score)
Le test du quick SOFA (qSOFA) proposé par la conférence de consensus « Sepsis 3 » avait
une finalité de prédiction du sepsis dans un contexte infectieux et en dehors d’une unité de
soins critiques, lorsqu’au moins 2 des 3 critères suivants étaient présents chez un patient : 
- pression artérielle systolique ≤ 100 mm Hg
- fréquence respiratoire ≥ 22 cycles/min
- trouble des fonctions supérieures (confusion, désorientation, GCS<15)
La mise à jour des recommandations internationale "Surviving sepsis campaign : international
guidelines for management of sepsis and septic shock 2021" plaide finalement en défaveur de l’usage
du qSOFA jugé trop peu sensible.
13


Calcul du score
SOFA : 0 point	1 point	2 points	3 points	4 points
PaO²/FiO² mm Hg : >400	301-400	201-300	101-200 et VA	≤ 100 et VA
Plaquettes
x103/mm3 : >150	101-150	51-100	21-50	≤20
Bilirubine totale
mg/L (µmol/L) : <12 (<20)	12-19 (20-32)	20-59 (33-101)	60-119 (102-
204)	≥120 (>204)
Hypotension : PAM≥70mmH
G	PAM<70mmH
G	Dopamine ≤5
ou dobutamine
(toute dose)	Dopamine>5 ou
adrénaline ≤0,1
ou
noradrénaline
≤0,1	Dopamine>15 ou
adrénaline>0,1 ou
noradrénaline
>0,1
Score de Glasgow : 15	13-14	10-12	6-9	<6
Créatinine mg/l
(μmol/l)
ou diurèse ml/j : <12 (<110)	12-19 (110-
170)	20-34 (171-
299)	35-49 (300-440)
ou <500	≥50 (>440)
ou <200
VA : Ventilation assistée, PAM : pression artérielle moyenne [estimée par (PAS+2xPAD)/3. Amines : dose en µg
/kg/mn