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feat(phase2): Fine-tuning CamemBERT-bio v2 (F1=0.90) + enrichissement données

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- Fine-tuning camembert-bio-base : F1=0.903, Recall=0.930 (vs 0.89/0.85)
- Data augmentation : substitution noms INSEE (219K patronymes, x3 copies)
- Hard negatives BDPM (5.7K médicaments) + QUAERO (1319 termes médicaux)
- Annotations silver enrichies par gazetteers (+612 VILLE, +5 HOPITAL)
- Export silver avec support multi-répertoires (--extra-dir)
- Gazetteers QUAERO : CHEM, DISO, PROC, ANAT depuis DrBenchmark/QUAERO
- Gazetteers INSEE : noms de famille fréquents (96K) et complets (219K)
- Batch silver 1194 PDFs (run_batch_silver_export.py) pour dataset v3

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
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2026-03-10 02:06:08 +01:00
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158
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@@ -59,7 +59,7 @@ Postal: O
64120 B-ZIP
Adresse: O
BOURG B-VILLE
Ville O
Ville B-VILLE
de O
résidence: O
ARRAUTE B-VILLE
@@ -139,8 +139,8 @@ de O
confiance O
Fils O
RAZIMBAUD B-PER
OLIVIER I-PER
07.89.80.04.36 B-TEL
OLIVIER B-TEL
07.89.80.04.36 I-TEL
Antécédents O
et O
habitudes O
@@ -587,7 +587,7 @@ Faecalis O
ATCD O
: O
Glaucome O
(CONTRE O
(CONTRE B-VILLE
INDICATION O
aux O
anti-cholinergiques) O
@@ -702,7 +702,7 @@ vétérinaire O
rural O
Vit O
avec O
son O
son B-VILLE
épouse O
Autonome O
pour O
@@ -762,8 +762,8 @@ maladie O
DR. O
Marc-Olivier B-PER
VAREIL I-PER
08/03/2023 O
13:40 O
08/03/2023 B-DATE_NAISSANCE
13:40 I-DATE_NAISSANCE
Patient: O
RAZIMBAUD B-PER
RAZIMBAUD I-PER
@@ -798,8 +798,8 @@ kg O
IMC: O
22.408 O
Le O
08/03/2023 O
13:47 O
08/03/2023 B-DATE_NAISSANCE
13:47 I-DATE_NAISSANCE
Page O
2 O
de O
@@ -919,7 +919,7 @@ symptomes O
cardio-respiratoire. O
Abdomen O
souple. O
Signes O
Signes B-VILLE
foncitonnels O
urinaire O
type O
@@ -1145,7 +1145,7 @@ bactériémie O
à O
Entérocoque O
faecalis: O
bonne O
bonne B-VILLE
fenêtre O
écho, O
VG O
@@ -1272,17 +1272,17 @@ l'identification O
à O
Enterococcus O
Faecalis. O
Transfert O
en O
maladies O
infectieuses O
pour O
suite O
de O
la O
prise O
en O
charge O
Transfert B-VILLE
en I-VILLE
maladies I-VILLE
infectieuses I-VILLE
pour I-VILLE
suite I-VILLE
de I-VILLE
la I-VILLE
prise I-VILLE
en I-VILLE
charge I-VILLE
, O
le O
27/02. O
@@ -1301,8 +1301,8 @@ Poids O
kg O
IMC O
22.41 O
QUICK O
SOFA O
QUICK B-PER
SOFA I-PER
0 O
> O
cardio O
@@ -1472,8 +1472,8 @@ Page O
de O
20 O
Sur O
le O
plan O
le B-VILLE
plan I-VILLE
infectieux O
: O
Prise O
@@ -1652,7 +1652,7 @@ le O
plan O
de O
l'évolution, O
bonne O
bonne B-VILLE
évolution O
clinico-biologique O
sous O
@@ -1698,7 +1698,7 @@ prostatique O
nécessitant O
un O
traitement O
long, O
long, B-VILLE
sans O
doute O
sur O
@@ -1735,10 +1735,10 @@ récidivantes. O
Aucune O
hématurie O
et O
bonne O
bonne B-VILLE
miction O
au O
cours O
cours B-VILLE
de O
notre O
séjour O
@@ -1904,7 +1904,7 @@ droite O
Enterococcus O
Faecalis, O
de O
bonne O
bonne B-VILLE
évolution O
clinico-biologique O
avec O
@@ -2379,7 +2379,7 @@ du O
filtre O
cave O
au O
cours O
cours B-VILLE
de O
l'hospitalisation O
lorsque O
@@ -2441,7 +2441,7 @@ pas O
d'hématurie, O
pas O
de O
signes O
signes B-VILLE
fonctionnels O
urinaires. O
allo O
@@ -2720,7 +2720,7 @@ scan O
se O
tenir O
au O
courant O
courant B-VILLE
au O
décours O
pour O
@@ -2938,7 +2938,7 @@ Faecalis O
ATCD O
: O
Glaucome O
(CONTRE O
(CONTRE B-VILLE
INDICATION O
aux O
anti-cholinergiques) O
@@ -3040,7 +3040,7 @@ vétérinaire O
rural O
Vit O
avec O
son O
son B-VILLE
épouse O
Autonome O
pour O
@@ -3176,7 +3176,7 @@ urgences. O
Aux O
urgences O
de O
Saint-Palais B-VILLE
Saint-Palais O
: O
> O
clinique O
@@ -3208,7 +3208,7 @@ symptomes O
cardio-respiratoire. O
Abdomen O
souple. O
Signes O
Signes B-VILLE
foncitonnels O
urinaire O
type O
@@ -3482,7 +3482,7 @@ bactériémie O
à O
Entérocoque O
faecalis: O
bonne O
bonne B-VILLE
fenêtre O
écho, O
VG O
@@ -3942,7 +3942,7 @@ le O
plan O
de O
l'évolution, O
bonne O
bonne B-VILLE
évolution O
clinico-biologique O
sous O
@@ -3988,7 +3988,7 @@ prostatique O
nécessitant O
un O
traitement O
long, O
long, B-VILLE
sans O
doute O
sur O
@@ -4025,10 +4025,10 @@ récidivantes. O
Aucune O
hématurie O
et O
bonne O
bonne B-VILLE
miction O
au O
cours O
cours B-VILLE
de O
notre O
séjour O
@@ -4233,7 +4233,7 @@ droite O
Enterococcus O
Faecalis, O
de O
bonne O
bonne B-VILLE
évolution O
clinico-biologique O
avec O
@@ -4765,7 +4765,7 @@ donnéDébut O
veinite O
=reperfusé O
avant O
bras O
bras B-VILLE
gauche O
Note O
IDE O
@@ -4822,7 +4822,7 @@ equivalent O
commandé O
à O
la O
pharmacie O
pharmacie B-PER
Note O
IDE O
Maryline B-PER
@@ -4831,8 +4831,8 @@ BOURRAS I-PER
20:51 O
Note O
IDE O
Arnaud B-PER
DEPLANQUE I-PER
Arnaud O
DEPLANQUE O
01/03/2023 O
13:13 O
Fébricule O
@@ -4847,7 +4847,7 @@ donné O
apyrétique O
à O
midi O
.Selles O
.Selles B-VILLE
+ O
ce O
matin O
@@ -4862,7 +4862,7 @@ dit O
avoir O
eu O
des O
selles O
selles B-VILLE
THERMIE O
38.4 O
à O
@@ -4881,7 +4881,7 @@ AM O
transit: O
pas O
de O
selles O
selles B-VILLE
signalés O
cet O
AM, O
@@ -4960,8 +4960,8 @@ jour O
de O
l'UHCD O
de O
st O
palais O
st B-VILLE
palais I-VILLE
pour O
suite O
de O
@@ -4974,7 +4974,7 @@ FAECALIS O
et O
pas O
de O
signes O
signes B-VILLE
d'endocardite O
à O
l'ETT O
@@ -4983,8 +4983,8 @@ poursuite O
ATB O
comme O
à O
ST O
Palais O
ST B-VILLE
Palais I-VILLE
8h-16h-00h. O
non O
algique, O
@@ -5024,7 +5024,7 @@ Arrêté O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
3.3333333333333335 O
@@ -5053,7 +5053,7 @@ LOB I-PER
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
40 O
@@ -5245,7 +5245,7 @@ Soir O
Presc. O
de O
Sortie O
08/03/2023 O
08/03/2023 B-DATE_NAISSANCE
10:53 B-PER
Oihana I-PER
LOB I-PER
@@ -5262,9 +5262,9 @@ Matin O
[8h] O
Normal O
01/03/2023 O
16:49 O
08/03/2023 O
08:26 B-PER
16:49 B-DATE_NAISSANCE
08/03/2023 B-PER
08:26 I-PER
Oihana I-PER
LOB I-PER
PARACETAMOL O
@@ -5299,7 +5299,7 @@ GEL O
Presc. O
de O
Sortie O
08/03/2023 O
08/03/2023 B-DATE_NAISSANCE
10:53 B-PER
Oihana I-PER
LOB I-PER
@@ -5319,7 +5319,7 @@ Soir O
Presc. O
de O
Sortie O
08/03/2023 O
08/03/2023 B-DATE_NAISSANCE
10:53 B-PER
Oihana I-PER
LOB I-PER
@@ -5353,7 +5353,7 @@ soir O
Presc. O
de O
Sortie O
08/03/2023 O
08/03/2023 B-DATE_NAISSANCE
10:53 B-PER
Oihana I-PER
LOB I-PER
@@ -5473,7 +5473,7 @@ Statut O
des O
prescriptions: O
En O
cours O
cours B-VILLE
LOVENOX O
6000UI O
AXa/0,6ML O
@@ -5494,9 +5494,9 @@ soir O
20h) O
Normal O
27/02/2023 O
19:08 O
08/03/2023 O
08:26 O
19:08 B-DATE_NAISSANCE
08/03/2023 I-DATE_NAISSANCE
08:26 I-DATE_NAISSANCE
La O
posologie O
est O
@@ -5662,8 +5662,8 @@ Oihana B-PER
LOB I-PER
06/03/2023 B-DATE_NAISSANCE
06:35 I-DATE_NAISSANCE
08/03/2023 O
07:00 O
08/03/2023 I-DATE_NAISSANCE
07:00 I-DATE_NAISSANCE
Ionogramme O
( O
Na, O
@@ -5672,8 +5672,8 @@ CL O
) O
Oihana B-PER
LOB I-PER
08/03/2023 O
06:23 O
08/03/2023 B-DATE_NAISSANCE
06:23 I-DATE_NAISSANCE
Patient: O
RAZIMBAUD B-PER
RAZIMBAUD I-PER
@@ -5708,8 +5708,8 @@ kg O
IMC: O
22.408 O
Le O
08/03/2023 O
13:47 O
08/03/2023 B-DATE_NAISSANCE
13:47 I-DATE_NAISSANCE
Page O
10 O
de O
@@ -6229,7 +6229,7 @@ Page O
11 O
de O
20 O
Plan O
Plan B-VILLE
de O
soins O
Jour O
@@ -7576,7 +7576,7 @@ Page O
14 O
de O
20 O
Plan O
Plan B-VILLE
de O
soins O
Jour O
@@ -8902,7 +8902,7 @@ rendu O
au O
format O
texte O
Bayonne, O
Bayonne, B-VILLE
le O
01/03/2023 O
Docteur O
@@ -9253,7 +9253,7 @@ rendu O
au O
format O
texte O
Bayonne, O
Bayonne, B-VILLE
le O
07/03/2023 O
Docteur O