feat: output miroir de input, viewer lisible, mode 100% local

- CLI accepte plusieurs chemins en entrée (nargs="*")
- Un dossier patient passé directement utilise son nom comme subdir
- Filtres Jinja format_dossier_name (15_23096332 → Dossier 23096332)
  et format_doc_name (CRO_xxx_cim10 → CRO, Trackare, Fusionné)
- Sidebar : noms lisibles, fusionné mis en avant (★)
- NER CamemBERT en local_files_only (aucun appel réseau)

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

src/main.py

@@ -144,9 +144,9 @@ def main(input_path: str | None = None) -> None:
     )
     parser.add_argument(
         "input",
-        nargs="?",
-        default=input_path or "input/",
-        help="Chemin vers un PDF ou un dossier de PDFs (défaut: input/)",
+        nargs="*",
+        default=[input_path or "input/"],
+        help="Chemin(s) vers des PDFs, dossiers patients, ou le dossier racine (défaut: input/)",
     )
     parser.add_argument(
         "--no-ner",
@@ -209,28 +209,34 @@ def main(input_path: str | None = None) -> None:
     if args.no_rag:
         _use_rag = False
 
-    input_p = Path(args.input)
+    input_paths = args.input
 
     # Collecte des groupes (pdfs, subdir) à traiter
     groups: list[tuple[list[Path], str | None]] = []
 
-    if input_p.is_file():
-        groups.append(([input_p], None))
-    elif input_p.is_dir():
-        # PDFs à la racine
-        root_pdfs = sorted(input_p.glob("*.pdf"))
-        if root_pdfs:
-            groups.append((root_pdfs, None))
+    for p in input_paths:
+        input_p = Path(p)
+        if input_p.is_file():
+            # Fichier unique → subdir = nom du dossier parent (si ce n'est pas input/)
+            subdir = input_p.parent.name if input_p.parent.name != "input" else None
+            groups.append(([input_p], subdir))
+        elif input_p.is_dir():
+            # Vérifier s'il y a des PDFs directement dans ce dossier
+            root_pdfs = sorted(input_p.glob("*.pdf"))
+            # Vérifier s'il y a des sous-dossiers avec PDFs
+            sub_dirs = [c for c in sorted(input_p.iterdir()) if c.is_dir() and list(c.glob("*.pdf"))]
 
-        # Sous-dossiers directs (un seul niveau)
-        for child in sorted(input_p.iterdir()):
-            if child.is_dir():
-                sub_pdfs = sorted(child.glob("*.pdf"))
-                if sub_pdfs:
+            if sub_dirs:
+                # C'est un dossier racine (comme input/) → traiter chaque sous-dossier
+                for child in sub_dirs:
+                    sub_pdfs = sorted(child.glob("*.pdf"))
                     groups.append((sub_pdfs, child.name))
-    else:
-        logger.error("Chemin introuvable : %s", input_p)
-        sys.exit(1)
+            elif root_pdfs:
+                # C'est un dossier patient directement → utiliser son nom comme subdir
+                groups.append((root_pdfs, input_p.name))
+        else:
+            logger.error("Chemin introuvable : %s", input_p)
+            sys.exit(1)
 
     total = sum(len(pdfs) for pdfs, _ in groups)
     if total == 0: