Dom/anonymisation
1
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Actions Packages Projects Releases Wiki Activity

feat(phase2): Fine-tuning CamemBERT-bio v2 (F1=0.90) + enrichissement données

Browse Source 
- Fine-tuning camembert-bio-base : F1=0.903, Recall=0.930 (vs 0.89/0.85)
- Data augmentation : substitution noms INSEE (219K patronymes, x3 copies)
- Hard negatives BDPM (5.7K médicaments) + QUAERO (1319 termes médicaux)
- Annotations silver enrichies par gazetteers (+612 VILLE, +5 HOPITAL)
- Export silver avec support multi-répertoires (--extra-dir)
- Gazetteers QUAERO : CHEM, DISO, PROC, ANAT depuis DrBenchmark/QUAERO
- Gazetteers INSEE : noms de famille fréquents (96K) et complets (219K)
- Batch silver 1194 PDFs (run_batch_silver_export.py) pour dataset v3

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
This commit is contained in:
Domi31tls
2026-03-10 02:06:08 +01:00
parent 274e2fa586
commit c9572c383a
38 changed files with 318811 additions and 1406 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

210
data/silver_annotations/trackare-BA192486-23127395_BA192486_23127395.bio
View File

@@ -33,7 +33,7 @@ de O
naissance: O
LAUFERON B-PER
IPP: O
BA192486 B-IPP
BA192486 B-DATE_NAISSANCE
Nom O
et O
Prénom: O
@@ -61,7 +61,7 @@ DU I-ADRESSE
14 I-ADRESSE
AVRIL I-ADRESSE
1814 I-ADRESSE
Ville O
Ville B-VILLE
de O
résidence: O
BAYONNE B-VILLE
@@ -127,7 +127,7 @@ Personne O
à O
prévenir O
(Clinicom) O
Mère O
Mère B-VILLE
SA O
MERE B-PER
FRANCE O
@@ -169,7 +169,7 @@ d'orientation O
02/07/2023 O
Heure O
d'orientation O
05:14 O
05:14 B-TEL
IAO O
BAREA B-PER
Celine I-PER
@@ -186,7 +186,7 @@ Motif O
de O
prise O
en O
charge O
charge B-VILLE
Douleur O
abdominale O
douleur O
@@ -219,7 +219,7 @@ atcd O
0, O
accouchement O
de O
jumeaux O
jumeaux B-VILLE
il O
y O
a O
@@ -248,14 +248,14 @@ Date O
de O
prise O
en O
charge O
charge B-VILLE
médicale O
02/07/2023 O
Heure O
de O
prise O
en O
charge O
charge B-VILLE
médicale O
05:11 B-TEL
CCMU O
@@ -397,7 +397,7 @@ Note O
Aucune O
donnée O
renseignée O
Signes O
Signes B-VILLE
vitaux O
Item O
de O
@@ -590,7 +590,7 @@ Protéinurie O
Score O
après O
traitement O
Signes O
Signes B-VILLE
Vitaux O
Maternité O
Item O
@@ -901,7 +901,7 @@ cœlioscopie O
ce O
jour O
Fils O
résorbables O
résorbables B-PER
+ O
colle O
à O
@@ -935,7 +935,7 @@ BH O
de O
contrôle O
Patiente O
vue O
vue B-VILLE
ce O
jour O
: O
@@ -1117,17 +1117,17 @@ patiente O
à O
S3 O
de O
son O
son B-VILLE
accouchement O
de O
jumeaux O
jumeaux B-VILLE
actuellement O
en O
couveuse. O
Actuellement O
pas O
de O
signes O
signes B-VILLE
de O
SIRS, O
pas O
@@ -1215,7 +1215,7 @@ elle O
a O
accouché O
de O
jumeaux, O
jumeaux, B-VILLE
actuellement O
en O
couveuse O
@@ -1237,7 +1237,7 @@ G3P1 O
: O
AVB O
de O
jumeaux, O
jumeaux, B-VILLE
grossesse O
marquée O
par O
@@ -1275,7 +1275,7 @@ veille O
avec O
résolution O
spontanée O
vers O
vers B-VILLE
05h00. O
Repas O
riche O
@@ -1292,7 +1292,7 @@ de O
prise O
d'alcool. O
A O
son O
son B-VILLE
arrivée O
aux O
urgences, O
@@ -1386,7 +1386,7 @@ hépatique. O
A O
jeun O
Bilan O
bio O
bio B-VILLE
: O
Lipasémie O
2 O
@@ -1663,7 +1663,7 @@ pas O
de O
malaise O
--- O
bio O
bio B-VILLE
: O
Histoire O
de O
@@ -1792,12 +1792,12 @@ avoir O
de O
gaz O
ni O
selles O
selles B-VILLE
-Pas O
de O
nausées O
ni O
rots O
rots B-VILLE
-Ventre O
souple O
Infectieux: O
@@ -2146,7 +2146,7 @@ Elimination O
: O
pas O
de O
selles O
selles B-VILLE
sur O
la O
matinée, O
@@ -2200,7 +2200,7 @@ Transit O
- O
Peu O
de O
selles O
selles B-VILLE
dures O
- O
Pas O
@@ -2217,7 +2217,7 @@ Infectieux O
Apyrétique O
Prise O
en O
charge O
charge B-VILLE
nutritionnelle O
: O
BCY O
@@ -2413,13 +2413,13 @@ RAD O
avec O
époux O
ou O
mère. O
mère. B-VILLE
Note O
IDE O
Helene B-PER
HOURQUEBIE I-PER
02/07/2023 B-DATE_NAISSANCE
10:40 I-DATE_NAISSANCE
02/07/2023 O
10:40 O
EN=3ATG2Hydratation O
500mL O
sur O
@@ -2438,8 +2438,8 @@ Note O
IDE O
Helene B-PER
HOURQUEBIE I-PER
02/07/2023 B-DATE_NAISSANCE
09:32 I-DATE_NAISSANCE
02/07/2023 O
09:32 O
TDM O
abdo O
pelvien O
@@ -2462,7 +2462,7 @@ nuit O
à O
4h30 O
A O
son O
son B-VILLE
arrivée: O
- O
Installation O
@@ -2474,18 +2474,18 @@ normotendue O
Eupnéique O
en O
AA, O
bonne O
bonne B-VILLE
saturation O
Note O
IDE O
Sandra B-PER
ELGOYHEN I-PER
02/07/2023 B-DATE_NAISSANCE
05:41 I-DATE_NAISSANCE
02/07/2023 O
05:41 O
DOULEUR: O
- O
A O
son O
son B-VILLE
arrivée, O
patiente O
hyperralgique O
@@ -2567,7 +2567,7 @@ Signé O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
4 O
@@ -2585,8 +2585,8 @@ Ampoule(s) O
AMP O
- O
Normal O
02/07/2023 B-DATE_NAISSANCE
13:34 I-DATE_NAISSANCE
02/07/2023 O
13:34 O
07/07/2023 O
05:34 O
DR. O
@@ -2602,7 +2602,7 @@ Ampoule(s) O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
8 O
@@ -2656,7 +2656,7 @@ Flacon(s) O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
400 O
@@ -2675,8 +2675,8 @@ les O
14h O
20h] O
Normal O
02/07/2023 B-DATE_NAISSANCE
13:34 I-DATE_NAISSANCE
02/07/2023 O
13:34 O
07/07/2023 O
08:00 O
DR. O
@@ -2694,7 +2694,7 @@ modifié. O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
6 O
@@ -2712,10 +2712,10 @@ L O
- O
URGENT O
Urgent O
02/07/2023 B-DATE_NAISSANCE
05:54 I-DATE_NAISSANCE
02/07/2023 I-DATE_NAISSANCE
10:37 I-DATE_NAISSANCE
02/07/2023 O
05:54 O
02/07/2023 O
10:37 O
DR. O
Laure B-PER
BATAILLE I-PER
@@ -2728,8 +2728,8 @@ INJ O
mg O
- O
Normal O
02/07/2023 B-DATE_NAISSANCE
13:34 I-DATE_NAISSANCE
02/07/2023 O
13:34 O
DR. O
Mathilde B-PER
BOUBE I-PER
@@ -2765,10 +2765,10 @@ Ampoule(s) O
mg O
- O
Normal O
02/07/2023 B-DATE_NAISSANCE
05:25 I-DATE_NAISSANCE
02/07/2023 B-PER
06:50 I-PER
02/07/2023 O
05:25 O
02/07/2023 O
06:50 B-PER
Léna I-PER
MELAINE I-PER
Patient: O
@@ -2807,7 +2807,7 @@ modifié. O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
400 O
@@ -2841,7 +2841,7 @@ modifié. O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
41.666666666666664 O
@@ -2849,8 +2849,8 @@ par O
. O
SODIUM O
CHL O
MACO O
CHL B-PER
MACO I-PER
0,9% O
INJ O
PP O
@@ -2881,7 +2881,7 @@ modifié. O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
250 O
@@ -2889,8 +2889,8 @@ par O
. O
SODIUM O
CHL O
MACO O
CHL B-PER
MACO I-PER
0,9% O
INJ O
PP O
@@ -2916,7 +2916,7 @@ Statut O
des O
prescriptions: O
En O
cours O
cours B-VILLE
Le O
débit O
a O
@@ -2925,7 +2925,7 @@ modifié. O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
83.33333333333333 O
@@ -2934,8 +2934,8 @@ par O
1 O
hrs. O
SODIUM O
CHL O
MACO O
CHL B-PER
MACO I-PER
0,9% O
INJ O
PP O
@@ -3840,7 +3840,7 @@ Page O
10 O
de O
29 O
Plan O
Plan B-VILLE
de O
soins O
Jour O
@@ -4429,7 +4429,7 @@ sur O
min O
- O
INTRAVEINEUSE O
Discontinue B-PER
Discontinue O
- O
Ttes O
les O
@@ -4573,7 +4573,7 @@ sur O
min O
- O
INTRAVEINEUSE O
Discontinue B-PER
Discontinue O
- O
Ttes O
les O
@@ -4610,7 +4610,7 @@ sur O
min O
- O
INTRAVEINEUSE O
Discontinue B-PER
Discontinue O
- O
Ttes O
les O
@@ -4647,7 +4647,7 @@ sur O
min O
- O
INTRAVEINEUSE O
Discontinue B-PER
Discontinue O
- O
Ttes O
les O
@@ -4684,7 +4684,7 @@ sur O
min O
- O
INTRAVEINEUSE O
Discontinue B-PER
Discontinue O
- O
Ttes O
les O
@@ -4703,8 +4703,8 @@ En O
cours O
— O
SODIUM O
CHL O
MACO O
CHL B-PER
MACO I-PER
0,9% O
INJ O
PP O
@@ -4732,8 +4732,8 @@ En O
cours O
— O
SODIUM O
CHL O
MACO O
CHL B-PER
MACO I-PER
0,9% O
INJ O
PP O
@@ -4969,8 +4969,8 @@ En O
cours O
— O
SODIUM O
CHL O
MACO O
CHL B-PER
MACO I-PER
0,9% O
INJ O
PP O
@@ -5031,8 +5031,8 @@ En O
cours O
— O
SODIUM O
CHL O
MACO O
CHL B-PER
MACO I-PER
0,9% O
INJ O
PP O
@@ -7015,7 +7015,7 @@ Page O
17 O
de O
29 O
Plan O
Plan B-VILLE
de O
soins O
Jour O
@@ -7170,7 +7170,7 @@ sur O
min O
- O
INTRAVEINEUSE O
Discontinue B-PER
Discontinue O
- O
Toutes O
les O
@@ -7208,7 +7208,7 @@ sur O
min O
- O
INTRAVEINEUSE O
Discontinue B-PER
Discontinue O
- O
Toutes O
les O
@@ -7246,7 +7246,7 @@ sur O
min O
- O
INTRAVEINEUSE O
Discontinue B-PER
Discontinue O
- O
Toutes O
les O
@@ -7286,7 +7286,7 @@ sur O
min O
- O
INTRAVEINEUSE O
Discontinue B-PER
Discontinue O
- O
Ttes O
les O
@@ -7323,7 +7323,7 @@ sur O
min O
- O
INTRAVEINEUSE O
Discontinue B-PER
Discontinue O
- O
Ttes O
les O
@@ -7696,7 +7696,7 @@ sur O
min O
- O
INTRAVEINEUSE O
Discontinue B-PER
Discontinue O
- O
Ttes O
les O
@@ -7733,7 +7733,7 @@ sur O
min O
- O
INTRAVEINEUSE O
Discontinue B-PER
Discontinue O
- O
Ttes O
les O
@@ -7770,7 +7770,7 @@ sur O
min O
- O
INTRAVEINEUSE O
Discontinue B-PER
Discontinue O
- O
Ttes O
les O
@@ -7807,7 +7807,7 @@ sur O
min O
- O
INTRAVEINEUSE O
Discontinue B-PER
Discontinue O
- O
Ttes O
les O
@@ -7826,8 +7826,8 @@ En O
cours O
— O
SODIUM O
CHL O
MACO O
CHL B-PER
MACO I-PER
0,9% O
INJ O
PP O
@@ -7855,8 +7855,8 @@ En O
cours O
— O
SODIUM O
CHL O
MACO O
CHL B-PER
MACO I-PER
0,9% O
INJ O
PP O
@@ -7884,8 +7884,8 @@ En O
cours O
— O
SODIUM O
CHL O
MACO O
CHL B-PER
MACO I-PER
0,9% O
INJ O
PP O
@@ -7913,8 +7913,8 @@ En O
cours O
— O
SODIUM O
CHL O
MACO O
CHL B-PER
MACO I-PER
0,9% O
INJ O
PP O
@@ -10051,7 +10051,7 @@ rendu O
au O
format O
texte O
Bayonne, O
Bayonne, B-VILLE
le O
02/07/2023 O
Docteur O
@@ -10278,7 +10278,7 @@ rendu O
au O
format O
texte O
Bayonne, O
Bayonne, B-VILLE
le O
02/07/2023 O
Docteur O
@@ -10301,7 +10301,7 @@ utilisé O
: O
ALICIA B-PER
CR O
RX-Echo B-PER
RX-Echo O
02/07/2023 O
14:48 O
Patient: O
@@ -10456,7 +10456,7 @@ rendu O
au O
format O
texte O
Bayonne, O
Bayonne, B-VILLE
le O
05/07/2023 O
Docteur O
@@ -11482,7 +11482,7 @@ anesthésie O
générale. O
Décubitus O
dorsal, O
bras O
bras B-VILLE
gauche O
le O
long O
@@ -11519,7 +11519,7 @@ sous O
contrôle O
de O
la O
vue O
vue B-VILLE
pour O
insufflation O
d'un O
@@ -11727,7 +11727,7 @@ sous O
contrôle O
de O
la O
vue O
vue B-VILLE
ce O
qui O
permet O
@@ -11814,7 +11814,7 @@ ni O
canal O
biliaire O
aberrant. O
Bayonne, O
Bayonne, B-VILLE
le O
06/07/2023 O
Cher O