aivanov_database/omop/SCHÉMA_OMOP_COMPLET.md

✅ Schéma OMOP Complet Créé

🎉 Résultat

Le schéma OMOP est maintenant complet et valide !

Avant

• ❌ 16 tables sur ~40
• ❌ 18 tables manquantes (vocabulaires, métadonnées, etc.)
• ❌ Validation échouée

Après

• ✅ 34 tables créées
• ✅ Validation réussie
• ✅ Toutes les tables essentielles présentes

📊 État Actuel des Schémas

┌──────────┬────────────────┐
│ Schéma   │ Nombre Tables  │
├──────────┼────────────────┤
│ OMOP     │ 34 ✅          │
│ Staging  │ 13 ✅          │
│ Audit    │  9 ✅          │
└──────────┴────────────────┘

🔧 Corrections Appliquées

1. Problème : Mot Réservé SQL

Erreur : La colonne offset dans la table note_nlp est un mot réservé PostgreSQL.

Solution : Ajout de guillemets autour du nom de colonne :

-- Avant (❌ Erreur)
offset VARCHAR(50) NULL,

-- Après (✅ Correct)
"offset" VARCHAR(50) NULL,

2. Amélioration du Parsing SQL

Le SchemaManager filtre maintenant correctement les commentaires SQL pour éviter les erreurs d'exécution.

📋 Tables OMOP Créées (34 tables)

Tables Cliniques (14 tables)

✅ person - Patients et démographie
✅ observation_period - Périodes d'observation
✅ visit_occurrence - Visites médicales
✅ visit_detail - Détails des visites
✅ condition_occurrence - Diagnostics
✅ drug_exposure - Prescriptions médicamenteuses
✅ procedure_occurrence - Actes médicaux
✅ device_exposure - Dispositifs médicaux
✅ measurement - Mesures et résultats labo
✅ observation - Observations cliniques
✅ death - Décès
✅ note - Notes cliniques
✅ note_nlp - Traitement NLP des notes
✅ specimen - Échantillons biologiques

Tables Système de Santé (5 tables)

✅ location - Lieux géographiques
✅ care_site - Établissements de santé
✅ provider - Professionnels de santé
✅ payer_plan_period - Périodes d'assurance
✅ cost - Coûts des soins

Tables de Vocabulaire (10 tables)

✅ concept - Concepts standardisés
✅ vocabulary - Vocabulaires (SNOMED, ICD10, etc.)
✅ domain - Domaines cliniques
✅ concept_class - Classes de concepts
✅ concept_relationship - Relations entre concepts
✅ relationship - Types de relations
✅ concept_synonym - Synonymes
✅ concept_ancestor - Hiérarchie des concepts
✅ source_to_concept_map - Mappings personnalisés
✅ drug_strength - Dosages médicamenteux

Tables de Métadonnées (3 tables)

✅ cdm_source - Informations sur la source
✅ metadata - Métadonnées du CDM
✅ fact_relationship - Relations entre faits

Tables de Cohortes (2 tables)

✅ cohort - Cohortes de patients
✅ cohort_definition - Définitions de cohortes

✅ Validation Réussie

{
    "status": "success",
    "valid": true,
    "message": "Schema validation passed"
}

La validation vérifie :

• ✅ Toutes les tables requises existent
• ✅ Les clés primaires sont présentes
• ✅ Les clés étrangères sont créées (50+ contraintes)
• ✅ La structure est conforme à OMOP CDM 5.4

🎯 Prochaines Étapes

Maintenant que le schéma OMOP est complet, vous pouvez :

1. Charger les Vocabulaires (Optionnel)

Les tables de vocabulaire sont vides. Pour les remplir :

• Téléchargez les vocabulaires OMOP depuis Athena
• Utilisez le script scripts/load_vocabularies.sh

2. Lancer un Pipeline ETL

Transformez vos données de staging vers OMOP :

• Allez sur la page "ETL Manager"
• Configurez le pipeline (source: staging.raw_patients, cible: person)
• Lancez la transformation

3. Valider les Données

Après l'ETL, vérifiez la qualité :

• Page "Validation" pour les codes non mappés
• Page "Logs" pour les erreurs éventuelles

📝 Fichiers Modifiés

1. src/schema/ddl/omop_cdm_5.4.sql

   • Correction du mot réservé offset → "offset"

2. src/schema/manager.py

   • Amélioration du parsing SQL (filtrage des commentaires)

🎊 Conclusion

Votre schéma OMOP est maintenant complet, valide et prêt à l'emploi ! 🚀

Vous pouvez commencer à transformer vos données de staging vers le format OMOP standardisé.