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d324ada310 test(core): verrouiller le fallback edsnlp sur drugs.json corrompu (revue qualité)
Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-07-03 09:42:15 +02:00
6a992d87de fix(core): charger gazetteer médicaments edsnlp depuis data/ (torch-free) + log si absent
Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-07-03 09:36:08 +02:00
6 changed files with 4639 additions and 14 deletions

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@@ -29,6 +29,7 @@ datas = []
for relative_path, target_dir in [
("config", "config"),
("data/bdpm", "data/bdpm"),
("data/edsnlp", "data/edsnlp"),
("data/finess", "data/finess"),
("data/insee", "data/insee"),
("models/camembert-bio-deid/onnx", "models/camembert-bio-deid/onnx"),

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@@ -26,6 +26,7 @@ datas = []
for relative_path, target_dir in [
("config", "config"),
("data/bdpm", "data/bdpm"),
("data/edsnlp", "data/edsnlp"),
("data/finess", "data/finess"),
("data/insee", "data/insee"),
("models/camembert-bio-deid/onnx", "models/camembert-bio-deid/onnx"),

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@@ -256,24 +256,62 @@ except ImportError:
APP_VERSION = "0.11.0-mvp" # incrémenter avant rebuild release
# Gazetteer médicaments extrait de edsnlp/resources/drugs.json et versionné dans
# le dépôt (data/edsnlp/drugs.json). Lu EN PREMIER au runtime pour rester complet
# dans le build Windows torch-free (Plan 3), où edsnlp — qui importe torch en dur —
# n'est pas disponible. En mode frozen, __file__ pointe vers _MEIPASS, donc ce
# chemin résout le fichier embarqué (cf _load_bdpm_medication_names).
_EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH = Path(__file__).parent / "data" / "edsnlp" / "drugs.json"
def _parse_edsnlp_drugs_json(path: Path) -> set:
"""Parse un drugs.json edsnlp (code ATC → liste de noms).
Retourne le set des noms mono-mot de longueur >= 4, en minuscules.
Parsing IDENTIQUE à l'historique (garantie de non-régression du gazetteer)."""
import json as _json
data = _json.loads(path.read_text(encoding="utf-8"))
result = set()
for _code, names in data.items():
for name in names:
if " " not in name and len(name) >= 4:
result.add(name.lower())
return result
def _load_edsnlp_drug_names() -> set:
"""Charge les noms de médicaments mono-mot depuis edsnlp/resources/drugs.json.
Retourne un set lowercase. Fallback silencieux si edsnlp absent."""
"""Charge les noms de médicaments mono-mot pour la whitelist anti-faux-positif.
Ordre de résolution (torch-free) :
1. data/edsnlp/drugs.json (fichier versionné, 0 dépendance edsnlp/torch) ;
2. fallback : package edsnlp (BASE_DIR/resources/drugs.json), comportement
historique en mode dev ;
3. échec total → log.warning explicite + set() (dégradation rendue visible).
Retourne un set lowercase."""
# 1. Fichier data versionné (disponible aussi en frozen torch-free).
try:
if _EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH.exists():
return _parse_edsnlp_drugs_json(_EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH)
except Exception as exc: # fichier corrompu → on tente le fallback
log.debug("Lecture %s échouée : %s", _EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH, exc)
# 2. Fallback package edsnlp (dev).
try:
import edsnlp as _edsnlp
drugs_path = _edsnlp.BASE_DIR / "resources" / "drugs.json"
if not drugs_path.exists():
return set()
import json as _json
data = _json.loads(drugs_path.read_text(encoding="utf-8"))
result = set()
for _code, names in data.items():
for name in names:
if " " not in name and len(name) >= 4:
result.add(name.lower())
return result
except Exception:
return set()
if drugs_path.exists():
return _parse_edsnlp_drugs_json(drugs_path)
except Exception as exc:
log.debug("Fallback package edsnlp indisponible : %s", exc)
# 3. Échec total : rendre la dégradation visible (risque de sur-masquage).
log.warning(
"Gazetteer médicaments edsnlp indisponible (ni data/edsnlp/drugs.json "
"ni package edsnlp) — whitelist médicaments réduite, risque de sur-masquage"
)
return set()
def _load_bdpm_medication_names() -> set:

32
data/edsnlp/README.md Normal file
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@@ -0,0 +1,32 @@
# data/edsnlp — Gazetteer médicaments (extrait de edsnlp)
## Contenu
- `drugs.json` : dictionnaire code ATC → liste de noms de médicaments (1968 codes),
extrait de **edsnlp 0.20.0**, fichier `edsnlp/resources/drugs.json`.
## Usage
Ce fichier alimente `_load_edsnlp_drug_names()` dans
`anonymizer_core_refactored_onnx.py`. Les noms mono-mot de longueur ≥ 4 sont
chargés (en minuscules) comme **gazetteer anti-faux-positif** : ils empêchent
que des noms de médicaments (ex. « elisor », « kessar », « muse », « sirop »)
soient pris à tort pour des noms de personnes et sur-masqués.
Il est versionné dans le dépôt (et non lu depuis le package `edsnlp` au
runtime) afin que la whitelist médicaments reste complète dans le build Windows
**torch-free** (Plan 3), où `edsnlp` — qui importe `torch` en dur — n'est pas
disponible.
## Attribution / Licence
`drugs.json` provient du projet **edsnlp**, distribué sous licence
**BSD-3-Clause**.
> Copyright (c) 2021, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
>
> Redistribution and use in source and binary forms, with or without
> modification, are permitted under the terms of the BSD-3-Clause license.
Source : https://github.com/aphp/edsnlp — `edsnlp/resources/drugs.json`
(version 0.20.0).

4398
data/edsnlp/drugs.json Normal file

File diff suppressed because it is too large Load Diff

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@@ -0,0 +1,155 @@
#!/usr/bin/env python3
"""
Tests — chargement du gazetteer médicaments edsnlp depuis data/ (torch-free).
Contexte : le build Windows torch-free (Plan 3) retire torch. Or edsnlp importe
torch en dur → en frozen, `import edsnlp` échoue et l'ancienne
`_load_edsnlp_drug_names()` retournait silencieusement set() → whitelist
médicaments amputée de ~4206 noms → sur-masquage de médicaments pris pour des
personnes.
Correctif (Option A+B) :
A. charger d'abord depuis data/edsnlp/drugs.json (versionné, 0 dépendance) ;
fallback sur le package edsnlp (dev).
B. log.warning explicite si NI le fichier data NI le package ne sont dispo.
Aucun mock du contenu du gazetteer : on utilise le VRAI fichier data extrait.
"""
from __future__ import annotations
from pathlib import Path
import pytest
import anonymizer_core_refactored_onnx as core
ROOT_DIR = Path(__file__).resolve().parents[2]
DATA_DRUGS = ROOT_DIR / "data" / "edsnlp" / "drugs.json"
# Nombre exact de noms mono-mot (len>=4, lowercase) issus de drugs.json 0.20.0.
# C'est aussi le compte historique produit par l'ancienne fonction en dev :
# la garantie de non-régression est que la whitelist n'est PAS réduite.
EXPECTED_COUNT = 4206
# Noms de médicaments réellement présents dans le gazetteer extrait et qui
# entrent en conflit avec des noms/prénoms INSEE (vérifiés, pas inventés).
CONFLICT_NAMES = ["elisor", "kessar", "panos", "muse", "sirop"]
def test_data_file_present_and_parses():
"""Le fichier data doit exister et contenir 1968 codes ATC."""
import json
assert DATA_DRUGS.exists(), f"fichier data manquant : {DATA_DRUGS}"
data = json.loads(DATA_DRUGS.read_text(encoding="utf-8"))
assert len(data) == 1968
def test_load_from_data_exact_count():
"""Chargement depuis data/edsnlp/drugs.json → set de 4206 noms exactement."""
result = core._load_edsnlp_drug_names()
assert isinstance(result, set)
assert len(result) == EXPECTED_COUNT
def test_load_contains_conflict_names():
"""Les noms-conflits INSEE vérifiés doivent être dans le set (anti-sur-masquage)."""
result = core._load_edsnlp_drug_names()
for name in CONFLICT_NAMES:
assert name in result, f"{name!r} absent du gazetteer médicaments"
def test_fallback_to_package_when_data_absent(monkeypatch, tmp_path):
"""Si le fichier data est absent mais edsnlp importable → fallback package,
même résultat (4206)."""
pytest.importorskip("edsnlp")
# Pointer la constante de chemin data vers un dossier vide → fichier absent.
missing = tmp_path / "drugs.json"
monkeypatch.setattr(core, "_EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH", missing)
assert not missing.exists()
result = core._load_edsnlp_drug_names()
assert len(result) == EXPECTED_COUNT
for name in CONFLICT_NAMES:
assert name in result
def test_warning_when_both_sources_absent(monkeypatch, tmp_path, caplog):
"""Si le fichier data est absent ET edsnlp non importable → set() + log.warning."""
import builtins
missing = tmp_path / "drugs.json"
monkeypatch.setattr(core, "_EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH", missing)
_real_import = builtins.__import__
def _fake_import(name, *args, **kwargs):
if name == "edsnlp" or name.startswith("edsnlp."):
raise ImportError("edsnlp indisponible (torch-free)")
return _real_import(name, *args, **kwargs)
monkeypatch.setattr(builtins, "__import__", _fake_import)
with caplog.at_level("WARNING", logger=core.log.name):
result = core._load_edsnlp_drug_names()
assert result == set()
assert any(
"edsnlp" in rec.message.lower() and rec.levelname == "WARNING"
for rec in caplog.records
), "aucun log.warning émis lors de l'échec total"
def test_data_source_matches_package_source(monkeypatch, tmp_path):
"""Le set chargé depuis data doit être IDENTIQUE à celui du fallback package
(garantie que l'extraction n'altère pas le gazetteer)."""
pytest.importorskip("edsnlp")
from_data = core._load_edsnlp_drug_names()
missing = tmp_path / "drugs.json"
monkeypatch.setattr(core, "_EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH", missing)
from_package = core._load_edsnlp_drug_names()
assert from_data == from_package
def test_corrupted_data_falls_back_to_package(monkeypatch, tmp_path):
"""Fichier data PRÉSENT mais corrompu + edsnlp DISPONIBLE → fail-safe :
retombe sur le package et retourne 4206 (jamais un set partiel/tronqué)."""
pytest.importorskip("edsnlp")
corrupt = tmp_path / "drugs.json"
corrupt.write_text("{ invalide", encoding="utf-8")
monkeypatch.setattr(core, "_EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH", corrupt)
result = core._load_edsnlp_drug_names()
assert len(result) == EXPECTED_COUNT
for name in CONFLICT_NAMES:
assert name in result
def test_corrupted_data_and_no_package_warns(monkeypatch, tmp_path, caplog):
"""Fichier data corrompu ET edsnlp INDISPONIBLE → set() vide + log.warning
(dégradation rendue visible, pas de silence)."""
import builtins
corrupt = tmp_path / "drugs.json"
corrupt.write_text("{ invalide", encoding="utf-8")
monkeypatch.setattr(core, "_EDSNLP_DRUGS_DATA_PATH", corrupt)
_real_import = builtins.__import__
def _fake_import(name, *args, **kwargs):
if name == "edsnlp" or name.startswith("edsnlp."):
raise ImportError("edsnlp indisponible (torch-free)")
return _real_import(name, *args, **kwargs)
monkeypatch.setattr(builtins, "__import__", _fake_import)
with caplog.at_level("WARNING", logger=core.log.name):
result = core._load_edsnlp_drug_names()
assert result == set()
assert any(
"edsnlp" in rec.message.lower() and rec.levelname == "WARNING"
for rec in caplog.records
), "aucun log.warning émis lors de l'échec total (data corrompu + pas de package)"