feat(phase2): Fine-tuning CamemBERT-bio v2 (F1=0.90) + enrichissement données
- Fine-tuning camembert-bio-base : F1=0.903, Recall=0.930 (vs 0.89/0.85) - Data augmentation : substitution noms INSEE (219K patronymes, x3 copies) - Hard negatives BDPM (5.7K médicaments) + QUAERO (1319 termes médicaux) - Annotations silver enrichies par gazetteers (+612 VILLE, +5 HOPITAL) - Export silver avec support multi-répertoires (--extra-dir) - Gazetteers QUAERO : CHEM, DISO, PROC, ANAT depuis DrBenchmark/QUAERO - Gazetteers INSEE : noms de famille fréquents (96K) et complets (219K) - Batch silver 1194 PDFs (run_batch_silver_export.py) pour dataset v3 Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
This commit is contained in:
@@ -53,9 +53,9 @@ PARIS B-VILLE
|
||||
14 I-VILLE
|
||||
Nationalité: O
|
||||
FRANCE O
|
||||
Code B-ZIP
|
||||
Postal: I-ZIP
|
||||
64100 I-ZIP
|
||||
Code O
|
||||
Postal: O
|
||||
64100 B-ZIP
|
||||
Adresse: O
|
||||
10 B-ADRESSE
|
||||
CHEMIN I-ADRESSE
|
||||
@@ -192,11 +192,11 @@ Motif O
|
||||
de O
|
||||
prise O
|
||||
en O
|
||||
charge O
|
||||
charge B-VILLE
|
||||
Dyspnée O
|
||||
adressé O
|
||||
par O
|
||||
SOS O
|
||||
SOS B-VILLE
|
||||
pour O
|
||||
dyspnée O
|
||||
avec O
|
||||
@@ -207,9 +207,9 @@ fièvre O
|
||||
et O
|
||||
toux O
|
||||
chez O
|
||||
BPCO B-PER
|
||||
BPCO O
|
||||
auscultation O
|
||||
SOS O
|
||||
SOS B-VILLE
|
||||
= O
|
||||
crépitant O
|
||||
base O
|
||||
@@ -254,14 +254,14 @@ Date O
|
||||
de O
|
||||
prise O
|
||||
en O
|
||||
charge O
|
||||
charge B-VILLE
|
||||
médicale O
|
||||
15/07/2023 O
|
||||
Heure O
|
||||
de O
|
||||
prise O
|
||||
en O
|
||||
charge O
|
||||
charge B-VILLE
|
||||
médicale O
|
||||
10:31 O
|
||||
CCMU O
|
||||
@@ -406,7 +406,7 @@ Note O
|
||||
Aucune O
|
||||
donnée O
|
||||
renseignée O
|
||||
Signes O
|
||||
Signes B-VILLE
|
||||
vitaux O
|
||||
Item O
|
||||
de O
|
||||
@@ -527,7 +527,7 @@ repos O
|
||||
0 O
|
||||
Transit O
|
||||
Absence O
|
||||
Molles O
|
||||
Molles B-VILLE
|
||||
Absence O
|
||||
Diarrhées O
|
||||
Diarrhées O
|
||||
@@ -639,7 +639,7 @@ O² O
|
||||
91 O
|
||||
Transit O
|
||||
Absence O
|
||||
Molles O
|
||||
Molles B-VILLE
|
||||
Absence O
|
||||
Diarrhées O
|
||||
Diarrhées O
|
||||
@@ -765,7 +765,7 @@ O² O
|
||||
91 O
|
||||
Transit O
|
||||
Absence O
|
||||
Molles O
|
||||
Molles B-VILLE
|
||||
Absence O
|
||||
Diarrhées O
|
||||
Observations O
|
||||
@@ -871,7 +871,7 @@ longue O
|
||||
a O
|
||||
revoir O
|
||||
par O
|
||||
son O
|
||||
son B-VILLE
|
||||
pneumologue O
|
||||
(Dr O
|
||||
Angosto) O
|
||||
@@ -1039,7 +1039,7 @@ moins O
|
||||
sales O
|
||||
a O
|
||||
diminué O
|
||||
son O
|
||||
son B-VILLE
|
||||
syndrome O
|
||||
inflammatoire O
|
||||
de O
|
||||
@@ -1055,7 +1055,7 @@ ce O
|
||||
jour O
|
||||
pas O
|
||||
de O
|
||||
signes O
|
||||
signes B-VILLE
|
||||
de O
|
||||
surcharge O
|
||||
vasculaire O
|
||||
@@ -1095,7 +1095,7 @@ en O
|
||||
position O
|
||||
allongée O
|
||||
Par O
|
||||
contre O
|
||||
contre B-VILLE
|
||||
biologique O
|
||||
- O
|
||||
chaines O
|
||||
@@ -1249,7 +1249,7 @@ cliniquement O
|
||||
dyspnéique O
|
||||
mais O
|
||||
asthénique O
|
||||
bio O
|
||||
bio B-VILLE
|
||||
:amélioration O
|
||||
des O
|
||||
marqueurs O
|
||||
@@ -1281,7 +1281,7 @@ normale O
|
||||
à O
|
||||
116 O
|
||||
contrôle O
|
||||
bio O
|
||||
bio B-VILLE
|
||||
et O
|
||||
radio O
|
||||
vendredi O
|
||||
@@ -1485,7 +1485,7 @@ Dr O
|
||||
Angosto B-PER
|
||||
pour O
|
||||
une O
|
||||
BPCO B-PER
|
||||
BPCO O
|
||||
sans O
|
||||
OLD, O
|
||||
traité O
|
||||
@@ -1517,11 +1517,11 @@ prévoir O
|
||||
un O
|
||||
bilan O
|
||||
allergologique) O
|
||||
son O
|
||||
son B-VILLE
|
||||
épouse, O
|
||||
elle O
|
||||
même O
|
||||
BPCO B-PER
|
||||
BPCO O
|
||||
est O
|
||||
actuellement O
|
||||
hospitalisée O
|
||||
@@ -1627,7 +1627,7 @@ le O
|
||||
après O
|
||||
avoir O
|
||||
vu O
|
||||
son O
|
||||
son B-VILLE
|
||||
épouse, O
|
||||
au O
|
||||
retour O
|
||||
@@ -1647,7 +1647,7 @@ urgences O
|
||||
hier O
|
||||
exacerbation O
|
||||
de O
|
||||
BPCO B-PER
|
||||
BPCO O
|
||||
avec O
|
||||
décompensation O
|
||||
cardiaque O
|
||||
@@ -1715,7 +1715,7 @@ surinfection O
|
||||
bronchique O
|
||||
chez O
|
||||
patient O
|
||||
BPCO B-PER
|
||||
BPCO O
|
||||
avec O
|
||||
hypoxie O
|
||||
et O
|
||||
@@ -1838,7 +1838,7 @@ la O
|
||||
base O
|
||||
droite O
|
||||
antécédents O
|
||||
BPCO B-PER
|
||||
BPCO O
|
||||
diabète O
|
||||
non O
|
||||
insulino O
|
||||
@@ -1986,7 +1986,7 @@ O² O
|
||||
91 O
|
||||
Transit O
|
||||
Absence O
|
||||
Molles O
|
||||
Molles B-VILLE
|
||||
Absence O
|
||||
Diarrhées O
|
||||
Diarrhées O
|
||||
@@ -2016,7 +2016,7 @@ IDE O
|
||||
Sheila B-PER
|
||||
PELAEZ I-PER
|
||||
DEL I-PER
|
||||
ARBOL O
|
||||
ARBOL I-PER
|
||||
20/07/2023 O
|
||||
19:52 O
|
||||
Note O
|
||||
@@ -2036,7 +2036,7 @@ IDE O
|
||||
Sheila B-PER
|
||||
PELAEZ I-PER
|
||||
DEL I-PER
|
||||
ARBOL O
|
||||
ARBOL I-PER
|
||||
19/07/2023 O
|
||||
21:58 O
|
||||
Note O
|
||||
@@ -2130,7 +2130,7 @@ jour O
|
||||
les O
|
||||
aides O
|
||||
pour O
|
||||
son O
|
||||
son B-VILLE
|
||||
sorti O
|
||||
de O
|
||||
demain O
|
||||
@@ -2263,8 +2263,8 @@ avant O
|
||||
la O
|
||||
sorti O
|
||||
de O
|
||||
son O
|
||||
père O
|
||||
son B-VILLE
|
||||
père B-VILLE
|
||||
pour O
|
||||
mettre O
|
||||
en O
|
||||
@@ -2359,7 +2359,7 @@ pour O
|
||||
un O
|
||||
contexte O
|
||||
de O
|
||||
BPCO B-PER
|
||||
BPCO O
|
||||
Infectieux: O
|
||||
apyrétique O
|
||||
Glycémie: O
|
||||
@@ -2468,26 +2468,26 @@ Note O
|
||||
IDE O
|
||||
Antoine B-PER
|
||||
CRASPAIL I-PER
|
||||
17/07/2023 O
|
||||
23:25 O
|
||||
17/07/2023 B-DATE_NAISSANCE
|
||||
23:25 I-DATE_NAISSANCE
|
||||
Note O
|
||||
IDE O
|
||||
Julie B-PER
|
||||
GRACIET I-PER
|
||||
17/07/2023 O
|
||||
19:27 O
|
||||
17/07/2023 B-DATE_NAISSANCE
|
||||
19:27 I-DATE_NAISSANCE
|
||||
Note O
|
||||
IDE O
|
||||
Alexia B-PER
|
||||
HITTA I-PER
|
||||
17/07/2023 O
|
||||
13:48 O
|
||||
17/07/2023 B-DATE_NAISSANCE
|
||||
13:48 I-DATE_NAISSANCE
|
||||
Note O
|
||||
IDE O
|
||||
Virginie B-PER
|
||||
VIVIER I-PER
|
||||
17/07/2023 O
|
||||
06:59 O
|
||||
17/07/2023 B-DATE_NAISSANCE
|
||||
06:59 I-DATE_NAISSANCE
|
||||
Note O
|
||||
IDE O
|
||||
Pauline B-PER
|
||||
@@ -2519,16 +2519,16 @@ PELLERIN I-PER
|
||||
15/07/2023 O
|
||||
11:49 O
|
||||
Note O
|
||||
A-Soignante B-PER
|
||||
Nadine I-PER
|
||||
A-Soignante O
|
||||
Nadine B-PER
|
||||
IRIBARREN I-PER
|
||||
LERCHUNDI I-PER
|
||||
LERCHUNDI O
|
||||
15/07/2023 O
|
||||
11:40 O
|
||||
==>1 O
|
||||
L O
|
||||
hydrat O
|
||||
DIABETE O
|
||||
DIABETE B-PER
|
||||
: O
|
||||
a O
|
||||
toujours O
|
||||
@@ -3056,7 +3056,7 @@ modifié. O
|
||||
Le O
|
||||
débit O
|
||||
en O
|
||||
cours O
|
||||
cours B-VILLE
|
||||
est O
|
||||
: O
|
||||
10 O
|
||||
@@ -3205,7 +3205,7 @@ modifié. O
|
||||
Le O
|
||||
débit O
|
||||
en O
|
||||
cours O
|
||||
cours B-VILLE
|
||||
est O
|
||||
: O
|
||||
40 O
|
||||
@@ -3251,7 +3251,7 @@ modifié. O
|
||||
Le O
|
||||
débit O
|
||||
en O
|
||||
cours O
|
||||
cours B-VILLE
|
||||
est O
|
||||
: O
|
||||
41.666666666666664 O
|
||||
@@ -3259,8 +3259,8 @@ par O
|
||||
. O
|
||||
|
||||
SODIUM O
|
||||
CHL O
|
||||
MACO O
|
||||
CHL B-PER
|
||||
MACO I-PER
|
||||
0,9% O
|
||||
INJ O
|
||||
PP O
|
||||
@@ -3302,8 +3302,8 @@ Urgent O
|
||||
16/07/2023 O
|
||||
10:24 O
|
||||
SODIUM O
|
||||
BIC O
|
||||
BAX O
|
||||
BIC B-PER
|
||||
BAX I-PER
|
||||
1,4% O
|
||||
POC O
|
||||
CFX O
|
||||
@@ -4070,7 +4070,7 @@ Cécilia B-PER
|
||||
NOCENT- I-PER
|
||||
EJNAINI I-PER
|
||||
2 O
|
||||
BOUFFEE B-PER
|
||||
BOUFFEE O
|
||||
- O
|
||||
Matin O
|
||||
[8h] O
|
||||
@@ -4089,7 +4089,7 @@ INHAL O
|
||||
DISPOSITIF O
|
||||
INHALATEUR(s) O
|
||||
2 O
|
||||
BOUFFEE B-PER
|
||||
BOUFFEE O
|
||||
- O
|
||||
Matin O
|
||||
[8h] O
|
||||
@@ -4780,7 +4780,7 @@ DR. O
|
||||
Marielle B-PER
|
||||
SABATINI I-PER
|
||||
2 O
|
||||
BOUFFEE B-PER
|
||||
BOUFFEE O
|
||||
INHALEE O
|
||||
Signé O
|
||||
- O
|
||||
@@ -4908,7 +4908,7 @@ Page O
|
||||
11 O
|
||||
de O
|
||||
24 O
|
||||
Plan O
|
||||
Plan B-VILLE
|
||||
de O
|
||||
soins O
|
||||
Jour O
|
||||
@@ -7095,7 +7095,7 @@ Page O
|
||||
16 O
|
||||
de O
|
||||
24 O
|
||||
Plan O
|
||||
Plan B-VILLE
|
||||
de O
|
||||
soins O
|
||||
Jour O
|
||||
@@ -7166,7 +7166,7 @@ sur O
|
||||
hrs O
|
||||
- O
|
||||
INTRAVEINEUSE O
|
||||
Discontinue B-PER
|
||||
Discontinue O
|
||||
- O
|
||||
Ttes O
|
||||
les O
|
||||
@@ -7232,7 +7232,7 @@ sur O
|
||||
hrs O
|
||||
- O
|
||||
INTRAVEINEUSE O
|
||||
Discontinue B-PER
|
||||
Discontinue O
|
||||
- O
|
||||
Ttes O
|
||||
les O
|
||||
@@ -7298,7 +7298,7 @@ sur O
|
||||
hrs O
|
||||
- O
|
||||
INTRAVEINEUSE O
|
||||
Discontinue B-PER
|
||||
Discontinue O
|
||||
- O
|
||||
Ttes O
|
||||
les O
|
||||
@@ -9084,7 +9084,7 @@ rendu O
|
||||
au O
|
||||
format O
|
||||
texte O
|
||||
Bayonne, O
|
||||
Bayonne, B-VILLE
|
||||
le O
|
||||
15/07/2023 O
|
||||
Docteur O
|
||||
@@ -9258,7 +9258,7 @@ rendu O
|
||||
au O
|
||||
format O
|
||||
texte O
|
||||
Bayonne, O
|
||||
Bayonne, B-VILLE
|
||||
le O
|
||||
17/07/2023 O
|
||||
Docteur O
|
||||
@@ -9374,7 +9374,7 @@ organisé. O
|
||||
Discrète O
|
||||
dilatation O
|
||||
des O
|
||||
branches O
|
||||
branches B-VILLE
|
||||
droite O
|
||||
et O
|
||||
gauche O
|
||||
|
||||
Reference in New Issue
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