feat(phase2): Fine-tuning CamemBERT-bio v2 (F1=0.90) + enrichissement données

- Fine-tuning camembert-bio-base : F1=0.903, Recall=0.930 (vs 0.89/0.85)
- Data augmentation : substitution noms INSEE (219K patronymes, x3 copies)
- Hard negatives BDPM (5.7K médicaments) + QUAERO (1319 termes médicaux)
- Annotations silver enrichies par gazetteers (+612 VILLE, +5 HOPITAL)
- Export silver avec support multi-répertoires (--extra-dir)
- Gazetteers QUAERO : CHEM, DISO, PROC, ANAT depuis DrBenchmark/QUAERO
- Gazetteers INSEE : noms de famille fréquents (96K) et complets (219K)
- Batch silver 1194 PDFs (run_batch_silver_export.py) pour dataset v3

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@@ -0,0 +1,123 @@
Plasma
Système Nerveux Central
abdominale
articulaires
basophiles
bouche
bras
canal rachidien
canaux
cellule nerveuse
cellules
cellules humaines
cellules immunitaires
cellules nerveuses
cellules parenchymateuses
centres respiratoires
cerveau
cordon
corps
corps humain
cutanées
cérébral
cérébraux
cœur
doigts
dorsal
douleurs articulaires
du torse
endothélium
espace entourant votre moelle épinière
estomac
foie
fèces
fœtus
genou
globules blancs
globules rouges
hanche
hémato
hépatique
intracrâniens
intrarachidien
intrarachidienne
intrarachidiens
intrathécal
intrathécale
jambes
lait maternel
leucocytes
leucocytes mononucléés
lignée cellulaire
lignées tumorales
liquide céphalo - rachidien
lombaire
lymphocytes
lymphocytes T
main
matrice extracellulaire
membres
moelle
moelle épinière
monocytes
muqueuses
musculaires
médullaire
méningé
méningée
neurologiques
neutrophiles
nociceptifs
organes
organisme
parenchyme
partie supéro-externe du bras
peau
placenta
plaquettes
plasma
plasmatique
plasmatiques
poils
poumons
prélèvements sanguins
pulmonaire
rachidiens
rate
rein
reins
rénal
rénale
salive
sang
sanguine
sanguins
singe cynomolgus
sous-arachnoïdien
splénique
système
système immunitaire
système nerveux
sérique
sériques
sérum
thoracique
thorax
thymus
tissu
tissu musculaire
tissu osseux
tissus
tissus parenchymateux
torse
urinaire
urines
vaisseaux sanguins
vasculaires
veine
veines
ventre
visage
yeux
éosinophiles
érythrocytes

View File

@@ -0,0 +1,395 @@
ADN
ADN recombinant
AINS
ALAT
ARN
ASAT
ATIII
ATRIPLA
Acide chlorhydrique
Acide citrique anhydre
Agent antithrombotique
Agent immunosuppresseur
Antiparkinsonien
Atripla
CD4
COMPRIMES PELLICULES
COMT
CPK
CS - 1
CYP1A2
CYP2C9
Cellulose microcristalline
Chlorure de sodium
Citrate de sodium
Colorants
Comprimé
Comprimé rond
Comprimés
Crospovidone
Dihydrate de phosphate
Dioxyde de titane
E 421
E171
E421
E433
EPIVIR
Eau
Eau purifiée
Epivir
Ethylcellulose
Facteur II
Facteur X activé
Facteur Xa
Fluoxétine
Gadolinium
Glycolate d amidon de sodium
HBPM
HDPE
Hydroxyde de sodium
Hydroxypropylcellulose
Hypromellose
Héparine
INJECTION
INTI
IONSYS
ISRS
Inhibiteurs
Jaune orangé S
LCR
Lactose
Lamivudine
Laurylsulfate de sodium
Lepirudine
MAO
MadCAM - 1
Mannitol
Médicament
Médicaments
Méthionine
OLANZAPINE TEVA
Olanzapine Teva
Oxyde de fer
P450
PRIALT
PVC
Phosphate de sodium
Placebo
Plaquette thermoformée
Plaquettes thermoformées
Polysorbate 80
Poudre
Prialt
Propylène glycol
QUIXIDAR
Quixidar
RECONCILE
REFLUDAN
Ranexa
Reconcile
Refludan
SSRI
Saccharose
Silice
Silice colloïdale anhydre
Solution
Stéarate de magnésium
Sucrose
TASMAR
TYSABRI
Tartrazine
Tasmar
Tolcapone
Triacétine
Truvada
Tysabri
VCAM - 1
Warfarine
Ziconotide
Zyprexa
acide acétylsalicylique
acide carboxylique
acide chlorhydrique
acide ribonucléique
acides aminés
acétate
acétate de glatiramère
agents antirétroviraux
alanine amino transférase
alcool
alcool primaire
aluminium
analgésique
analgésiques
analogues
antalgiques
anti-VIH
anti-cancéreux
antiagrégants plaquettaires
anticancéreux
anticholinergiques
anticoagulant
anticoagulants
anticoagulants oraux
anticorps
anticorps anti - natalizumab
antidote
antiparkinsoniens
antipsychotiques
antirétroviral
antirétroviraux
antithrombine
antithrombine III
antithrombotique
antithrombotiques
antiviral
antiviraux
antivitamines K
aspartate amino transférase
aspartate aminotransférase
association
association d antirétroviraux
associations
associations antirétrovirales
baclofène
bensérazide
bromobutyle
calcium
canaux calciques
caoutchouc
caoutchouc butylique
capsule
carbidopa
carcinogène
catéchol-O-méthyltransférase
catécholamines
cellules de levure
chlorhydrate de fentanyl
chlorhydrate de fentayl
chlorure de sodium
cholestérol
clastogène
clomipramine
clopidogrel
co-trimoxazole
colloïdale
composants
composés chimiques
comprimé
comprimé enrobé
comprimé orodispersible
comprimé pelliculé
comprimés
comprimés orodispersibles
comprimés pelliculés
connecting segment - 1
conservateurs
corticoïdes
cotrimoxazole
couleur
coumariniques
créatine phosphokinase
créatinine
cyclophosphamide
cytidine
cytochrome
cytochromes P450 3A4
daltéparine
diacétate
didanosine
digoxine
diluants
dioxyde de titane
dipyridamole
dopamine
dopaminergiques
désipramine
eau
emtricitabine
enoxaparine
entacapone
enzymatique P45
enzyme
enzymes du foie
enzymes hépatiques
epivir
excipients
facteur de coagulation Xa
facteur plaquettaire 4
fentanyl
fibronectine
fluoxétine
fluvoxamine
fondaparinux
formes pharmaceutiques
foscarnet
fumarate
gadolinium
galactose
ganciclovir
gel
glucose
glucuronide
glycérol
graisse
groupe méthyle
hirudine
huile
hydroxyde
hydroxyde de sodium
hydroxytryptamine
hypromellose
hémoglobine
héparine
héparines
immunosuppresseur
immunosuppresseurs
indicateurs
ingrédients
inhibiteur
inhibiteur direct de la thrombine
inhibiteur nucléotidique
inhibiteur sélectif de la recapture de la sérotonine
inhibiteurs
inhibiteurs de la transcriptase inverse
injectable
injection
interféron
interféron bêta
interféron bêta - 1a
interférons bêta
intégrine
intégrine α 4
intégrine α 4β 1
intégrine α 4β 7
intégrines
jaune orangé S
lactose
lamivudine
lamivudine 5 - triphosphate
laurylsulfate de sodium
ligands
lotions
lépirudine
lévodopa
m édicament
mannitol
maprotiline
mitoxantrone
morphine
mucosal addressin cell adhesion molecule - 1
mutagène
médicalement
médicament
médicament antipsychotique
médicament antiviral
médicament générique
médicament orphelin
médicament vétérinaire
médicamenteuse
médicaments
médicaments anti-VIH
médicaments antiparkinsoniens
médicaments antirétroviraux
médicaments antithrombotiques
médicaments antiviraux
médicaments contre la douleur
médicaments dépresseurs du SNC
médicaments à usage vétérinaire
médication
métabolite
métabolites
méthionine
natalizumab
neurotransmetteur
neurotransmetteurs
noradrénaline
norfluoxétine
nucléosidiques
olanzapine
opiacés
opioïdes
ostéopontine
oxyde de fer
oxyde de fer rouge
particules
peptidases
peptide
phosphate de sodium
piroxicam
placebo
plaquette
plaquette thermoformée
plaquettes thermoformées
polydextrose
polymère fluoré
polypeptide
polysorbate 80
polyéthylène
polyéthylène haute densité
poudre
principe actif
principes actifs
produit de contraste
protéases
protéine
protéines
protéines plasmatiques
protéique
préparation injectable
préparations injectables
préparations à base de plantes
rifampicine
récepteur
récepteurs
récepteurs 5HT2A
récepteurs D2
saccharose
sachet
savon
sites de fixation
sodique
sodium
solution
solution buvable
solution injectable
solution orale
solution reconstituée
solutions
solvant
substance
substance active
substance anticoagulante
sucrase-isomaltase
sucre
sulfaméthoxazole
sulfinpyrazone
sédatif
sérotonine
talc
tampon
tartrazine
tasmar
thrombine
ticlopidine
tolcapone
toxiques
transaminases
transcriptase inverse
triacétine
triglycérides
triméthoprime
triphosphate
triphosphaté
ténofovir
ténofovir disoproxil
valproate
vascular cell adhesion molecule - 1
venin
voriconazole
warfarine
zalcitabine
ziconotide
zidovudine
éfavirenz
énoxaparine

View File

@@ -0,0 +1,613 @@
Acidose lactique
Affections des organes de reproduction
Affections du rein
Affections du système nerveux
Affections musculo-squelettiques
Affections musculo-squelettiques et systémiques
Allergie
Anémie
Arrêt du traitement
Atteinte hépatique
Bronchite chronique
Cancers
Child-Pugh-Turcotte
Diagnostic
Difficultés respiratoires
Douleur
Douleurs
Douleurs thoraciques
Dysurie
Effets indésirables
Fatigue
Fièvre
Frissons
Handicap
Hyperglycémie
Hypersensibilité
Infection des voies aériennes supérieures
Infection urinaire
Infections
Insuffisance hépatique
Insuffisance rénale
Jaunisse
LEMP
Leucoencéphalopathie multifocale progressive
Mal de gorge
Maux de tête
Mucoviscidose
Nausées
Phéochromocytome
Priapisme
Rhabdomyolyse
Richter
SEP RR
SIDA
Signes
TIH de type II
Thrombocytopénie
Transmission
Traumatismes crâniens
Urines anormalement foncées
Vomissements
aberrations chromosomiques
accident vasculaire cérébral
accidentelles
accoutumance
accumulation
accumulation d acide lactique
accumulation d acide lactique dans
accès de sommeil
acidocétose
acidose lactique
acouphènes
activité mutagène
affection cérébrale
affection hépatique
affection nerveuse
affections
affections neurologiques
aggravation
aggravation de la maladie
aggraver
agitation
agressivité
allergie
allergique
allergiques
alopécie
analgésie
anomalies de la démarche
anorexie
antécédents
antécédents de syndrome malin des neuroleptiques
anxiété
anxiété de séparation
anémie
arrêt du traitement
arrêt définitif du traitement
arrêter définitivement le traitement
arrêté définitivement
arthralgie
asthénie
asymptomatiques
atrophie du thymus
atteinte du système immunitaire
atteinte hépatique
atteinte musculaire
atteintes hépatiques
augmentation de la pression intracrânienne
augmentation de la taille du foie
autour du cœur
blocage de la pensée
bouffées vasomotrices
bradyarythmie
bradycardie
bronchite chronique
brûlures
caillot
caillot de sang
caillots
caillots sanguins
cancer
cancer de la peau
cancer de la peau de type baso-cellulaire
cancéreuse
carcinome baso-cellulaire
carcinomes cutanés baso-cellulaires
carence de plaquettes sanguines
cervicalgies
changements d humeur
charge lésionnelle
charge virale
charge virale du VIH
cholestatiques
chronique
chroniques
chutes
cicatrices
cirrhose
cirrhose du foie
coloration jaune des urines
coloration plus foncée de votre urine
coma
complications
complications thromboemboliques
comportement
comportement agressif
confusion
confusion mentale
constipation
contusion
convulsions
coup de chaleur
crampes abdominales
crampes musculaires
cytolytiques
cytotoxicité
céphalée
céphalées
de communication
de comportement
de la langue
de long terme
de type II
des bras
des jambes
des lèvres
des voies urinaires
des yeux
destruction des fibres musculaires
devra être arrêté
diabète
diabétique
diabétiques
diagnostic
diagnostiquée
diarrhée
diarrhée sévère
diarrhées
difficulté pour marcher
difficulté à dormir
difficultés d élocution
difficultés à penser
diminution de la fonction hépatique
diminution de la masse grasse corporelle
diminution des concentrations plasmatiques
diminution des plaquettes
diminution du poids
diplopie
dorsalgies
douleur
douleur aiguë
douleur après une opération
douleur cancéreuse
douleurs
douleurs abdominales
douleurs articulaires
douleurs au moment d uriner
douleurs chroniques
douleurs chroniques intenses
douleurs dans les membres
douleurs intenses
douleurs intenses chroniques cancéreuses
douleurs musculaires
douleurs osseuses
douleurs post-opératoires
douleurs thoraciques
douleurs à l estomac
du pancréas
du sein
du système nerveux central
dysfonctionnement neurologique
dyskinésie
dyskinésies
dystonie
décès
décédant
décédés
déficit immunitaire
défécation intempestive
déféquer
déféquer intempestivement
délire
démangeaisons
déments
dépendance
dépression
dépression aggravée
dépression du SNC
dépression respiratoire
désorientation
effet
effet indésirable
effet secondaire
effets
effets indésirables
effets secondaires
effets toxiques
embolie pulmonaire
embolies pulmonaires
encéphalite herpétique
encéphalopathie
endocardite bactérienne aiguë
endormissement
endormissement soudain
engourdissement
engourdissement du visage
envie de vomir
envisagée
essoufflement
exacerbation
examens cliniques
exposition
faible
faible nombre de globules blancs
faible nombre de globules rouges
faiblesse
faiblesse musculaire
fatigue
femelles
fièvre
flou visuel
fluctuations
fourmillement
frissons
glaucome à angle fermé
gravide
grossesse en cours
gêne
gêne thoracique
hallucination
hallucinations
hallucinations auditives
hallucinations visuelles
handicap
handicapants
herpétiques
hydpersensible
hyper
hyperbilirubinémie
hyperglycémie
hypersensibilité
hypersensible
hypersensibles
hypersplénie
hypersudation
hyperthermie
hypoacousie
hypoactivité
hypotension
hypotension orthostatique
hypoventilation
hémorragie
hémorragie intracrânienne
hémorragie pulmonaire
hémorragies
hémorragies intracrâniennes
hémorragies rétiniennes
hémorragique
hémorragiques
hépatique
hépatite
hépatite B
hépatite fulminante
hépatite virale B
hépatomégalie
idées suicidaires
iléus paralytique
immunodéprimés
incohérence
incoordination
indiqué
indiquée
infecter
infection
infection cérébrale
infection des structures véhiculant l urine
infection opportuniste
infection par le VIH
infection par le VIH - 1
infection par le VIH ou le SIDA
infection par le virus - 1 de l immunodéficience humaine
infection par le virus de l hépatite B
infection par le virus de l immunodéficience humaine
infection à VIH
infections
infections de la vessie
infections des voies urinaires
infections mycobactériennes
infections opportunistes
infectées par le VIH
infectés par le VIH
infectés par le virus de l immunodéficience humaine
inflammation
inflammation du foie
inflammation du nez et de la gorge
inflammation du système nerveux central
inflammation pathologique cérébrale
inflammatoire
injection intraveineuse
insomnie
insuffisance hépatique
insuffisance hépatique aiguë
insuffisance rénale
insuffisance rénale aiguë
insuffisant hépatique
insuffisant rénal
insuffisants rénaux
intentionnel
interrompre le traitement
intervention chirurgicale
intestinaux
intolérance au fructose
intolérance au galactose
intolérance à certains sucres
irritabilité
irriter
irritée
issue fatale
jaunisse
jaunissement de la peau
labilité émotionnelle
langage
lassitude
lenteur des mouvements
leucoencéphalite multifocale progressive
leucoencéphalopathie
leucoencéphalopathie multifocale progressive
leucémie
leucémie lymphoblastique
lipodystrophie
liés à la séparation
lymphome
lymphopénie
lésion
lésion ( s
lésion hépatique
lésions
lésions du foie
lésions hépatiques
létalité embryonnaire précoce
léthargie
mal au cœur
malabsorption
malabsorption du glucose-galactose
maladie
maladie chronique du foie
maladie de Crohn
maladie de Parkinson
maladie de Parkinson idiopathique
maladie du foie
maladie grave
maladie hépatique
maladie liée au SIDA
maladie liée au VIH
maladie rénale
maladie thrombo-embolique
maladie thromboembolique
maladie très grave
maladies du système nerveux
maladies héréditaires
maladies liées au SIDA
maladies rares
malaise et fatigue
maux de tête
miction incontrôlées
miction irrégulière
mouvement oculaire incontrôlé
mouvements incontrôlables
mouvements involontaires
myalgie
myosite
myélopathie
mâles
mélanome
méningite
métabolisme des catécholamines
métastases
métastases osseuses
nausée
nausées
nerveux
nervosité
neuropathie
neuropathique
neurotoxiques
neutropénie
nez bouché
nystagmus
observation
obésité
opportunistes
osseuses
ostéonécrose
pancréatite
paralysie
paranoïa
parkinsoniens
pathologie cardiovasculaire
perte d appétit
perte de cheveux
perte de conscience
perte de mémoire
perte de poids
photophobie
phéochromocytome
piqûres
pneumonies à Pneumocystis carinii
pneumopathies à Pneumocystis carinii
pression artérielle basse
problème héréditaire
problèmes
problèmes de comportement
problèmes de comportement dus à une séparation
problèmes de foie
problèmes de vue
problèmes sexuels
problèmes urinaires
prolifération
prurit
psychose
pyrexie
radiculopathie
raideur de la nuque
raideurs
rare
redistribution
redistribution des graisses
rhabdomyolyse
rhinopharyngite
rigidité
rigidité musculaire
risque
risque d évènements thrombo-emboliques
risque de saignement
risque hémorragique
risque thrombo-embolique veineux
risques
risques des médicaments
réaction allergique
réactions
réactions allergiques
réactions anaphylactiques
réactions hépatiques
réactions indésirables
réactions maniaques
réactions neurologiques
réactions paranoïdes
réactivation de votre hépatite
récidive
réduction du taux de globules blancs
réduction du taux de globules rouges
réduction du taux de plaquettes
rémission
résultats
rétinites à cytomégalovirus
rêves anormaux
rêves excessifs
saignement
saignement au niveau de la poitrine
saignement au niveau du cerveau
saignement gastrointestinal
saignement nasal
saignement rectal
saignement vaginal
saignements
sang dans les urines
schizophrénie
sclérose en plaques
secousses musculaires des bras ou des jambes
sensation de déséquilibre
sensation de malaise
sensations vertigineuses
sensibilité
signe
signes
signes avant coureurs
signes cliniques
signes du système nerveux central
signes neurologiques
somnolence
souches résistantes
souffrant
sous dosage
spasmes
spasmes musculaires
strangurie
stupeur
stéatose hépatique
suicide
suicides
surdosage
surdosage accidentel
surdose accidentelle
suspectée
symptomatique
symptômes
symptômes au niveau nasal
symptômes cliniques
symptômes cognitifs ou psychiatriques
symptômes de LEMP
symptômes parkinsoniens
syncope
syndrome d immunodéficience acquise
syndrome de l immunodéficience acquise
syndrome de restauration immunitaire
syndrome malin des neuroleptiques
systémiques
sécheresse buccale
tatouages
température élevée
tentative de suicide
tentatives de suicide
thrombo-emboliques
thrombocytopénie
thrombocytopénie induite par l héparine
thrombopénie
thrombopénie induite par l héparine
thrombose
tissus inflammatoires
tolérance
toux
toxicité
toxicité rénale
toxicomanie
toxoplasmose
transmission post-natale
transmission sexuelle
traumatisme
traumatisme crânien
tremblements
troubles
troubles cognitifs
troubles de la conscience
troubles de la démarche
troubles de la marche
troubles de la vision
troubles du foie
troubles du fonctionnement du foie
troubles du sommeil
troubles du système urinaire
troubles graves des reins
troubles graves du foie
troubles hématologiques
troubles hépatiques
troubles héréditaires
troubles liés à la séparation
troubles mnésiques
troubles mnésiques ( 13
troubles musculaires
troubles orthostatiques
troubles psychiatriques
troubles psychotiques
troubles rénaux
trous de mémoire
tumeur cérébrale
tumeur de la glande surrénale
tumeurs
uriner intempestivement
urines foncées
urticaire
variations d humeur
vertige
vertiges
voies urinaires
voir des choses qui ne sont pas là
vomissements
Éruption
à jeun
à se concentrer
écoulement nasal
électrocardiogramme anormal
épileptiques
éruption cutanée
état confusionnel
état de choc
étourdissement
étourdissement lors du passage à la position debout
évacuation irrégulière de l urine
évanouissements
événement indésirable
événements indésirables
œdème du visage
œdèmes périphériques

View File

@@ -0,0 +1,188 @@
Bolus intraveineux
CONSERVER
Chirurgie
Conserver
Délivrance
IRM cérébrale
NOTICE
Perfusion
Recommandations
Traitement
Voie orale
administrait
administration
administration de médicaments par voie intrarachidienne
administration orale
administration par voie orale
administrations
administrer
administré
administré par voie orale
administrée
administrée par voie intraveineuse
administrées
administrés
administrés par voie orale
amputations
analgésie intrarachidienne
analyses
analysés
angiographie
application
applique
appliquer
appliqué
asepsie
association
auto-administration
avortements
biologiques
bolus intraveineux
cardioversion ou défibrillation
charges virales
chimiothérapie intrarachidienne
chimiothérapie systémique
chirurgie
chirurgie abdominale
chirurgie orthopédique
cliniquement étudiée
co - administration
co-administration
conservation
consultation
contrôle de la douleur
contrôlée
coupés
créatininémie
cure thérapeutique
diluer
dilution
dilué
dissoudre
dissous
dissout
du rapport bénéfice / risque
délivrance
délivre
délivrer
délivrées
embolectomie
essai
essai clinique randomisé
essais
essais cliniques
essais de phase III
essais in vitro
examens
examens complémentaires
examens neurologiques
examens sanguins
extraite
goutte-à-goutte dans une veine
heparin induced platelet aggregation assay
hématocrite
imagerie
imagerie par résonance magnétique
imbibé
implantable
implanté
implantés
in vitro
in vivo
injectable
injection
injecté
injectés
intensité de la douleur sur l échelle visuelle analogique
intervention
intervention chirurgicale
méthode chromogénique
niveaux de norfluoxétine
notice
numération de lymphocytes T4
numérations
numérations de CD4
observations
observés
perfusable
perfusion
perfusion intraveineuse
perfusion intraveineuse continue
perfusions
perfusée par voie intraveineuse
pharmacocinétique
pharmacovigilance
placebo
placé
ponction
position
post-opératoire
prescription
prescrira
prescrite
prise en charge
prise en charge thérapeutique
programme de modification du comportement
précautions
préconisés
randomisée
randomisés
raser
recommandation
recommandations
recommandé
recommandée
retirer
retirée
réévaluation
réévaluera
scanner
soulagement de la douleur
soulager
surveillance
surveiller
sécher
techniques de modification de comportement
techniques de modification du comportement
test
test HIPAA
test anti-Xa
tests
tests d Ames
tests fonctionnels hépatiques
thérapeutique
thérapeutiques
thérapie
thérapie comportementale
thérapie de modification de comportement
thérapie symptomatique
tomodensitométrie hélicoïdale
tomographie par émission de positron
traitement
traitement antirétroviral
traitement factice
traitement fictif
traitements
traiter
traité
traitée
traitées
traités
voie orale
échanges plasmatiques
écraser
écrasé
étude
étude clinique
études
études cliniques
études de carcinogénicité
études in vitro
études in vivo
études précliniques
étudié
étudiés
évaluant
évaluation
évalué
évaluée