# T2A — Pipeline de codage PMSI automatise

Pipeline d'extraction et de codage CIM-10/CCAM pour le PMSI hospitalier (MCO).
Transforme les comptes rendus d'hospitalisation (CRH) et fiches Trackare en dossiers structures, codes et valorises.

## Architecture

```
input/               PDFs bruts (CRH, Trackare, anapath, bacterio)
  |
  v
[Extraction]         pdfplumber / OCR / DOCX / images
  |
  v
[Anonymisation]      CamemBERT NER + regex (PHI -> pseudonymes)
  |
  v
[Codage CIM-10]      LLM local (Ollama) + RAG FAISS + regles ATIH
  |                   diagnostic_extraction -> validation_pipeline
  v
[Arbitrage DP]       dp_selector (LLM) -> dp_finalizer (deterministe)
  |                   Trackare vs CRH-only, traçabilite audit
  v
[Qualite]            veto_engine (contestabilite) + decision_engine
  |                   completude (checklist documents) + severity (CMA)
  v
[CPAM]               cpam_parser + cpam_response (contre-argumentation LLM)
  |                   guardian deterministe + validation adversariale
  v
output/              JSON structures, rapports, export RUM
  |
  v
[Viewer Flask]       Dashboard, detail dossier, synthese DIM, CPAM, validation
```

## Modules principaux

| Module | Role |
|--------|------|
| `src/extraction/` | Parsers PDF, DOCX, images, OCR, classification documents |
| `src/anonymization/` | Anonymisation NER + regex, registre d'entites |
| `src/medical/` | CIM-10, CCAM, biologie, RAG FAISS, LLM Ollama, fusion multi-documents |
| `src/quality/` | Moteur de vetos deterministe, decisions, completude, routage regles |
| `src/control/` | Controles CPAM, contre-argumentation, validation adversariale |
| `src/viewer/` | Application Flask (dashboard, detail, DIM, admin, regles) |
| `config/` | 12 fichiers YAML de regles editables via l'interface web |

## Moteur de regles

Le pipeline utilise un **moteur de regles 100% deterministe** (pas de LLM) pour :
- **Vetos** : bloquer les codes sans preuve, negatifs, doublons, contradictions bio
- **Decisions** : downgrade, ecartement, promotion DP
- **Conflits** : exclusions mutuelles CIM-10, incompatibilites
- **Bio** : contradiction labo vs diagnostic code
- **Completude** : checklist documents manquants

Toutes les regles sont dans `config/*.yaml` et editables via `/admin/rules`.

## RAG (Retrieval-Augmented Generation)

Index FAISS avec ~23 000 vecteurs issus de :
- CIM-10 FR 2026, Guide Methodologique MCO 2026, CCAM V4
- 30 referentiels supplementaires (COCOA 2025, fascicules ATIH, etc.)
- Embeddings : `sentence-camembert-large` (francais medical)

Separation en 3 index : `ref` (referentiels), `proc` (procedures), `bio` (biologie).

## Installation

```bash
# Prerequis : Python 3.11+, Ollama avec gemma3:27b
git clone <repo> && cd t2a_v2
python -m venv .venv && source .venv/bin/activate
pip install -e ".[dev]"

# Variables d'environnement (.env)
OLLAMA_URL=http://localhost:11434
T2A_MODEL_CODING=gemma3:27b
T2A_MODEL_CPAM=mistral-small3.2:24b
# ANTHROPIC_API_KEY=sk-...  (optionnel, fallback cloud)
```

## Utilisation

```bash
# Pipeline CLI : traiter des PDFs
python -m src.main input/dossier/

# Reconstruire l'index RAG
python -m src.main --rebuild-index

# Viewer web (developpement)
python -m src.viewer

# Viewer web (production)
gunicorn -c gunicorn.conf.py 'src.viewer:create_app()'
```

## Tests

```bash
pytest                    # 239+ tests, ~10s
pytest -k test_viewer     # Tests viewer uniquement
pytest -k test_cpam       # Tests CPAM
```

## Structure des donnees

Chaque dossier produit un JSON structure (`DossierMedical` Pydantic) contenant :
- `diagnostic_principal` : code CIM-10, confiance, justification, source
- `diagnostics_associes` : DAS avec decisions (KEEP/DOWNGRADE/REMOVE/RULED_OUT)
- `actes_ccam` : actes codes
- `veto_report` : score de contestabilite (0-10), issues detectees
- `completude` : checklist, score, verdict
- `ghm_estimation` : GHM, severite, valorisation estimee
- `controles_cpam` : contre-argumentations generees

## Deploiement

Service systemd inclus (`t2a-viewer.service`), config gunicorn (`gunicorn.conf.py`).
Auth HTTP Basic configurable via `T2A_DEMO_USER` / `T2A_DEMO_PASS`.