refactor: réorganisation référentiels, nouveaux modules extraction, nettoyage code obsolète

- Réorganisation data/referentiels/ : pdfs/, dicts/, user/ (structure unifiée)
- Fix badges "Source absente" sur page admin référentiels
- Ré-indexation COCOA 2025 (555 → 1451 chunks, couverture 94%)
- Fix VRAM OOM : embeddings forcés CPU via T2A_EMBED_CPU
- Nouveaux modules : document_router, docx_extractor, image_extractor, ocr_engine
- Module complétude (quality/completude.py + config YAML)
- Template DIM (synthèse dimensionnelle)
- Gunicorn config + systemd service t2a-viewer
- Suppression t2a_install_rag_cleanup/ (copie obsolète)
- Suppression scripts/ et scripts_t2a_v2/ (anciens benchmarks)
- Suppression 81 fichiers _doc.txt de test
- Cache Ollama : TTL configurable, corrections loader YAML
- Dashboard : améliorations templates (base, index, detail, cpam, validation)

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

config/completude_rules.yaml

@@ -0,0 +1,437 @@
+# Règles de complétude documentaire DIM
+# Pour chaque famille diagnostique : éléments obligatoires/recommandés
+# qui doivent être présents dans le dossier pour justifier le code.
+#
+# Catégories : biologie | imagerie | document | acte | clinique
+# Importance : obligatoire | recommande
+# match_type : bio (biologie_cle.test), imagerie (imagerie.type), document (doc_types),
+#              clinique (sejour.imc/poids/taille), acte (actes_ccam)
+#
+# Seuils (optionnel) : confrontation valeur ↔ diagnostic
+#   type: below | above | range
+#   value / value_m / value_f / range_min / range_max
+#   message_ok / message_ko
+
+version: 2
+
+# --- Règles par préfixe CIM-10 ---
+diagnostics:
+
+  denutrition:
+    prefixes: ["E43", "E44", "E46"]
+    libelle_famille: "Dénutrition"
+    items:
+      - categorie: biologie
+        element: Albumine
+        match_bio: ["albumine"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Albumine exigée par la CPAM pour valider une dénutrition (critère ATIH)"
+        seuil:
+          code_filter: "E43"
+          type: below
+          value: 30
+          message_ok: "Albumine < 30 g/L confirme la dénutrition sévère"
+          message_ko: "Albumine ≥ 30 g/L : dénutrition sévère non confirmée biologiquement"
+      - categorie: biologie
+        element: Albumine
+        match_bio: ["albumine"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Albumine exigée pour dénutrition modérée"
+        seuil:
+          code_filter: "E44"
+          type: range
+          range_min: 30
+          range_max: 35
+          message_ok: "Albumine entre 30-35 g/L confirme la dénutrition modérée"
+          message_ko: "Albumine hors plage 30-35 g/L pour dénutrition modérée"
+      - categorie: clinique
+        element: IMC
+        match_clinique: imc
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "IMC nécessaire pour classifier le degré de dénutrition"
+        seuil:
+          code_filter: "E43"
+          type: below
+          value: 18.5
+          message_ok: "IMC < 18.5 confirme la dénutrition sévère"
+          message_ko: "IMC ≥ 18.5 : dénutrition sévère non confirmée"
+      - categorie: clinique
+        element: IMC
+        match_clinique: imc
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "IMC nécessaire pour dénutrition modérée"
+        seuil:
+          code_filter: "E44"
+          type: range
+          range_min: 18.5
+          range_max: 21
+          message_ok: "IMC entre 18.5-21 confirme la dénutrition modérée"
+          message_ko: "IMC hors plage 18.5-21 pour dénutrition modérée"
+      - categorie: biologie
+        element: Préalbumine
+        match_bio: ["prealbumine", "préalbumine", "transthyretine", "transthyrétine"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "Renforce la preuve de dénutrition si albumine limite"
+
+  anemie:
+    prefixes: ["D50", "D62", "D63", "D64"]
+    libelle_famille: "Anémie"
+    items:
+      - categorie: biologie
+        element: Hémoglobine
+        match_bio: ["hemoglobine", "hémoglobine", "hb"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Hémoglobine indispensable pour confirmer et qualifier une anémie"
+        seuil:
+          type: below
+          value_m: 13
+          value_f: 12
+          message_ok: "Hémoglobine basse confirme l'anémie"
+          message_ko: "Hémoglobine normale : anémie non confirmée biologiquement"
+      - categorie: biologie
+        element: Ferritine
+        match_bio: ["ferritine"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "Permet de typer l'anémie (carentielle vs inflammatoire)"
+      - categorie: biologie
+        element: VGM
+        match_bio: ["vgm", "volume globulaire moyen"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "Oriente l'étiologie (microcytaire/macrocytaire)"
+
+  insuffisance_renale:
+    prefixes: ["N17", "N18", "N19"]
+    libelle_famille: "Insuffisance rénale"
+    items:
+      - categorie: biologie
+        element: Créatinine
+        match_bio: ["creatinine", "créatinine", "creat"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Créatinine obligatoire pour confirmer une insuffisance rénale"
+        seuil:
+          type: above
+          value: 120
+          message_ok: "Créatinine > 120 µmol/L confirme l'insuffisance rénale"
+          message_ko: "Créatinine ≤ 120 µmol/L : IR non confirmée biologiquement"
+      - categorie: biologie
+        element: DFG
+        match_bio: ["dfg", "clairance", "dfge", "débit de filtration"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "Permet de stadifier l'IR selon KDIGO"
+      - categorie: biologie
+        element: Urée
+        match_bio: ["uree", "urée"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "Élément complémentaire de la fonction rénale"
+
+  sepsis:
+    prefixes: ["A40", "A41"]
+    libelle_famille: "Sepsis / Septicémie"
+    items:
+      - categorie: biologie
+        element: CRP
+        match_bio: ["crp", "proteine c reactive", "protéine c réactive"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Marqueur inflammatoire essentiel pour documenter un sepsis"
+        seuil:
+          type: above
+          value: 50
+          message_ok: "CRP > 50 mg/L confirme le syndrome inflammatoire"
+          message_ko: "CRP ≤ 50 mg/L : syndrome inflammatoire non significatif"
+      - categorie: biologie
+        element: Leucocytes
+        match_bio: ["leucocytes", "gb", "globules blancs"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Leucocytose ou leucopénie attendue dans le sepsis"
+        seuil:
+          type: outside_range
+          range_min: 4
+          range_max: 10
+          message_ok: "Leucocytes hors norme (< 4 ou > 10 G/L) : compatible avec sepsis"
+          message_ko: "Leucocytes normaux (4-10 G/L) : sepsis non confirmé biologiquement"
+      - categorie: biologie
+        element: Procalcitonine
+        match_bio: ["procalcitonine", "pct"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "Marqueur spécifique d'infection bactérienne, renforce la preuve"
+      - categorie: biologie
+        element: Hémocultures
+        match_bio: ["hemoculture", "hémoculture", "hemocultures", "hémocultures"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "Documentation bactériologique du sepsis"
+
+  troubles_electrolytiques:
+    prefixes: ["E87"]
+    libelle_famille: "Troubles électrolytiques"
+    items:
+      - categorie: biologie
+        element: Sodium
+        match_bio: ["sodium", "natremie", "natrémie", "na"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Ionogramme obligatoire pour justifier un trouble électrolytique"
+        seuil:
+          type: below
+          value: 135
+          message_ok: "Sodium < 135 mmol/L confirme l'hyponatrémie"
+          message_ko: "Sodium ≥ 135 mmol/L : hyponatrémie non confirmée"
+      - categorie: biologie
+        element: Potassium
+        match_bio: ["potassium", "kaliemie", "kaliémie", "k"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Ionogramme obligatoire pour justifier un trouble électrolytique"
+        seuil:
+          type: outside_range
+          range_min: 3.5
+          range_max: 5.0
+          message_ok: "Potassium hors norme : trouble confirmé"
+          message_ko: "Potassium normal (3.5-5.0) : trouble non confirmé"
+
+  diabete:
+    prefixes: ["E10", "E11"]
+    libelle_famille: "Diabète"
+    items:
+      - categorie: biologie
+        element: HbA1c
+        match_bio: ["hba1c", "hemoglobine glyquee", "hémoglobine glyquée"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "HbA1c attendue pour documenter l'équilibre glycémique"
+      - categorie: biologie
+        element: Glycémie
+        match_bio: ["glycemie", "glycémie", "glucose"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "Glycémie de base pour confirmer le diagnostic"
+
+  pancreatite:
+    prefixes: ["K85"]
+    libelle_famille: "Pancréatite aiguë"
+    items:
+      - categorie: biologie
+        element: Lipasémie
+        match_bio: ["lipase", "lipasemie", "lipasémie"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Lipase > 3N est le critère diagnostique de référence"
+        seuil:
+          type: above
+          value: 180
+          message_ok: "Lipase > 180 UI/L (3× la normale) confirme la pancréatite"
+          message_ko: "Lipase ≤ 180 UI/L : critère diagnostique non atteint"
+      - categorie: imagerie
+        element: Scanner abdominal
+        match_imagerie: ["scanner", "tdm", "tomodensitometrie"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "Scanner recommandé pour évaluer la sévérité (Balthazar)"
+
+  embolie_pulmonaire:
+    prefixes: ["I26"]
+    libelle_famille: "Embolie pulmonaire"
+    items:
+      - categorie: imagerie
+        element: Angioscanner thoracique
+        match_imagerie: ["angioscanner", "scanner", "tdm", "angiotdm"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Imagerie indispensable pour confirmer une EP"
+      - categorie: biologie
+        element: D-dimères
+        match_bio: ["d-dimeres", "d-dimères", "ddimeres", "d dimeres"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "D-dimères utiles si négatifs pour exclure, non suffisants seuls"
+
+  tumeurs_malignes:
+    prefixes: ["C"]
+    libelle_famille: "Tumeur maligne"
+    items:
+      - categorie: document
+        element: ANAPATH
+        match_document: ["anapath", "anatomopathologie", "biopsie"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Compte-rendu anatomopathologique exigé pour tout code C (tumeur maligne)"
+
+  pathologies_hepatiques:
+    prefixes: ["K70", "K71", "K72", "K73", "K74", "K75", "K76", "K77"]
+    libelle_famille: "Pathologie hépatique"
+    items:
+      - categorie: biologie
+        element: ASAT
+        match_bio: ["asat", "got", "aspartate aminotransferase"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Bilan hépatique obligatoire pour documenter une atteinte hépatique"
+        seuil:
+          type: above
+          value: 40
+          message_ok: "ASAT > 40 UI/L confirme la cytolyse hépatique"
+          message_ko: "ASAT ≤ 40 UI/L : cytolyse non confirmée"
+      - categorie: biologie
+        element: ALAT
+        match_bio: ["alat", "gpt", "alanine aminotransferase"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Bilan hépatique obligatoire"
+        seuil:
+          type: above
+          value: 40
+          message_ok: "ALAT > 40 UI/L confirme la cytolyse hépatique"
+          message_ko: "ALAT ≤ 40 UI/L : cytolyse non confirmée"
+      - categorie: biologie
+        element: Bilirubine
+        match_bio: ["bilirubine", "bili"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "Bilirubine renforce la documentation d'une atteinte hépatique"
+
+  obesite:
+    prefixes: ["E66"]
+    libelle_famille: "Obésité"
+    items:
+      - categorie: clinique
+        element: IMC
+        match_clinique: imc
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "IMC ≥ 30 indispensable pour coder une obésité"
+        seuil:
+          type: above
+          value: 30
+          message_ok: "IMC ≥ 30 confirme l'obésité"
+          message_ko: "IMC < 30 : obésité non confirmée"
+      - categorie: clinique
+        element: Poids
+        match_clinique: poids
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Poids nécessaire pour calculer l'IMC"
+
+  insuffisance_cardiaque:
+    prefixes: ["I50"]
+    libelle_famille: "Insuffisance cardiaque"
+    items:
+      - categorie: biologie
+        element: BNP / NT-proBNP
+        match_bio: ["bnp", "nt-probnp", "ntprobnp", "pro-bnp"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "BNP/NT-proBNP attendu pour confirmer une insuffisance cardiaque"
+        seuil:
+          type: above
+          value: 100
+          message_ok: "BNP > 100 pg/mL (ou NT-proBNP > 300) confirme l'IC"
+          message_ko: "BNP ≤ 100 pg/mL : IC non confirmée biologiquement"
+      - categorie: imagerie
+        element: Échographie cardiaque
+        match_imagerie: ["echographie cardiaque", "échocardiographie", "echo coeur", "ett", "eto"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "ETT recommandée pour documenter la FEVG"
+
+  # --- 8 NOUVELLES FAMILLES ---
+
+  avc_ait:
+    prefixes: ["I60", "I61", "I62", "I63", "I64", "G45"]
+    libelle_famille: "AVC / AIT"
+    items:
+      - categorie: imagerie
+        element: Scanner/IRM cérébral
+        match_imagerie: ["scanner cerebral", "irm cerebral", "irm cérébral", "scanner cérébral", "tdm cerebral", "tdm cérébral", "irm encephalique", "irm encéphalique"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Imagerie cérébrale indispensable pour confirmer un AVC/AIT"
+      - categorie: biologie
+        element: ECG
+        match_bio: ["ecg", "electrocardiogramme", "électrocardiogramme"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "ECG recommandé pour rechercher une cause cardioembolique"
+
+  idm:
+    prefixes: ["I21", "I22"]
+    libelle_famille: "Infarctus du myocarde"
+    items:
+      - categorie: biologie
+        element: Troponine
+        match_bio: ["troponine", "tnc", "tni", "tnt", "troponine i", "troponine t", "troponine us"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Troponine obligatoire pour confirmer un IDM"
+        seuil:
+          type: above
+          value: 0.04
+          message_ok: "Troponine > 0.04 confirme la nécrose myocardique"
+          message_ko: "Troponine ≤ 0.04 : IDM non confirmé biologiquement"
+      - categorie: biologie
+        element: ECG
+        match_bio: ["ecg", "electrocardiogramme", "électrocardiogramme"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "ECG recommandé pour caractériser l'IDM (ST+/ST-)"
+      - categorie: imagerie
+        element: Coronarographie
+        match_imagerie: ["coronarographie", "coronaro", "coro"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "Coronarographie recommandée pour documenter les lésions"
+
+  pneumopathie:
+    prefixes: ["J12", "J13", "J14", "J15", "J16", "J17", "J18"]
+    libelle_famille: "Pneumopathie"
+    items:
+      - categorie: imagerie
+        element: Radio/Scanner thoracique
+        match_imagerie: ["radio thorax", "radiographie thoracique", "scanner thoracique", "tdm thoracique", "rx thorax", "radio pulmonaire"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Imagerie thoracique indispensable pour confirmer une pneumopathie"
+      - categorie: biologie
+        element: CRP
+        match_bio: ["crp", "proteine c reactive", "protéine c réactive"]
+        importance: recommande
+        impact_cpam: "CRP recommandée pour documenter le syndrome inflammatoire"
+
+  tvp:
+    prefixes: ["I80"]
+    libelle_famille: "Thrombose veineuse profonde"
+    items:
+      - categorie: imagerie
+        element: Écho-doppler veineux
+        match_imagerie: ["echo-doppler", "écho-doppler", "echo doppler", "écho doppler", "doppler veineux", "echodoppler"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Écho-doppler veineux indispensable pour confirmer une TVP"
+
+  insuffisance_respiratoire:
+    prefixes: ["J96"]
+    libelle_famille: "Insuffisance respiratoire"
+    items:
+      - categorie: biologie
+        element: Gaz du sang
+        match_bio: ["gaz du sang", "gazometrie", "gazométrie", "gds", "pao2", "paco2"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Gazométrie artérielle obligatoire pour confirmer une insuffisance respiratoire"
+
+  fractures:
+    prefixes: ["S02", "S12", "S22", "S32", "S42", "S52", "S62", "S72", "S82", "S92"]
+    libelle_famille: "Fracture"
+    items:
+      - categorie: imagerie
+        element: Imagerie osseuse
+        match_imagerie: ["radio", "radiographie", "scanner", "tdm", "irm", "rx"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Imagerie indispensable pour confirmer une fracture"
+
+  infection_urinaire:
+    prefixes: ["N39.0"]
+    libelle_famille: "Infection urinaire"
+    items:
+      - categorie: biologie
+        element: ECBU
+        match_bio: ["ecbu", "examen cytobacteriologique", "examen cytobactériologique"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "ECBU obligatoire pour documenter une infection urinaire"
+
+  fa_flutter:
+    prefixes: ["I48"]
+    libelle_famille: "Fibrillation auriculaire / Flutter"
+    items:
+      - categorie: biologie
+        element: ECG
+        match_bio: ["ecg", "electrocardiogramme", "électrocardiogramme"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "ECG obligatoire pour documenter une FA/flutter"
+
+# --- Règles par préfixe CCAM (actes) ---
+actes:
+
+  chirurgie:
+    description: "Acte chirurgical nécessitant un CRO"
+    prefixes: ["H", "J", "K", "L"]
+    items:
+      - categorie: document
+        element: CRO
+        match_document: ["cro", "compte rendu operatoire", "compte-rendu opératoire"]
+        importance: obligatoire
+        impact_cpam: "Compte-rendu opératoire obligatoire pour tout acte chirurgical"

config/diagnostic_conflicts.yaml

@@ -26,9 +26,9 @@ mutual_exclusions:
 
 incompatibilities:
   - pair: ["E66", "E40", "E41", "E42", "E43", "E44", "E45", "E46"]
-    atih_ref: "Guide Méthodologique MCO : Incompatibilité clinique Obésité / Dénutrition"
-    message: "Obésité (E66) et Dénutrition/Malnutrition (E40-E46) sont cliniquement incompatibles"
-    severity: "HARD"
+    atih_ref: "HAS/FFN nov 2021 : un patient obèse peut être dénutri"
+    message: "Obésité et Dénutrition coexistent — vérifier critères HAS 2021 (perte de poids, sarcopénie, albumine)"
+    severity: "MEDIUM"
 
   - pair: ["I10", "I95"]
     atih_ref: "Guide Méthodologique MCO : Incohérence Hypertension / Hypotension sur le même séjour"