chore: add .gitignore

output/structured/178_23124458/BACTERIO_23124458_cim10.json

@@ -0,0 +1,338 @@
+{
+  "source_file": "BACTERIO 23124458.pdf",
+  "document_type": "crh",
+  "sejour": {},
+  "diagnostic_principal": {
+    "texte": "Infection à Streptococcus pyogenes",
+    "cim10_suggestion": "A40.9",
+    "cim10_confidence": "low",
+    "cim10_final": "A40.9",
+    "sources_rag": [],
+    "preuves_cliniques": [],
+    "est_cma": true,
+    "niveau_severite": "non_evalue",
+    "niveau_cma": 4,
+    "source": "nuke3"
+  },
+  "dp_selection": {
+    "chosen_index": 1,
+    "chosen_term": "Infection à Streptococcus pyogenes",
+    "chosen_code": "A40.9",
+    "confidence": "high",
+    "verdict": "CONFIRMED",
+    "evidence": [
+      "Le contexte clinique est absent, mais l'infection à Streptococcus pyogenes est une étiologie spécifique et plus informative qu'une résistance à un antibiotique (Pénicillinase).",
+      "En l'absence d'informations supplémentaires, on privilégie l'infection à l'agent pathogène."
+    ],
+    "reason": "Infection à Streptococcus pyogenes est plus spécifique et représente une étiologie probable.",
+    "candidates": [
+      {
+        "index": 0,
+        "term": "Pénicillinase",
+        "code": "U82.0",
+        "confidence": "high",
+        "source": "edsnlp",
+        "is_comorbidity_like": false,
+        "is_symptom_like": false,
+        "is_act_only": false,
+        "section_strength": 2,
+        "num_occurrences": 1,
+        "score": 5.0,
+        "score_details": {
+          "section": 2,
+          "confidence": 3
+        }
+      },
+      {
+        "index": 1,
+        "term": "Infection à Streptococcus pyogenes",
+        "code": "A40.9",
+        "confidence": "high",
+        "source": "llm_das",
+        "is_comorbidity_like": false,
+        "is_symptom_like": false,
+        "is_act_only": false,
+        "section_strength": 1,
+        "num_occurrences": 1,
+        "score": 4.0,
+        "score_details": {
+          "section": 1,
+          "confidence": 3
+        }
+      }
+    ],
+    "debug_scores": {
+      "top1": 5.0,
+      "top2": 4.0,
+      "delta": 1.0,
+      "llm": true
+    }
+  },
+  "dp_crh_only": {
+    "chosen_index": 1,
+    "chosen_term": "Infection à Streptococcus pyogenes",
+    "chosen_code": "A40.9",
+    "confidence": "high",
+    "verdict": "CONFIRMED",
+    "evidence": [
+      "Le contexte clinique est absent, mais l'infection à Streptococcus pyogenes est une étiologie spécifique et plus informative qu'une résistance à un antibiotique (Pénicillinase).",
+      "En l'absence d'informations supplémentaires, on privilégie l'infection à l'agent pathogène."
+    ],
+    "reason": "Infection à Streptococcus pyogenes est plus spécifique et représente une étiologie probable.",
+    "candidates": [
+      {
+        "index": 0,
+        "term": "Pénicillinase",
+        "code": "U82.0",
+        "confidence": "high",
+        "source": "edsnlp",
+        "is_comorbidity_like": false,
+        "is_symptom_like": false,
+        "is_act_only": false,
+        "section_strength": 2,
+        "num_occurrences": 1,
+        "score": 5.0,
+        "score_details": {
+          "section": 2,
+          "confidence": 3
+        }
+      },
+      {
+        "index": 1,
+        "term": "Infection à Streptococcus pyogenes",
+        "code": "A40.9",
+        "confidence": "high",
+        "source": "llm_das",
+        "is_comorbidity_like": false,
+        "is_symptom_like": false,
+        "is_act_only": false,
+        "section_strength": 1,
+        "num_occurrences": 1,
+        "score": 4.0,
+        "score_details": {
+          "section": 1,
+          "confidence": 3
+        }
+      }
+    ],
+    "debug_scores": {
+      "top1": 5.0,
+      "top2": 4.0,
+      "delta": 1.0,
+      "llm": true
+    }
+  },
+  "dp_final": {
+    "chosen_index": 1,
+    "chosen_term": "Infection à Streptococcus pyogenes",
+    "chosen_code": "A40.9",
+    "confidence": "high",
+    "verdict": "CONFIRMED",
+    "evidence": [
+      "Le contexte clinique est absent, mais l'infection à Streptococcus pyogenes est une étiologie spécifique et plus informative qu'une résistance à un antibiotique (Pénicillinase).",
+      "En l'absence d'informations supplémentaires, on privilégie l'infection à l'agent pathogène."
+    ],
+    "reason": "Infection à Streptococcus pyogenes est plus spécifique et représente une étiologie probable.",
+    "candidates": [
+      {
+        "index": 0,
+        "term": "Pénicillinase",
+        "code": "U82.0",
+        "confidence": "high",
+        "source": "edsnlp",
+        "is_comorbidity_like": false,
+        "is_symptom_like": false,
+        "is_act_only": false,
+        "section_strength": 2,
+        "num_occurrences": 1,
+        "score": 5.0,
+        "score_details": {
+          "section": 2,
+          "confidence": 3
+        }
+      },
+      {
+        "index": 1,
+        "term": "Infection à Streptococcus pyogenes",
+        "code": "A40.9",
+        "confidence": "high",
+        "source": "llm_das",
+        "is_comorbidity_like": false,
+        "is_symptom_like": false,
+        "is_act_only": false,
+        "section_strength": 1,
+        "num_occurrences": 1,
+        "score": 4.0,
+        "score_details": {
+          "section": 1,
+          "confidence": 3
+        }
+      }
+    ],
+    "debug_scores": {
+      "top1": 5.0,
+      "top2": 4.0,
+      "delta": 1.0,
+      "llm": true
+    }
+  },
+  "quality_flags": {
+    "crh_only_mode": true
+  },
+  "diagnostics_associes": [
+    {
+      "texte": "Pénicillinase",
+      "cim10_suggestion": "U82.0",
+      "cim10_confidence": "high",
+      "cim10_final": "U82.0",
+      "justification": "Résistance à la pénicilline documentée, impactant la prise en charge de l'infection.",
+      "raisonnement": "ANALYSE CLINIQUE :\nLa présence de pénicillinase indique une résistance bactérienne à la pénicilline, ce qui complique le traitement des infections. C'est un marqueur de résistance aux antibiotiques bêta-lactamines.\n\nCODES CANDIDATS :\nU82.0 (Résistance à la pénicilline)\n\nDISCRIMINATION :\nU82.0 est le code le plus spécifique pour la résistance à la pénicilline, incluant la résistance à l'amoxicilline, qui est mentionnée dans les DAS déjà codés. Les autres codes proposés ne sont pas pertinents pour ce diagnostic.\n\nREGLE PMSI :\nEn tant que DAS, ce code doit refléter une morbidité significative ayant mobilisé des ressources supplémentaires pendant le séjour. La résistance à la pénicilline nécessite souvent des antibiotiques alternatifs plus coûteux et une durée d'hospitalisation potentiellement plus longue.",
+      "sources_rag": [
+        {
+          "document": "cim10",
+          "page": 506,
+          "code": "L10.2",
+          "extrait": "L10.2 Pemphigus foliacé"
+        },
+        {
+          "document": "cim10",
+          "page": 249,
+          "code": "E70.0",
+          "extrait": "E70.0 Phénylcétonurie classique"
+        },
+        {
+          "document": "cim10",
+          "page": 521,
+          "code": "L83",
+          "extrait": "L83 Acanthosis nigricans\nComprend : Papillomatose confluente et réticulée 521\nChapitre XII"
+        },
+        {
+          "document": "cim10",
+          "page": 976,
+          "code": "U82.0",
+          "extrait": "U82.0 Résistance à la pénicilline\nRésistance à l’ :\n•amoxicilline\n•ampicilline"
+        },
+        {
+          "document": "cim10",
+          "page": 964,
+          "code": "Z88.0",
+          "extrait": "Z88.0 Antécédents personnels d'allergie à la pénicilline"
+        },
+        {
+          "document": "cim10",
+          "page": 506,
+          "code": "L05",
+          "extrait": "L05 Sinus pilonidal\nComprend : fistule\ncoccygien(ne) ou pilonidal(e)\nkyste\nL05.0 Sinus pilonidal avec abcès\nL05.9 Sinus pilonidal sans abcès\nKyste pilonidal SAI"
+        },
+        {
+          "document": "cim10",
+          "page": 913,
+          "code": "Y52.7",
+          "extrait": "Y52.7 Vasodilatateurs périphériques\nAcide nicotinique (dérivés)\nÀ l'exclusion de :papavérine (Y51.3)"
+        },
+        {
+          "document": "cim10",
+          "page": 807,
+          "code": "T40.9",
+          "extrait": "T40.9 Psychodysleptiques [hallucinogènes], autres et sans précision\nMescaline\nPsilocine\nPsilocybine"
+        },
+        {
+          "document": "cim10",
+          "page": 250,
+          "code": "E71.1",
+          "extrait": "E71.1 Autres anomalies du métabolisme des acides aminés à chaine ramifiée\nAcidémie :\n•isovalérique\n•méthylmalonique\n•propionique\nHyperleucine-isoleucinémie\nHypervalinémie"
+        },
+        {
+          "document": "cim10",
+          "page": 814,
+          "code": "T54.0",
+          "extrait": "T54.0 Phénol et homologues du phénol"
+        }
+      ],
+      "preuves_cliniques": [
+        {
+          "type": "biologie",
+          "element": "Détection de la pénicillinase par analyse microbiologique.",
+          "interpretation": "Confirmation de la résistance bactérienne à la pénicilline."
+        },
+        {
+          "type": "traitement",
+          "element": "Utilisation d'antibiotiques alternatifs aux bêta-lactamines.",
+          "interpretation": "Nécessité d'un traitement plus coûteux et potentiellement plus long en raison de la résistance."
+        }
+      ],
+      "niveau_severite": "non_evalue",
+      "niveau_cma": 1,
+      "source": "edsnlp",
+      "source_page": 1,
+      "source_excerpt": "...apie. Souche méti-S : les pénicillines M (oxa et cloxacilline), la céfazoline et les inhibiteurs de pénicillinase sont\nactives sur cette souche de staphylocoque Antibiogramme réalisé en milieu liquide sur Vitek2 I..."
+    }
+  ],
+  "actes_ccam": [],
+  "antecedents": [],
+  "traitements_sortie": [],
+  "biologie_cle": [],
+  "biologie_discarded": [],
+  "imagerie": [],
+  "complications": [
+    {
+      "texte": "Infection",
+      "source_page": 1,
+      "source_excerpt": "...ou agglutination\nNombreuses colonies de Staphylococcus aureus\nBéta-lactamines: Phénotype sensible. Infections systémiques : les Aminosides S ne peuvent être administrés qu'en\nassociation avec une autre thérap..."
+    }
+  ],
+  "alertes_codage": [
+    "CMA niveau 4 : 'Infection à Streptococcus pyogenes' (A40.9) — sévérité non_evalue",
+    "QC: DP A40.9 confiance high→low — Le code A40.9 (Infection à Streptococcus pyogenes) est trop général. Le dossier indique simplement une 'infection'. Il manque la précision de l'agent pathogène. Sans plus de détails dans le dossier, il est impossible de confirmer cette infection spécifique. Il faudrait un résultat d'examen bactériologique précis pour justifier ce code.  Un code plus général comme X99.9 (Infection, non spécifiée) serait plus approprié en l'absence d'informations plus précises.",
+    "QC: Le dossier clinique manque de détails sur la nature de l'infection. Une description plus précise de l'infection (agent pathogène, localisation, etc.) est nécessaire pour un codage plus précis.",
+    "QC: L'absence de preuve clinique pour le code A40.9 soulève un doute sur sa pertinence. Il est crucial de vérifier le dossier clinique pour confirmer ou infirmer cette infection spécifique.",
+    "VETOS[PDF]: FAIL (score=70)",
+    "VETO-02 [HARD] diagnostic_principal: DP A40.9 sans preuve exploitable"
+  ],
+  "source_files": [],
+  "ghm_estimation": {
+    "cmd": "18",
+    "cmd_libelle": "Maladies infectieuses et parasitaires",
+    "type_ghm": "M",
+    "severite": 1,
+    "ghm_approx": "18M??1",
+    "cma_count": 0,
+    "cms_count": 0,
+    "alertes": []
+  },
+  "controles_cpam": [],
+  "veto_report": {
+    "verdict": "FAIL",
+    "score_contestabilite": 70,
+    "issues": [
+      {
+        "veto": "VETO-02",
+        "severity": "HARD",
+        "where": "diagnostic_principal",
+        "message": "DP A40.9 sans preuve exploitable"
+      }
+    ]
+  },
+  "processing_time_s": 58.8,
+  "metrics": {
+    "das_total": 1,
+    "das_active": 1,
+    "das_excluded": 0,
+    "das_removed": 0,
+    "das_ruled_out": 0,
+    "das_no_code": 0,
+    "actes_total": 0,
+    "actes_with_code": 0,
+    "dp_has_code": true
+  },
+  "rules_runtime": {
+    "router_version": 1,
+    "mode": "strict",
+    "enabled_packs": [
+      "decisions_core",
+      "vetos_core"
+    ],
+    "always_on_rules": [],
+    "triggers_fired": []
+  }
+}