feat: T2A-Extractor pipeline with CIM-10 normalizer (31→0 warnings)

Initial commit with full extraction pipeline: PDF OCR (docTR), text
segmentation, LLM extraction (Ollama), deterministic post-processing
normalizer, validation, and Excel/CSV export.

The normalizer fixes OCR/LLM errors on CIM-10 codes:
- OCR digit→letter confusion in position 1 (1→I, 0→O, 5→S, 2→Z, 8→B)
- Missing dot separator (F050→F05.0, R410→R41.0)
- '+' instead of '.' (B99+1→B99.1, J961+0→J96.10)
- Excess decimals (Z04.880→Z04.88)
- OCR letter→digit in positions 2-3 (LO2.2→L02.2)
- Literal "null" string purge
- Auto-fill codes_retenus from decision context

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

setup.sh

@@ -0,0 +1,78 @@
+#!/bin/bash
+# =============================================================
+# T2A Extractor — Installation complète
+# Ubuntu 24.04 — Python 3.12+
+# =============================================================
+set -e
+
+SCRIPT_DIR="$(cd "$(dirname "${BASH_SOURCE[0]}")" && pwd)"
+VENV_DIR="$SCRIPT_DIR/.venv"
+
+echo "============================================"
+echo " T2A Extractor — Installation"
+echo "============================================"
+
+# --- 1. Vérifier Python ---
+echo ""
+echo "[1/5] Vérification de Python..."
+if ! command -v python3 &>/dev/null; then
+    echo "  ✗ Python3 non trouvé. Installation..."
+    sudo apt update && sudo apt install -y python3 python3-venv python3-pip
+fi
+PYTHON_VERSION=$(python3 --version 2>&1)
+echo "  ✓ $PYTHON_VERSION"
+
+# --- 2. Créer le venv ---
+echo ""
+echo "[2/5] Création de l'environnement virtuel..."
+if [ -d "$VENV_DIR" ]; then
+    echo "  → Suppression de l'ancien venv..."
+    rm -rf "$VENV_DIR"
+fi
+python3 -m venv "$VENV_DIR"
+source "$VENV_DIR/bin/activate"
+pip install --upgrade pip setuptools wheel -q
+echo "  ✓ Venv créé : $VENV_DIR"
+
+# --- 3. Installer les dépendances ---
+echo ""
+echo "[3/5] Installation des dépendances Python..."
+pip install -r "$SCRIPT_DIR/requirements.txt" 2>&1 | tail -5
+echo "  ✓ Dépendances installées"
+
+# --- 4. Vérifier Ollama ---
+echo ""
+echo "[4/5] Vérification d'Ollama..."
+if ! command -v ollama &>/dev/null; then
+    echo "  ⚠ Ollama non installé."
+    echo "  → Installer avec : curl -fsSL https://ollama.com/install.sh | sh"
+    echo "  → Puis : ollama pull gemma3:27b-it-qat"
+else
+    echo "  ✓ Ollama installé : $(ollama --version 2>&1 || echo 'version inconnue')"
+    echo "  → Assurez-vous que le modèle est chargé : ollama pull gemma3:27b-it-qat"
+fi
+
+# --- 5. Créer le dossier output ---
+echo ""
+echo "[5/5] Structure du projet..."
+mkdir -p "$SCRIPT_DIR/output"
+echo "  ✓ Dossier output créé"
+
+# --- Résumé ---
+echo ""
+echo "============================================"
+echo " Installation terminée !"
+echo "============================================"
+echo ""
+echo " Activation du venv :"
+echo "   source $VENV_DIR/bin/activate"
+echo ""
+echo " Usage :"
+echo "   python main.py <fichier.pdf>"
+echo "   python main.py <fichier.pdf> --csv --verbose"
+echo ""
+echo " Avant la première utilisation :"
+echo "   1. Démarrer Ollama : ollama serve"
+echo "   2. Charger le modèle : ollama pull gemma3:27b-it-qat"
+echo "   3. Adapter config.py si nécessaire (OLLAMA_MODEL)"
+echo ""