feat: règles métier T2A Phase 1 — exclusions diagnostiques, sévérité CMA et alertes codage

Ajout des règles d'exclusion symptôme (R00-R99) vs diagnostic précis (Chapitres I-XIV),
détection heuristique de sévérité CMA sur 25 racines CIM-10, et affichage des alertes
de codage dans le viewer Flask. 153 tests, 0 régression.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

src/config.py

@@ -74,12 +74,17 @@ class Diagnostic(BaseModel):
     justification: Optional[str] = None
     raisonnement: Optional[str] = None
     sources_rag: list[RAGSource] = Field(default_factory=list)
+    est_cma: Optional[bool] = None
+    est_cms: Optional[bool] = None
+    niveau_severite: Optional[str] = None  # "leger" | "modere" | "severe" | "non_evalue"
 
 
 class ActeCCAM(BaseModel):
     texte: str
     code_ccam_suggestion: Optional[str] = None
     date: Optional[str] = None
+    validite: Optional[str] = None  # "valide" | "obsolete" | "non_verifie"
+    alertes: list[str] = Field(default_factory=list)
 
 
 class Traitement(BaseModel):
@@ -112,6 +117,7 @@ class DossierMedical(BaseModel):
     biologie_cle: list[BiologieCle] = Field(default_factory=list)
     imagerie: list[Imagerie] = Field(default_factory=list)
     complications: list[str] = Field(default_factory=list)
+    alertes_codage: list[str] = Field(default_factory=list)
     processing_time_s: float | None = None
 
 

src/medical/cim10_extractor.py

@@ -113,6 +113,12 @@ def extract_medical_info(
     if use_rag:
         _enrich_with_rag(dossier)
 
+    # Post-processing : exclusions symptôme vs diagnostic précis
+    _apply_exclusion_rules(dossier)
+
+    # Post-processing : enrichissement sévérité (CMA/CMS heuristique)
+    _apply_severity_rules(dossier)
+
     return dossier
 
 
@@ -641,6 +647,34 @@ def _find_act_date(text: str, act_pattern: str) -> str | None:
     return None
 
 
+def _apply_exclusion_rules(dossier: DossierMedical) -> None:
+    """Applique les règles d'exclusion symptôme vs diagnostic précis."""
+    try:
+        from .exclusion_rules import check_exclusions
+        result = check_exclusions(dossier.diagnostic_principal, dossier.diagnostics_associes)
+        dossier.diagnostics_associes = result.cleaned_das
+        dossier.alertes_codage.extend(result.warnings)
+        if result.excluded:
+            logger.info(
+                "  Exclusions : %d DAS symptomatiques exclus",
+                len(result.excluded),
+            )
+    except Exception:
+        logger.warning("Erreur lors de l'application des règles d'exclusion", exc_info=True)
+
+
+def _apply_severity_rules(dossier: DossierMedical) -> None:
+    """Enrichit les diagnostics avec les informations de sévérité heuristique."""
+    try:
+        from .severity import enrich_dossier_severity
+        alertes = enrich_dossier_severity(
+            dossier.diagnostic_principal, dossier.diagnostics_associes,
+        )
+        dossier.alertes_codage.extend(alertes)
+    except Exception:
+        logger.warning("Erreur lors de l'évaluation de sévérité", exc_info=True)
+
+
 def _lookup_cim10(text: str) -> str | None:
     """Cherche un code CIM-10 pour un texte donné.
 

src/medical/exclusion_rules.py

@@ -0,0 +1,169 @@
+"""Règles d'exclusion diagnostique : symptôme (Chapitre XVIII) vs diagnostic précis.
+
+Lorsqu'un symptôme (R00-R99) et un diagnostic précis (Chapitres I-XIV, A00-N99)
+coexistent et que le symptôme est expliqué par le diagnostic précis, le symptôme
+ne doit PAS être codé comme DAS (règle ATIH de non-redondance).
+"""
+
+from __future__ import annotations
+
+import re
+from dataclasses import dataclass, field
+
+
+def is_symptom_code(code: str) -> bool:
+    """Vérifie si un code CIM-10 appartient au Chapitre XVIII (R00-R99 = Symptômes)."""
+    if not code:
+        return False
+    return bool(re.match(r"^R\d{2}", code, re.IGNORECASE))
+
+
+def is_precise_diagnosis(code: str) -> bool:
+    """Vérifie si un code CIM-10 appartient aux Chapitres I-XIV (A00-N99)."""
+    if not code:
+        return False
+    return bool(re.match(r"^[A-N]\d{2}", code, re.IGNORECASE))
+
+
+# Mapping R-code → set de codes précis qui excluent le symptôme.
+# Chaque R-code est exclu si l'un des codes précis (ou un code commençant par
+# l'une de ces racines) est présent parmi les diagnostics du séjour.
+EXCLUSION_MAP: dict[str, set[str]] = {
+    # R10 — Douleur abdominale → exclu par pathologies digestives précises
+    "R10": {"K35", "K80", "K81", "K83", "K85", "K86", "K56", "K57", "K25", "K26", "K29"},
+    "R10.1": {"K80", "K81", "K83"},  # Douleur hypochondre droit
+    "R10.3": {"K35", "K36", "K37"},  # Douleur hypogastre
+    "R10.4": {"K35", "K80", "K85", "K56", "K57"},  # Douleur abdominale autre/non précisée
+
+    # R11 — Nausées et vomissements
+    "R11": {"K29", "K80", "K81", "K85", "K56", "K91"},
+
+    # R17 — Ictère → exclu par pathologies hépatobiliaires
+    "R17": {"K80", "K83", "K70", "K71", "K72", "K73", "K74", "B15", "B16", "B17", "B18", "B19", "C22"},
+
+    # R50 — Fièvre → exclu par infections précises
+    "R50": {"A41", "J18", "J15", "J13", "J14", "J06", "N10", "N39", "K81", "K83",
+            "L03", "T81", "A09", "A04"},
+    "R50.9": {"A41", "J18", "J15", "J13", "J14", "N10", "N39", "K81"},
+
+    # R07 — Douleur thoracique → exclu par pathologies cardiaques/pulmonaires
+    "R07": {"I20", "I21", "I22", "I23", "I24", "I25", "I26", "J18", "J93"},
+    "R07.4": {"I20", "I21", "I24", "I25"},
+
+    # R06 — Dyspnée → exclu par pathologies respiratoires/cardiaques
+    "R06": {"J18", "J44", "J45", "J96", "I50", "I26"},
+    "R06.0": {"J18", "J44", "J45", "J96", "I50", "I26"},
+
+    # R31 — Hématurie → exclu par pathologies urologiques/rénales
+    "R31": {"N20", "N13", "C64", "C67", "N02", "N00", "N01"},
+
+    # R04 — Hémoptysie → exclu par pathologies pulmonaires
+    "R04": {"J18", "C34", "I26", "A16"},
+
+    # R63.4 — Perte de poids → exclu par tumeurs, infections chroniques
+    "R63.4": {"C15", "C16", "C18", "C19", "C20", "C22", "C25", "C34", "C50",
+              "A15", "A16", "B20", "B21", "B22", "B23", "B24", "E46"},
+
+    # R00 — Anomalies du rythme cardiaque → exclu par troubles du rythme précis
+    "R00": {"I47", "I48", "I49"},
+    "R00.0": {"I47", "I48"},  # Tachycardie
+    "R00.1": {"I49.5", "I49.8"},  # Bradycardie
+}
+
+
+def _code_matches(code: str, roots: set[str]) -> bool:
+    """Vérifie si un code CIM-10 commence par l'une des racines données."""
+    if not code:
+        return False
+    code_upper = code.upper()
+    for root in roots:
+        if code_upper.startswith(root.upper()):
+            return True
+    return False
+
+
+@dataclass
+class ExclusionResult:
+    """Résultat de l'application des règles d'exclusion."""
+    cleaned_das: list  # Diagnostics DAS conservés
+    excluded: list  # Diagnostics DAS exclus
+    warnings: list[str] = field(default_factory=list)
+
+
+def check_exclusions(dp, das_list: list) -> ExclusionResult:
+    """Applique les règles d'exclusion symptôme vs diagnostic précis.
+
+    Args:
+        dp: Diagnostic principal (objet avec attribut cim10_suggestion).
+        das_list: Liste des diagnostics associés (même type).
+
+    Returns:
+        ExclusionResult avec les DAS nettoyés, exclus, et les warnings.
+    """
+    # Collecter tous les codes du séjour (DP + DAS)
+    all_codes: list[str] = []
+    if dp and dp.cim10_suggestion:
+        all_codes.append(dp.cim10_suggestion)
+    for das in das_list:
+        if das.cim10_suggestion:
+            all_codes.append(das.cim10_suggestion)
+
+    # Identifier les codes précis présents (Chapitres I-XIV)
+    precise_codes = [c for c in all_codes if is_precise_diagnosis(c)]
+
+    cleaned = []
+    excluded = []
+    warnings = []
+
+    for das in das_list:
+        code = das.cim10_suggestion
+        if not code or not is_symptom_code(code):
+            # Non-symptôme : toujours conservé
+            cleaned.append(das)
+            continue
+
+        # Vérifier si ce symptôme est exclu par un diagnostic précis
+        should_exclude = False
+        excluding_code = None
+
+        # Chercher dans EXCLUSION_MAP : d'abord le code exact, puis la racine (3 chars)
+        exclusion_roots = EXCLUSION_MAP.get(code.upper())
+        if exclusion_roots is None:
+            # Essayer la racine 3 caractères (ex: R10.4 → R10)
+            root3 = code.upper()[:3]
+            exclusion_roots = EXCLUSION_MAP.get(root3)
+
+        if exclusion_roots:
+            for precise in precise_codes:
+                if _code_matches(precise, exclusion_roots):
+                    should_exclude = True
+                    excluding_code = precise
+                    break
+
+        if should_exclude:
+            excluded.append(das)
+            warnings.append(
+                f"DAS '{das.texte}' ({code}) exclu : symptôme redondant avec "
+                f"le diagnostic précis {excluding_code}"
+            )
+        else:
+            cleaned.append(das)
+
+    # Vérifier aussi si le DP est un symptôme avec un diagnostic précis en DAS
+    if dp and dp.cim10_suggestion and is_symptom_code(dp.cim10_suggestion):
+        dp_code = dp.cim10_suggestion
+        exclusion_roots = EXCLUSION_MAP.get(dp_code.upper())
+        if exclusion_roots is None:
+            exclusion_roots = EXCLUSION_MAP.get(dp_code.upper()[:3])
+
+        if exclusion_roots:
+            for precise in precise_codes:
+                if _code_matches(precise, exclusion_roots):
+                    warnings.append(
+                        f"ALERTE DP : le DP '{dp.texte}' ({dp_code}) est un symptôme "
+                        f"alors qu'un diagnostic précis {precise} est présent — "
+                        f"vérifier si le DP devrait être changé"
+                    )
+                    break
+
+    return ExclusionResult(cleaned_das=cleaned, excluded=excluded, warnings=warnings)

src/medical/rag_search.py

@@ -4,6 +4,7 @@ from __future__ import annotations
 
 import json
 import logging
+import re
 from typing import Optional
 
 import requests
@@ -15,6 +16,12 @@ logger = logging.getLogger(__name__)
 # Singleton pour le modèle d'embedding (chargé une seule fois)
 _embed_model = None
 
+# Score minimum de similarité FAISS pour retenir un résultat
+_MIN_SCORE = 0.3
+
+# Marqueur de fin de raisonnement dans la réponse Ollama
+_RESULT_MARKER = "###RESULT###"
+
 
 def _get_embed_model():
     """Charge le modèle d'embedding (singleton)."""
@@ -27,7 +34,7 @@ def _get_embed_model():
     return _embed_model
 
 
-def search_similar(query: str, top_k: int = 5) -> list[dict]:
+def search_similar(query: str, top_k: int = 10) -> list[dict]:
     """Recherche les passages les plus similaires dans l'index FAISS.
 
     Args:
@@ -35,7 +42,8 @@ def search_similar(query: str, top_k: int = 5) -> list[dict]:
         top_k: Nombre de résultats à retourner.
 
     Returns:
-        Liste de dicts avec les métadonnées + score de similarité.
+        Liste de dicts avec les métadonnées + score de similarité,
+        filtrés par score minimum et priorisant les sources CIM-10.
     """
     from .rag_index import get_index
     import numpy as np
@@ -51,21 +59,93 @@ def search_similar(query: str, top_k: int = 5) -> list[dict]:
     query_vec = model.encode([query], normalize_embeddings=True)
     query_vec = np.array(query_vec, dtype=np.float32)
 
-    scores, indices = faiss_index.search(query_vec, min(top_k, faiss_index.ntotal))
+    # Chercher plus de résultats que top_k pour pouvoir filtrer ensuite
+    fetch_k = min(top_k * 2, faiss_index.ntotal)
+    scores, indices = faiss_index.search(query_vec, fetch_k)
 
-    results = []
+    raw_results = []
     for score, idx in zip(scores[0], indices[0]):
         if idx < 0:
             continue
+        if float(score) < _MIN_SCORE:
+            continue
         meta = metadata[idx].copy()
         meta["score"] = float(score)
-        results.append(meta)
+        raw_results.append(meta)
 
-    return results
+    # Prioriser les sources CIM-10 (au moins 6 sur top_k)
+    cim10_results = [r for r in raw_results if r["document"] == "cim10"]
+    other_results = [r for r in raw_results if r["document"] != "cim10"]
+
+    min_cim10 = min(6, len(cim10_results))
+    final = cim10_results[:min_cim10]
+    remaining_slots = top_k - len(final)
+    # Remplir le reste avec les meilleurs résultats (CIM-10 restants + autres)
+    remaining = cim10_results[min_cim10:] + other_results
+    remaining.sort(key=lambda r: r["score"], reverse=True)
+    final.extend(remaining[:remaining_slots])
+
+    return final
 
 
-def _build_prompt(texte: str, sources: list[dict], contexte: dict) -> str:
+def _format_contexte(contexte: dict) -> str:
-    """Construit le prompt pour Ollama."""
+    """Formate le contexte patient de manière structurée pour le prompt."""
+    lines = []
+
+    sexe = contexte.get("sexe")
+    age = contexte.get("age")
+    imc = contexte.get("imc")
+    patient_parts = []
+    if sexe:
+        patient_parts.append(sexe)
+    if age:
+        patient_parts.append(f"{age} ans")
+    if imc:
+        patient_parts.append(f"IMC {imc}")
+    if patient_parts:
+        lines.append(f"- Patient : {', '.join(patient_parts)}")
+
+    duree = contexte.get("duree_sejour")
+    if duree:
+        lines.append(f"- Durée séjour : {duree} jours")
+
+    antecedents = contexte.get("antecedents")
+    if antecedents:
+        lines.append(f"- Antécédents : {', '.join(antecedents[:5])}")
+
+    biologie = contexte.get("biologie_cle")
+    if biologie:
+        bio_parts = []
+        for b in biologie:
+            test, valeur, anomalie = b if isinstance(b, (list, tuple)) else (b.get("test"), b.get("valeur"), b.get("anomalie"))
+            marker = " (\u2191)" if anomalie else ""
+            bio_parts.append(f"{test} {valeur}{marker}")
+        lines.append(f"- Biologie : {', '.join(bio_parts)}")
+
+    imagerie = contexte.get("imagerie")
+    if imagerie:
+        for img in imagerie:
+            img_type, conclusion = img if isinstance(img, (list, tuple)) else (img.get("type"), img.get("conclusion"))
+            if conclusion:
+                lines.append(f"- Imagerie : {img_type} — {conclusion[:200]}")
+
+    complications = contexte.get("complications")
+    if complications:
+        lines.append(f"- Complications : {', '.join(complications)}")
+
+    dp_texte = contexte.get("dp_texte")
+    if dp_texte:
+        lines.append(f"- DP du séjour : {dp_texte}")
+
+    das_codes = contexte.get("das_codes_existants")
+    if das_codes:
+        lines.append(f"- DAS déjà codés : {', '.join(das_codes)}")
+
+    return "\n".join(lines) if lines else "Non précisé"
+
+
+def _build_prompt(texte: str, sources: list[dict], contexte: dict, est_dp: bool = True) -> str:
+    """Construit le prompt expert DIM avec raisonnement structuré."""
     sources_text = ""
     for i, src in enumerate(sources, 1):
         doc_name = {
@@ -80,24 +160,94 @@ def _build_prompt(texte: str, sources: list[dict], contexte: dict) -> str:
         sources_text += f"--- Source {i}: {doc_name}{code_info}{page_info} ---\n"
         sources_text += (src.get("extrait", "")[:800]) + "\n\n"
 
-    ctx_parts = []
+    type_diag = "DP (diagnostic principal)" if est_dp else "DAS (diagnostic associé significatif)"
-    if contexte.get("sexe"):
+    ctx_str = _format_contexte(contexte)
-        ctx_parts.append(f"sexe: {contexte['sexe']}")
-    if contexte.get("age"):
-        ctx_parts.append(f"âge: {contexte['age']} ans")
-    ctx_str = ", ".join(ctx_parts) if ctx_parts else "non précisé"
 
-    return f"""Tu es un expert en codage CIM-10 pour le PMSI en France. Suggère le code CIM-10 le plus précis pour le diagnostic suivant, en te basant UNIQUEMENT sur les sources officielles fournies.
+    return f"""Tu es un médecin DIM (Département d'Information Médicale) expert en codage PMSI.
+Tu dois coder le diagnostic suivant en respectant STRICTEMENT les règles de l'ATIH.
 
-Diagnostic à coder : "{texte}"
+RÈGLES IMPÉRATIVES :
-Contexte patient : {ctx_str}
+- Le code doit provenir UNIQUEMENT des sources CIM-10 fournies
+- Distingue la DESCRIPTION CLINIQUE (ce que le médecin écrit) de la LOGIQUE DE CODAGE (ce que l'ATIH impose)
+- Privilégie le code le plus SPÉCIFIQUE disponible (4e ou 5e caractère)
+- Vérifie les notes d'inclusion/exclusion de chaque code candidat
+- Si le diagnostic est un DP, il doit refléter le motif principal de prise en charge du séjour
+- Si c'est un DAS, il doit avoir mobilisé des ressources supplémentaires pendant le séjour
+- EXCLUSION SYMPTÔME : Si le diagnostic est un symptôme (R00-R99) et qu'un diagnostic précis (Chapitres I-XIV, A00-N99) expliquant ce symptôme est présent, le symptôme ne doit PAS être codé comme DAS
 
-Sources de référence :
+DIAGNOSTIC À CODER : "{texte}"
+TYPE : {type_diag}
+
+CONTEXTE CLINIQUE :
+{ctx_str}
+
+SOURCES CIM-10 :
 {sources_text}
-Réponds UNIQUEMENT au format JSON suivant, sans texte avant ou après :
+RAISONNE ÉTAPE PAR ÉTAPE :
+1. ANALYSE CLINIQUE : Que signifie ce diagnostic sur le plan médical ?
+2. CODES CANDIDATS : Quels codes des sources fournies sont compatibles ?
+3. DISCRIMINATION : Pourquoi choisir un code plutôt qu'un autre ? (inclusions/exclusions, spécificité)
+4. RÈGLE PMSI : Ce code est-il conforme pour un {type_diag} ? (guide méthodologique)
+
+Après ton raisonnement, conclus OBLIGATOIREMENT par le JSON suivant sur une ligne séparée :
+{_RESULT_MARKER}
 {{"code": "X99.9", "confidence": "high|medium|low", "justification": "explication courte en français"}}"""
 
 
+def _parse_ollama_response(raw: str) -> dict | None:
+    """Parse la réponse Ollama en extrayant le JSON après le marqueur ###RESULT###.
+
+    Fallback sur la recherche d'accolades si le marqueur est absent.
+    Retourne un dict avec les clés code/confidence/justification + raisonnement.
+    """
+    raisonnement = None
+    json_str = None
+
+    # Stratégie 1 : chercher le marqueur ###RESULT###
+    marker_pos = raw.find(_RESULT_MARKER)
+    if marker_pos != -1:
+        raisonnement = raw[:marker_pos].strip()
+        after_marker = raw[marker_pos + len(_RESULT_MARKER):]
+        brace_start = after_marker.find("{")
+        brace_end = after_marker.rfind("}")
+        if brace_start != -1 and brace_end != -1:
+            json_str = after_marker[brace_start:brace_end + 1]
+    else:
+        # Fallback : chercher le dernier bloc JSON dans la réponse
+        # (le raisonnement peut contenir des accolades intermédiaires)
+        last_brace = raw.rfind("}")
+        if last_brace != -1:
+            # Chercher l'accolade ouvrante correspondante en remontant
+            depth = 0
+            start = -1
+            for i in range(last_brace, -1, -1):
+                if raw[i] == "}":
+                    depth += 1
+                elif raw[i] == "{":
+                    depth -= 1
+                    if depth == 0:
+                        start = i
+                        break
+            if start != -1:
+                json_str = raw[start:last_brace + 1]
+                raisonnement = raw[:start].strip()
+
+    if not json_str:
+        logger.warning("Ollama : réponse sans JSON valide : %s", raw[:200])
+        return None
+
+    try:
+        parsed = json.loads(json_str)
+    except json.JSONDecodeError:
+        logger.warning("Ollama : JSON invalide : %s", json_str[:200])
+        return None
+
+    if raisonnement:
+        parsed["raisonnement"] = raisonnement
+
+    return parsed
+
+
 def _call_ollama(prompt: str) -> dict | None:
     """Appelle Ollama et parse la réponse JSON."""
     try:
@@ -109,27 +259,14 @@ def _call_ollama(prompt: str) -> dict | None:
                 "stream": False,
                 "options": {
                     "temperature": 0.1,
-                    "num_predict": 300,
+                    "num_predict": 1200,
                 },
             },
             timeout=OLLAMA_TIMEOUT,
         )
         response.raise_for_status()
         raw = response.json().get("response", "")
-
+        return _parse_ollama_response(raw)
-        # Extraire le JSON de la réponse (peut contenir du texte autour)
-        json_match = None
-        # Chercher un bloc JSON entre accolades
-        brace_start = raw.find("{")
-        brace_end = raw.rfind("}")
-        if brace_start != -1 and brace_end != -1:
-            json_match = raw[brace_start:brace_end + 1]
-
-        if json_match:
-            return json.loads(json_match)
-        else:
-            logger.warning("Ollama : réponse sans JSON valide : %s", raw[:200])
-            return None
 
     except requests.ConnectionError:
         logger.warning("Ollama non disponible (connexion refusée)")
@@ -145,13 +282,14 @@ def _call_ollama(prompt: str) -> dict | None:
 def enrich_diagnostic(
     diagnostic: Diagnostic,
     contexte: dict,
+    est_dp: bool = True,
 ) -> None:
     """Enrichit un Diagnostic avec le RAG (FAISS + Ollama).
 
     Modifie le diagnostic en place. Fallback gracieux si FAISS ou Ollama échouent.
     """
     # 1. Recherche FAISS
-    sources = search_similar(diagnostic.texte, top_k=5)
+    sources = search_similar(diagnostic.texte, top_k=10)
 
     if not sources:
         logger.debug("Aucune source RAG trouvée pour : %s", diagnostic.texte)
@@ -168,14 +306,15 @@ def enrich_diagnostic(
         for s in sources
     ]
 
-    # 3. Appel Ollama pour justification
+    # 3. Appel Ollama pour justification avec raisonnement structuré
-    prompt = _build_prompt(diagnostic.texte, sources, contexte)
+    prompt = _build_prompt(diagnostic.texte, sources, contexte, est_dp=est_dp)
     llm_result = _call_ollama(prompt)
 
     if llm_result:
         code = llm_result.get("code")
         confidence = llm_result.get("confidence")
         justification = llm_result.get("justification")
+        raisonnement = llm_result.get("raisonnement")
 
         if code:
             diagnostic.cim10_suggestion = code
@@ -183,6 +322,8 @@ def enrich_diagnostic(
             diagnostic.cim10_confidence = confidence
         if justification:
             diagnostic.justification = justification
+        if raisonnement:
+            diagnostic.raisonnement = raisonnement
     else:
         logger.info("Ollama non disponible — sources FAISS conservées sans justification LLM")
 
@@ -192,12 +333,27 @@ def enrich_dossier(dossier: DossierMedical) -> None:
     contexte = {
         "sexe": dossier.sejour.sexe,
         "age": dossier.sejour.age,
+        "duree_sejour": dossier.sejour.duree_sejour,
+        "imc": dossier.sejour.imc,
+        "antecedents": dossier.antecedents[:5],
+        "biologie_cle": [(b.test, b.valeur, b.anomalie) for b in dossier.biologie_cle],
+        "imagerie": [(i.type, (i.conclusion or "")[:200]) for i in dossier.imagerie],
+        "complications": dossier.complications,
     }
 
     if dossier.diagnostic_principal:
         logger.info("RAG enrichissement DP : %s", dossier.diagnostic_principal.texte)
-        enrich_diagnostic(dossier.diagnostic_principal, contexte)
+        enrich_diagnostic(dossier.diagnostic_principal, contexte, est_dp=True)
+
+    # Pour les DAS, ajouter le DP et les DAS existants au contexte pour cohérence
+    if dossier.diagnostic_principal:
+        contexte["dp_texte"] = dossier.diagnostic_principal.texte
+    contexte["das_codes_existants"] = [
+        f"{d.cim10_suggestion} ({d.texte})"
+        for d in dossier.diagnostics_associes
+        if d.cim10_suggestion
+    ]
 
     for das in dossier.diagnostics_associes:
         logger.info("RAG enrichissement DAS : %s", das.texte)
-        enrich_diagnostic(das, contexte)
+        enrich_diagnostic(das, contexte, est_dp=False)

src/medical/severity.py

@@ -0,0 +1,201 @@
+"""Détection heuristique de sévérité et CMA/CMS pour le codage GHM.
+
+Phase 1 : heuristique basée sur des marqueurs textuels et des racines CIM-10.
+Phase 2 (future) : tables CMA/CMS officielles ATIH.
+"""
+
+from __future__ import annotations
+
+import re
+from dataclasses import dataclass, field
+from typing import Optional
+
+from .cim10_dict import load_dict, normalize_text
+
+
+# --- Marqueurs de sévérité dans le texte ---
+
+_SEVERE_MARKERS = {
+    "aigu", "aigue", "severe", "grave", "maligne", "malin",
+    "foudroyant", "foudroyante", "necrosant", "necrosante",
+    "septique", "decompense", "decompensee", "choc",
+    "defaillance", "hemorragique",
+    "fulminant", "fulminante", "massif", "massive", "critique",
+}
+
+_MODERATE_MARKERS = {
+    "modere", "moderee", "moderes", "moderees",
+    "subaigu", "subaigue", "subaiguë",
+    "persistant", "persistante", "recidivant", "recidivante",
+}
+
+_MILD_MARKERS = {
+    "chronique", "leger", "legere",
+    "benin", "benigne", "mineur", "mineure",
+    "superficiel", "superficielle", "stable",
+}
+
+
+# --- Racines CIM-10 fréquemment CMA (heuristique Phase 1) ---
+# Ces racines sont connues pour être souvent classées CMA dans les tables ATIH.
+
+_HEURISTIC_CMA_ROOTS: set[str] = {
+    # Infectieux
+    "A41",   # Sepsis
+    "A40",   # Septicémie streptococcique
+    # Hématologie / nutrition
+    "D64",   # Anémie
+    "D65",   # CIVD
+    "E46",   # Dénutrition
+    "E87",   # Troubles hydro-électrolytiques
+    "E86",   # Déshydratation
+    # Métabolique
+    "E11",   # Diabète type 2 (avec complications)
+    "E10",   # Diabète type 1 (avec complications)
+    # Cardiovasculaire
+    "I48",   # Fibrillation auriculaire
+    "I50",   # Insuffisance cardiaque
+    "I26",   # Embolie pulmonaire
+    "I80",   # Thrombose veineuse
+    # Respiratoire
+    "J18",   # Pneumopathie
+    "J96",   # Insuffisance respiratoire
+    "J69",   # Pneumopathie d'inhalation
+    # Rénal
+    "N17",   # Insuffisance rénale aiguë
+    "N18",   # Insuffisance rénale chronique
+    "N39",   # Infection urinaire
+    # Hépatique
+    "K72",   # Insuffisance hépatique
+    # Infectieux nosocomial
+    "T81",   # Complications d'actes (infection post-op)
+    "T80",   # Complications post-perfusion
+}
+
+
+@dataclass
+class SeverityInfo:
+    """Résultat de l'évaluation de sévérité d'un diagnostic."""
+    est_cma_probable: bool = False
+    niveau_severite: str = "non_evalue"  # "leger" | "modere" | "severe" | "non_evalue"
+    marqueurs_trouves: list[str] = field(default_factory=list)
+
+
+def _detect_severity_markers(text: str) -> tuple[str, list[str]]:
+    """Détecte les marqueurs de sévérité dans un texte normalisé.
+
+    Returns:
+        (niveau, marqueurs_trouves) où niveau est "severe", "modere", "leger" ou "non_evalue".
+    """
+    text_norm = normalize_text(text)
+    words = set(text_norm.split())
+
+    found_severe = words & _SEVERE_MARKERS
+    found_moderate = words & _MODERATE_MARKERS
+    found_mild = words & _MILD_MARKERS
+
+    all_found = list(found_severe | found_moderate | found_mild)
+
+    if found_severe:
+        return "severe", all_found
+    if found_moderate:
+        return "modere", all_found
+    if found_mild:
+        return "leger", all_found
+    return "non_evalue", []
+
+
+def _is_heuristic_cma(code: str) -> bool:
+    """Vérifie si un code CIM-10 est probablement CMA selon les racines heuristiques."""
+    if not code:
+        return False
+    code_upper = code.upper()
+    for root in _HEURISTIC_CMA_ROOTS:
+        if code_upper.startswith(root):
+            return True
+    return False
+
+
+def evaluate_severity(diagnostic) -> SeverityInfo:
+    """Évalue la sévérité d'un diagnostic (texte + code CIM-10).
+
+    Args:
+        diagnostic: Objet avec attributs texte, cim10_suggestion.
+
+    Returns:
+        SeverityInfo avec est_cma_probable, niveau_severite, marqueurs_trouves.
+    """
+    info = SeverityInfo()
+
+    # 1. Marqueurs textuels depuis le texte du diagnostic
+    texte = diagnostic.texte or ""
+    niveau, marqueurs = _detect_severity_markers(texte)
+
+    # 2. Chercher aussi dans le label du dictionnaire CIM-10
+    code = diagnostic.cim10_suggestion
+    if code:
+        cim10_dict = load_dict()
+        label = cim10_dict.get(code, "")
+        if label:
+            niveau_label, marqueurs_label = _detect_severity_markers(label)
+            # Prendre le niveau le plus sévère
+            severity_order = {"severe": 3, "modere": 2, "leger": 1, "non_evalue": 0}
+            if severity_order.get(niveau_label, 0) > severity_order.get(niveau, 0):
+                niveau = niveau_label
+            marqueurs = list(set(marqueurs + marqueurs_label))
+
+    info.niveau_severite = niveau
+    info.marqueurs_trouves = marqueurs
+
+    # 3. Heuristique CMA basée sur la racine CIM-10
+    if code and _is_heuristic_cma(code):
+        info.est_cma_probable = True
+
+    # Un diagnostic sévère avec un code CMA-probable = forte indication
+    if niveau == "severe" and info.est_cma_probable:
+        info.est_cma_probable = True
+
+    return info
+
+
+def enrich_dossier_severity(dp, das_list: list) -> list[str]:
+    """Enrichit les diagnostics d'un dossier avec les informations de sévérité.
+
+    Modifie les diagnostics en place (attributs est_cma, est_cms, niveau_severite).
+
+    Args:
+        dp: Diagnostic principal.
+        das_list: Liste des diagnostics associés.
+
+    Returns:
+        Liste d'alertes de sévérité générées.
+    """
+    alertes = []
+
+    # Évaluer le DP
+    if dp and dp.cim10_suggestion:
+        info = evaluate_severity(dp)
+        dp.niveau_severite = info.niveau_severite
+        if info.est_cma_probable:
+            dp.est_cma = True
+
+    # Évaluer chaque DAS
+    cma_count = 0
+    for das in das_list:
+        if not das.cim10_suggestion:
+            continue
+        info = evaluate_severity(das)
+        das.niveau_severite = info.niveau_severite
+        if info.est_cma_probable:
+            das.est_cma = True
+            cma_count += 1
+            alertes.append(
+                f"CMA probable : '{das.texte}' ({das.cim10_suggestion}) — "
+                f"sévérité {info.niveau_severite}"
+                + (f", marqueurs : {', '.join(info.marqueurs_trouves)}" if info.marqueurs_trouves else "")
+            )
+
+    if cma_count >= 2:
+        alertes.insert(0, f"{cma_count} CMA probables détectées — impact potentiel sur le niveau de sévérité GHM")
+
+    return alertes

src/viewer/templates/detail.html

@@ -4,6 +4,9 @@
 {% block sidebar %}
 <div class="group-title">Navigation</div>
 <a href="/">Retour à la liste</a>
+<div class="group-title" style="margin-top:1.5rem;">Actions</div>
+<button id="reprocess-btn" style="width:100%;padding:0.6rem;background:#3b82f6;color:white;border:none;border-radius:0.375rem;cursor:pointer;font-size:0.875rem;font-weight:600;margin-bottom:0.5rem;">🔄 Relancer l'étude</button>
+<div id="reprocess-status" style="font-size:0.75rem;padding:0.25rem;"></div>
 {% endblock %}
 
 {% block content %}
@@ -48,6 +51,18 @@
 </div>
 {% endif %}
 
+{# ---- Alertes de codage ---- #}
+{% if dossier.alertes_codage %}
+<div class="card section" style="border-left:4px solid #f97316;background:#fff7ed;">
+  <h3 style="color:#c2410c;">Alertes de codage ({{ dossier.alertes_codage|length }})</h3>
+  <ul style="margin:0;padding-left:1.2rem;">
+    {% for alerte in dossier.alertes_codage %}
+      <li style="font-size:0.85rem;color:#9a3412;margin-bottom:0.25rem;">{{ alerte }}</li>
+    {% endfor %}
+  </ul>
+</div>
+{% endif %}
+
 {# ---- Diagnostic principal ---- #}
 {% if dossier.diagnostic_principal %}
 {% set dp = dossier.diagnostic_principal %}
@@ -57,6 +72,10 @@
   {% if dp.cim10_suggestion %}
     <span class="badge" style="background:#dbeafe;color:#1d4ed8;font-size:0.85rem;">{{ dp.cim10_suggestion }}</span>
     {{ dp.cim10_confidence | confidence_badge }}
+    {% if dp.est_cma %}<span class="badge" style="background:#fee2e2;color:#dc2626;font-size:0.75rem;">CMA</span>{% endif %}
+    {% if dp.niveau_severite == 'severe' %}<span class="badge" style="background:#fee2e2;color:#dc2626;font-size:0.75rem;">Sévère</span>
+    {% elif dp.niveau_severite == 'modere' %}<span class="badge" style="background:#fef3c7;color:#92400e;font-size:0.75rem;">Modéré</span>
+    {% elif dp.niveau_severite == 'leger' %}<span class="badge" style="background:#d1fae5;color:#065f46;font-size:0.75rem;">Léger</span>{% endif %}
   {% endif %}
   {% if dp.justification %}
     <div style="margin-top:0.5rem;font-size:0.8rem;color:#475569;">{{ dp.justification }}</div>
@@ -78,13 +97,22 @@
 <div class="card section">
   <h3>Diagnostics associés ({{ dossier.diagnostics_associes|length }})</h3>
   <table>
-    <thead><tr><th>Texte</th><th>CIM-10</th><th>Confiance</th><th>Justification</th></tr></thead>
+    <thead><tr><th>Texte</th><th>CIM-10</th><th>Confiance</th><th>Sévérité</th><th>Justification</th></tr></thead>
     <tbody>
     {% for das in dossier.diagnostics_associes %}
       <tr>
-        <td>{{ das.texte }}</td>
+        <td>
+          {{ das.texte }}
+          {% if das.est_cma %}<span class="badge" style="background:#fee2e2;color:#dc2626;font-size:0.7rem;margin-left:0.3rem;">CMA</span>{% endif %}
+        </td>
         <td>{% if das.cim10_suggestion %}<span class="badge" style="background:#dbeafe;color:#1d4ed8;">{{ das.cim10_suggestion }}</span>{% endif %}</td>
         <td>{{ das.cim10_confidence | confidence_badge }}</td>
+        <td>
+          {% if das.niveau_severite == 'severe' %}<span class="badge" style="background:#fee2e2;color:#dc2626;">Sévère</span>
+          {% elif das.niveau_severite == 'modere' %}<span class="badge" style="background:#fef3c7;color:#92400e;">Modéré</span>
+          {% elif das.niveau_severite == 'leger' %}<span class="badge" style="background:#d1fae5;color:#065f46;">Léger</span>
+          {% else %}—{% endif %}
+        </td>
         <td style="font-size:0.8rem;color:#475569;">{{ das.justification or '' }}</td>
       </tr>
       {% if das.sources_rag %}
@@ -111,13 +139,21 @@
 <div class="card section">
   <h3>Actes CCAM ({{ dossier.actes_ccam|length }})</h3>
   <table>
-    <thead><tr><th>Texte</th><th>Code CCAM</th><th>Date</th></tr></thead>
+    <thead><tr><th>Texte</th><th>Code CCAM</th><th>Date</th><th>Validité</th></tr></thead>
     <tbody>
     {% for a in dossier.actes_ccam %}
       <tr>
         <td>{{ a.texte }}</td>
         <td>{% if a.code_ccam_suggestion %}<span class="badge" style="background:#e0e7ff;color:#3730a3;">{{ a.code_ccam_suggestion }}</span>{% endif %}</td>
         <td>{{ a.date or '' }}</td>
+        <td>
+          {% if a.validite == 'valide' %}<span class="badge" style="background:#d1fae5;color:#065f46;">Valide</span>
+          {% elif a.validite == 'obsolete' %}<span class="badge" style="background:#fee2e2;color:#dc2626;">Obsolète</span>
+          {% else %}—{% endif %}
+          {% for alerte in a.alertes %}
+            <div style="font-size:0.7rem;color:#dc2626;">{{ alerte }}</div>
+          {% endfor %}
+        </td>
       </tr>
     {% endfor %}
     </tbody>
@@ -204,3 +240,38 @@
 {% endif %}
 
 {% endblock %}
+
+{% block scripts %}
+<script>
+document.getElementById('reprocess-btn').addEventListener('click', async () => {
+  const btn = document.getElementById('reprocess-btn');
+  const status = document.getElementById('reprocess-status');
+  
+  btn.disabled = true;
+  btn.textContent = 'Traitement en cours...';
+  status.textContent = '';
+  status.style.color = '#3b82f6';
+  
+  try {
+    const response = await fetch('/reprocess/{{ filepath }}', { method: 'POST' });
+    const data = await response.json();
+    
+    if (data.ok) {
+      status.textContent = '✓ ' + data.message;
+      status.style.color = '#16a34a';
+      setTimeout(() => location.reload(), 1500);
+    } else {
+      status.textContent = '✗ ' + (data.error || 'Erreur');
+      status.style.color = '#dc2626';
+      btn.disabled = false;
+      btn.textContent = 'Relancer l\'étude';
+    }
+  } catch (err) {
+    status.textContent = '✗ Erreur réseau';
+    status.style.color = '#dc2626';
+    btn.disabled = false;
+    btn.textContent = 'Relancer l\'étude';
+  }
+});
+</script>
+{% endblock %}

tests/test_exclusion_rules.py

@@ -0,0 +1,123 @@
+"""Tests pour les règles d'exclusion diagnostique (symptôme vs diagnostic précis)."""
+
+import pytest
+
+from src.config import Diagnostic
+from src.medical.exclusion_rules import (
+    is_symptom_code,
+    is_precise_diagnosis,
+    check_exclusions,
+    EXCLUSION_MAP,
+)
+
+
+class TestIsSymptomCode:
+    def test_r_codes(self):
+        assert is_symptom_code("R10.4") is True
+        assert is_symptom_code("R17") is True
+        assert is_symptom_code("R50.9") is True
+
+    def test_non_symptom(self):
+        assert is_symptom_code("K85.1") is False
+        assert is_symptom_code("I10") is False
+        assert is_symptom_code("E11.9") is False
+
+    def test_empty_none(self):
+        assert is_symptom_code("") is False
+        assert is_symptom_code(None) is False
+
+
+class TestIsPreciseDiagnosis:
+    def test_precise(self):
+        assert is_precise_diagnosis("K85.1") is True
+        assert is_precise_diagnosis("A41.9") is True
+        assert is_precise_diagnosis("I10") is True
+
+    def test_not_precise(self):
+        assert is_precise_diagnosis("R10.4") is False
+        assert is_precise_diagnosis("Z03") is False  # Chapitre XXI
+
+
+class TestCheckExclusions:
+    def test_symptom_excluded_when_precise_present(self):
+        """R10.4 (douleur abdo) exclu quand K85.1 (pancréatite) est présent."""
+        dp = Diagnostic(texte="Pancréatite aiguë biliaire", cim10_suggestion="K85.1")
+        das = [
+            Diagnostic(texte="Douleur abdominale", cim10_suggestion="R10.4"),
+            Diagnostic(texte="Obésité", cim10_suggestion="E66.0"),
+        ]
+        result = check_exclusions(dp, das)
+        assert len(result.cleaned_das) == 1
+        assert result.cleaned_das[0].cim10_suggestion == "E66.0"
+        assert len(result.excluded) == 1
+        assert result.excluded[0].cim10_suggestion == "R10.4"
+        assert len(result.warnings) >= 1
+
+    def test_symptom_kept_when_alone(self):
+        """R10.4 (douleur abdo) conservé si aucun diagnostic précis l'expliquant."""
+        dp = Diagnostic(texte="Douleur abdominale", cim10_suggestion="R10.4")
+        das = [
+            Diagnostic(texte="Hypertension", cim10_suggestion="I10"),
+        ]
+        result = check_exclusions(dp, das)
+        assert len(result.cleaned_das) == 1
+        assert result.cleaned_das[0].cim10_suggestion == "I10"
+        assert len(result.excluded) == 0
+
+    def test_multiple_exclusions(self):
+        """Plusieurs symptômes exclus par différents diagnostics précis."""
+        dp = Diagnostic(texte="Pancréatite aiguë", cim10_suggestion="K85.9")
+        das = [
+            Diagnostic(texte="Douleur abdominale", cim10_suggestion="R10.4"),
+            Diagnostic(texte="Nausées", cim10_suggestion="R11"),
+            Diagnostic(texte="Diabète type 2", cim10_suggestion="E11.9"),
+        ]
+        result = check_exclusions(dp, das)
+        # R10.4 exclu par K85, R11 exclu par K85
+        assert len(result.excluded) == 2
+        assert len(result.cleaned_das) == 1
+        assert result.cleaned_das[0].cim10_suggestion == "E11.9"
+
+    def test_non_symptom_never_excluded(self):
+        """Un diagnostic précis (non R-code) n'est jamais exclu."""
+        dp = Diagnostic(texte="Pancréatite aiguë", cim10_suggestion="K85.1")
+        das = [
+            Diagnostic(texte="Lithiase cholédoque", cim10_suggestion="K80.5"),
+            Diagnostic(texte="Cholécystite", cim10_suggestion="K81.0"),
+        ]
+        result = check_exclusions(dp, das)
+        assert len(result.cleaned_das) == 2
+        assert len(result.excluded) == 0
+
+    def test_dp_symptom_triggers_warning(self):
+        """Alerte si le DP est un symptôme alors qu'un diagnostic précis existe."""
+        dp = Diagnostic(texte="Douleur abdominale", cim10_suggestion="R10.4")
+        das = [
+            Diagnostic(texte="Pancréatite aiguë", cim10_suggestion="K85.1"),
+        ]
+        result = check_exclusions(dp, das)
+        # Le DAS K85.1 n'est pas un symptôme, il est conservé
+        assert len(result.cleaned_das) == 1
+        # Mais un warning est émis sur le DP
+        assert any("ALERTE DP" in w for w in result.warnings)
+
+    def test_warnings_generated(self):
+        """Vérifie que les warnings contiennent le texte et les codes."""
+        dp = Diagnostic(texte="Cholécystite", cim10_suggestion="K81.0")
+        das = [
+            Diagnostic(texte="Fièvre", cim10_suggestion="R50.9"),
+        ]
+        result = check_exclusions(dp, das)
+        assert len(result.excluded) == 1
+        assert "R50.9" in result.warnings[0]
+        assert "K81.0" in result.warnings[0]
+
+    def test_ictere_excluded_by_lithiase(self):
+        """R17 (ictère) exclu quand K80 (lithiase biliaire) est présent."""
+        dp = Diagnostic(texte="Lithiase cholédoque", cim10_suggestion="K80.5")
+        das = [
+            Diagnostic(texte="Ictère", cim10_suggestion="R17"),
+        ]
+        result = check_exclusions(dp, das)
+        assert len(result.excluded) == 1
+        assert result.excluded[0].cim10_suggestion == "R17"

tests/test_severity.py

@@ -0,0 +1,109 @@
+"""Tests pour le module de sévérité heuristique (CMA/CMS)."""
+
+import pytest
+
+from src.config import Diagnostic
+from src.medical.severity import (
+    evaluate_severity,
+    enrich_dossier_severity,
+    _detect_severity_markers,
+    _is_heuristic_cma,
+)
+
+
+class TestDetectSeverityMarkers:
+    def test_severe_markers(self):
+        niveau, marqueurs = _detect_severity_markers("Pancréatite aiguë sévère")
+        assert niveau == "severe"
+        assert any(m in ("severe", "aigue") for m in marqueurs)
+
+    def test_moderate_markers(self):
+        niveau, marqueurs = _detect_severity_markers("Insuffisance rénale modérée")
+        assert niveau == "modere"
+        assert "modere" in marqueurs or "moderee" in marqueurs
+
+    def test_mild_markers(self):
+        niveau, marqueurs = _detect_severity_markers("Anémie chronique bénigne")
+        assert niveau == "leger"
+        assert any(m in ("chronique", "benin", "benigne") for m in marqueurs)
+
+    def test_no_markers(self):
+        niveau, marqueurs = _detect_severity_markers("Hypertension artérielle")
+        assert niveau == "non_evalue"
+        assert marqueurs == []
+
+    def test_severe_overrides_mild(self):
+        """Si 'sévère' et 'chronique' sont présents, 'severe' l'emporte."""
+        niveau, marqueurs = _detect_severity_markers("Insuffisance cardiaque chronique décompensée")
+        assert niveau == "severe"
+
+
+class TestHeuristicCMA:
+    def test_e11_is_cma(self):
+        assert _is_heuristic_cma("E11.9") is True
+
+    def test_i48_is_cma(self):
+        assert _is_heuristic_cma("I48.9") is True
+
+    def test_a41_is_cma(self):
+        assert _is_heuristic_cma("A41.9") is True
+
+    def test_k85_not_cma(self):
+        assert _is_heuristic_cma("K85.1") is False
+
+    def test_i10_not_cma(self):
+        assert _is_heuristic_cma("I10") is False
+
+    def test_empty(self):
+        assert _is_heuristic_cma("") is False
+        assert _is_heuristic_cma(None) is False
+
+
+class TestEvaluateSeverity:
+    def test_cma_code_detected(self):
+        diag = Diagnostic(texte="Diabète type 2", cim10_suggestion="E11.9")
+        info = evaluate_severity(diag)
+        assert info.est_cma_probable is True
+
+    def test_non_cma_code(self):
+        diag = Diagnostic(texte="Pancréatite aiguë biliaire", cim10_suggestion="K85.1")
+        info = evaluate_severity(diag)
+        assert info.est_cma_probable is False
+
+    def test_severity_from_text(self):
+        diag = Diagnostic(texte="Sepsis sévère", cim10_suggestion="A41.9")
+        info = evaluate_severity(diag)
+        assert info.niveau_severite == "severe"
+        assert info.est_cma_probable is True
+
+    def test_combined_text_and_dict_label(self):
+        """Le label du dictionnaire CIM-10 enrichit la détection de sévérité."""
+        diag = Diagnostic(texte="Embolie pulmonaire", cim10_suggestion="I26.9")
+        info = evaluate_severity(diag)
+        assert info.est_cma_probable is True
+
+
+class TestEnrichDossierSeverity:
+    def test_enriches_das_in_place(self):
+        dp = Diagnostic(texte="Pancréatite aiguë biliaire", cim10_suggestion="K85.1")
+        das = [
+            Diagnostic(texte="Fibrillation auriculaire", cim10_suggestion="I48.9"),
+            Diagnostic(texte="Obésité", cim10_suggestion="E66.0"),
+        ]
+        alertes = enrich_dossier_severity(dp, das)
+
+        # I48.9 = CMA probable
+        assert das[0].est_cma is True
+        assert das[0].niveau_severite is not None
+
+        # E66.0 = non CMA
+        assert das[1].est_cma is None
+
+        # Au moins une alerte CMA
+        assert any("CMA" in a for a in alertes)
+
+    def test_dp_severity_set(self):
+        dp = Diagnostic(texte="Sepsis sévère", cim10_suggestion="A41.9")
+        alertes = enrich_dossier_severity(dp, [])
+        assert dp.niveau_severite == "severe"
+        assert dp.est_cma is True