aivanov_database/omop/QUICK_START_WEB.md

🚀 Démarrage Rapide - Interface Web

Installation et lancement en 3 étapes

1. Installer les dépendances

cd omop

# Backend
pip install -r requirements-api.txt

# Frontend
cd frontend
npm install
cd ..

2. Lancer l'interface

Option A - Script automatique (recommandé)

./start_web.sh

Option B - Manuel

Terminal 1 (Backend):

python run_api.py

Terminal 2 (Frontend):

cd frontend
npm run dev

3. Accéder à l'interface

• Frontend: http://localhost:3000
• API: http://localhost:8000
• Documentation API: http://localhost:8000/docs

Fonctionnalités disponibles

📊 Dashboard

• Vue d'ensemble des statistiques OMOP
• Nombre de patients, visites, conditions
• Historique des exécutions ETL
• Métriques de performance

⚙️ ETL Manager

• Lancer des pipelines ETL
• Configurer batch size et workers
• Suivre les jobs en temps réel
• Voir les statistiques d'exécution

🗄️ Schema Manager

• Créer les schémas (OMOP, Staging, Audit)
• Valider les schémas existants
• Voir l'état des tables

✅ Validation

• Lancer la validation des données
• Consulter les codes non mappés
• Voir les erreurs de validation

📝 Logs

• Consulter les logs système
• Filtrer par niveau (INFO, WARNING, ERROR)
• Voir les erreurs en base de données

Premiers pas

1. Créer les schémas (si pas déjà fait)

   • Aller dans "Schema Manager"
   • Cliquer sur "Créer tous les schémas"

2. Lancer un pipeline ETL

   • Aller dans "ETL Manager"
   • Sélectionner source et cible
   • Cliquer sur "Lancer le pipeline"

3. Voir les résultats

   • Retourner au Dashboard
   • Consulter les statistiques
   • Vérifier les logs

Arrêter les serveurs

Si lancé avec start_web.sh:

Ctrl+C

Si lancé manuellement:

# Arrêter chaque terminal avec Ctrl+C

Troubleshooting

Port déjà utilisé

Si le port 8000 ou 3000 est déjà utilisé:

# Trouver le processus
lsof -i :8000
lsof -i :3000

# Tuer le processus
kill -9 <PID>

Erreur de connexion à la base

Vérifier que PostgreSQL est démarré et que les credentials dans config.yaml sont corrects.

Erreur CORS

Si vous avez des erreurs CORS, vérifier que l'origine est autorisée dans src/api/main.py.

Configuration

Backend

Modifier config.yaml pour:

• Connexion base de données
• Taille des batches
• Nombre de workers
• Niveaux de logs

Frontend

Modifier frontend/vite.config.js pour:

• Port du serveur dev
• Proxy API
• Build options

Production

Pour déployer en production:

# Build le frontend
cd frontend
npm run build

# Les fichiers statiques sont dans frontend/dist/
# Servir avec nginx ou directement depuis FastAPI

Voir README_WEB_INTERFACE.md pour plus de détails.