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# Guide d'Utilisation - Pipeline MCO PMSI
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## 📋 Vue d'ensemble
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Ce guide explique comment utiliser le pipeline de codage MCO PMSI pour analyser des documents cliniques et obtenir des propositions de codes.
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## 🚀 Démarrage rapide
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### 1. Préparer vos documents
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Créez un répertoire avec vos documents cliniques :
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```bash
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mkdir -p data/sejours/STAY001
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```
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Placez vos documents dans ce répertoire (formats supportés : .txt, .pdf) :
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- `cr_operatoire.pdf` - Compte-rendu opératoire
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- `cr_medical.pdf` - Compte-rendu médical
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- `imagerie.pdf` - Résultats d'imagerie
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- etc.
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**Formats de documents supportés :**
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- **Fichiers texte (.txt)** : Format simple, directement lisible
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- **Fichiers PDF (.pdf)** : Extraction automatique du texte
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- Les PDF protégés par mot de passe ne sont pas supportés
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- Les PDF "image" (scannés sans OCR) ne contiennent pas de texte extractible
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- **Fichiers .oxps** : Non supportés actuellement
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Si un fichier ne peut pas être lu, il sera automatiquement ignoré et le traitement continuera avec les autres documents.
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**Types de documents supportés :**
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- Comptes-rendus opératoires (CRO)
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- Comptes-rendus médicaux (CRM)
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- Comptes-rendus d'hospitalisation (CRH)
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||||
- Comptes-rendus de consultation
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||||
- Comptes-rendus d'urgences
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||||
- Imagerie
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||||
- Biologie
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||||
- Courriers médicaux
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- Anatomopathologie (ANAPATH)
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||||
- Bactériologie (BACTERIO)
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### 2. Traiter un séjour
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Utilisez le script `process_stay.py` pour analyser les documents :
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```bash
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python scripts/process_stay.py \
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--stay-id STAY001 \
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--documents-dir data/sejours/STAY001 \
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--specialty chirurgie \
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--admission-date 2024-01-15 \
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--discharge-date 2024-01-20
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```
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**Options disponibles :**
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- `--stay-id` : Identifiant unique du séjour (obligatoire)
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- `--documents-dir` : Répertoire contenant les documents
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- `--documents` : Liste de fichiers spécifiques
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- `--specialty` : Spécialité médicale (défaut: chirurgie)
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- `--admission-date` : Date d'admission (format: YYYY-MM-DD)
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- `--discharge-date` : Date de sortie (format: YYYY-MM-DD)
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- `--db-url` : URL de la base de données (défaut: SQLite local)
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**Exemple avec fichiers spécifiques :**
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```bash
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python scripts/process_stay.py \
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--stay-id STAY002 \
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--documents doc1.txt doc2.txt doc3.txt \
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--specialty medecine
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```
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### 3. Consulter les résultats
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Une fois le traitement terminé, lancez l'interface web :
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```bash
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python scripts/start_api.py
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```
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Ouvrez votre navigateur sur http://localhost:8001 et recherchez votre séjour.
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## 📁 Structure des données
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### Organisation recommandée
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```
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data/
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├── sejours/
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│ ├── STAY001/
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│ │ ├── cr_operatoire.txt
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│ │ ├── cr_medical.txt
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│ │ └── imagerie.txt
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│ ├── STAY002/
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│ │ └── cr_hospitalisation.txt
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│ └── ...
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├── referentiels/
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│ ├── CCAM_V81.xls
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│ ├── cim10_2024.txt
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│ └── guide_mco_2024.pdf
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└── exports/
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└── audits/
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```
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### Format des documents
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Les documents doivent être au format **texte brut (.txt)** avec encodage UTF-8.
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**Exemple de contenu (cr_operatoire.txt) :**
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```
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COMPTE-RENDU OPÉRATOIRE
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Patient : [ANONYMISÉ]
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Date : 15/01/2024
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Chirurgien : Dr. Martin
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Diagnostic préopératoire : Appendicite aiguë
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Intervention réalisée : Appendicectomie par laparoscopie
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Description :
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Patient opéré sous anesthésie générale pour appendicite aiguë.
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Abord par laparoscopie. Appendice inflammatoire avec signes de péritonite localisée.
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Appendicectomie réalisée sans complication.
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Suites opératoires : Simples
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```
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## 🔄 Workflow complet
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### Étape 1 : Import des référentiels (une seule fois)
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```bash
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# Importer le référentiel CCAM
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python scripts/import_ccam.py data/referentiels/CCAM_V81.xls
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# TODO: Scripts pour CIM-10 et Guide MCO à venir
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```
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### Étape 2 : Traitement des séjours
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```bash
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# Traiter plusieurs séjours
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for stay_dir in data/sejours/*/; do
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stay_id=$(basename "$stay_dir")
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python scripts/process_stay.py \
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--stay-id "$stay_id" \
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--documents-dir "$stay_dir"
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done
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```
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### Étape 3 : Validation TIM
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1. Lancer l'interface : `python scripts/start_api.py`
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2. Ouvrir http://localhost:8001
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3. Rechercher le séjour
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4. Examiner les codes proposés et leurs preuves
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5. Corriger si nécessaire
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6. Valider le dossier
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### Étape 4 : Export des audits
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Via l'interface web ou en ligne de commande :
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```python
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from pipeline_mco_pmsi.audit.audit_logger import AuditLogger
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from pipeline_mco_pmsi.database.base import get_session
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with get_session() as session:
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logger = AuditLogger(db_session=session)
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audit = logger.export_audit_trail(stay_id="STAY001", include_pii=False)
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# Sauvegarder
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with open("audit_STAY001.json", "w") as f:
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f.write(audit.model_dump_json(indent=2))
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```
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## 🎯 Cas d'usage
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### Cas 1 : Séjour chirurgical simple
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```bash
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# Documents : CRO uniquement
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python scripts/process_stay.py \
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--stay-id CHIR001 \
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--documents data/sejours/CHIR001/cro.txt \
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--specialty chirurgie
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```
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### Cas 2 : Séjour médical complexe
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```bash
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# Documents : CRM + imagerie + biologie + courriers
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python scripts/process_stay.py \
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--stay-id MED001 \
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--documents-dir data/sejours/MED001 \
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--specialty cardiologie
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```
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### Cas 3 : Séjour avec contradictions
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Le pipeline détecte automatiquement les contradictions entre documents et génère des questions pour le TIM.
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## 🔧 Configuration avancée
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### Base de données PostgreSQL
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Pour utiliser PostgreSQL en production :
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```bash
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python scripts/process_stay.py \
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--stay-id STAY001 \
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--documents-dir data/sejours/STAY001 \
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--db-url postgresql://user:password@localhost/pipeline_mco
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```
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### Personnalisation des règles
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Modifiez les fichiers de règles dans `config/rules/` :
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```yaml
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# config/rules/custom_rules.yaml
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mode: conservateur
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rules:
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- name: "Pas de DP sur antécédent"
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enabled: true
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severity: bloquant
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- name: "Vérification dates CCAM"
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||||
enabled: true
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||||
severity: bloquant
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```
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## 📊 Métriques et monitoring
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### Consulter les métriques
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```python
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from pipeline_mco_pmsi.metrics.metrics_collector import MetricsCollector
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collector = MetricsCollector()
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metrics = collector.calculate_metrics(stay_ids=["STAY001", "STAY002"])
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print(f"Taux d'acceptation TIM: {metrics.tim_acceptance_rate}%")
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print(f"Codes sans preuve: {metrics.codes_without_evidence_pct}%")
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```
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## 🐛 Dépannage
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### Problème : "Port 8001 déjà utilisé"
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```bash
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# Spécifier un autre port
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python scripts/start_api.py --port 9000
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```
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### Problème : "Aucun code proposé"
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Vérifiez que :
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1. Les documents contiennent du texte médical
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2. Les référentiels sont importés
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3. Le modèle LLM est configuré
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### Problème : "Erreur de base de données"
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```bash
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# Réinitialiser la base de données
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rm pipeline_mco_pmsi.db
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python scripts/process_stay.py --stay-id TEST001 --documents test.txt
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```
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## 📚 Ressources
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- **Documentation API** : http://localhost:8001/docs
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- **Code source** : `src/pipeline_mco_pmsi/`
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- **Tests** : `tests/`
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- **Spécifications** : `.kiro/specs/pipeline-mco-pmsi-codage/`
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## 🆘 Support
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Pour toute question ou problème :
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1. Consultez les logs dans `logs/`
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2. Vérifiez les tests : `pytest tests/`
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3. Consultez la documentation technique dans `src/pipeline_mco_pmsi/api/README.md`
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Reference in New Issue
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