chore: add .gitignore

t2a_install_rag_cleanup/src/quality/decision_engine.py

@@ -0,0 +1,170 @@
+"""Moteur de décisions (post-traitement qualité).
+
+But: conserver la proposition du modèle (cim10_suggestion) tout en produisant une
+*sortie finale* plus défendable (cim10_final + cim10_decision).
+
+Ce module est déterministe, court, et auditable.
+"""
+
+from __future__ import annotations
+
+import re
+import unicodedata
+from typing import Optional
+
+from ..config import CodeDecision, Diagnostic, DossierMedical
+
+
+# --- Règles "étiologiques" : ne pas affirmer sans preuve spécifique ---
+
+IRON_MARKERS = (
+    "ferrit",  # ferritine
+    "transferr",  # transferrine
+    "saturation",  # saturation transferrine
+    "cst",  # coefficient de saturation
+    "carence mart",
+    "martiale",
+    "ferripr",  # ferriprive
+    "fer intraveineux",
+    "fer iv",
+    "traitement martial",
+)
+
+
+def _norm(s: str) -> str:
+    s = s.replace("’", "'")
+    s = unicodedata.normalize("NFKD", s)
+    s = "".join(ch for ch in s if not unicodedata.combining(ch))
+    s = s.lower()
+    return re.sub(r"\s+", " ", s).strip()
+
+
+def _first_float(text: str) -> Optional[float]:
+    m = re.search(r"(-?\d+(?:[\.,]\d+)?)", text)
+    if not m:
+        return None
+    return float(m.group(1).replace(",", "."))
+
+
+def _parse_normal_range(text: str) -> tuple[Optional[float], Optional[float]]:
+    # Ex: "[N: 12-17]" / "[N: 12 - 17]"
+    m = re.search(r"\[\s*N\s*:\s*([0-9]+(?:[\.,][0-9]+)?)\s*-\s*([0-9]+(?:[\.,][0-9]+)?)\s*\]", text)
+    if not m:
+        return None, None
+    lo = float(m.group(1).replace(",", "."))
+    hi = float(m.group(2).replace(",", "."))
+    return lo, hi
+
+
+def _anemia_bio(diag: Diagnostic) -> bool:
+    # 1) via preuves_cliniques (souvent déjà interprétées)
+    for p in diag.preuves_cliniques or []:
+        blob = f"{p.element} {p.interpretation}".lower()
+        if "hemoglob" in blob or "hémoglob" in blob or blob.strip().startswith("hb"):
+            val = _first_float(p.element) or _first_float(p.interpretation)
+            lo, _ = _parse_normal_range(p.element)
+            lo = lo if lo is not None else 12.0
+            if val is not None and val < lo:
+                return True
+            if "confirm" in blob and "anemie" in blob:
+                return True
+    # 2) fallback : le texte mentionne une anémie chiffrée
+    ex = _norm(diag.source_excerpt or "")
+    if "hemoglob" in ex or "hémoglob" in ex:
+        return True
+    return False
+
+
+def _iron_evidence_blob(dossier: DossierMedical, diag: Diagnostic) -> str:
+    parts: list[str] = []
+
+    # Preuves patient (extraits + éléments structurés)
+    if diag.source_excerpt:
+        parts.append(str(diag.source_excerpt))
+
+    for p in diag.preuves_cliniques or []:
+        parts.append(f"{p.element} {p.interpretation}")
+
+    # Biologie clé globale (si ferritine/fer a été capté ailleurs)
+    for b in dossier.biologie_cle or []:
+        parts.append(f"{b.test} {b.valeur or ''}")
+
+    # Traitements (si supplémentation martiale documentée)
+    for t in dossier.traitements_sortie or []:
+        parts.append(f"{t.medicament} {t.posologie or ''}")
+
+    return _norm("\n".join(parts))
+
+
+def apply_decisions(dossier: DossierMedical) -> None:
+    """Applique des décisions finales sur DP/DAS.
+
+    - Ne supprime pas la suggestion du modèle.
+    - Remplit cim10_final systématiquement quand une suggestion existe.
+    - Remplit cim10_decision uniquement si action != KEEP (pour garder le JSON lisible).
+    """
+
+    def _set_default_final(diag: Diagnostic):
+        if diag.cim10_suggestion and diag.cim10_final is None:
+            diag.cim10_final = diag.cim10_suggestion
+
+    # DP
+    if dossier.diagnostic_principal:
+        _set_default_final(dossier.diagnostic_principal)
+
+    # DAS
+    for das in dossier.diagnostics_associes or []:
+        _set_default_final(das)
+
+    # --- Règle: D50 sans preuve martiale -> downgrade D64.9 + needs_info ---
+    for das in dossier.diagnostics_associes or []:
+        if das.cim10_suggestion != "D50":
+            continue
+
+        blob = _iron_evidence_blob(dossier, das)
+        has_iron = any(m in blob for m in IRON_MARKERS)
+        has_anemia = _anemia_bio(das)
+
+        # Si on n'a même pas d'anémie biologique, on n'automatise pas.
+        if not has_anemia:
+            continue
+
+        if not has_iron:
+            das.cim10_final = "D64.9"
+            das.cim10_decision = CodeDecision(
+                action="DOWNGRADE",
+                final_code="D64.9",
+                downgraded_from="D50",
+                reason="Anémie biologique sans preuve d'étiologie ferriprive (bilan martial absent/insuffisant).",
+                needs_info=[
+                    "Bilan martial disponible ? (ferritine, fer, CST/transferrine)",
+                    "Mention explicite 'anémie ferriprive' ou carence martiale ?",
+                    "Traitement martial (fer per os/IV) documenté ?",
+                ],
+                applied_rules=["RULE-D50-NEEDS-IRON"],
+            )
+
+
+
+def decision_summaries(dossier: DossierMedical) -> list[str]:
+    """Retourne une liste de lignes lisibles à injecter dans alertes_codage."""
+    lines: list[str] = []
+
+    def _summ(where: str, d: Diagnostic):
+        dec = d.cim10_decision
+        if not dec or dec.action == "KEEP":
+            return
+        if dec.action == "DOWNGRADE":
+            lines.append(f"DECISION: {where} {dec.downgraded_from}→{dec.final_code} ({', '.join(dec.applied_rules)})")
+            for ni in dec.needs_info[:3]:
+                lines.append(f"DECISION:   besoin_info: {ni}")
+        elif dec.action == "REMOVE":
+            lines.append(f"DECISION: {where} {d.cim10_suggestion} supprimé ({', '.join(dec.applied_rules)})")
+
+    if dossier.diagnostic_principal:
+        _summ("diagnostic_principal", dossier.diagnostic_principal)
+
+    for i, das in enumerate(dossier.diagnostics_associes or []):
+        _summ(f"diagnostics_associes[{i}]", das)
+
+    return lines