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d957e72aff feat: vérification ressources GPU/RAM avant exécution + évaluateur 100/100
- Nouveau module scripts/check_resources.py : état GPU/VRAM/RAM/CPU,
  require_resources() et wait_for_resources() avec polling
- Intégré dans finetune_camembert_bio.py (8 Go VRAM + 8 Go RAM)
- Intégré dans run_batch_silver_export.py (workers × 4 Go RAM)
- Évaluateur : EVA et RAI ajoutés aux termes médicaux (score 100.0/100)

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) <noreply@anthropic.com>
2026-03-16 10:27:33 +01:00
eb14cd219d feat(phase3): CamemBERT v3 + détection villes + initiales + texte espacé + docs réglementaires
Intégration du modèle CamemBERT-bio-deid v3 (F1=0.96, Recall=0.97, 1112 docs)
et corrections qualité issues de l'audit approfondi sur 29 fichiers.

Détection des villes en texte libre :
- Automate Aho-Corasick sur 33K communes INSEE + 11.6K villes FINESS
- Stratégie contextuelle : exige un contexte géographique (à, de, vers,
  habite, urgences de, etc.) sauf pour les villes composées (Saint-Palais)
- Blacklist de ~80 communes homonymes de mots courants (charge, signes, plan...)
- Normalisation SAINT↔ST pour les variantes orthographiques
- De 18 fuites de villes à 2 cas résiduels atypiques

Masquage des initiales de prénom :
- Post-traitement regex : "Dr T. [NOM]" → "Dr [NOM] [NOM]"
- Références initiales : "Ref : JF/VA" → "Ref : [NOM]/[NOM]"

Détection texte espacé d'en-tête :
- "C E N T R E  H O S P I T A L I E R" → [ETABLISSEMENT]

Autres corrections :
- Fix regex RE_EXTRACT_MME_MR (Mr?.? → Mr.?, \s+ → [ \t]+, * → {0,4})
- Stop words médicaux : lever, coucher, services hospitaliers (viscérale, etc.)
- CamemBERT NER manager : version tracking, propriété version, log F1/Recall
- Script finetune : export ONNX automatique + mise à jour VERSION.json
- Évaluateur qualité : exclusion stop words médicaux des alertes INSEE

Documentation :
- Spécifications techniques CamemBERT-bio-deid v3
- Conformité RGPD + AI Act (caviardage PDF raster)
- AIPD (Analyse d'Impact Protection des Données)

Score qualité : 97.0/100 (Grade A), Leak score 100/100

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
2026-03-11 12:16:13 +01:00
c9572c383a feat(phase2): Fine-tuning CamemBERT-bio v2 (F1=0.90) + enrichissement données
- Fine-tuning camembert-bio-base : F1=0.903, Recall=0.930 (vs 0.89/0.85)
- Data augmentation : substitution noms INSEE (219K patronymes, x3 copies)
- Hard negatives BDPM (5.7K médicaments) + QUAERO (1319 termes médicaux)
- Annotations silver enrichies par gazetteers (+612 VILLE, +5 HOPITAL)
- Export silver avec support multi-répertoires (--extra-dir)
- Gazetteers QUAERO : CHEM, DISO, PROC, ANAT depuis DrBenchmark/QUAERO
- Gazetteers INSEE : noms de famille fréquents (96K) et complets (219K)
- Batch silver 1194 PDFs (run_batch_silver_export.py) pour dataset v3

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
2026-03-10 02:06:08 +01:00
26b210607c feat(phase2): Gazetteers FINESS 102K établissements + fine-tuning CamemBERT-bio F1=89%
Gazetteers FINESS (data.gouv.fr open data):
- 102K numéros FINESS → détection par lookup exact dans _mask_admin_label + selective_rescan
- 122K noms d'établissements, 113K téléphones, 76K adresses (disponibles)
- Un nombre 9 chiffres matchant un vrai FINESS est masqué même sans label "FINESS"

Fine-tuning CamemBERT-bio (almanach/camembert-bio-base):
- Export silver annotations réécrit : alignement original↔pseudonymisé (difflib)
  → 6862 entités B- (vs 3344 avec l'ancien audit-only) sur 222K tokens
- Sliding windows (200 tokens, stride 100) pour documents longs
- WeightedNERTrainer avec class weights cappés (max 10x) + label smoothing
- Résultat: Precision=88.1%, Recall=89.8%, F1=88.9% (20 epochs, lr=1e-5)
- Modèle sauvegardé dans models/camembert-bio-deid/best (non commité)

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
2026-03-09 13:27:37 +01:00
26ac02b0cb feat(phase2): Multi-signal NER — BDPM gazetteers, confiance EDS, safe patterns, GLiNER
Chantier 1: Intégration BDPM (5737 médicaments officiels) dans medication whitelist
Chantier 2: Safe patterns contextuels (dosages mg/mL/cpr, formes pharma, même ligne)
Chantier 3: Scores de confiance NER réels (edsnlp 0.20 ner_confidence_score)
Chantier 4: GLiNER zero-shot (urchade/gliner_multi_pii-v1) en vote croisé
Chantier 5: Scripts export silver annotations + fine-tuning CamemBERT-bio

0 fuite, 0 régression, -18 FP supplémentaires éliminés.
Sécurité: GLiNER ne peut rejeter que si confiance NER < 0.70.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
2026-03-09 12:01:46 +01:00