feat(phase2): Fine-tuning CamemBERT-bio v2 (F1=0.90) + enrichissement données

- Fine-tuning camembert-bio-base : F1=0.903, Recall=0.930 (vs 0.89/0.85) - Data augmentation : substitution noms INSEE (219K patronymes, x3 copies) - Hard negatives BDPM (5.7K médicaments) + QUAERO (1319 termes médicaux) - Annotations silver enrichies par gazetteers (+612 VILLE, +5 HOPITAL) - Export silver avec support multi-répertoires (--extra-dir) - Gazetteers QUAERO : CHEM, DISO, PROC, ANAT depuis DrBenchmark/QUAERO - Gazetteers INSEE : noms de famille fréquents (96K) et complets (219K) - Batch silver 1194 PDFs (run_batch_silver_export.py) pour dataset v3 Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
2026-03-10 02:06:08 +01:00
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38 changed files with 318811 additions and 1406 deletions
--- a/data/silver_annotations/trackare-BA067657-23076655_BA067657_23076655.bio
+++ b/data/silver_annotations/trackare-BA067657-23076655_BA067657_23076655.bio
@@ -59,7 +59,7 @@ MAISON	O
 DE	O
 RETRAITE	O
 ALBODI	B-PER
-Ville	O
+Ville	B-VILLE
 de	O
 résidence:	O
 BARDOS	B-VILLE
@@ -223,7 +223,7 @@ Motif	O
 de	O
 prise	O
 en	O
-charge	O
+charge	B-VILLE
 Dyspnée	O
 dyspnée	O
 avec	O
@@ -280,14 +280,14 @@ Date	O
 de	O
 prise	O
 en	O
-charge	O
+charge	B-VILLE
 médicale	O
 19/04/2023	O
 Heure	O
 de	O
 prise	O
 en	O
-charge	O
+charge	B-VILLE
 médicale	O
 09:49	O
 Médecin	O
@@ -452,7 +452,7 @@ Note	O
 Aucune	O
 donnée	O
 renseignée	O
-Signes	O
+Signes	B-VILLE
 vitaux	O
 Item	O
 de	O
@@ -1042,7 +1042,7 @@ du	O
 19	O
 au	O
 24	O
-avril	O
+avril	B-VILLE
 2023	O
 pour	O
 exacerbation	O
@@ -1103,7 +1103,7 @@ l'épisode	O
 aigüe.	O
 Sur	O
 le	O
-plan	O
+plan	B-VILLE
 infectieux,	O
 présence	O
 de	O
@@ -1458,7 +1458,7 @@ aux	O
 deux	O
 bases,	O
 quelques	O
-corps	O
+corps	B-VILLE
 entier	O
 Pas	O
 de	O
@@ -1533,7 +1533,7 @@ antérieures,	O
 donc	O
 disparition	O
 des	O
-signes	O
+signes	B-VILLE
 d'ischémie.	O
 Contrôle	O
 bio	O
@@ -1605,7 +1605,7 @@ bdc	O
 réguliers	O
 pas	O
 de	O
-signes	O
+signes	B-VILLE
 d'insuffisance	O
 cardiaque	O
 ou	O
@@ -1722,7 +1722,7 @@ devant	O
 souffrance	O
 myocardique	O
 au	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 de	O
 l'infection	O
 -Bio	O
@@ -1730,7 +1730,7 @@ dimanche	O
 20.04	O
 YG	O
 Apyrétique,	O
-bonne	O
+bonne	B-VILLE
 HD	O
 sat	O
 96%	O
@@ -1757,7 +1757,7 @@ bi	O
 basaux	O
 Abdomen	O
 sid,	O
-Bio	O
+Bio	B-VILLE
 :	O
 Hb	O
 11.4	O
@@ -1810,7 +1810,7 @@ ECG	O
 :	O
 négativation	O
 des	O
-ondes	O
+ondes	B-VILLE
 T	O
 en	O
 antérieur	O
@@ -2007,7 +2007,7 @@ Créat	O
 majoré	O
 à	O
 94	O
-contre	O
+contre	B-VILLE
 68	O
 Majoration	O
 CRP	O
@@ -2056,7 +2056,7 @@ négatif	O
 Aspiration	O
 trachéale	O
 en	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 Patient:	O
 CHAMOIS	B-PER
 CHAMOIS	I-PER
@@ -2097,7 +2097,7 @@ Note	O
 d'évolution	O
 DR.	O
 Laurence	B-PER
-MASSE	I-PER
+MASSE	O
 19/04/2023	O
 18:15	O
 Histoire	O
@@ -2186,7 +2186,7 @@ préventive/SCA	O
 ST-	O
 a	O
 la	O
-place	O
+place	B-VILLE
 du	O
 lovenox	O
 préventif	O
@@ -2793,7 +2793,7 @@ est	O
 fébrile,	O
 polypnéique	O
 avec	O
-signes	O
+signes	B-VILLE
 de	O
 lutte	O
 crépitants	O
@@ -2846,7 +2846,7 @@ modification	O
 significative	O
 Prise	O
 ne	O
-charge	O
+charge	B-VILLE
 initial	O
 par	O
 C3G	O
@@ -2856,7 +2856,7 @@ furosémide	O
 IV,	O
 aérosols	O
 Micro	O
-bio	O
+bio	B-VILLE
 :	O
 -	O
 Antigénurie	O
@@ -2932,7 +2932,7 @@ de	O
 décalage	O
 du	O
 ST,	O
-ondes	O
+ondes	B-VILLE
 T	O
 plates,	O
 QTc	O
@@ -3178,7 +3178,7 @@ matin	O
 détresse	O
 respiratoire	O
 avec	O
-signes	O
+signes	B-VILLE
 de	O
 lutte	O
 et	O
@@ -3217,7 +3217,7 @@ dyspnée	O
 de	O
 repos	O
 avec	O
-signes	O
+signes	B-VILLE
 de	O
 lutte	O
 (BTA,	O
@@ -3421,9 +3421,9 @@ Normal	O
 Molles	O
 Absence	O
 Absence	O
-Molles	O
-Molles	O
-Molles	O
+Molles	B-VILLE
+Molles	B-VILLE
+Molles	B-VILLE
 Molles	O
 Molles	O
 Fréq.	O
@@ -3631,7 +3631,7 @@ perfusé	O
 à	O
 nouveau	O
 les	O
-nuits	O
+nuits	B-VILLE
 se	O
 suivent	O
 et	O
@@ -3954,14 +3954,14 @@ Note	O
 IDE	O
 Mathilde	B-PER
 DOBOSZ	I-PER
-20/04/2023	O
-13:10	O
+20/04/2023	B-DATE_NAISSANCE
+13:10	I-DATE_NAISSANCE
 Note	O
 IDE	O
 Myriam	B-PER
 CRABOS	I-PER
-20/04/2023	O
-01:28	O
+20/04/2023	B-DATE_NAISSANCE
+01:28	I-DATE_NAISSANCE
 Note	O
 IDE	O
 Alexia	B-PER
@@ -4136,7 +4136,7 @@ préventive/SCA	O
 ST-	O
 à	O
 la	O
-place	O
+place	B-VILLE
 du	O
 lovenox	O
 préventif	O
@@ -4225,8 +4225,8 @@ vers	O
 retrouvé	O
 debout	O
 dans	O
-la	O
-chambre,	O
+la	B-VILLE
+chambre,	I-VILLE
 est	O
 passé	O
 par	O
@@ -4271,7 +4271,7 @@ aller	O
 la	O
 selle	O
 Arrivé	O
-vers	O
+vers	B-VILLE
 16h30	O
 dans	O
 le	O
@@ -4290,7 +4290,7 @@ respi:	O
 sous	O
 6L	O
 a	O
-son	O
+son	B-VILLE
 arrivée	O
 mais	O
 décompensation	O
@@ -4515,7 +4515,7 @@ un	O
 contexte	O
 d'hyperthermie	O
 A	O
-son	O
+son	B-VILLE
 installation	O
 ,	O
 encombrement	O
@@ -4654,7 +4654,7 @@ Signé	O
 Le	O
 débit	O
 en	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 est	O
 :	O
 4	O
@@ -4725,7 +4725,7 @@ modifié.	O
 Le	O
 débit	O
 en	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 est	O
 :	O
 3	O
@@ -4814,7 +4814,7 @@ modifié.	O
 Le	O
 débit	O
 en	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 est	O
 :	O
 10	O
@@ -4849,7 +4849,7 @@ Glucose	O
 -	O
 eau	O
 PPI	O
-PIPER/TAZOB	O
+PIPER/TAZOB	B-PER
 MYL	O
 4G/500MG	O
 PDR	O
@@ -4858,7 +4858,7 @@ PERF	O
 Flacon(s)	O
 DR.	O
 Laurence	B-PER
-MASSE	I-PER
+MASSE	O
 4	O
 G	O
 -	O
@@ -4875,7 +4875,7 @@ modifié.	O
 Le	O
 débit	O
 en	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 est	O
 :	O
 1	O
@@ -4924,9 +4924,9 @@ ADO	O
 SOLUDACTONE	O
 100MG	O
 PDR	O
-ET	O
-SOL	O
-INJ	O
+ET	B-PER
+SOL	I-PER
+INJ	I-PER
 [5]	O
 Ampoule(s)	O
 100	O
@@ -4975,7 +4975,7 @@ modifié.	O
 Le	O
 débit	O
 en	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 est	O
 :	O
 10	O
@@ -4985,7 +4985,7 @@ par	O
 Notes	O
 du	O
 professionel	O
-PIPER/TAZOB	O
+PIPER/TAZOB	B-PER
 MYL	O
 4G/500MG	O
 PDR	O
@@ -5090,8 +5090,8 @@ DR.	O
 Pierre	B-PER
 RIGAUD	I-PER
 BACTRIM	O
-FORTE	O
-CPR	O
+FORTE	B-PER
+CPR	I-PER
 [10]	O
 COMPRIME(S)	O
 1	O
@@ -5438,8 +5438,8 @@ Sortie	O
 Yoan	I-PER
 GUILLAUD	I-PER
 BACTRIM	O
-FORTE	O
-CPR	O
+FORTE	B-PER
+CPR	I-PER
 [10]	O
 COMPRIME(S)	O
 1	O
@@ -5861,7 +5861,7 @@ Normal	O
 19:18	O
 DR.	O
 Laurence	B-PER
-MASSE	I-PER
+MASSE	O
 Voie	O
 d`administration:	O
 INHALEE	O
@@ -6084,7 +6084,7 @@ modifié.	O
 Le	O
 débit	O
 en	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 est	O
 :	O
 360000	O
@@ -6493,8 +6493,8 @@ CPR	O
 [30]	O
 COMPRIME(S)	O
 BACTRIM	O
-FORTE	O
-CPR	O
+FORTE	B-PER
+CPR	I-PER
 [10]	O
 COMPRIME(S)	O
 BISOPROLOL	O
@@ -7042,7 +7042,7 @@ Page	O
 16	O
 de	O
 35	O
-Plan	O
+Plan	B-VILLE
 de	O
 soins	O
 Jour	O
@@ -8377,8 +8377,8 @@ dose:	O
 Signé	O
 —	O
 BACTRIM	O
-FORTE	O
-CPR	O
+FORTE	B-PER
+CPR	I-PER
 -	O
 800MG	O
 +	O
@@ -8405,8 +8405,8 @@ dose:	O
 Signé	O
 —	O
 BACTRIM	O
-FORTE	O
-CPR	O
+FORTE	B-PER
+CPR	I-PER
 -	O
 800MG	O
 +	O
@@ -9985,7 +9985,7 @@ presc.:	O
 Si	O
 pas	O
 de	O
-selles	O
+selles	B-VILLE
 pendant	O
 3	O
 jours	O
@@ -10023,7 +10023,7 @@ presc.:	O
 10:32	O
 Pas	O
 de	O
-selles	O
+selles	B-VILLE
 Signé	O
 —	O
 NATISPRAY	O
@@ -11477,7 +11477,7 @@ Page	O
 25	O
 de	O
 35	O
-Plan	O
+Plan	B-VILLE
 de	O
 soins	O
 Jour	O
@@ -12490,8 +12490,8 @@ dose:	O
 Signé	O
 —	O
 BACTRIM	O
-FORTE	O
-CPR	O
+FORTE	B-PER
+CPR	I-PER
 -	O
 800MG	O
 +	O
@@ -12758,8 +12758,8 @@ de	O
 Signé	O
 —	O
 BACTRIM	O
-FORTE	O
-CPR	O
+FORTE	B-PER
+CPR	I-PER
 -	O
 800MG	O
 +	O
@@ -14109,7 +14109,7 @@ presc.:	O
 Si	O
 pas	O
 de	O
-selles	O
+selles	B-VILLE
 pendant	O
 3	O
 jours	O
@@ -14147,7 +14147,7 @@ presc.:	O
 10:32	O
 Pas	O
 de	O
-selles	O
+selles	B-VILLE
 Signé	O
 —	O
 NATISPRAY	O
@@ -15275,7 +15275,7 @@ rendu	O
 au	O
 format	O
 texte	O
-Bayonne,	O
+Bayonne,	B-VILLE
 le	O
 19/04/2023	O
 Docteur	O
@@ -15617,7 +15617,7 @@ et	O
 variations	O
 de	O
 la	O
-masse	B-PER
+masse	O
 musculaire	O
 -	O
 alimentation	O
@@ -15657,7 +15657,7 @@ et	O
 variations	O
 de	O
 la	O
-masse	B-PER
+masse	O
 musculaire	O
 -	O
 alimentation	O
@@ -15697,7 +15697,7 @@ et	O
 variations	O
 de	O
 la	O
-masse	B-PER
+masse	O
 musculaire	O
 -	O
 alimentation	O