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feat(phase2): Fine-tuning CamemBERT-bio v2 (F1=0.90) + enrichissement données

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- Fine-tuning camembert-bio-base : F1=0.903, Recall=0.930 (vs 0.89/0.85)
- Data augmentation : substitution noms INSEE (219K patronymes, x3 copies)
- Hard negatives BDPM (5.7K médicaments) + QUAERO (1319 termes médicaux)
- Annotations silver enrichies par gazetteers (+612 VILLE, +5 HOPITAL)
- Export silver avec support multi-répertoires (--extra-dir)
- Gazetteers QUAERO : CHEM, DISO, PROC, ANAT depuis DrBenchmark/QUAERO
- Gazetteers INSEE : noms de famille fréquents (96K) et complets (219K)
- Batch silver 1194 PDFs (run_batch_silver_export.py) pour dataset v3

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
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Domi31tls
2026-03-10 02:06:08 +01:00
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106
data/silver_annotations/trackare-03020576-23175616_03020576_23175616.bio
View File

@@ -59,7 +59,7 @@ Adresse: O
RUE I-ADRESSE
DES I-ADRESSE
CHASSEURS I-ADRESSE
Ville O
Ville B-VILLE
de O
résidence: O
BOUCAU B-VILLE
@@ -158,7 +158,7 @@ Note O
Aucune O
donnée O
renseignée O
Signes O
Signes B-VILLE
vitaux O
Item O
de O
@@ -945,7 +945,7 @@ traité O
par O
FUROSEMIDE O
Appel O
vers O
vers B-VILLE
5h O
du O
matin O
@@ -1187,7 +1187,7 @@ sinusal O
58/min O
pas O
de O
sus O
sus B-VILLE
ou O
sousdecalage O
ST O
@@ -1593,7 +1593,7 @@ et O
demain O
-> O
Contrôle O
bio O
bio B-VILLE
lundi O
16/09/2023 O
12:13 O
@@ -1616,7 +1616,7 @@ fievre O
depuis O
cette O
nuit O
bonne O
bonne B-VILLE
diurese O
(1l O
par O
@@ -1651,7 +1651,7 @@ bicar O
ECBU: O
candida O
albicans O
bio O
bio B-VILLE
de O
contrôle O
demain O
@@ -1798,7 +1798,7 @@ aux O
alentours O
de O
150 O
bio O
bio B-VILLE
du O
11/9: O
creat O
@@ -2760,7 +2760,7 @@ claires O
12h O
( O
appareillage O
changé O
changé B-VILLE
) O
ELIMINATION O
VB O
@@ -2969,7 +2969,7 @@ COUDERC I-PER
15:38 O
Note O
IDE O
Agnes B-PER
Agnes O
SAINT- O
GERMES O
17/09/2023 O
@@ -3152,7 +3152,7 @@ pas O
de O
fièvre O
contrôle O
bio O
bio B-VILLE
le O
18/09 O
fait O
@@ -3297,7 +3297,7 @@ COUDERC I-PER
15:19 O
Note O
IDE O
Agnes B-PER
Agnes O
SAINT- O
GERMES O
16/09/2023 O
@@ -3698,7 +3698,7 @@ ARGANO I-PER
01:10 O
Note O
IDE O
Agnes B-PER
Agnes O
SAINT- O
GERMES O
13/09/2023 O
@@ -3934,7 +3934,7 @@ ATF O
aec O
dose O
de O
charge O
charge B-VILLE
en O
SSPI O
-ATB O
@@ -3952,7 +3952,7 @@ modifié. O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
10 O
@@ -4052,8 +4052,8 @@ VFO O
[1] O
POCHE(S) O
SODIUM O
CHL O
MACO O
CHL B-PER
MACO I-PER
0,9% O
INJ O
PP O
@@ -4098,10 +4098,10 @@ Statut O
des O
prescriptions: O
En O
cours O
cours B-VILLE
SODIUM O
BIC O
BAX O
BIC B-PER
BAX I-PER
1,4% O
POC O
CFX O
@@ -4110,8 +4110,8 @@ V1 O
[1] O
POCHE(S) O
SODIUM O
CHL O
MACO O
CHL B-PER
MACO I-PER
0,9% O
INJ O
PP O
@@ -4119,8 +4119,8 @@ PP O
[1] O
POCHE(S) O
SODIUM O
CHL O
MACO O
CHL B-PER
MACO I-PER
0,9% O
INJ O
PP O
@@ -4168,7 +4168,7 @@ modifié. O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
200 O
@@ -4189,7 +4189,7 @@ DRAY I-PER
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
41.666666666666664 O
@@ -4223,7 +4223,7 @@ modifié. O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
200 O
@@ -4250,7 +4250,7 @@ modifié. O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
96 O
@@ -4312,7 +4312,7 @@ modifié. O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
41.666666666666664 O
@@ -4337,7 +4337,7 @@ modifié. O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
41.666666666666664 O
@@ -4362,7 +4362,7 @@ modifié. O
Le O
débit O
en O
cours O
cours B-VILLE
est O
: O
20.833333333333332 O
@@ -4602,8 +4602,8 @@ de O
KARDEGIC O
75MG O
PDR O
ORALE O
SACHET O
ORALE B-PER
SACHET I-PER
[30] O
Sachet(s) O
1 O
@@ -4622,8 +4622,8 @@ DRAY I-PER
KARDEGIC O
75MG O
PDR O
ORALE O
SACHET O
ORALE B-PER
SACHET I-PER
[30] O
Sachet(s) O
1 O
@@ -5616,8 +5616,8 @@ DURANTEAU I-PER
KARDEGIC O
75MG O
PDR O
ORALE O
SACHET O
ORALE B-PER
SACHET I-PER
[30] O
Sachet(s) O
1 O
@@ -5862,7 +5862,7 @@ Page O
13 O
de O
27 O
Plan O
Plan B-VILLE
de O
soins O
Jour O
@@ -7590,7 +7590,7 @@ Page O
17 O
de O
27 O
Plan O
Plan B-VILLE
de O
soins O
Jour O
@@ -9019,7 +9019,7 @@ rendu O
au O
format O
texte O
Bayonne, O
Bayonne, B-VILLE
le O
19/09/2023 O
Docteur O
@@ -9220,7 +9220,7 @@ rendu O
au O
format O
texte O
Bayonne, O
Bayonne, B-VILLE
le O
19/09/2023 O
Docteur O
@@ -9547,7 +9547,7 @@ rendu O
au O
format O
texte O
Bayonne, O
Bayonne, B-VILLE
le O
21/09/2023 O
Docteur O
@@ -9652,7 +9652,7 @@ d'épanchement O
pleural O
de O
faible O
abondance O
abondance B-VILLE
basale O
gauche. O
Cardiomégalie. O
@@ -10583,7 +10583,7 @@ aux O
alentours O
de O
150 O
bio O
bio B-VILLE
du O
11/9: O
creat O
@@ -10731,7 +10731,7 @@ fievre O
depuis O
cette O
nuit O
bonne O
bonne B-VILLE
diurese O
(1l O
par O
@@ -10766,7 +10766,7 @@ bicar O
ECBU: O
candida O
albicans O
bio O
bio B-VILLE
de O
contrôle O
demain O
@@ -10794,7 +10794,7 @@ et O
demain O
-> O
Contrôle O
bio O
bio B-VILLE
lundi O
19/09/2023 O
10:54 O
@@ -11126,7 +11126,7 @@ sinusal O
58/min O
pas O
de O
sus O
sus B-VILLE
ou O
sousdecalage O
ST O
@@ -11185,7 +11185,7 @@ pas O
de O
douleur O
thoracique O
bio: O
bio: B-VILLE
iono O
stable, O
creat O
@@ -11308,7 +11308,7 @@ traité O
par O
FUROSEMIDE O
Appel O
vers O
vers B-VILLE
5h O
du O
matin O
@@ -11542,8 +11542,8 @@ matin O
KARDEGIC O
75MG O
PDR O
ORALE O
SACHET O
ORALE B-PER
SACHET I-PER
[30] O
Sachet(s) O
1 O
@@ -11676,7 +11676,7 @@ transfert O
l'USIC O
Fait O
à O
Bayonne, O
Bayonne, B-VILLE
le O
21/09/2023 O
à O