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84bf26ec92 fix(detect): exclure 'appartement' du gazetteer FINESS (générique)
L'entrée mono-mot 'appartement' de etablissements_distinctifs.txt
matchait à tort en ETAB_FINESS (ex. « 17 boulevard Thiers, appartement 3B »
→ appartement masqué [ETABLISSEMENT]). Ajout à generic_name_blacklist.txt.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-06-03 10:31:38 +02:00
ac0de43f98 fix(detect): add "das" to stopwords (acronyme PMSI, pas un nom)
Sur le corpus FC, "DAS" était détecté comme nom de famille INSEE en
contexte fort (suivi de "DR") et compté comme leak audit par le scoring.

En réalité, DAS est un **acronyme PMSI / T2A** :
- DP = Diagnostic Principal
- DR = Diagnostic Relié
- **DAS = Diagnostic Associé Significatif**

Contexte typique :
    DR
    DAS
    Actes
    Rappel : un code CIM de DAS suivi d'un astérisque correspond à
    une CMA exclue par le DP

Le pipeline pensait "Dr. DAS" = médecin nommé DAS. Ajout de "das" aux
stopwords pour bloquer la détection.

Risque résiduel : si un vrai patient/médecin nommé DAS existe, il ne
sera pas masqué. C'est un trade-off acceptable car le PMSI utilise DAS
partout dans les rapports T2A.

Impact attendu : score qualité FC remonte 99.3 → ~100/100 (1 leak audit
fictif éliminé).

Découverte par Qwen dans son audit du 2026-06-02 14:50.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-06-02 16:47:32 +02:00
745ebd93fb feat(detect): paranames gazetteer Wikidata (1.4M noms + 502K prénoms)
Intégration de paranames (bltlab/paranames v2024.05.07.0, CC BY 4.0)
pour étendre la couverture du gazetteer aux noms étrangers en France
absents d'INSEE (basques, maghrébins, asiatiques, africains, etc.).

## Citation

Sälevä, J., & Lignos, C. (2024). ParaNames 1.0: Creating an Entity Name
Corpus for 400+ Languages using Wikidata. In Proceedings of LREC-COLING
2024. https://aclanthology.org/2024.lrec-main.1103/

## Fichiers

- scripts/build_paranames_gazetteer.py — script reproductible
- data/paranames/README.md — attribution + procédure
- data/paranames/EXTRACTION.md — workflow reproductible
- data/paranames/noms_famille_world.txt.gz — 1 379 609 noms (4.3 Mo gz, <30 Mo RAM)
- data/paranames/prenoms_world.txt.gz — 502 302 prénoms (1.4 Mo gz)

## Volume final

Réduction significative vs estimation initiale (~80 Mo) grâce à NFKD+A-Z
qui fusionne toutes les translittérations Wikidata (cyrilliques, arabes,
chinoises…) en latin de base. Résultat : 4.3 Mo gz total, ~30 Mo RAM.

## Spot-check

| Nom | Présent ? | Note |
|---|---|---|
| EJNAINI |  | Le cas de fuite résiduelle audit_30 — devrait être fixé |
| OYARZABAL |  | Variante basque |
| OYARCABAL |  | Orthographe franco-espagnole rare, absente Wikidata |
| NGUYEN, SCHMIDT, OBAMA, NAKAMURA, GARCIA, MARTIN, BERNARD |  | OK |

## Intersection INSEE

- ∩ INSEE FR : 130 340 noms (59.5 % de couverture INSEE)
- Gain net : 1 249 269 noms supplémentaires (focus diaspora / DOM-TOM)

## Risque FP identifié

Quelques mots français courants sont présents dans paranames (origine :
noms d'autres langues) : VOIR, ALLO. MIDI déjà filtré par stopwords.
Impact à mesurer sur retraitement audit_30. Si nécessaire, ajout d'un
filtre dictionnaire français à apporter ultérieurement.

## Source

- Dépôt : https://github.com/bltlab/paranames
- Mirror HF (utilisé) : https://huggingface.co/datasets/imvladikon/paranames
- License : CC BY 4.0
- Origine : Wikidata (entités publiques) — pas de PII fuitée

REJETÉ comme alternative : philipperemy/name-dataset (origine = leak
Facebook 2021, RGPD bloquant pour produit médical).

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-06-02 16:02:54 +02:00
0067ab71a0 chore(gitignore): exclude corpus_validation + tests/ground_truth + silver_annotations (PII)
Étend .gitignore pour exclure les répertoires de travail contenant des
données patient réelles (corpus_validation/, regression_tests/baseline/,
tests/ground_truth/, tests/phase1_production_test/, data/silver_annotations/*.bio,
test_chcb_leak/, test_3ogc/, test_anonymise/, test_gui_output/).

Retire ces fichiers du suivi git (git rm --cached) sans les supprimer du
disque local. Conforme à la décision D-12.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-06-02 14:41:14 +02:00
f104c0bce0 fix(c8): remove 'grand' from stopwords (was filtering INSEE name)
Le mot "grand" en stopword filtrait les noms INSEE valides
comme GRAND, BILLON-GRAND lors du masquage NER. Sur le corpus
audit_30 : 17 fuites du nom "GRAND" dans
trackare-05012965-23060770.

Fix : suppression de la ligne (pipeline INSEE exige contexte
fort pour masquer, "grand" minuscule isolé ne sera pas FP).

Tests à venir : tests/unit/test_c8_grand_regression.py (Qwen)
Ref: docs/coordination/inbox/for-dom/2026-05-29_qwen_analyse-regression-grand.md

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-05-29 17:58:54 +02:00
34dcf8f360 Externalize dictionaries and add anonymization review corpus 2026-04-21 10:32:57 +02:00
56547277c8 feat(finess): whitelist de mono-mots distinctifs courts (EMBRUNS, etc.)
Le matcher Aho-Corasick FINESS rejetait tous les mono-mots < 10 chars pour
éviter les faux positifs. Conséquence : EMBRUNS (7 chars), présent dans
etablissements_distinctifs.txt, était ignoré et devait être forcé en YAML
(LES EMBRUNS, REED LES EMBRUNS, EMBRUNS BIDART, regex [Ee]mbruns).

Nouveau fichier data/finess/mono_mots_distinctifs.txt contenant la whitelist
curée des mono-mots courts considérés comme distinctifs. Maintenance manuelle
(un mot par ligne, commentaires autorisés). Le matcher accepte un mono-mot
< 10 chars uniquement s'il est dans cette whitelist.

Initialisation : embruns, embrun (documents CHCB "Les Embruns").

Validation :
- _FINESS_AC matche maintenant "les embruns quelque part" et "embruns seul"
- Pas de régression sur trackare-18007562 (122 hits)

Après ce fix + futurs, on pourra retirer LES EMBRUNS / REED LES EMBRUNS /
EMBRUNS BIDART et regex [Ee]mbruns de force_mask_terms du YAML.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-04-15 09:35:16 +02:00
89e1a16856 fix(finess): inclure les entjur + supprimer code mort _FINESS_ETAB_NAMES
Deux corrections exploitant mieux les gazetteers FINESS/INSEE pour réduire la
dépendance au YAML force_mask_terms.

1. scripts/build_finess_gazetteers.py : ne lisait que col 1 (finess_et) du CSV.
   Les col 2 (entjur, entité juridique) étaient ignorés. ~48k numéros
   juridiques manqués, dont 640780417 (CHCB entjur) forcé en YAML à cause
   de cette lacune. Fix : lecture col 1 + col 2 avec déduplication.
   Régénération : 101 941 → 150 436 numéros (+48 495).

2. anonymizer_core_refactored_onnx.py :
   - _FINESS_ETAB_NAMES (122k noms) chargé mais jamais consulté après le
     refactoring NER-first (le matching passe par l'Aho-Corasick sur
     etablissements_distinctifs.txt). Suppression → -122k entrées RAM.
   - _INSEE_PRENOMS (lowercase) et _INSEE_PRENOMS_SET (uppercase sans accents)
     lisaient deux fois le même fichier prenoms_france.txt. Fusion en une
     seule passe disque, les deux formes dérivées en mémoire. -36k lectures.

Validation :
- 640780417 présent dans _FINESS_NUMBERS après rebuild
- 122 hits sur trackare-18007562 (non-régression)

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-04-15 09:33:07 +02:00
4adce9c5c4 refactor: externaliser DPI labels et companion blacklist (modifiables sans recompiler)
Suite de l'externalisation des règles. Trois listes étaient codées en dur dans
anonymizer_core_refactored_onnx.py et impossibles à modifier par les
établissements sans recompiler :

- _NEVER_MASK_AS_NAME (12 entrées) — labels DPI structurels
- _DPI_LABELS_BLACKLIST (14 entrées, doublon partiel du précédent)
- _COMPANION_BLACKLIST (~75 entrées) — spécialités, labos pharma, mots ambigus

Les deux premières fusionnées dans data/dpi_labels_blacklist.txt (11 entrées
uniques, comparaison case-insensitive). La troisième dans
data/companion_blacklist.txt (75 entrées, comparaison uppercase).

Ajout de deux clés YAML pour enrichissement par établissement :
- additional_dpi_labels (ex: "Service", "Statut")
- additional_companion_blacklist (ex: spécialités locales)

Les 3 niveaux cumulatifs habituels s'appliquent : code (vide) → fichiers data/
→ YAML config. Chargement au démarrage avec log INFO du nombre d'entrées.

Test trackare-18007562-23054899 : 122 hits, 0 régression, 0 DPI label masqué
comme NOM.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-04-14 10:26:18 +02:00
1799878490 fix: DR. Ute (3 chars), SAINT-GERMES composé, SODIUM MACO/BAX pharma
- force_names bypass le seuil 4 chars (prénoms courts après Dr/Mme : Ute, Eva)
- SAINT seul = bloqué, SAINT-xxx composé = accepté comme nom
- Labos pharma ajoutés aux stop-words + companion blacklist :
  MACO, AGUETTANT, RENAUDIN, ARROW, BIOGARAN, MYLAN, TEVA, ZENTIVA
- Score : 99.8/100 (amélioration, "Sie" corrigé)

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-03-31 15:17:37 +02:00
f5adf17e1a Revert "refactor: réduction stop-words manuels — NER cross-validation suffit"
This reverts commit 773d470e8e.
2026-03-31 11:04:51 +02:00
773d470e8e refactor: réduction stop-words manuels — NER cross-validation suffit
La cross-validation NER (_cross_validate_name_candidates) gère désormais
les décisions contextuelles nom/terme-médical. Les stop-words purement
médicaux sont supprimés :

- data/stopwords_manuels.txt : 1307 → 233 entrées (uniquement les mots
  ambigus qui sont aussi des noms/prénoms INSEE)
- _MEDICAL_STOP_WORDS_SET hardcodé : ~400 → 80 entrées essentielles
  (mots courts, formes galéniques, titres hospitaliers)
- Les enrichissements BDPM (~7300), edsnlp (~2000) et fichier externe
  sont conservés tels quels

Score qualité inchangé : 100/100 (A+), 0 fuite, 0 faux positif.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-03-31 09:26:54 +02:00
7bc86406ba feat: externalisation des listes — stop-words et villes modifiables sans code
Toutes les listes de règles sont maintenant modifiables sans toucher
au code Python :

Fichiers de données (data/) :
  - stopwords_manuels.txt : 1307 termes médicaux/techniques
  - villes_blacklist.txt : 117 communes à ne pas matcher
  - medicaments_stopwords.txt : 7312 médicaments BDPM (existant)
  - Chargés automatiquement au démarrage

Config YAML (dictionnaires.yml) :
  - additional_stopwords : mots supplémentaires par établissement
  - additional_villes_blacklist : villes supplémentaires
  - whitelist_phrases : phrases à ne jamais anonymiser
  - force_mask_terms : mots à toujours masquer

Chaîne de chargement : code dur → fichiers data/ → YAML config
Les 3 niveaux se cumulent (union).

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-03-31 07:45:42 +02:00
893ecd90de feat: réduction FP + gazetteers adresses FINESS + batch parallèle + corrections multi-axes
- Token min length relevé de 2-3 → 4 chars (élimine FP EPO, IRC, SIB...)
- Stop-words enrichis : acronymes médicaux 3 lettres, termes pharma, soins infirmiers
- BDPM stop-words : ~7300 noms commerciaux + DCI/substances actives
- Gazetteers adresses FINESS : 63K patterns Aho-Corasick (position-preserving normalization)
- Filtre contextuel anatomique pour FINESS établissements
- Nouvelles regex : RE_CIVILITE_COMMA_LIST, RE_EXTRACT_NOM_UTILISE, RE_EXTRACT_PRENOM,
  RE_NUM_EXAMEN_PATIENT, RE_ADRESSE_LIEU_DIT, RE_CIVILITE_INITIALE, Dr X.NOM
- URLs complètes (RE_URL) + détection multiline
- N° venue inversé (layout-aware) + EPISODE/NDA dans _CRITICAL_PII_TYPES
- HospitalFilter désactivé pour ADRESSE/TEL/VILLE/EPISODE (identifient le patient)
- Batch silver export parallélisé (multiprocessing spawn, N workers)
- Seuil sur-masquage relevé à 8%, server.py enrichi (source regex/ner)
- Blacklist villes : COURANT, PARIS ; contexte villes étendu (UHCD, spécialités)

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-03-16 09:26:56 +01:00
29e58188ca feat(phase2): Fine-tuning CamemBERT-bio v2 (F1=0.90) + enrichissement données
- Fine-tuning camembert-bio-base : F1=0.903, Recall=0.930 (vs 0.89/0.85)
- Data augmentation : substitution noms INSEE (219K patronymes, x3 copies)
- Hard negatives BDPM (5.7K médicaments) + QUAERO (1319 termes médicaux)
- Annotations silver enrichies par gazetteers (+612 VILLE, +5 HOPITAL)
- Export silver avec support multi-répertoires (--extra-dir)
- Gazetteers QUAERO : CHEM, DISO, PROC, ANAT depuis DrBenchmark/QUAERO
- Gazetteers INSEE : noms de famille fréquents (96K) et complets (219K)
- Batch silver 1194 PDFs (run_batch_silver_export.py) pour dataset v3

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
2026-03-10 02:06:08 +01:00
044b4dc867 feat(phase2): Détection établissements par Aho-Corasick sur 108K noms FINESS
- Nouveau script build_finess_gazetteers.py : extraction noms distinctifs, villes, numéros depuis CSV open data
- Automate Aho-Corasick (pyahocorasick) pour matching multi-pattern en ~1.7ms/page
- 108K patterns indexés (noms composés >= 8 chars, mots uniques >= 10 chars)
- Blacklist mots génériques (clinique, pharmacie, etc.) et stop words médicaux
- Normalisation position-preserving (sans accents, même longueur)
- Construction lazy de l'AC (après chargement des stop words)
- Intégration dans _mask_line_by_regex et selective_rescan
- Nouveau gazetteer villes_finess.txt (11,660 villes)
- Résultats : "Girandières" → masqué, "Côte Basque" → masqué, 0 FP sur termes médicaux courants

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
2026-03-09 22:56:43 +01:00
2abb9afede feat(phase2): Gazetteers FINESS 102K établissements + fine-tuning CamemBERT-bio F1=89%
Gazetteers FINESS (data.gouv.fr open data):
- 102K numéros FINESS → détection par lookup exact dans _mask_admin_label + selective_rescan
- 122K noms d'établissements, 113K téléphones, 76K adresses (disponibles)
- Un nombre 9 chiffres matchant un vrai FINESS est masqué même sans label "FINESS"

Fine-tuning CamemBERT-bio (almanach/camembert-bio-base):
- Export silver annotations réécrit : alignement original↔pseudonymisé (difflib)
  → 6862 entités B- (vs 3344 avec l'ancien audit-only) sur 222K tokens
- Sliding windows (200 tokens, stride 100) pour documents longs
- WeightedNERTrainer avec class weights cappés (max 10x) + label smoothing
- Résultat: Precision=88.1%, Recall=89.8%, F1=88.9% (20 epochs, lr=1e-5)
- Modèle sauvegardé dans models/camembert-bio-deid/best (non commité)

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
2026-03-09 13:27:37 +01:00
192c4c034e feat(phase2): Gazetteers INSEE (36K prénoms + 34K communes) + silver annotations
- Prénoms INSEE renforcent la confiance NER (prénom connu → ne pas filtrer)
- Communes INSEE disponibles pour distinction ville/nom de famille
- Export 29 fichiers silver annotations (252K tokens, 12.8K entités) pour fine-tuning

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
2026-03-09 12:03:17 +01:00
3590099b41 feat(phase2): Multi-signal NER — BDPM gazetteers, confiance EDS, safe patterns, GLiNER
Chantier 1: Intégration BDPM (5737 médicaments officiels) dans medication whitelist
Chantier 2: Safe patterns contextuels (dosages mg/mL/cpr, formes pharma, même ligne)
Chantier 3: Scores de confiance NER réels (edsnlp 0.20 ner_confidence_score)
Chantier 4: GLiNER zero-shot (urchade/gliner_multi_pii-v1) en vote croisé
Chantier 5: Scripts export silver annotations + fine-tuning CamemBERT-bio

0 fuite, 0 régression, -18 FP supplémentaires éliminés.
Sécurité: GLiNER ne peut rejeter que si confiance NER < 0.70.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
2026-03-09 12:01:46 +01:00