feat(phase2): Fine-tuning CamemBERT-bio v2 (F1=0.90) + enrichissement données

- Fine-tuning camembert-bio-base : F1=0.903, Recall=0.930 (vs 0.89/0.85) - Data augmentation : substitution noms INSEE (219K patronymes, x3 copies) - Hard negatives BDPM (5.7K médicaments) + QUAERO (1319 termes médicaux) - Annotations silver enrichies par gazetteers (+612 VILLE, +5 HOPITAL) - Export silver avec support multi-répertoires (--extra-dir) - Gazetteers QUAERO : CHEM, DISO, PROC, ANAT depuis DrBenchmark/QUAERO - Gazetteers INSEE : noms de famille fréquents (96K) et complets (219K) - Batch silver 1194 PDFs (run_batch_silver_export.py) pour dataset v3 Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
2026-03-10 02:06:08 +01:00
parent 274e2fa586
commit c9572c383a
38 changed files with 318811 additions and 1406 deletions
--- a/data/silver_annotations/trackare-11004431-23124019_11004431_23124019.bio
+++ b/data/silver_annotations/trackare-11004431-23124019_11004431_23124019.bio
@@ -59,7 +59,7 @@ Adresse:	O
 AVENUE	I-ADRESSE
 DES	I-ADRESSE
 OYATS	I-ADRESSE
-Ville	O
+Ville	B-VILLE
 de	O
 résidence:	O
 MESSANGES	B-VILLE
@@ -169,7 +169,7 @@ Note	O
 Aucune	O
 donnée	O
 renseignée	O
-Signes	O
+Signes	B-VILLE
 vitaux	O
 Item	O
 de	O
@@ -814,8 +814,8 @@ traitée	O
 par	O
 corticothérapie	O
 au	O
-long	O
-cours.	O
+long	B-VILLE
+cours.	B-VILLE
 Bactrim	O
 débuté	O
 hier	O
@@ -853,7 +853,7 @@ d'Enhertu,	O
 à	O
 surveiller.	O
 Contrôle	O
-bio	O
+bio	B-VILLE
 dimanche	O
 02/07.	O
 appel	O
@@ -1019,7 +1019,7 @@ plus	O
 à	O
 visée	O
 de	O
-confort	O
+confort	B-VILLE
 que	O
 réelle	O
 désaturation.	O
@@ -1064,7 +1064,7 @@ SSR	O
 Grancher.	O
 Vit	O
 avec	O
-son	O
+son	B-VILLE
 mari	O
 de	O
 81ans	O
@@ -1114,7 +1114,7 @@ retour	O
 Annie	O
 Enia.	O
 Patiente	O
-vue	O
+vue	B-VILLE
 au	O
 retour	O
 de	O
@@ -1135,7 +1135,7 @@ geste	O
 avec	O
 toux,	O
 attendu.	O
-Bonne	O
+Bonne	B-VILLE
 saturation	O
 sous	O
 2L.	O
@@ -1394,16 +1394,16 @@ maison	O
 de	O
 plain-pied	O
 avec	O
-son	O
+son	B-VILLE
 mari.	O
 1	O
 fils	O
 à	O
-Strasbourg,	O
-2	O
+Strasbourg,	B-VILLE
+2	I-VILLE
 enfants	O
 de	O
-son	O
+son	B-VILLE
 mari	O
 sur	O
 Paris.	O
@@ -1502,7 +1502,7 @@ fin	O
 himiothérapie	O
 de	O
 1ère	O
-ligne	O
+ligne	B-VILLE
 par	O
 TAXOL	O
 hebdomadaire	O
@@ -1557,7 +1557,7 @@ Page	O
 3	O
 de	O
 20	O
-Mars	O
+Mars	B-VILLE
 2019	O
 :	O
 récidive	O
@@ -1790,15 +1790,15 @@ du	O
 janvier	O
 au	O
 2	O
-mars	O
+mars	B-VILLE
 2023.	O
 Hospitalisation	O
 du	O
 20	O
-mars	O
+mars	B-VILLE
 au	O
 28	O
-mars	O
+mars	B-VILLE
 2023	O
 pour	O
 dyspnée	O
@@ -2059,7 +2059,7 @@ droit	O
 déjà	O
 présentes	O
 en	O
-mars	O
+mars	B-VILLE
 2023	O
 avant	O
 le	O
@@ -2124,7 +2124,7 @@ le	O
 28/06	O
 avec	O
 une	O
-bonne	O
+bonne	B-VILLE
 tolérance	O
 immédiate.	O
 Appel	O
@@ -2199,8 +2199,8 @@ pas	O
 de	O
 corticoïdes	O
 au	O
-long	O
-cours.	O
+long	B-VILLE
+cours.	B-VILLE
 Les	O
 autres	O
 prélèvements	O
@@ -2466,7 +2466,7 @@ l’absence	O
 de	O
 symptômes	O
 neurologiques	O
-francs	O
+francs	B-VILLE
 et	O
 pour	O
 laisser	O
@@ -2568,7 +2568,7 @@ SSR	O
 Grancher.	O
 Vit	O
 avec	O
-son	O
+son	B-VILLE
 mari	O
 de	O
 81ans	O
@@ -3107,7 +3107,7 @@ importante	O
 dit	O
 "en	O
 avoir	O
-marre,	O
+marre,	B-VILLE
 que	O
 ça	O
 dure	O
@@ -3422,7 +3422,7 @@ mal	O
 dormir	O
 depuis	O
 2-3	O
-nuits	O
+nuits	B-VILLE
 -->	O
 introduction	O
 SB	O
@@ -3476,7 +3476,7 @@ anémie	O
 à	O
 distance	O
 CT==>contrôle	O
-bio	O
+bio	B-VILLE
 dimanche	O
 Respi==>eupnéique	O
 sou	O
@@ -3604,7 +3604,7 @@ dit	O
 qu'elle	O
 contactera	O
 le	O
-CCAS	O
+CCAS	B-HOPITAL
 pas	O
 loin	O
 de	O
@@ -3621,7 +3621,7 @@ mettre	O
 quelques	O
 aides	O
 en	O
-place	O
+place	B-VILLE
 (repassage,	O
 aide	O
 ou	O
@@ -3662,7 +3662,7 @@ d'O2	O
 à	O
 visé	O
 de	O
-confort.	O
+confort.	B-VILLE
 Moins	O
 polypnéique	O
 qu'hier,	O
@@ -3738,7 +3738,7 @@ aides	O
 à	O
 mettre	O
 en	O
-place.	O
+place.	B-VILLE
 Selon	O
 ses	O
 souhaits,	O
@@ -3930,7 +3930,7 @@ ATG3	O
 LP	O
 à	O
 donner	O
-vers	O
+vers	B-VILLE
 22h	O
 ce	O
 soir	O
@@ -4041,7 +4041,7 @@ tout	O
 comme	O
 moi	O
 à	O
-son	O
+son	B-VILLE
 précédent	O
 séjour,	O
 le	O
@@ -4108,7 +4108,7 @@ ou	O
 SSR	O
 et	O
 de	O
-son	O
+son	B-VILLE
 état	O
 médical.	O
 En	O
@@ -4160,7 +4160,7 @@ de	O
 00h,	O
 patiente	O
 au	O
-courant.	O
+courant.	B-VILLE
 Respiration	O
 :	O
 SAT	O
@@ -4266,7 +4266,7 @@ d'entrée	O
 fait	O
 >	O
 A	O
-son	O
+son	B-VILLE
 entrée	O
 patiente	O
 très	O
@@ -4286,7 +4286,7 @@ hyperventilation	O
 +	O
 O2	O
 de	O
-confort	O
+confort	B-VILLE
 mis,	O
 se	O
 sent	O
@@ -4330,7 +4330,7 @@ modifié.	O
 Le	O
 débit	O
 en	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 est	O
 :	O
 10	O
@@ -4355,7 +4355,7 @@ LAFON	I-PER
 Le	O
 débit	O
 en	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 est	O
 :	O
 4	O
@@ -4380,9 +4380,9 @@ administration	O
 Note	O
 Docteur	O
 BACTRIM	O
-SOL	O
-INJ	O
-IV	O
+SOL	B-PER
+INJ	I-PER
+IV	I-PER
 [6]	O
 Ampoule(s)	O
 3	O
@@ -4446,7 +4446,7 @@ Arrêté	O
 Le	O
 débit	O
 en	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 est	O
 :	O
 20.833333333333332	O
@@ -4479,8 +4479,8 @@ des	O
 prescriptions:	O
 Signé	O
 ACIDE	O
-FOLIQUE	O
-ARW	O
+FOLIQUE	B-PER
+ARW	I-PER
 5MG	O
 CPR	O
 [20]	O
@@ -4702,7 +4702,7 @@ Statut	O
 des	O
 prescriptions:	O
 En	O
-cours	O
+cours	B-VILLE
 LOVENOX	O
 4000UI	O
 AXa/0,4ML	O
@@ -4987,7 +4987,7 @@ Page	O
 10	O
 de	O
 20	O
-Plan	O
+Plan	B-VILLE
 de	O
 soins	O
 Jour	O
@@ -5010,9 +5010,9 @@ Soir	O
 Signé	O
 —	O
 BACTRIM	O
-SOL	O
-INJ	O
-IV	O
+SOL	B-PER
+INJ	I-PER
+IV	I-PER
 -	O
 400MG	O
 +	O
@@ -5059,9 +5059,9 @@ NaCl	O
 Signé	O
 —	O
 BACTRIM	O
-SOL	O
-INJ	O
-IV	O
+SOL	B-PER
+INJ	I-PER
+IV	I-PER
 -	O
 400MG	O
 +	O
@@ -5108,9 +5108,9 @@ NaCl	O
 Signé	O
 —	O
 BACTRIM	O
-SOL	O
-INJ	O
-IV	O
+SOL	B-PER
+INJ	I-PER
+IV	I-PER
 -	O
 400MG	O
 +	O
@@ -5157,8 +5157,8 @@ NaCl	O
 Signé	O
 —	O
 METOCLOPRAMIDE	O
-CHL	O
-REN	O
+CHL	B-PER
+REN	I-PER
 10	O
 MG	O
 INJ	O
@@ -5196,8 +5196,8 @@ nausées	O
 Signé	O
 —	O
 METOCLOPRAMIDE	O
-CHL	O
-REN	O
+CHL	B-PER
+REN	I-PER
 10	O
 MG	O
 INJ	O
@@ -5235,8 +5235,8 @@ nausées	O
 Signé	O
 —	O
 METOCLOPRAMIDE	O
-CHL	O
-REN	O
+CHL	B-PER
+REN	I-PER
 10	O
 MG	O
 INJ	O
@@ -5274,8 +5274,8 @@ nausées	O
 Signé	O
 —	O
 ACIDE	O
-FOLIQUE	O
-ARW	O
+FOLIQUE	B-PER
+ARW	I-PER
 5MG	O
 CPR	O
 -	O
@@ -7027,7 +7027,7 @@ Page	O
 14	O
 de	O
 20	O
-Plan	O
+Plan	B-VILLE
 de	O
 soins	O
 Jour	O
@@ -7052,9 +7052,9 @@ Soir	O
 Signé	O
 —	O
 BACTRIM	O
-SOL	O
-INJ	O
-IV	O
+SOL	B-PER
+INJ	I-PER
+IV	I-PER
 -	O
 400MG	O
 +	O
@@ -7101,9 +7101,9 @@ NaCl	O
 Signé	O
 —	O
 BACTRIM	O
-SOL	O
-INJ	O
-IV	O
+SOL	B-PER
+INJ	I-PER
+IV	I-PER
 -	O
 400MG	O
 +	O
@@ -7150,9 +7150,9 @@ NaCl	O
 Signé	O
 —	O
 BACTRIM	O
-SOL	O
-INJ	O
-IV	O
+SOL	B-PER
+INJ	I-PER
+IV	I-PER
 -	O
 400MG	O
 +	O
@@ -7199,9 +7199,9 @@ NaCl	O
 Signé	O
 —	O
 BACTRIM	O
-SOL	O
-INJ	O
-IV	O
+SOL	B-PER
+INJ	I-PER
+IV	I-PER
 -	O
 400MG	O
 +	O
@@ -7248,8 +7248,8 @@ NaCl	O
 Signé	O
 —	O
 METOCLOPRAMIDE	O
-CHL	O
-REN	O
+CHL	B-PER
+REN	I-PER
 10	O
 MG	O
 INJ	O
@@ -7287,8 +7287,8 @@ nausées	O
 Signé	O
 —	O
 METOCLOPRAMIDE	O
-CHL	O
-REN	O
+CHL	B-PER
+REN	I-PER
 10	O
 MG	O
 INJ	O
@@ -7326,8 +7326,8 @@ nausées	O
 Signé	O
 —	O
 METOCLOPRAMIDE	O
-CHL	O
-REN	O
+CHL	B-PER
+REN	I-PER
 10	O
 MG	O
 INJ	O
@@ -7365,8 +7365,8 @@ nausées	O
 Signé	O
 —	O
 ACIDE	O
-FOLIQUE	O
-ARW	O
+FOLIQUE	B-PER
+ARW	I-PER
 5MG	O
 CPR	O
 -	O
@@ -8881,7 +8881,7 @@ rendu	O
 au	O
 format	O
 texte	O
-Bayonne,	O
+Bayonne,	B-VILLE
 le	O
 03/07/2023	O
 Docteur	O
@@ -8983,7 +8983,7 @@ au	O
 niveau	O
 de	O
 la	O
-fosse	O
+fosse	B-VILLE
 cérébrale	O
 postérieure	O
 par	O