# Interface Web OMOP Pipeline

Interface web professionnelle pour gérer le pipeline ETL OMOP CDM 5.4.

## Architecture

- **Backend**: FastAPI (Python)
- **Frontend**: React + Vite
- **Communication**: REST API + WebSocket (temps réel)

## Installation

### Backend (FastAPI)

```bash
cd omop

# Installer les dépendances API
pip install -r requirements-api.txt

# Lancer le serveur API
python run_api.py
```

L'API sera disponible sur http://localhost:8000
Documentation Swagger: http://localhost:8000/docs

### Frontend (React)

```bash
cd omop/frontend

# Installer les dépendances
npm install

# Lancer le serveur de développement
npm run dev
```

L'interface sera disponible sur http://localhost:3000

## Fonctionnalités

### 📊 Dashboard
- Vue d'ensemble des statistiques
- Nombre de patients, visites, conditions
- Historique des exécutions ETL
- Graphiques de performance

### ⚙️ ETL Manager
- Lancer des pipelines ETL
- Configurer les paramètres (batch size, workers)
- Suivre les jobs en cours
- Voir les statistiques d'exécution

### 🗄️ Schema Manager
- Créer les schémas (OMOP, Staging, Audit)
- Valider les schémas
- Voir l'état des tables

### ✅ Validation
- Lancer la validation des données
- Voir les codes non mappés
- Consulter les erreurs de validation

### 📝 Logs
- Consulter les logs système
- Filtrer par niveau (INFO, WARNING, ERROR)
- Voir les erreurs de validation en base

## API Endpoints

### ETL
- `POST /api/etl/run` - Lancer un pipeline ETL
- `GET /api/etl/jobs` - Lister les jobs
- `GET /api/etl/jobs/{job_id}` - Statut d'un job
- `POST /api/etl/extract` - Extraction seule
- `POST /api/etl/transform` - Transformation seule
- `POST /api/etl/load` - Chargement seul

### Schema
- `POST /api/schema/create` - Créer un schéma
- `GET /api/schema/validate` - Valider les schémas
- `GET /api/schema/info` - Info sur les schémas

### Statistics
- `GET /api/stats/etl` - Stats ETL
- `GET /api/stats/data-quality` - Métriques qualité
- `GET /api/stats/summary` - Résumé global

### Validation
- `POST /api/validation/run` - Lancer validation
- `GET /api/validation/unmapped-codes` - Codes non mappés

### Logs
- `GET /api/logs/` - Logs système
- `GET /api/logs/errors` - Erreurs de validation

## Développement

### Structure Frontend

```
frontend/
├── src/
│   ├── api/
│   │   └── client.js          # Client API Axios
│   ├── pages/
│   │   ├── Dashboard.jsx      # Page dashboard
│   │   ├── ETLManager.jsx     # Gestion ETL
│   │   ├── SchemaManager.jsx  # Gestion schémas
│   │   ├── Validation.jsx     # Validation
│   │   └── Logs.jsx           # Logs
│   ├── App.jsx                # Application principale
│   ├── App.css                # Styles
│   └── main.jsx               # Point d'entrée
├── index.html
├── package.json
└── vite.config.js
```

### Structure Backend

```
src/api/
├── routers/
│   ├── etl.py         # Routes ETL
│   ├── schema.py      # Routes schémas
│   ├── stats.py       # Routes statistiques
│   ├── validation.py  # Routes validation
│   └── logs.py        # Routes logs
└── main.py            # Application FastAPI
```

## Production

### Build Frontend

```bash
cd frontend
npm run build
```

Les fichiers statiques seront dans `frontend/dist/`

### Servir avec FastAPI

Vous pouvez servir le frontend depuis FastAPI en ajoutant:

```python
from fastapi.staticfiles import StaticFiles

app.mount("/", StaticFiles(directory="frontend/dist", html=True), name="static")
```

### Déploiement

1. Build le frontend: `npm run build`
2. Copier `frontend/dist/` vers le serveur
3. Lancer l'API: `uvicorn src.api.main:app --host 0.0.0.0 --port 8000`
4. Configurer un reverse proxy (nginx) si nécessaire

## Configuration

### CORS

Le backend autorise les origines:
- http://localhost:3000 (dev Vite)
- http://localhost:5173 (dev Vite alternatif)

Pour la production, modifier dans `src/api/main.py`:

```python
app.add_middleware(
    CORSMiddleware,
    allow_origins=["https://votre-domaine.com"],
    ...
)
```

### Base de données

L'API utilise la configuration de `config.yaml` pour se connecter à PostgreSQL.

## Captures d'écran

### Dashboard
- Statistiques en temps réel
- Graphiques de performance
- Historique des exécutions

### ETL Manager
- Formulaire de lancement
- Suivi des jobs en cours
- Configuration des paramètres

### Schema Manager
- Création de schémas en un clic
- Validation automatique
- État des tables

## Support

Pour toute question ou problème, consulter la documentation API sur http://localhost:8000/docs