feat: dictionnaire CIM-10 complet (10 893 codes) + robustesse regex
- Nouveau module cim10_dict.py : extraction depuis metadata.json FAISS, lookup intelligent avec normalisation Unicode (accents, trémas, apostrophes) - cim10_extractor : _lookup_cim10 utilise le dictionnaire complet, _find_dp normalisé, _find_das élargi à 20 patterns (cardio, métabo, infectieux, rénal...), biologie +6 tests (TGO/TGP, Hb, créatinine), traitements sans limite de lignes - document_classifier : scoring pondéré, classify_with_confidence(), scan 5000 chars - CLI --build-dict pour regénérer data/cim10_dict.json - 32 nouveaux tests unitaires (124 total, 0 échec) Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
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dom
180
src/medical/cim10_dict.py
Normal file
180
src/medical/cim10_dict.py
Normal file
@@ -0,0 +1,180 @@
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||||
"""Dictionnaire CIM-10 complet extrait depuis les métadonnées FAISS.
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||||
Fournit un lookup intelligent avec normalisation Unicode pour la recherche
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||||
de codes CIM-10 à partir de textes médicaux en français.
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"""
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from __future__ import annotations
|
||||
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||||
import json
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import logging
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import re
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import unicodedata
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from pathlib import Path
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||||
from typing import Optional
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||||
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from ..config import CIM10_DICT_PATH, RAG_INDEX_DIR
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||||
logger = logging.getLogger(__name__)
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||||
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||||
# Singleton : dictionnaire chargé une seule fois
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||||
_dict_cache: dict[str, str] | None = None
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||||
# Cache des labels normalisés pour le substring matching
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||||
_normalized_cache: list[tuple[str, str, str]] | None = None
|
||||
|
||||
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||||
def normalize_text(text: str) -> str:
|
||||
"""Normalise un texte : accent folding, lowercase, collapse whitespace.
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||||
Utilise unicodedata pour supprimer les accents (NFD → suppression des
|
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combining marks), puis met en minuscules et collapse les espaces multiples.
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||||
"""
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||||
# Normaliser les apostrophes Unicode → ASCII
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text = text.replace("\u2019", "'").replace("\u2018", "'").replace("\u02BC", "'")
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||||
# NFD decomposition puis suppression des combining marks (accents)
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nfkd = unicodedata.normalize("NFKD", text)
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stripped = "".join(c for c in nfkd if unicodedata.category(c) != "Mn")
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||||
# Lowercase + collapse whitespace
|
||||
return re.sub(r"\s+", " ", stripped.lower()).strip()
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||||
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def build_dict() -> dict[str, str]:
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||||
"""Construit le dictionnaire CIM-10 depuis metadata.json et l'écrit dans data/cim10_dict.json.
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||||
Extrait le code et le label (première ligne de l'extrait, sans le préfixe code)
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||||
depuis chaque entrée CIM-10 du metadata.json existant.
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||||
Returns:
|
||||
Le dictionnaire code → label.
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"""
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||||
metadata_path = RAG_INDEX_DIR / "metadata.json"
|
||||
if not metadata_path.exists():
|
||||
logger.error("metadata.json non trouvé : %s", metadata_path)
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||||
return {}
|
||||
|
||||
with open(metadata_path, encoding="utf-8") as f:
|
||||
metadata = json.load(f)
|
||||
|
||||
result: dict[str, str] = {}
|
||||
for entry in metadata:
|
||||
if entry.get("document") != "cim10":
|
||||
continue
|
||||
code = entry.get("code")
|
||||
extrait = entry.get("extrait", "")
|
||||
if not code or not extrait:
|
||||
continue
|
||||
|
||||
# Extraire le label : première ligne, sans le préfixe "CODE "
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||||
first_line = extrait.split("\n")[0].strip()
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||||
# Retirer le préfixe code (ex: "K85.1 Pancréatite aigüe...")
|
||||
prefix = f"{code} "
|
||||
if first_line.startswith(prefix):
|
||||
label = first_line[len(prefix):]
|
||||
else:
|
||||
label = first_line
|
||||
|
||||
# Garder l'entrée la plus spécifique (avec point > sans point)
|
||||
if code not in result or not label:
|
||||
result[code] = label
|
||||
|
||||
# Écrire le fichier JSON
|
||||
CIM10_DICT_PATH.parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
|
||||
with open(CIM10_DICT_PATH, "w", encoding="utf-8") as f:
|
||||
json.dump(result, f, ensure_ascii=False, indent=2)
|
||||
|
||||
logger.info("Dictionnaire CIM-10 généré : %d codes → %s", len(result), CIM10_DICT_PATH)
|
||||
return result
|
||||
|
||||
|
||||
def load_dict() -> dict[str, str]:
|
||||
"""Charge le dictionnaire CIM-10 (singleton lazy-loaded).
|
||||
|
||||
Si le fichier JSON n'existe pas, tente de le construire depuis metadata.json.
|
||||
"""
|
||||
global _dict_cache
|
||||
if _dict_cache is not None:
|
||||
return _dict_cache
|
||||
|
||||
if CIM10_DICT_PATH.exists():
|
||||
with open(CIM10_DICT_PATH, encoding="utf-8") as f:
|
||||
_dict_cache = json.load(f)
|
||||
else:
|
||||
logger.info("Dictionnaire CIM-10 absent, construction depuis metadata.json...")
|
||||
_dict_cache = build_dict()
|
||||
|
||||
return _dict_cache
|
||||
|
||||
|
||||
def _get_normalized_entries() -> list[tuple[str, str, str]]:
|
||||
"""Retourne une liste de (code, label_original, label_normalisé) triée par spécificité.
|
||||
|
||||
Les codes avec point (sous-codes, plus spécifiques) sont en premier.
|
||||
"""
|
||||
global _normalized_cache
|
||||
if _normalized_cache is not None:
|
||||
return _normalized_cache
|
||||
|
||||
d = load_dict()
|
||||
entries = []
|
||||
for code, label in d.items():
|
||||
norm = normalize_text(label)
|
||||
entries.append((code, label, norm))
|
||||
|
||||
# Trier : sous-codes (avec point) d'abord, puis par longueur de label décroissante
|
||||
# pour préférer les matchs les plus spécifiques
|
||||
entries.sort(key=lambda e: (0 if "." in e[0] else 1, -len(e[2])))
|
||||
_normalized_cache = entries
|
||||
return _normalized_cache
|
||||
|
||||
|
||||
def lookup(
|
||||
text: str,
|
||||
domain_overrides: dict[str, str] | None = None,
|
||||
) -> str | None:
|
||||
"""Recherche un code CIM-10 pour un texte donné.
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||||
|
||||
Stratégie en 3 niveaux :
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||||
1. Match substring dans domain_overrides (prioritaire, ex: CIM10_MAP existant)
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||||
2. Match exact normalisé dans le dictionnaire complet
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||||
3. Match substring normalisé avec scoring par spécificité (préfère sous-codes)
|
||||
|
||||
Args:
|
||||
text: Le texte médical à rechercher.
|
||||
domain_overrides: Dictionnaire terme→code prioritaire (ex: CIM10_MAP).
|
||||
|
||||
Returns:
|
||||
Le code CIM-10 trouvé ou None.
|
||||
"""
|
||||
if not text:
|
||||
return None
|
||||
|
||||
text_norm = normalize_text(text)
|
||||
|
||||
# Niveau 1 : domain overrides (substring match)
|
||||
if domain_overrides:
|
||||
for terme, code in domain_overrides.items():
|
||||
if normalize_text(terme) in text_norm:
|
||||
return code
|
||||
|
||||
# Niveau 2 : match exact normalisé dans le dictionnaire complet
|
||||
d = load_dict()
|
||||
for code, label in d.items():
|
||||
if normalize_text(label) == text_norm:
|
||||
return code
|
||||
|
||||
# Niveau 3 : substring match normalisé (plus spécifique d'abord)
|
||||
entries = _get_normalized_entries()
|
||||
for code, _label, norm_label in entries:
|
||||
if not norm_label or len(norm_label) < 4:
|
||||
continue
|
||||
if norm_label in text_norm:
|
||||
return code
|
||||
|
||||
return None
|
||||
|
||||
|
||||
def reset_cache() -> None:
|
||||
"""Réinitialise les caches (utile pour les tests)."""
|
||||
global _dict_cache, _normalized_cache
|
||||
_dict_cache = None
|
||||
_normalized_cache = None
|
||||
@@ -9,6 +9,7 @@ from typing import Optional
|
||||
|
||||
logger = logging.getLogger(__name__)
|
||||
|
||||
from .cim10_dict import lookup as dict_lookup, normalize_text
|
||||
from ..config import (
|
||||
ActeCCAM,
|
||||
BiologieCle,
|
||||
@@ -253,33 +254,77 @@ def _extract_diagnostics(
|
||||
|
||||
|
||||
def _find_diagnostic_principal(text_lower: str, conclusion: str) -> Diagnostic | None:
|
||||
"""Trouve le diagnostic principal dans le texte."""
|
||||
conclusion_lower = conclusion.lower()
|
||||
"""Trouve le diagnostic principal dans le texte.
|
||||
|
||||
# Chercher dans la conclusion d'abord
|
||||
Normalise le texte avant matching pour gérer les variations d'accents/casse.
|
||||
"""
|
||||
conclusion_norm = normalize_text(conclusion)
|
||||
|
||||
# Chercher dans la conclusion d'abord via CIM10_MAP (domain override)
|
||||
for terme, code in CIM10_MAP.items():
|
||||
if terme in conclusion_lower:
|
||||
if normalize_text(terme) in conclusion_norm:
|
||||
return Diagnostic(texte=terme.capitalize(), cim10_suggestion=code)
|
||||
|
||||
# Patterns courants pour le DP
|
||||
text_norm = normalize_text(text_lower)
|
||||
|
||||
# Patterns courants pour le DP (normalisés, sans accents)
|
||||
dp_patterns = [
|
||||
r"pancréatite\s+aigu[eë]\s+(?:d'origine\s+)?lithiasique",
|
||||
r"pancréatite\s+aigu[eë]\s+biliaire",
|
||||
r"pancréatite\s+aigu[eë]",
|
||||
r"pancreatite\s+aigue\s+(?:d'origine\s+)?lithiasique",
|
||||
r"pancreatite\s+aigue\s+biliaire",
|
||||
r"pancreatite\s+aigue",
|
||||
]
|
||||
for pat in dp_patterns:
|
||||
if re.search(pat, text_lower):
|
||||
matched = re.search(pat, text_lower).group(0)
|
||||
m = re.search(pat, text_norm)
|
||||
if m:
|
||||
matched = m.group(0)
|
||||
code = _lookup_cim10(matched)
|
||||
return Diagnostic(texte=matched.capitalize(), cim10_suggestion=code)
|
||||
|
||||
return None
|
||||
|
||||
|
||||
# Patterns DAS : (pattern_normalisé, label, code_fallback)
|
||||
# Les patterns sont appliqués sur du texte normalisé (sans accents, lowercase)
|
||||
_DAS_PATTERNS: list[tuple[str, str, str]] = [
|
||||
# Lithiases biliaires
|
||||
(r"lithiase\s+(?:du\s+)?(?:bas\s+)?choledoque", "Lithiase du cholédoque", "K80.5"),
|
||||
(r"vesicule\s+lithiasique|lithiases?\s+vesiculaire", "Lithiase vésiculaire", "K80.2"),
|
||||
# Inflammation biliaire
|
||||
(r"cholecystite\s+aigue", "Cholécystite aiguë", "K81.0"),
|
||||
(r"angiocholite|cholangite", "Angiocholite", "K83.0"),
|
||||
# Réactions médicamenteuses
|
||||
(r"eruption\s+cutanee|toxidermie|reaction\s+au\s+tramadol", "Éruption cutanée médicamenteuse", "L27.0"),
|
||||
# Cardiovasculaire
|
||||
(r"hypertension\s+arterielle|\bhta\b", "Hypertension artérielle", "I10"),
|
||||
(r"fibrillation\s+auriculaire|\bfa\b(?:\s+paroxystique)?|\bacfa\b", "Fibrillation auriculaire", "I48.9"),
|
||||
(r"embolie\s+pulmonaire", "Embolie pulmonaire", "I26.9"),
|
||||
(r"thrombose\s+veineuse\s+profonde|\btvp\b", "Thrombose veineuse profonde", "I80.2"),
|
||||
# Métabolique
|
||||
(r"diabete\s+(?:sucre\s+)?(?:de\s+)?type\s+2|diabete\s+type\s*2", "Diabète de type 2", "E11.9"),
|
||||
(r"diabete\s+(?:sucre\s+)?(?:de\s+)?type\s+1|diabete\s+type\s*1", "Diabète de type 1", "E10.9"),
|
||||
(r"dyslipidemie|hypercholesterolemie", "Dyslipidémie", "E78.5"),
|
||||
(r"denutrition|malnutrition", "Dénutrition", "E46"),
|
||||
# Infectieux
|
||||
(r"pneumopathie|pneumonie", "Pneumopathie", "J18.9"),
|
||||
(r"infection\s+urinaire|pyelonephrite", "Infection urinaire", "N39.0"),
|
||||
(r"\bsepsis\b|septicemie|choc\s+septique", "Sepsis", "A41.9"),
|
||||
# Rénal
|
||||
(r"insuffisance\s+renale", "Insuffisance rénale", "N19"),
|
||||
# Hématologique
|
||||
(r"anemie", "Anémie", "D64.9"),
|
||||
# Addictions
|
||||
(r"tabagisme|tabac\s+actif", "Tabagisme", "F17.2"),
|
||||
(r"ethylisme|alcoolisme|intoxication\s+ethylique", "Éthylisme", "F10.1"),
|
||||
]
|
||||
|
||||
|
||||
def _find_diagnostics_associes(
|
||||
text_lower: str, conclusion: str, dossier: DossierMedical
|
||||
) -> list[Diagnostic]:
|
||||
"""Trouve les diagnostics associés."""
|
||||
"""Trouve les diagnostics associés.
|
||||
|
||||
Utilise des patterns normalisés (sans accents) pour une détection robuste.
|
||||
"""
|
||||
das: list[Diagnostic] = []
|
||||
existing_codes = set()
|
||||
if dossier.diagnostic_principal:
|
||||
@@ -287,32 +332,21 @@ def _find_diagnostics_associes(
|
||||
for d in dossier.diagnostics_associes:
|
||||
existing_codes.add(d.cim10_suggestion)
|
||||
|
||||
# Lithiase cholédoque
|
||||
if re.search(r"lithiase\s+(?:du\s+)?(?:bas\s+)?cholédoque", text_lower):
|
||||
if "K80.5" not in existing_codes:
|
||||
das.append(Diagnostic(texte="Lithiase du cholédoque", cim10_suggestion="K80.5"))
|
||||
existing_codes.add("K80.5")
|
||||
text_norm = normalize_text(text_lower)
|
||||
|
||||
# Éruption médicamenteuse
|
||||
if re.search(r"éruption\s+cutanée|eruption\s+cutanée|toxidermie|réaction\s+au\s+tramadol", text_lower):
|
||||
if "L27.0" not in existing_codes:
|
||||
das.append(Diagnostic(texte="Éruption cutanée médicamenteuse", cim10_suggestion="L27.0"))
|
||||
existing_codes.add("L27.0")
|
||||
# Patterns DAS
|
||||
for pat, label, code in _DAS_PATTERNS:
|
||||
if re.search(pat, text_norm) and code not in existing_codes:
|
||||
das.append(Diagnostic(texte=label, cim10_suggestion=code))
|
||||
existing_codes.add(code)
|
||||
|
||||
# Obésité (IMC >= 30)
|
||||
if re.search(r"imc\s*[:=]?\s*(\d{2,3}[.,]\d+)", text_lower):
|
||||
m = re.search(r"imc\s*[:=]?\s*(\d{2,3}[.,]\d+)", text_lower)
|
||||
if m:
|
||||
imc_val = float(m.group(1).replace(",", "."))
|
||||
if imc_val >= 30 and "E66.0" not in existing_codes:
|
||||
das.append(Diagnostic(texte=f"Obésité (IMC {imc_val})", cim10_suggestion="E66.0"))
|
||||
existing_codes.add("E66.0")
|
||||
|
||||
# Lithiases vésiculaires
|
||||
if re.search(r"vésicule\s+lithiasique|lithiases?\s+vésiculaire", text_lower):
|
||||
if "K80.2" not in existing_codes:
|
||||
das.append(Diagnostic(texte="Lithiase vésiculaire", cim10_suggestion="K80.2"))
|
||||
existing_codes.add("K80.2")
|
||||
# Obésité (IMC >= 30) — pattern spécial avec extraction de valeur
|
||||
m = re.search(r"imc\s*[:=]?\s*(\d{2,3}[.,]\d+)", text_norm)
|
||||
if m:
|
||||
imc_val = float(m.group(1).replace(",", "."))
|
||||
if imc_val >= 30 and "E66.0" not in existing_codes:
|
||||
das.append(Diagnostic(texte=f"Obésité (IMC {imc_val})", cim10_suggestion="E66.0"))
|
||||
existing_codes.add("E66.0")
|
||||
|
||||
return das
|
||||
|
||||
@@ -399,7 +433,7 @@ def _extract_traitements(
|
||||
if not drug.negation and drug.code_atc:
|
||||
drug_atc[drug.texte.lower()] = drug.code_atc
|
||||
|
||||
# Depuis le texte — section "TTT de sortie" (limiter à quelques lignes)
|
||||
# Depuis le texte — section "TTT de sortie" (sans limite de lignes)
|
||||
m = re.search(
|
||||
r"(?:TTT|Traitement)\s+de\s+sortie\s*[:：]?\s*\n?(.*?)(?=\n\s*(?:Devenir|Rédigé|Cordialement|Patient:|Episode|Le \d{2}/\d{2}|\n\n)|$)",
|
||||
text,
|
||||
@@ -408,17 +442,28 @@ def _extract_traitements(
|
||||
if m:
|
||||
block = m.group(1).strip()
|
||||
lines = block.split("\n")
|
||||
for line in lines[:10]: # Limiter à 10 lignes max
|
||||
for line in lines:
|
||||
line = line.strip().lstrip("- •")
|
||||
if not line or len(line) <= 2:
|
||||
continue
|
||||
# Ignorer les footers et lignes non-médicament
|
||||
if re.match(r"^(Patient|Episode|Le \d|Page|V\d)", line):
|
||||
# Conditions d'arrêt : footers, signatures, metadata
|
||||
if re.match(
|
||||
r"^(Patient|Episode|Le \d|Page\s+\d|V\d|Rédigé|Cordialement|Dr\s|Docteur|Signature|Date|Fait\s+le)",
|
||||
line,
|
||||
re.IGNORECASE,
|
||||
):
|
||||
break
|
||||
med = line
|
||||
poso = None
|
||||
# Séparer médicament et posologie
|
||||
poso_match = re.search(r"\s+(si besoin|matin|soir|midi|\d+\s*(?:mg|cp|gel).*)", line, re.IGNORECASE)
|
||||
# Séparer médicament et posologie (pattern élargi)
|
||||
poso_match = re.search(
|
||||
r"\s+(si besoin|matin|soir|midi|"
|
||||
r"\d+\s*(?:mg|cp|gel|sachet|comprim[ée]|g[ée]lule).*|"
|
||||
r"\d+\s*(?:x|fois)\s*/?\s*(?:j(?:our)?|semaine)|"
|
||||
r"pendant\s+\d+\s*jours?)",
|
||||
line,
|
||||
re.IGNORECASE,
|
||||
)
|
||||
if poso_match:
|
||||
med = line[:poso_match.start()].strip()
|
||||
poso = poso_match.group(1).strip()
|
||||
@@ -460,16 +505,24 @@ def _match_drug_atc(med_name: str, drug_atc: dict[str, str]) -> Optional[str]:
|
||||
|
||||
|
||||
def _extract_biologie(text: str, dossier: DossierMedical) -> None:
|
||||
"""Extrait les résultats biologiques clés."""
|
||||
"""Extrait les résultats biologiques clés.
|
||||
|
||||
Supporte les aliases (TGO/TGP, Hb), variantes d'unités (UI/L, µmol/L, g/dL),
|
||||
et des tests additionnels (hémoglobine, plaquettes, leucocytes, créatinine).
|
||||
"""
|
||||
bio_patterns = [
|
||||
(r"[Ll]ipas[ée]mie\s*(?:[àa=:])?\s*(\d+)", "Lipasémie", None),
|
||||
(r"CRP\s*[=:à]?\s*(\d+(?:[.,]\d+)?)", "CRP", None),
|
||||
(r"ASAT\s*[=:à]?\s*([\d.,]+)\s*(?:N|U/L)?", "ASAT", None),
|
||||
(r"ALAT\s*[=:à]?\s*([\d.,]+)\s*(?:N|U/L)?", "ALAT", None),
|
||||
(r"GGT\s*[=:à]?\s*(\d+)\s*(?:U/L)?", "GGT", None),
|
||||
(r"PAL\s*[=:à]?\s*(\d+)\s*(?:U/L)?", "PAL", None),
|
||||
(r"[Bb]ilirubine\s+(?:totale\s+)?[àa=:]\s*(\d+)\s*(?:µmol/L)?", "Bilirubine totale", None),
|
||||
(r"troponine\s+(négative|positive|normale)", "Troponine", None),
|
||||
(r"[Ll]ipas[ée]mie\s*(?:[àa=:])?\s*(\d+)\s*(?:UI/L|U/L)?", "Lipasémie", None),
|
||||
(r"CRP\s*[=:àa]?\s*(\d+(?:[.,]\d+)?)\s*(?:mg/[Ll])?", "CRP", None),
|
||||
(r"(?:ASAT|TGO)\s*[=:àa]?\s*([\d.,]+)\s*(?:N|U(?:I)?/L)?", "ASAT", None),
|
||||
(r"(?:ALAT|TGP)\s*[=:àa]?\s*([\d.,]+)\s*(?:N|U(?:I)?/L)?", "ALAT", None),
|
||||
(r"GGT\s*[=:àa]?\s*(\d+)\s*(?:U(?:I)?/L)?", "GGT", None),
|
||||
(r"PAL\s*[=:àa]?\s*(\d+)\s*(?:U(?:I)?/L)?", "PAL", None),
|
||||
(r"[Bb]ilirubine\s+(?:totale\s+)?[àa=:]\s*(\d+(?:[.,]\d+)?)\s*(?:µmol/L|mg/dL)?", "Bilirubine totale", None),
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||||
(r"[Tt]roponine\s+(?:us\s+)?(n[ée]gative|positive|normale)", "Troponine", None),
|
||||
(r"(?:[Hh][ée]moglobine|Hb)\s*[=:àa]?\s*(\d+(?:[.,]\d+)?)\s*(?:g/dL|g/L)?", "Hémoglobine", None),
|
||||
(r"[Pp]laquettes?\s*[=:àa]?\s*(\d+(?:\s*000)?)\s*(?:/mm3|G/L)?", "Plaquettes", None),
|
||||
(r"[Ll]eucocytes?\s*[=:àa]?\s*(\d+(?:\s*000)?)\s*(?:/mm3|G/L)?", "Leucocytes", None),
|
||||
(r"[Cc]r[ée]atinine?\s*[=:àa]?\s*(\d+(?:[.,]\d+)?)\s*(?:µmol/L|mg/dL)?", "Créatinine", None),
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||||
]
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||||
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||||
for pattern, test_name, _ in bio_patterns:
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||||
@@ -589,12 +642,11 @@ def _find_act_date(text: str, act_pattern: str) -> str | None:
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||||
|
||||
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||||
def _lookup_cim10(text: str) -> str | None:
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||||
"""Cherche un code CIM-10 pour un texte donné."""
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||||
text_lower = text.lower().strip()
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||||
for terme, code in CIM10_MAP.items():
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if terme in text_lower:
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||||
return code
|
||||
return None
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||||
"""Cherche un code CIM-10 pour un texte donné.
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||||
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||||
Utilise le dictionnaire complet (10 893 codes) avec CIM10_MAP en override prioritaire.
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||||
"""
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||||
return dict_lookup(text, domain_overrides=CIM10_MAP)
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||||
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||||
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||||
def _is_abnormal(test: str, value: str) -> bool | None:
|
||||
@@ -616,6 +668,10 @@ def _is_abnormal(test: str, value: str) -> bool | None:
|
||||
"GGT": (0, 60),
|
||||
"PAL": (0, 150),
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||||
"Bilirubine totale": (0, 17),
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||||
"Hémoglobine": (12, 17),
|
||||
"Plaquettes": (150, 400),
|
||||
"Leucocytes": (4, 10),
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||||
"Créatinine": (50, 120),
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||||
}
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||||
if test in normals:
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