Initial commit

tests/conftest.py

@@ -0,0 +1,341 @@
+"""
+Configuration pytest et Hypothesis pour les tests du Pipeline MCO PMSI.
+
+Ce fichier configure :
+- Les profils Hypothesis pour différents environnements
+- Les fixtures communes à tous les tests
+- Les hooks pytest personnalisés
+"""
+
+import os
+from pathlib import Path
+from typing import Generator
+
+import pytest
+from hypothesis import HealthCheck, Phase, Verbosity, settings
+
+# ============================================================================
+# Configuration Hypothesis
+# ============================================================================
+
+# Profil par défaut : équilibré entre vitesse et couverture
+settings.register_profile(
+    "default",
+    max_examples=100,
+    deadline=5000,  # 5 secondes par test case
+    derandomize=False,
+    print_blob=True,
+    verbosity=Verbosity.normal,
+    phases=[Phase.explicit, Phase.reuse, Phase.generate, Phase.target, Phase.shrink],
+    suppress_health_check=[HealthCheck.too_slow],
+)
+
+# Profil CI : plus d'exemples pour meilleure couverture
+settings.register_profile(
+    "ci",
+    max_examples=200,
+    deadline=10000,  # 10 secondes par test case
+    derandomize=True,  # Reproductible en CI
+    print_blob=True,
+    verbosity=Verbosity.verbose,
+    phases=[Phase.explicit, Phase.reuse, Phase.generate, Phase.target, Phase.shrink],
+)
+
+# Profil dev : rapide pour développement
+settings.register_profile(
+    "dev",
+    max_examples=20,
+    deadline=2000,  # 2 secondes par test case
+    derandomize=False,
+    print_blob=False,
+    verbosity=Verbosity.normal,
+    phases=[Phase.explicit, Phase.reuse, Phase.generate, Phase.shrink],
+    suppress_health_check=[HealthCheck.too_slow, HealthCheck.data_too_large],
+)
+
+# Profil debug : minimal pour debugging
+settings.register_profile(
+    "debug",
+    max_examples=10,
+    deadline=None,  # Pas de deadline pour debugging
+    derandomize=True,
+    print_blob=True,
+    verbosity=Verbosity.debug,
+    phases=[Phase.explicit, Phase.reuse, Phase.generate],
+)
+
+# Profil exhaustif : pour validation finale
+settings.register_profile(
+    "exhaustive",
+    max_examples=1000,
+    deadline=30000,  # 30 secondes par test case
+    derandomize=True,
+    print_blob=True,
+    verbosity=Verbosity.verbose,
+    phases=[Phase.explicit, Phase.reuse, Phase.generate, Phase.target, Phase.shrink],
+)
+
+# Charger le profil depuis la variable d'environnement ou utiliser 'default'
+profile = os.getenv("HYPOTHESIS_PROFILE", "default")
+settings.load_profile(profile)
+
+
+# ============================================================================
+# Fixtures communes
+# ============================================================================
+
+@pytest.fixture(scope="session")
+def project_root() -> Path:
+    """Retourne le chemin racine du projet."""
+    return Path(__file__).parent.parent
+
+
+@pytest.fixture(scope="session")
+def data_dir(project_root: Path) -> Path:
+    """Retourne le répertoire data/."""
+    return project_root / "data"
+
+
+@pytest.fixture(scope="session")
+def referentiels_dir(data_dir: Path) -> Path:
+    """Retourne le répertoire des référentiels."""
+    return data_dir / "referentiels"
+
+
+@pytest.fixture(scope="session")
+def config_dir(project_root: Path) -> Path:
+    """Retourne le répertoire config/."""
+    return project_root / "config"
+
+
+@pytest.fixture(scope="session")
+def logs_dir(project_root: Path) -> Path:
+    """Retourne le répertoire logs/."""
+    logs = project_root / "logs"
+    logs.mkdir(exist_ok=True)
+    return logs
+
+
+@pytest.fixture
+def temp_db_path(tmp_path: Path) -> Path:
+    """Crée un chemin pour une base de données temporaire."""
+    return tmp_path / "test_db.sqlite"
+
+
+# ============================================================================
+# Hooks pytest
+# ============================================================================
+
+def pytest_configure(config: pytest.Config) -> None:
+    """Configuration pytest au démarrage."""
+    # Créer le répertoire logs s'il n'existe pas
+    logs_dir = Path("logs")
+    logs_dir.mkdir(exist_ok=True)
+    
+    # Afficher le profil Hypothesis utilisé
+    print(f"\n🔬 Hypothesis profile: {profile}")
+    print(f"   Max examples: {settings.default.max_examples}")
+    print(f"   Deadline: {settings.default.deadline}ms\n")
+
+
+def pytest_collection_modifyitems(config: pytest.Config, items: list) -> None:
+    """Modifier les items de test collectés."""
+    # Ajouter automatiquement le marker 'property' aux tests utilisant Hypothesis
+    for item in items:
+        if "hypothesis" in item.keywords:
+            item.add_marker(pytest.mark.property)
+            item.add_marker(pytest.mark.pbt)
+
+
+def pytest_addoption(parser: pytest.Parser) -> None:
+    """Ajouter des options de ligne de commande personnalisées."""
+    parser.addoption(
+        "--run-slow",
+        action="store_true",
+        default=False,
+        help="Exécuter les tests marqués comme 'slow'",
+    )
+    parser.addoption(
+        "--run-gpu",
+        action="store_true",
+        default=False,
+        help="Exécuter les tests nécessitant un GPU",
+    )
+
+
+def pytest_runtest_setup(item: pytest.Item) -> None:
+    """Hook exécuté avant chaque test."""
+    # Skip les tests 'slow' sauf si --run-slow est spécifié
+    if "slow" in item.keywords and not item.config.getoption("--run-slow"):
+        pytest.skip("need --run-slow option to run")
+    
+    # Skip les tests 'gpu' sauf si --run-gpu est spécifié
+    if "gpu" in item.keywords and not item.config.getoption("--run-gpu"):
+        pytest.skip("need --run-gpu option to run")
+
+
+# ============================================================================
+# Fixtures pour les tests de propriétés
+# ============================================================================
+
+@pytest.fixture
+def hypothesis_seed() -> int:
+    """Seed fixe pour reproductibilité des tests de propriétés."""
+    return 42
+
+
+# ============================================================================
+# Utilitaires de test
+# ============================================================================
+
+@pytest.fixture
+def sample_clinical_text() -> str:
+    """Texte clinique d'exemple pour les tests."""
+    return """
+    COMPTE RENDU MÉDICAL
+    
+    Patient admis pour douleurs abdominales aiguës.
+    
+    ANAMNÈSE:
+    Douleurs abdominales depuis 48h, localisées au niveau de la fosse iliaque droite.
+    Pas de fièvre. Pas de vomissements.
+    
+    EXAMEN CLINIQUE:
+    Défense abdominale à la palpation de la FID.
+    Signe de Blumberg positif.
+    
+    DIAGNOSTIC:
+    Appendicite aiguë.
+    
+    TRAITEMENT:
+    Appendicectomie réalisée le 15/01/2024.
+    Suites opératoires simples.
+    """
+
+
+@pytest.fixture
+def sample_clinical_text_with_negation() -> str:
+    """Texte clinique avec négations pour tester les qualificateurs."""
+    return """
+    COMPTE RENDU MÉDICAL
+    
+    Patient admis pour bilan.
+    
+    ANAMNÈSE:
+    Pas de douleurs thoraciques.
+    Absence de dyspnée.
+    Pas d'antécédent de diabète.
+    
+    EXAMEN CLINIQUE:
+    Auscultation cardiaque normale.
+    Pas de souffle cardiaque.
+    
+    DIAGNOSTIC:
+    Bilan de santé normal.
+    """
+
+
+@pytest.fixture
+def sample_clinical_text_with_suspicion() -> str:
+    """Texte clinique avec suspicions pour tester les qualificateurs."""
+    return """
+    COMPTE RENDU MÉDICAL
+    
+    Patient admis pour exploration.
+    
+    ANAMNÈSE:
+    Possible infection urinaire.
+    Suspicion de pyélonéphrite.
+    
+    EXAMENS:
+    ECBU en attente.
+    
+    DIAGNOSTIC:
+    À confirmer après résultats ECBU.
+    """
+
+
+# ============================================================================
+# Fixtures pour le pipeline
+# ============================================================================
+
+@pytest.fixture
+def db_session(temp_db_path: Path) -> Generator:
+    """Crée une session de base de données temporaire pour les tests."""
+    from sqlalchemy import create_engine
+    from sqlalchemy.orm import sessionmaker
+    from pipeline_mco_pmsi.database.base import Base
+    
+    # Créer le moteur de base de données
+    engine = create_engine(f"sqlite:///{temp_db_path}")
+    
+    # Créer toutes les tables
+    Base.metadata.create_all(engine)
+    
+    # Créer une session
+    Session = sessionmaker(bind=engine)
+    session = Session()
+    
+    try:
+        yield session
+    finally:
+        session.close()
+        engine.dispose()
+
+
+@pytest.fixture
+def rag_engine(tmp_path):
+    """Crée un moteur RAG mock pour les tests."""
+    from pipeline_mco_pmsi.rag.rag_engine import RAGEngine
+    from pipeline_mco_pmsi.rag.referentiels_manager import ReferentielsManager
+    
+    # Créer un répertoire temporaire pour les référentiels
+    ref_dir = tmp_path / "referentiels"
+    ref_dir.mkdir(exist_ok=True)
+    
+    # Créer un ReferentielsManager mock
+    referentiels_manager = ReferentielsManager(
+        data_dir=ref_dir,
+        embedding_model="mock",
+    )
+    
+    # Créer le RAG Engine
+    rag_engine = RAGEngine(
+        referentiels_manager=referentiels_manager,
+        data_dir=ref_dir,
+    )
+    
+    return rag_engine
+
+
+@pytest.fixture
+def sample_stay(db_session):
+    """Crée un séjour d'exemple pour les tests."""
+    from datetime import datetime, timedelta
+    from pipeline_mco_pmsi.models.metadata import StayMetadata
+    from pipeline_mco_pmsi.database.models import StayDB
+    
+    stay_metadata = StayMetadata(
+        stay_id="test_stay_001",
+        admission_date=datetime.now() - timedelta(days=3),
+        discharge_date=datetime.now(),
+        specialty="gastro-enterologie",
+        unit="medecine",
+        age=45,
+        sex="M",
+    )
+    
+    # Créer le Stay dans la base de données
+    stay_db = StayDB(
+        stay_id=stay_metadata.stay_id,
+        admission_date=stay_metadata.admission_date,
+        discharge_date=stay_metadata.discharge_date,
+        specialty=stay_metadata.specialty,
+        unit=stay_metadata.unit,
+        age=stay_metadata.age,
+        sex=stay_metadata.sex,
+    )
+    db_session.add(stay_db)
+    db_session.commit()
+    
+    return stay_metadata