feat(phase2): Fine-tuning CamemBERT-bio v2 (F1=0.90) + enrichissement données

- Fine-tuning camembert-bio-base : F1=0.903, Recall=0.930 (vs 0.89/0.85) - Data augmentation : substitution noms INSEE (219K patronymes, x3 copies) - Hard negatives BDPM (5.7K médicaments) + QUAERO (1319 termes médicaux) - Annotations silver enrichies par gazetteers (+612 VILLE, +5 HOPITAL) - Export silver avec support multi-répertoires (--extra-dir) - Gazetteers QUAERO : CHEM, DISO, PROC, ANAT depuis DrBenchmark/QUAERO - Gazetteers INSEE : noms de famille fréquents (96K) et complets (219K) - Batch silver 1194 PDFs (run_batch_silver_export.py) pour dataset v3 Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
2026-03-10 02:06:08 +01:00
parent 274e2fa586
commit c9572c383a
38 changed files with 318811 additions and 1406 deletions
--- a/data/silver_annotations/trackare-BA065989-23102874_BA065989_23102874.bio
+++ b/data/silver_annotations/trackare-BA065989-23102874_BA065989_23102874.bio
@@ -63,7 +63,7 @@ PETIT	O
 BASQUE	O
 APT	O
 77	O
-Ville	O
+Ville	B-VILLE
 de	O
 résidence:	O
 BAYONNE	B-VILLE
@@ -215,7 +215,7 @@ Motif	O
 de	O
 prise	O
 en	O
-charge	O
+charge	B-VILLE
 Dyspnée	O
 Observ.	O
 IDE	O
@@ -238,14 +238,14 @@ Date	O
 de	O
 prise	O
 en	O
-charge	O
+charge	B-VILLE
 médicale	O
 26/05/2023	O
 Heure	O
 de	O
 prise	O
 en	O
-charge	O
+charge	B-VILLE
 médicale	O
 20:12	O
 CCMU	O
@@ -380,7 +380,7 @@ Note	O
 Aucune	O
 donnée	O
 renseignée	O
-Signes	O
+Signes	B-VILLE
 vitaux	O
 Item	O
 de	O
@@ -840,7 +840,7 @@ sat	O
 (améliorée	O
 par	O
 une	O
-bonne	O
+bonne	B-VILLE
 ventilation)	O
 Probable	O
 hypoventilation	O
@@ -962,7 +962,7 @@ sa	O
 respiration,	O
 a	O
 retrouver	O
-"son	O
+"son	B-VILLE
 état	O
 antérieur"	O
 28/05/2023	O
@@ -1046,8 +1046,8 @@ LP	O
 cp	O
 le	O
 soir	O
-TEGRETOL	O
-LP	O
+TEGRETOL	B-PER
+LP	I-PER
 400mg	O
 1-0-2	O
 RIsperdal	O
@@ -1058,8 +1058,8 @@ injection	O
 tous	O
 les	O
 15jours	O
-Parkinane	O
-LP	O
+Parkinane	B-PER
+LP	I-PER
 5mg	O
 1-0-2	O
 Lexomil	O
@@ -1075,7 +1075,7 @@ depuis	O
 15h,	O
 a	O
 vu	O
-son	O
+son	B-VILLE
 médecin	O
 traitant	O
 cet	O
@@ -1313,7 +1313,7 @@ ECG	O
 de	O
 contrôle	O
 -	O
-bio	O
+bio	B-VILLE
 de	O
 contrôle	O
 ds	O
@@ -1403,8 +1403,8 @@ LP	O
 cp	O
 le	O
 soir	O
-TEGRETOL	O
-LP	O
+TEGRETOL	B-PER
+LP	I-PER
 400mg	O
 1-0-2	O
 RIsperdal	O
@@ -1415,8 +1415,8 @@ injection	O
 tous	O
 les	O
 15jours	O
-Parkinane	O
-LP	O
+Parkinane	B-PER
+LP	I-PER
 5mg	O
 1-0-2	O
 Lexomil	O
@@ -1432,7 +1432,7 @@ naissance:	I-DATE_NAISSANCE
 26/04/1960	I-DATE_NAISSANCE
 (BA065989	I-DATE_NAISSANCE
 )	O
-Episode	B-PER
+Episode	O
 N.:	O
 23102874	B-NDA
 (	O
@@ -1459,7 +1459,7 @@ depuis	O
 15h,	O
 a	O
 vu	O
-son	O
+son	B-VILLE
 médecin	O
 traitant	O
 cet	O
@@ -1613,8 +1613,8 @@ Psychiatrie	O
 Item	O
 de	O
 surveillance	O
-30/05/2023	B-DATE_NAISSANCE
-08:08	I-DATE_NAISSANCE
+30/05/2023	O
+08:08	O
 29/05/2023	O
 23:30	O
 29/05/2023	O
@@ -1741,8 +1741,8 @@ Note	O
 IDE	O
 Virginie	B-PER
 VIVIER	I-PER
-30/05/2023	B-DATE_NAISSANCE
-00:15	I-DATE_NAISSANCE
+30/05/2023	O
+00:15	O
 devenir:	O
 possible	O
 sorti	O
@@ -1892,7 +1892,7 @@ diminuée	O
 à	O
 2L	O
 car	O
-bonne	O
+bonne	B-VILLE
 sat	O
 et	O
 patiente	O
@@ -1993,8 +1993,8 @@ PHTISIOLOGIE	O
 HC	O
 )	O
 Le	O
-30/05/2023	B-DATE_NAISSANCE
-14:55	I-DATE_NAISSANCE
+30/05/2023	O
+14:55	O
 Page	O
 5	O
 de	O
@@ -2038,8 +2038,8 @@ des	O
 prescriptions:	O
 Réalisé	O
 SODIUM	O
-CHL	O
-MACO	O
+CHL	B-PER
+MACO	I-PER
 0,9%	O
 INJ	O
 PP	O
@@ -2161,7 +2161,7 @@ et	O
 respiration	O
 sifflante	O
 à	O
-son	O
+son	B-VILLE
 entrée	O
 Aérosol	O
 en	O
@@ -2210,7 +2210,7 @@ sous	O
 d'O2	O
 Aérosols	O
 en	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 Cortico	O
 selon	O
 PM	O
@@ -2281,7 +2281,7 @@ modifié.	O
 Le	O
 débit	O
 en	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 est	O
 :	O
 300	O
@@ -2299,7 +2299,7 @@ modifié.	O
 Le	O
 débit	O
 en	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 est	O
 :	O
 41.666666666666664	O
@@ -2390,8 +2390,8 @@ Page	O
 6	O
 de	O
 17	O
-BROMAZEPAM	O
-CRT	O
+BROMAZEPAM	B-PER
+CRT	I-PER
 6MG	O
 CPR	O
 [30]	O
@@ -2410,8 +2410,8 @@ Normal	O
 DR.	O
 Perrine	B-PER
 RAVASSE	I-PER
-BROMAZEPAM	O
-CRT	O
+BROMAZEPAM	I-PER
+CRT	I-PER
 6MG	O
 CPR	O
 [30]	O
@@ -2451,9 +2451,9 @@ Normal	O
 DR.	O
 Elise	B-PER
 ABRAHAM	I-PER
-PARKINANE	O
-LP	B-PER
-5MG	I-PER
+PARKINANE	I-PER
+LP	I-PER
+5MG	O
 GELULE	O
 [20]	O
 Gelule(s)	O
@@ -2470,9 +2470,9 @@ Normal	O
 DR.	O
 Elise	B-PER
 ABRAHAM	I-PER
-PARKINANE	O
-LP	B-PER
-5MG	I-PER
+PARKINANE	I-PER
+LP	I-PER
+5MG	O
 GELULE	O
 [20]	O
 Gelule(s)	O
@@ -2505,8 +2505,8 @@ Normal	O
 12:04	B-PER
 Alexia	I-PER
 ANDRE	I-PER
-TEGRETOL	O
-LP	O
+TEGRETOL	I-PER
+LP	I-PER
 400MG	O
 CPR	O
 [30]	O
@@ -2524,8 +2524,8 @@ Normal	O
 DR.	O
 Elise	B-PER
 ABRAHAM	I-PER
-TEGRETOL	O
-LP	O
+TEGRETOL	I-PER
+LP	I-PER
 400MG	O
 CPR	O
 [30]	O
@@ -2543,8 +2543,8 @@ Normal	O
 DR.	O
 Elise	B-PER
 ABRAHAM	I-PER
-TERALITHE	O
-LP	O
+TERALITHE	I-PER
+LP	I-PER
 400MG	O
 CPR	O
 [60]	O
@@ -2562,8 +2562,8 @@ Normal	O
 DR.	O
 Elise	B-PER
 ABRAHAM	I-PER
-TRAMADOL	O
-ARW	O
+TRAMADOL	I-PER
+ARW	I-PER
 50MG	O
 CPR	O
 [30]	O
@@ -2627,9 +2627,9 @@ Normal	O
 DR.	O
 Elise	B-PER
 ABRAHAM	I-PER
-PARKINANE	O
-LP	B-PER
-5MG	I-PER
+PARKINANE	I-PER
+LP	I-PER
+5MG	O
 GELULE	O
 [20]	O
 Gelule(s)	O
@@ -2646,9 +2646,9 @@ Normal	O
 DR.	O
 Perrine	B-PER
 RAVASSE	I-PER
-PARKINANE	O
-LP	B-PER
-5MG	I-PER
+PARKINANE	I-PER
+LP	I-PER
+5MG	O
 GELULE	O
 [20]	O
 Gelule(s)	O
@@ -2665,8 +2665,8 @@ Normal	O
 DR.	O
 Perrine	B-PER
 RAVASSE	I-PER
-TEGRETOL	O
-LP	O
+TEGRETOL	I-PER
+LP	I-PER
 400MG	O
 CPR	O
 [30]	O
@@ -2684,8 +2684,8 @@ Normal	O
 DR.	O
 Perrine	B-PER
 RAVASSE	I-PER
-TEGRETOL	O
-LP	O
+TEGRETOL	I-PER
+LP	I-PER
 400MG	O
 CPR	O
 [30]	O
@@ -2703,8 +2703,8 @@ Normal	O
 DR.	O
 Perrine	B-PER
 RAVASSE	I-PER
-TERALITHE	O
-LP	O
+TERALITHE	I-PER
+LP	I-PER
 400MG	O
 CPR	O
 [60]	O
@@ -2823,8 +2823,8 @@ Sortie	O
 12:06	B-PER
 Alexia	I-PER
 ANDRE	I-PER
-TERALITHE	O
-LP	O
+TERALITHE	I-PER
+LP	I-PER
 400MG	O
 CPR	O
 [60]	O
@@ -2958,8 +2958,8 @@ Statut	O
 des	O
 prescriptions:	O
 Signé	O
-SPIRIVA	O
-RESPIMAT	B-PER
+SPIRIVA	B-PER
+RESPIMAT	I-PER
 2,5MCG	O
 SOL	O
 PR	O
@@ -2967,8 +2967,8 @@ INHAL	O
 [60]	O
 DISPOSITIF	O
 INHALATEUR(s)	O
-SPIRIVA	O
-RESPIMAT	B-PER
+SPIRIVA	B-PER
+RESPIMAT	I-PER
 2,5MCG	O
 SOL	O
 PR	O
@@ -2988,8 +2988,8 @@ Statut	O
 des	O
 prescriptions:	O
 Arrêté	O
-IPRATROPIUM	O
-AGT	O
+IPRATROPIUM	B-PER
+AGT	I-PER
 0,5MG/2ML	O
 AD	O
 INHAL	O
@@ -3016,8 +3016,8 @@ Statut	O
 des	O
 prescriptions:	O
 Réalisé	O
-IPRATROPIUM	O
-AGT	O
+IPRATROPIUM	B-PER
+AGT	I-PER
 0,5MG/2ML	O
 AD	O
 INHAL	O
@@ -3184,7 +3184,7 @@ modifié.	O
 Le	O
 débit	O
 en	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 est	O
 :	O
 6	O
@@ -3227,7 +3227,7 @@ modifié.	O
 Le	O
 débit	O
 en	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 est	O
 :	O
 7.5	O
@@ -3382,8 +3382,8 @@ CPR	O
 ORODISP	O
 [20]	O
 COMPRIME(S)	O
-SPIRIVA	O
-RESPIMAT	B-PER
+SPIRIVA	B-PER
+RESPIMAT	I-PER
 2,5MCG	O
 SOL	O
 PR	O
@@ -3403,9 +3403,9 @@ IRIBARREN	I-PER
 Emma	I-PER
 IRIBARREN	I-PER
 29/05/2023	O
-21:15	O
-Marie	O
-Pierre	B-PER
+21:15	B-PER
+Marie	I-PER
+Pierre	I-PER
 LORDA	I-PER
 Emma	I-PER
 IRIBARREN	I-PER
@@ -3583,7 +3583,7 @@ Page	O
 9	O
 de	O
 17	O
-Plan	O
+Plan	B-VILLE
 de	O
 soins	O
 Jour	O
@@ -3605,8 +3605,8 @@ Soir	O
 (21h-07h)	O
 Signé	O
 —	O
-SPIRIVA	O
-RESPIMAT	B-PER
+SPIRIVA	B-PER
+RESPIMAT	I-PER
 2,5MCG	O
 SOL	O
 PR	O
@@ -3904,8 +3904,8 @@ dose:	O
 19:00	O
 Signé	O
 —	O
-PARKINANE	O
-LP	O
+PARKINANE	B-PER
+LP	I-PER
 5MG	O
 GELULE	O
 -	O
@@ -4171,8 +4171,8 @@ de	O
 17	O
 Signé	O
 —	O
-PARKINANE	O
-LP	O
+PARKINANE	B-PER
+LP	I-PER
 5MG	O
 GELULE	O
 -	O
@@ -4195,8 +4195,8 @@ dose:	O
 08:00	O
 Signé	O
 —	O
-TEGRETOL	O
-LP	O
+TEGRETOL	B-PER
+LP	I-PER
 400	O
 MG	O
 CPR	O
@@ -4220,8 +4220,8 @@ dose:	O
 21:00	O
 Signé	O
 —	O
-TEGRETOL	O
-LP	O
+TEGRETOL	B-PER
+LP	I-PER
 400	O
 MG	O
 CPR	O
@@ -4245,8 +4245,8 @@ dose:	O
 08:00	O
 Signé	O
 —	O
-TERALITHE	O
-LP	O
+TERALITHE	B-PER
+LP	I-PER
 400MG	O
 CPR	O
 -	O
@@ -4269,8 +4269,8 @@ dose:	O
 19:00	O
 Signé	O
 —	O
-TRAMADOL	O
-ARW	O
+TRAMADOL	B-PER
+ARW	I-PER
 50MG	O
 CPR	O
 -	O
@@ -4299,8 +4299,8 @@ si	O
 douleur	O
 Signé	O
 —	O
-TRAMADOL	O
-ARW	O
+TRAMADOL	B-PER
+ARW	I-PER
 50MG	O
 CPR	O
 -	O
@@ -4790,7 +4790,7 @@ Page	O
 12	O
 de	O
 17	O
-Plan	O
+Plan	B-VILLE
 de	O
 soins	O
 Jour	O
@@ -4814,8 +4814,8 @@ Soir	O
 (21h-07h)	O
 Signé	O
 —	O
-SPIRIVA	O
-RESPIMAT	B-PER
+SPIRIVA	B-PER
+RESPIMAT	I-PER
 2,5MCG	O
 SOL	O
 PR	O
@@ -5113,8 +5113,8 @@ dose:	O
 19:00	O
 Signé	O
 —	O
-PARKINANE	O
-LP	O
+PARKINANE	B-PER
+LP	I-PER
 5MG	O
 GELULE	O
 -	O
@@ -5380,8 +5380,8 @@ de	O
 17	O
 Signé	O
 —	O
-PARKINANE	O
-LP	O
+PARKINANE	B-PER
+LP	I-PER
 5MG	O
 GELULE	O
 -	O
@@ -5428,8 +5428,8 @@ dose:	O
 08:00	O
 Signé	O
 —	O
-TEGRETOL	O
-LP	O
+TEGRETOL	B-PER
+LP	I-PER
 400	O
 MG	O
 CPR	O
@@ -5453,8 +5453,8 @@ dose:	O
 21:00	O
 Signé	O
 —	O
-TEGRETOL	O
-LP	O
+TEGRETOL	B-PER
+LP	I-PER
 400	O
 MG	O
 CPR	O
@@ -5478,8 +5478,8 @@ dose:	O
 08:00	O
 Signé	O
 —	O
-TERALITHE	O
-LP	O
+TERALITHE	B-PER
+LP	I-PER
 400MG	O
 CPR	O
 -	O
@@ -5502,8 +5502,8 @@ dose:	O
 19:00	O
 Signé	O
 —	O
-TRAMADOL	O
-ARW	O
+TRAMADOL	B-PER
+ARW	I-PER
 50MG	O
 CPR	O
 -	O
@@ -5532,8 +5532,8 @@ si	O
 douleur	O
 Signé	O
 —	O
-TRAMADOL	O
-ARW	O
+TRAMADOL	B-PER
+ARW	I-PER
 50MG	O
 CPR	O
 -	O
@@ -6021,7 +6021,7 @@ rendu	O
 au	O
 format	O
 texte	O
-Bayonne,	O
+Bayonne,	B-VILLE
 le	O
 26/05/2023	O
 Docteur	O