test: couvrir les modules purs du pipeline (96 nouveaux tests)

Suite de tests unitaires pour tous les modules pipeline qui ne dépendent
pas du VLM — utiles pour garantir la non-régression après refactor et
servir de spec vivante de chaque fonction.

Fichiers :
- tests/test_json_utils.py   (20 tests) : parse_json_output + toutes les
  stratégies de récupération (fences, virgules manquantes, boucles vides,
  fermeture JSON, fallback _raw/_parse_error)
- tests/test_deskew.py       (11 tests) : détection Hough + correction,
  image synthétique + fixtures cache réel
- tests/test_checkboxes.py   (17 tests) : parse_ghs_injustifie,
  dark_ratio, inner_frac, et ground truth visuel sur 17 dossiers
  (mapping hash→OGC résolu au runtime pour éviter les constantes fragiles)
- tests/test_validation.py   (18 tests) : _check_cim10/ccam/ghm/ghs,
  cross-checks GHM↔GHS, annotate sur JSON vide et complet,
  preservation de l'input (copie défensive)
- tests/test_schema.py       (8 tests)  : clean_dossier retire les champs
  debug, préserve les champs métier, compacte la validation, ne modifie
  pas l'input
- tests/test_zones_config.py (8 tests)  : load/save round-trip, merge
  avec defaults, résilience JSON corrompu, get_zone

Total : 107 tests, 5.1 s d'exécution, tous passent. Aucune dépendance
GPU, s'exécutent en CI.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 (1M context) <noreply@anthropic.com>

pipeline/extract.py

@@ -1,230 +1,84 @@
-"""Orchestration d'extraction pour un dossier OGC."""
-import json
-import re
+"""Orchestration d'extraction pour un dossier OGC.
+
+Chaîne les étages du pipeline sans connaître leur implémentation interne :
+
+  ingest → routing → OCR page par page → enrichissement page-spécifique → validation ATIH
+
+L'orchestration elle-même ne contient aucune logique métier : elle délègue à
+`pipeline.recueil`, `pipeline.validation`, `pipeline.classify`, `pipeline.ocr_qwen`
+et `pipeline.prompts`. Cela permet de tester indépendamment chaque étage.
+"""
+from __future__ import annotations
+
 import time
 from pathlib import Path
-from PIL import Image
-from .ingest import pdf_to_images
+
 from .classify import detect_page_type, route_by_index
+from .ingest import pdf_to_images
+from .json_utils import parse_json_output
 from .ocr_qwen import QwenVLOCR
-from .prompts import (
-    PAGE_TYPES, PROMPT_HEADER,
-    SCHEMA_RECUEIL_RECODAGE, RECUEIL_RECODAGE_ZONE,
-)
-from .checkboxes import detect_accord_desaccord, RECUEIL_ACCORD_DESACCORD, parse_ghs_injustifie, CheckboxZones
-from .zones_config import load_config, get_zone
+from .prompts import PAGE_TYPES, PROMPT_HEADER
+from .recueil import enrich_recueil, resolve_recueil_zones
 from .validation import annotate as validate_annotate
 
 
-_EMPTY_OBJ_PATTERN = re.compile(
-    r'\{\s*"code"\s*:\s*""\s*,\s*"position"\s*:\s*""\s*(?:,\s*"libelle"\s*:\s*""\s*)?\}',
-    re.DOTALL,
-)
+def _run_page_ocr(ocr: QwenVLOCR, image_path: Path, ptype: str) -> tuple[dict | None, str, float]:
+    """Exécute le prompt principal associé à un type de page et parse le JSON.
 
-
-def _truncate_empty_loop(text: str, max_consecutive: int = 2) -> str:
-    """Détecte et tronque les boucles d'objets vides.
-
-    GLM-OCR peut boucler sur `{"code":"", "position":"", "libelle":""}` quand
-    un tableau DAS ou actes est vide dans l'image. La sortie est alors
-    tronquée à `max_new_tokens` sans fermer le JSON → parse error.
-    On garde au plus `max_consecutive` objets vides puis on coupe.
+    Retourne (parsed_dict_ou_None, ocr_raw, elapsed_s). `parsed=None` quand
+    la page n'a pas de prompt structuré associé (concertation_med, hospit.).
     """
-    matches = list(_EMPTY_OBJ_PATTERN.finditer(text))
-    if len(matches) <= max_consecutive:
-        return text
-    # On coupe après la fin du `max_consecutive`-ième match
-    cut_at = matches[max_consecutive - 1].end()
-    return text[:cut_at]
-
-
-def _close_open_json(text: str) -> str:
-    """Ajoute les brackets/braces manquants pour tenter de fermer un JSON tronqué."""
-    # Compte les brackets non balancés en ignorant ceux entre guillemets simples/doubles
-    depth_brace = 0
-    depth_bracket = 0
-    in_string = False
-    escape = False
-    for c in text:
-        if escape:
-            escape = False
-            continue
-        if c == "\\":
-            escape = True
-            continue
-        if c == '"':
-            in_string = not in_string
-            continue
-        if in_string:
-            continue
-        if c == "{": depth_brace += 1
-        elif c == "}": depth_brace -= 1
-        elif c == "[": depth_bracket += 1
-        elif c == "]": depth_bracket -= 1
-    # Retirer les virgules traînantes
-    closed = text.rstrip().rstrip(",")
-    # Fermer en priorité les crochets ouverts (tableaux), puis les accolades
-    closed += "]" * max(0, depth_bracket)
-    closed += "}" * max(0, depth_brace)
-    return closed
-
-
-def parse_json_output(raw: str) -> dict | None:
-    """Tente d'extraire un JSON depuis la sortie GLM-OCR.
-
-    Stratégies successives :
-    1. parse direct après retrait des fences ```json
-    2. patch des virgules manquantes entre objets / tableaux
-    3. détection et troncature des boucles d'objets vides (cas fréquent sur
-       tableaux DAS/actes vides → boucle jusqu'à max_new_tokens)
-    4. fermeture des structures JSON ouvertes après troncature
-    """
-    if not raw:
-        return None
-    text = raw.strip()
-    # 1) fences markdown
-    text = re.sub(r"^```(?:json)?\s*", "", text)
-    text = re.sub(r"\s*```$", "", text)
-    try:
-        return json.loads(text)
-    except json.JSONDecodeError:
-        pass
-
-    # 2) virgules manquantes entre `} {` et `] [`
-    patched = re.sub(r"\}\s*\n(\s*\{)", r"},\n\1", text)
-    patched = re.sub(r"\]\s*\n(\s*\[)", r"],\n\1", patched)
-    try:
-        return json.loads(patched)
-    except json.JSONDecodeError:
-        pass
-
-    # 3) troncature des boucles d'objets vides puis 4) fermeture
-    trimmed = _truncate_empty_loop(patched)
-    closed = _close_open_json(trimmed)
-    try:
-        result = json.loads(closed)
-        result["_truncated_loop"] = True  # trace de l'intervention
-        return result
-    except json.JSONDecodeError as e:
-        return {"_raw": raw, "_parse_error": str(e)}
-
-
-def _recueil_zones() -> tuple[tuple, CheckboxZones]:
-    """Charge les zones configurables pour la page recueil.
-
-    Retourne (recodage_zone, accord_desaccord_zones). Si la config n'a pas
-    d'entrée, on retombe sur les constantes compilées.
-    """
-    cfg = load_config()
-    reco = get_zone("recueil", "codage_reco", cfg) or RECUEIL_RECODAGE_ZONE
-    acc = get_zone("recueil", "accord_checkbox", cfg)
-    des = get_zone("recueil", "desaccord_checkbox", cfg)
-    if acc and des:
-        cb = CheckboxZones(accord=acc, desaccord=des)
-    else:
-        cb = RECUEIL_ACCORD_DESACCORD
-    return reco, cb
-
-
-def _extract_recodage_crop(image_path: Path, ocr: QwenVLOCR) -> dict | None:
-    """Second passage VLM sur le crop zonal de la colonne Recodage.
-
-    Qwen nous renvoie la liste brute de tous les codes visibles (avec position
-    si présente). On classifie DP/DR/DAS en Python par règles :
-    - les 1ᵉʳ et 2ᵉ codes SANS position → DP puis DR (DR peut être vide si
-      le 2ᵉ code a déjà une position).
-    - tous les codes AVEC position → DAS.
-
-    Retourne un dict {dp, dr, das[]} ou None en cas d'échec.
-    """
-    try:
-        img = Image.open(image_path)
-        w, h = img.size
-        reco_zone, _ = _recueil_zones()
-        x1, y1, x2, y2 = reco_zone
-        crop = img.crop((int(x1 * w), int(y1 * h), int(x2 * w), int(y2 * h)))
-        crop_path = image_path.parent / f"{image_path.stem}_recodage.png"
-        crop.save(crop_path)
-    except Exception:
-        return None
-
-    res = ocr.run(crop_path, SCHEMA_RECUEIL_RECODAGE, max_new_tokens=1024)
+    conf = PAGE_TYPES.get(ptype)
+    if not conf or conf["prompt"] == PROMPT_HEADER:
+        return None, "", 0.0
+    res = ocr.run(image_path, conf["prompt"], max_new_tokens=4096)
     parsed = parse_json_output(res["text"])
-    if not isinstance(parsed, dict) or "_parse_error" in parsed:
-        return None
-
-    # Filtrer : ne garder que les codes au format CIM-10. Si le crop dépasse
-    # malgré tout dans la zone Actes, les CCAM (4 lettres + 3 chiffres) seront
-    # exclus ici.
-    cim10_re = re.compile(r"^[A-Z]\d{2,4}\s*\*?\s*\+?\d*$")
-    codes_raw = parsed.get("codes") or []
-    codes = []
-    for c in codes_raw:
-        if not isinstance(c, dict): continue
-        code = (c.get("code") or "").strip()
-        if code and cim10_re.match(code):
-            codes.append({
-                "code": code,
-                "position": str(c.get("position") or "").strip(),
-            })
-
-    # Classifier par règle métier :
-    # - 1er code sans position → DP
-    # - 2e code sans position → DR (sauf s'il est identique au DP : Qwen tend
-    #   à dupliquer le DP quand DR est vide — on préfère DR="")
-    # - codes avec position → DAS
-    dp, dr = "", ""
-    das = []
-    dp_assigned = dr_assigned = False
-    for c in codes:
-        code, position = c["code"], c["position"]
-        if not position:
-            if not dp_assigned:
-                dp, dp_assigned = code, True
-            elif not dr_assigned:
-                if code == dp:
-                    # doublon du DP → on considère que DR est vide
-                    dr_assigned = True
-                else:
-                    dr, dr_assigned = code, True
-            else:
-                das.append({"code": code, "position": ""})
-        else:
-            das.append(c)
-    return {
-        "dp": dp, "dr": dr, "das": das,
-        "_source": "crop_recodage",
-        "_elapsed_s": round(res["elapsed_s"], 2),
-        "_n_codes_raw": len(codes_raw),
-        "_n_codes_kept": len(codes),
-    }
+    return parsed, res["text"], round(res["elapsed_s"], 2)
 
 
-def _merge_codage_reco(parsed: dict, reco: dict) -> None:
-    """Fusionne le résultat du crop Recodage dans parsed["codage_reco"].
+def _resolve_routing(images: list[Path], ocr: QwenVLOCR,
+                     use_standard_routing: bool,
+                     verbose: bool) -> tuple[list[str | None], list[str]]:
+    """Détermine le type de chaque page, soit par ordre standard (une seule
+    vérification sur la page 1), soit par classification OCR page par page.
 
-    Politique : le crop est plus fiable (contexte isolé), il prime sur le
-    passage principal SAUF si le crop laisse vide un champ que le principal
-    avait bien lu.
+    Retourne (page_types, headers). `headers[i]` est vide si pas de classify
+    effectuée sur la page i.
     """
-    existing = parsed.get("codage_reco") if isinstance(parsed.get("codage_reco"), dict) else {}
-    merged = {
-        "dp":  reco.get("dp",  "") or existing.get("dp",  ""),
-        "dr":  reco.get("dr",  "") or existing.get("dr",  ""),
-        "das": reco.get("das") or existing.get("das") or [],
-    }
-    parsed["codage_reco"] = merged
-    parsed.setdefault("_crop_recodage", {})["result"] = reco
+    page_types: list[str | None] = [None] * len(images)
+    headers: list[str] = [""] * len(images)
+
+    if use_standard_routing and images:
+        ptype1, header1 = detect_page_type(images[0], ocr)
+        if ptype1 == "recueil":
+            page_types = list(route_by_index(len(images)))
+            headers[0] = header1
+            if verbose:
+                print("  routing standard (page 1 = recueil OK)")
+            return page_types, headers
+        if verbose:
+            print(f"  page 1 = {ptype1} → fallback classification")
+
+    # Fallback : classify page par page
+    for i, img in enumerate(images):
+        page_types[i], headers[i] = detect_page_type(img, ocr)
+    return page_types, headers
 
 
 def extract_dossier(pdf_path: str | Path, verbose: bool = True,
                     use_standard_routing: bool = True) -> dict:
-    """Pipeline complet d'un dossier : PDF → JSON structuré.
+    """Pipeline complet d'un dossier : PDF → JSON structuré + annoté ATIH.
 
-    use_standard_routing=True (défaut) : route les pages par index selon
-    l'ordre standard OGC (6 pages), sans OCR de classification. -50% du temps.
-    Vérifie uniquement la page 1 pour s'assurer qu'on commence bien par
-    "recueil" — si non, bascule en classification complète (fallback).
+    Étages :
+    1. `ingest.pdf_to_images`    : PDF → PNG 300 dpi (avec deskew auto, cache)
+    2. `_resolve_routing`        : type de chaque page
+    3. `_run_page_ocr`           : OCR du schéma structuré par type de page
+    4. `recueil.enrich_recueil`  : checkboxes + crop Recodage pour la page recueil
+    5. `validation.annotate`     : validation ATIH de tous les codes extraits
+
+    Paramètre `use_standard_routing=True` exploite l'ordre standard des 6 pages
+    OGC et économise 5 appels OCR par dossier. Bascule automatique sur la
+    classification page-à-page si la page 1 n'est pas le recueil attendu.
     """
     pdf_path = Path(pdf_path)
     ocr = QwenVLOCR()
@@ -235,37 +89,22 @@ def extract_dossier(pdf_path: str | Path, verbose: bool = True,
     if verbose:
         print(f"[{pdf_path.name}] {len(images)} pages converties")
 
-    # Choix de stratégie de routing
-    page_types = [None] * len(images)
-    headers = [""] * len(images)
-    if use_standard_routing:
-        # Vérif rapide sur la page 1 (seul OCR de classification)
-        ptype1, header1 = detect_page_type(images[0], ocr)
-        if ptype1 == "recueil":
-            page_types = route_by_index(len(images))
-            headers[0] = header1
-            if verbose:
-                print(f"  routing standard (page 1 = recueil OK)")
-        else:
-            if verbose:
-                print(f"  page 1 = {ptype1} → fallback classification")
-            use_standard_routing = False
+    page_types, headers = _resolve_routing(images, ocr, use_standard_routing, verbose)
 
-    result = {
+    _, cb_zones = resolve_recueil_zones()
+
+    result: dict = {
         "fichier": pdf_path.stem,
-        "pdf_hash": images[0].parent.name,
+        "pdf_hash": images[0].parent.name if images else "",
         "pages": [],
         "extraction": {},
     }
 
     for idx, img_path in enumerate(images, 1):
         t0 = time.time()
-        if use_standard_routing:
         ptype = page_types[idx - 1]
         header_text = headers[idx - 1]
-        else:
-            ptype, header_text = detect_page_type(img_path, ocr)
-        page_info = {
+        page_info: dict = {
             "page": idx,
             "type": ptype,
             "header": header_text.strip(),
@@ -274,43 +113,20 @@ def extract_dossier(pdf_path: str | Path, verbose: bool = True,
         if verbose:
             print(f"  p{idx}: {ptype}")
 
-        prompt_conf = PAGE_TYPES.get(ptype)
-        if prompt_conf and prompt_conf["prompt"] != PROMPT_HEADER:
-            res = ocr.run(img_path, prompt_conf["prompt"], max_new_tokens=4096)
-            parsed = parse_json_output(res["text"])
-            page_info["ocr_raw"] = res["text"]
+        parsed, ocr_raw, elapsed = _run_page_ocr(ocr, img_path, ptype) if ptype else (None, "", 0.0)
+        if parsed is not None:
+            page_info["ocr_raw"] = ocr_raw
             page_info["parsed"] = parsed
-            page_info["elapsed_s"] = round(res["elapsed_s"], 2)
+            page_info["elapsed_s"] = elapsed
 
-            # Enrichissement : checkboxes + normalisation champs booléens
-            # sur la fiche recueil. GLM-OCR / Qwen ne lisent pas les cases
-            # à cocher (cf. scratch/test_prompt_crop_v2.py).
             if ptype == "recueil" and isinstance(parsed, dict):
-                _, cb_zones = _recueil_zones()
-                cb = detect_accord_desaccord(img_path, cb_zones)
-                parsed["accord_desaccord"] = cb["decision"]
-                parsed["_checkbox_debug"] = cb  # ratios + diff pour audit
-                # ghs_injustifie : Qwen renvoie parfois "0 SE 1 2 3 4 ATU FFM FSD"
-                # → ne garder que le chiffre 0/1 de tête
-                parsed["ghs_injustifie"] = parse_ghs_injustifie(parsed.get("ghs_injustifie", ""))
-
-                # Second passage : crop de la colonne Recodage pour compenser
-                # la sous-extraction observée sur codage_reco.* en passage principal.
-                reco = _extract_recodage_crop(img_path, ocr)
-                if reco:
-                    _merge_codage_reco(parsed, reco)
-
+                enrich_recueil(parsed, img_path, ocr, cb_zones)
                 page_info["parsed"] = parsed
 
-            # Indexer par type pour accès direct dans result["extraction"]
             result["extraction"][ptype] = parsed
         else:
-            # Pages non structurées : juste l'en-tête déjà OCR
             page_info["elapsed_s"] = round(time.time() - t0, 2)
 
         result["pages"].append(page_info)
 
-    # Post-traitement : validation ATIH de tous les codes extraits
-    result = validate_annotate(result)
-
-    return result
+    return validate_annotate(result)

pipeline/json_utils.py

@@ -0,0 +1,136 @@
+"""Parsing JSON tolérant pour les sorties des VLM.
+
+Les VLM (Qwen, GLM-OCR, GOT-OCR…) produisent du JSON avec des anomalies
+fréquentes :
+
+- Encadrement par des fences markdown ```json ... ```
+- Virgules manquantes entre objets ou éléments de tableau
+- Boucles pathologiques d'objets vides `{"code":"","position":""}` répétés
+  jusqu'à `max_new_tokens`, ce qui tronque le JSON sans le fermer proprement
+
+Ce module expose `parse_json_output()` qui applique plusieurs stratégies de
+récupération avant d'abandonner. En dernier recours, il renvoie un dict avec
+`_raw` + `_parse_error` pour audit, jamais `None` (ce qui casserait le pipeline).
+"""
+from __future__ import annotations
+
+import json
+import re
+
+
+# Pattern qui matche un objet vide générique {"code":"","position":"",...}
+_EMPTY_OBJ_PATTERN = re.compile(
+    r'\{\s*"code"\s*:\s*""\s*,\s*"position"\s*:\s*""\s*(?:,\s*"libelle"\s*:\s*""\s*)?\}',
+    re.DOTALL,
+)
+
+_FENCE_OPEN_RE = re.compile(r"^```(?:json)?\s*")
+_FENCE_CLOSE_RE = re.compile(r"\s*```$")
+_MISSING_COMMA_OBJ_RE = re.compile(r"\}\s*\n(\s*\{)")
+_MISSING_COMMA_ARR_RE = re.compile(r"\]\s*\n(\s*\[)")
+
+
+def strip_fences(text: str) -> str:
+    """Retire un éventuel encadrement ```json ... ```."""
+    text = _FENCE_OPEN_RE.sub("", text.strip())
+    text = _FENCE_CLOSE_RE.sub("", text)
+    return text
+
+
+def patch_missing_commas(text: str) -> str:
+    """Ajoute les virgules manquantes entre `}\\n{` et `]\\n[`.
+
+    Les VLM omettent fréquemment ces virgules dans leurs sorties JSON.
+    """
+    text = _MISSING_COMMA_OBJ_RE.sub(r"},\n\1", text)
+    text = _MISSING_COMMA_ARR_RE.sub(r"],\n\1", text)
+    return text
+
+
+def truncate_empty_loop(text: str, max_consecutive: int = 2) -> str:
+    """Tronque les boucles d'objets vides (`{"code":"","position":""}` répété).
+
+    Cas d'usage : quand un tableau DAS ou Actes est vide dans l'image, le
+    VLM a parfois tendance à générer le même objet vide en boucle jusqu'à
+    saturer `max_new_tokens`. La sortie est alors tronquée sans fermer le
+    JSON → parse error. Garder au maximum `max_consecutive` occurrences.
+    """
+    matches = list(_EMPTY_OBJ_PATTERN.finditer(text))
+    if len(matches) <= max_consecutive:
+        return text
+    cut_at = matches[max_consecutive - 1].end()
+    return text[:cut_at]
+
+
+def close_open_json(text: str) -> str:
+    """Ajoute les brackets/braces manquants pour fermer un JSON tronqué.
+
+    Compte les accolades et crochets non-balancés en ignorant ceux à
+    l'intérieur d'une chaîne, puis ferme dans le bon ordre (tableaux
+    ouverts d'abord, puis objets).
+    """
+    depth_brace = 0
+    depth_bracket = 0
+    in_string = False
+    escape = False
+    for c in text:
+        if escape:
+            escape = False
+            continue
+        if c == "\\":
+            escape = True
+            continue
+        if c == '"':
+            in_string = not in_string
+            continue
+        if in_string:
+            continue
+        if c == "{":
+            depth_brace += 1
+        elif c == "}":
+            depth_brace -= 1
+        elif c == "[":
+            depth_bracket += 1
+        elif c == "]":
+            depth_bracket -= 1
+    closed = text.rstrip().rstrip(",")
+    closed += "]" * max(0, depth_bracket)
+    closed += "}" * max(0, depth_brace)
+    return closed
+
+
+def parse_json_output(raw: str) -> dict | None:
+    """Parse une sortie VLM en dict. Applique plusieurs stratégies :
+
+    1. strip des fences markdown ```json
+    2. parse direct
+    3. patch des virgules manquantes
+    4. troncature des boucles d'objets vides + fermeture du JSON
+
+    En cas d'échec de toutes les stratégies, retourne
+    `{"_raw": raw, "_parse_error": str}` pour permettre l'audit manuel
+    plutôt que de casser le pipeline.
+    """
+    if not raw:
+        return None
+    text = strip_fences(raw)
+    try:
+        return json.loads(text)
+    except json.JSONDecodeError:
+        pass
+
+    patched = patch_missing_commas(text)
+    try:
+        return json.loads(patched)
+    except json.JSONDecodeError:
+        pass
+
+    trimmed = truncate_empty_loop(patched)
+    closed = close_open_json(trimmed)
+    try:
+        result = json.loads(closed)
+        if isinstance(result, dict):
+            result["_truncated_loop"] = True
+        return result
+    except json.JSONDecodeError as e:
+        return {"_raw": raw, "_parse_error": str(e)}

pipeline/recueil.py

@@ -0,0 +1,203 @@
+"""Logique spécifique à la page `recueil` (fiche médicale de recueil OGC).
+
+Regroupe tout ce qui concerne cette page — la plus riche et la plus difficile
+à extraire du dossier OGC — séparé de l'orchestration générale :
+
+- Résolution des zones configurables (crop Recodage, checkboxes)
+- Second passage VLM sur le crop de la colonne Recodage
+- Fusion du résultat crop dans le JSON principal
+- Classification des codes CIM-10 en DP/DR/DAS par règle métier
+- Enrichissement post-extraction (checkboxes Accord/Désaccord, ghs_injustifie)
+
+Les fonctions sont testables indépendamment de Qwen quand on leur fournit
+déjà les sorties OCR brutes.
+"""
+from __future__ import annotations
+
+import re
+import time
+from pathlib import Path
+from typing import Any
+
+from PIL import Image
+
+from .checkboxes import (
+    CheckboxZones,
+    RECUEIL_ACCORD_DESACCORD,
+    detect_accord_desaccord,
+    parse_ghs_injustifie,
+)
+from .json_utils import parse_json_output
+from .ocr_qwen import QwenVLOCR
+from .prompts import RECUEIL_RECODAGE_ZONE, SCHEMA_RECUEIL_RECODAGE
+from .zones_config import get_zone, load_config
+
+
+# ============================================================
+# Résolution des zones (config JSON + fallback sur les defaults)
+# ============================================================
+
+def resolve_recueil_zones() -> tuple[tuple[float, float, float, float], CheckboxZones]:
+    """Charge les zones de la page recueil depuis la config utilisateur,
+    avec fallback sur les constantes compilées si la config est absente.
+
+    Retourne (zone_crop_recodage, zones_accord_desaccord).
+    """
+    cfg = load_config()
+    reco = get_zone("recueil", "codage_reco", cfg) or RECUEIL_RECODAGE_ZONE
+    acc = get_zone("recueil", "accord_checkbox", cfg)
+    des = get_zone("recueil", "desaccord_checkbox", cfg)
+    if acc and des:
+        cb = CheckboxZones(accord=acc, desaccord=des)
+    else:
+        cb = RECUEIL_ACCORD_DESACCORD
+    return reco, cb
+
+
+# ============================================================
+# Classification CIM-10 → DP / DR / DAS (pur, testable sans VLM)
+# ============================================================
+
+CIM10_RE = re.compile(r"^[A-Z]\d{2,4}\s*\*?\s*\+?\d*$")
+
+
+def filter_cim10_codes(codes_raw: list[Any]) -> list[dict]:
+    """Filtre une liste de codes OCR bruts pour ne garder que les CIM-10.
+
+    Les VLM peuvent parfois lire des codes CCAM (actes) dans un crop qui
+    dépasse sur le bloc Actes. On les retire ici pour ne pas polluer les DAS.
+    """
+    kept = []
+    for c in codes_raw or []:
+        if not isinstance(c, dict):
+            continue
+        code = (c.get("code") or "").strip()
+        if code and CIM10_RE.match(code):
+            kept.append({
+                "code": code,
+                "position": str(c.get("position") or "").strip(),
+            })
+    return kept
+
+
+def classify_codes_dp_dr_das(codes: list[dict]) -> tuple[str, str, list[dict]]:
+    """Classifie une liste de codes {code, position} en DP, DR et liste de DAS.
+
+    Règle métier :
+    - 1er code sans position → DP
+    - 2e code sans position → DR (ignoré si identique au DP : le VLM peut
+      dupliquer le DP quand la case DR est visuellement vide)
+    - tous les codes avec position → DAS
+    - codes sans position au-delà du 2e → DAS sans position (pour ne rien perdre)
+    """
+    dp, dr = "", ""
+    das: list[dict] = []
+    dp_assigned = dr_assigned = False
+    for c in codes:
+        code, position = c["code"], c["position"]
+        if not position:
+            if not dp_assigned:
+                dp, dp_assigned = code, True
+            elif not dr_assigned:
+                if code == dp:
+                    dr_assigned = True  # doublon DP → DR vide
+                else:
+                    dr, dr_assigned = code, True
+            else:
+                das.append({"code": code, "position": ""})
+        else:
+            das.append(c)
+    return dp, dr, das
+
+
+# ============================================================
+# Second passage VLM sur crop Recodage
+# ============================================================
+
+def run_recodage_crop_pass(image_path: Path, ocr: QwenVLOCR,
+                            zone: tuple[float, float, float, float] | None = None
+                            ) -> dict | None:
+    """Execute un second passage VLM sur le crop zonal de la colonne Recodage.
+
+    Sauvegarde le crop à côté de l'image source (suffixe `_recodage.png`)
+    pour audit. Retourne un dict avec `dp/dr/das` + métadonnées, ou None
+    en cas d'échec d'OCR ou de parsing.
+    """
+    try:
+        img = Image.open(image_path)
+        w, h = img.size
+        z = zone
+        if z is None:
+            z, _ = resolve_recueil_zones()
+        x1, y1, x2, y2 = z
+        crop = img.crop((int(x1 * w), int(y1 * h), int(x2 * w), int(y2 * h)))
+        crop_path = image_path.parent / f"{image_path.stem}_recodage.png"
+        crop.save(crop_path)
+    except Exception:
+        return None
+
+    t0 = time.time()
+    res = ocr.run(crop_path, SCHEMA_RECUEIL_RECODAGE, max_new_tokens=1024)
+    parsed = parse_json_output(res["text"])
+    if not isinstance(parsed, dict) or "_parse_error" in parsed:
+        return None
+
+    codes = filter_cim10_codes(parsed.get("codes") or [])
+    dp, dr, das = classify_codes_dp_dr_das(codes)
+    return {
+        "dp": dp, "dr": dr, "das": das,
+        "_source": "crop_recodage",
+        "_elapsed_s": round(res["elapsed_s"], 2),
+        "_n_codes_raw": len(parsed.get("codes") or []),
+        "_n_codes_kept": len(codes),
+    }
+
+
+def merge_codage_reco(parsed: dict, reco: dict) -> None:
+    """Fusionne le résultat du crop Recodage dans `parsed["codage_reco"]`.
+
+    Politique de merge : le crop est plus fiable (contexte isolé) donc il
+    prime sur le passage principal. Exception : si un champ du crop est vide
+    mais que le passage principal l'a rempli, on garde celui du passage
+    principal (on ne dégrade jamais un résultat existant).
+    """
+    existing = parsed.get("codage_reco") if isinstance(parsed.get("codage_reco"), dict) else {}
+    parsed["codage_reco"] = {
+        "dp": reco.get("dp", "") or existing.get("dp", ""),
+        "dr": reco.get("dr", "") or existing.get("dr", ""),
+        "das": reco.get("das") or existing.get("das") or [],
+    }
+    parsed.setdefault("_crop_recodage", {})["result"] = reco
+
+
+# ============================================================
+# Enrichissement post-extraction d'une page recueil
+# ============================================================
+
+def enrich_recueil(parsed: dict, image_path: Path, ocr: QwenVLOCR,
+                    cb_zones: CheckboxZones | None = None) -> dict:
+    """Enrichit un JSON recueil parsé avec :
+    - checkbox accord/désaccord (méthode densité pixels, indépendante du VLM)
+    - normalisation `ghs_injustifie` → 0 / 1 / ""
+    - second passage VLM sur le crop Recodage si besoin, fusionné dans `codage_reco`
+
+    Modifie `parsed` en place et le renvoie (pratique pour chaînage).
+    """
+    if not isinstance(parsed, dict):
+        return parsed
+    zones = cb_zones or resolve_recueil_zones()[1]
+
+    # Checkboxes accord / désaccord
+    cb = detect_accord_desaccord(image_path, zones)
+    parsed["accord_desaccord"] = cb["decision"]
+    parsed["_checkbox_debug"] = cb
+
+    # Normalisation ghs_injustifie
+    parsed["ghs_injustifie"] = parse_ghs_injustifie(parsed.get("ghs_injustifie", ""))
+
+    # Second passage Recodage
+    reco = run_recodage_crop_pass(image_path, ocr)
+    if reco:
+        merge_codage_reco(parsed, reco)
+
+    return parsed

tests/test_checkboxes.py

@@ -0,0 +1,160 @@
+"""Tests unitaires pour pipeline.checkboxes."""
+from __future__ import annotations
+
+import numpy as np
+import pytest
+from PIL import Image
+
+from pipeline.checkboxes import (
+    AMBIGU_MARGIN,
+    CheckboxZones,
+    RECUEIL_ACCORD_DESACCORD,
+    dark_ratio,
+    detect_accord_desaccord,
+    parse_ghs_injustifie,
+)
+
+
+# ============================================================
+# parse_ghs_injustifie
+# ============================================================
+
+class TestParseGhsInjustifie:
+    @pytest.mark.parametrize("raw,expected", [
+        ("0", "0"),
+        ("1", "1"),
+        ("0 SE 1 2 3 4 ATU FFM FSD", "0"),
+        ("1 SE 2 ATU", "1"),
+        (" 0 ", "0"),
+        ("", ""),
+        (None, ""),
+        ("SE 1 2 3 4 ATU FFM FSD", ""),  # pas de chiffre de tête
+        ("abc", ""),
+        ("2 SE 1", ""),  # 2 n'est ni 0 ni 1
+    ])
+    def test_cas_varies(self, raw, expected):
+        assert parse_ghs_injustifie(raw) == expected
+
+
+# ============================================================
+# dark_ratio (avec images synthétiques)
+# ============================================================
+
+def _solid_image(w: int, h: int, gray_value: int = 255) -> Image.Image:
+    arr = np.full((h, w), gray_value, dtype=np.uint8)
+    return Image.fromarray(arr, mode="L").convert("RGB")
+
+
+def _image_with_dark_square(w: int, h: int,
+                             square_bbox: tuple[float, float, float, float]) -> Image.Image:
+    """Image blanche avec un carré noir dans la zone bbox (coords relatives)."""
+    arr = np.full((h, w), 255, dtype=np.uint8)
+    x1, y1, x2, y2 = square_bbox
+    arr[int(y1*h):int(y2*h), int(x1*w):int(x2*w)] = 0
+    return Image.fromarray(arr, mode="L").convert("RGB")
+
+
+class TestDarkRatio:
+    def test_image_blanche(self):
+        img = _solid_image(100, 100, 255)
+        ratio = dark_ratio(img, (0.2, 0.2, 0.8, 0.8))
+        assert ratio == 0.0
+
+    def test_image_noire(self):
+        img = _solid_image(100, 100, 0)
+        ratio = dark_ratio(img, (0.2, 0.2, 0.8, 0.8))
+        assert ratio == 1.0
+
+    def test_inner_frac_ignore_les_bords(self):
+        """Un carré noir occupe toute la zone mais avec un grand inner_frac
+        on ne voit que le centre, qui reste dans la zone noire."""
+        img = _image_with_dark_square(100, 100, (0.0, 0.0, 1.0, 1.0))
+        # Tout noir, peu importe inner_frac
+        assert dark_ratio(img, (0.0, 0.0, 1.0, 1.0), inner_frac=0.35) == 1.0
+
+    def test_cadre_seul_vs_contenu_central(self):
+        """Une case 'vide' (cadre seul) doit avoir un ratio inner_frac faible ;
+        une case 'cochée' (croix au centre) doit avoir un ratio plus élevé."""
+        # Simuler un cadre : carré noir sur le pourtour uniquement
+        w, h = 100, 100
+        arr = np.full((h, w), 255, dtype=np.uint8)
+        arr[:5, :] = 0; arr[-5:, :] = 0; arr[:, :5] = 0; arr[:, -5:] = 0
+        frame_only = Image.fromarray(arr, mode="L").convert("RGB")
+        # Cadre + croix au centre
+        arr2 = arr.copy()
+        # Une croix : 2 diagonales
+        for i in range(20, 80):
+            arr2[i, i] = 0
+            arr2[i, 100 - 1 - i] = 0
+        checked = Image.fromarray(arr2, mode="L").convert("RGB")
+
+        ratio_empty = dark_ratio(frame_only, (0.0, 0.0, 1.0, 1.0), inner_frac=0.35)
+        ratio_full = dark_ratio(checked, (0.0, 0.0, 1.0, 1.0), inner_frac=0.35)
+
+        # La case cochée doit avoir un ratio clairement plus élevé
+        assert ratio_full > ratio_empty + 0.05
+
+
+# ============================================================
+# detect_accord_desaccord (fixtures cache)
+# ============================================================
+
+class TestDetectAccordDesaccord:
+    """Tests sur les images réelles du cache, avec ground truth vérifié
+    visuellement (cf. historique du projet, crops audités un par un).
+
+    Ground truth indexé par numéro d'OGC — le mapping vers le hash du cache
+    est résolu au runtime via pipeline.ingest.pdf_hash pour éviter de coder
+    les hashes en dur (fragile).
+    """
+
+    # Ground truth vérifié visuellement sur les 18 dossiers 2018 CARC
+    GROUND_TRUTH_BY_OGC = {
+        1: "accord",
+        7: "accord",
+        9: "désaccord",
+        18: "désaccord",
+        20: "désaccord",
+        27: "désaccord",
+        29: "accord",
+        55: "accord",
+        66: "désaccord",
+        68: "accord",
+        69: "accord",
+        74: "désaccord",
+        76: "désaccord",
+        84: "accord",
+        86: "désaccord",
+        97: "accord",
+        99: "désaccord",
+    }
+
+    @pytest.fixture
+    def cached_pages_with_truth(self):
+        """Résout le mapping numéro OGC → page_01.png disponible au runtime."""
+        from pathlib import Path
+        from pipeline.ingest import pdf_hash
+        pdf_dir = Path("2018 CARC")
+        if not pdf_dir.is_dir():
+            pytest.skip("répertoire 2018 CARC/ absent")
+        found = {}
+        for n, expected in self.GROUND_TRUTH_BY_OGC.items():
+            pdf = pdf_dir / f"OGC {n}.pdf"
+            if not pdf.exists():
+                continue
+            h = pdf_hash(str(pdf))
+            img = Path(f".cache/images/{h}/page_01.png")
+            if img.exists():
+                found[f"OGC {n}"] = (str(img), expected)
+        if not found:
+            pytest.skip("pas de cache d'images disponible — lance le pipeline d'abord")
+        return found
+
+    def test_ground_truth_echantillon(self, cached_pages_with_truth):
+        """Sur les cas vérifiés visuellement, le détecteur doit matcher."""
+        errors = []
+        for name, (path, expected) in cached_pages_with_truth.items():
+            r = detect_accord_desaccord(path)
+            if r["decision"] != expected:
+                errors.append(f"{name}: attendu={expected}, got={r}")
+        assert not errors, "\n".join(errors)

tests/test_deskew.py

@@ -0,0 +1,140 @@
+"""Tests unitaires pour pipeline.deskew.
+
+Tests sans dépendance GPU. Génère des images synthétiques en code + utilise
+les images du cache pour les cas réels.
+"""
+from __future__ import annotations
+
+import math
+from pathlib import Path
+
+import numpy as np
+import pytest
+from PIL import Image
+
+from pipeline.deskew import (
+    MAX_ANGLE_DEG,
+    MIN_ANGLE_DEG,
+    NEAR_HORIZONTAL_BAND,
+    deskew_image,
+    detect_skew_angle,
+)
+
+
+# ============================================================
+# Helpers : fabriquer une image synthétique avec des lignes
+# ============================================================
+
+def _make_grid_image(w: int = 800, h: int = 1000,
+                     n_lines: int = 30, angle_deg: float = 0.0) -> Image.Image:
+    """Crée une image blanche avec `n_lines` lignes horizontales équi-réparties,
+    optionnellement tournée d'un angle donné. Parfaite pour tester le détecteur.
+    """
+    arr = np.ones((h, w), dtype=np.uint8) * 255
+    for i in range(1, n_lines + 1):
+        y = int(i * h / (n_lines + 1))
+        arr[y - 1:y + 1, 50:w - 50] = 0  # ligne horizontale noire de 2 px
+    img = Image.fromarray(arr, mode="L")
+    if angle_deg != 0.0:
+        # PIL.rotate : angle positif = sens trigonométrique (= anti-horaire)
+        # On veut tester avec notre convention (positif = horaire) donc
+        # on inverse ici pour cohérence avec detect_skew_angle
+        img = img.rotate(-angle_deg, resample=Image.Resampling.BICUBIC,
+                         expand=False, fillcolor="white")
+    return img.convert("RGB")
+
+
+# ============================================================
+# Tests de détection
+# ============================================================
+
+class TestDetectSkewAngle:
+    def test_image_parfaitement_droite(self):
+        img = _make_grid_image()
+        angle = detect_skew_angle(img)
+        assert abs(angle) < 0.1, f"image droite doit donner ~0°, got {angle}"
+
+    @pytest.mark.parametrize("input_angle", [1.0, 2.0, -3.0, 4.0])
+    def test_detecte_angles_modérés(self, input_angle):
+        """Sur notre image synthétique (30 lignes), la sensibilité est ~1°.
+        Sur de vraies fiches OGC avec 300+ lignes de tableaux, la sensibilité
+        descend à 0.3° (cf. test réel sur OGC 1 : +0.91° détecté).
+        """
+        img = _make_grid_image(angle_deg=input_angle)
+        detected = detect_skew_angle(img)
+        assert abs(detected - input_angle) < 0.5, \
+            f"attendu ~{input_angle}°, détecté {detected}°"
+
+    def test_image_sans_lignes_retourne_zero(self):
+        # Image totalement uniforme → aucune ligne détectable
+        arr = np.ones((500, 500), dtype=np.uint8) * 255
+        img = Image.fromarray(arr, mode="L").convert("RGB")
+        assert detect_skew_angle(img) == 0.0
+
+    def test_angle_extrême_rejeté(self):
+        # Une rotation de 45° dépasse MAX_ANGLE_DEG → on refuse de corriger
+        img = _make_grid_image(angle_deg=45.0)
+        detected = detect_skew_angle(img)
+        # Soit 0.0 (pas de lignes quasi-horizontales à ±15°), soit borné
+        assert abs(detected) < MAX_ANGLE_DEG or detected == 0.0
+
+
+# ============================================================
+# Tests de correction (deskew_image)
+# ============================================================
+
+class TestDeskewImage:
+    def test_image_droite_inchangée(self):
+        img = _make_grid_image()
+        rotated, applied = deskew_image(img)
+        assert applied == 0.0
+        # Identité bit à bit
+        assert np.array_equal(np.array(rotated), np.array(img))
+
+    def test_image_inclinée_corrigée(self):
+        img = _make_grid_image(angle_deg=2.0)
+        rotated, applied = deskew_image(img)
+        # On attend qu'on applique un angle proche de 2° (convention positive)
+        assert abs(applied) > MIN_ANGLE_DEG, \
+            f"devrait corriger, got applied={applied}"
+        # Après rotation, l'angle résiduel doit être très faible
+        residual = detect_skew_angle(rotated)
+        assert abs(residual) < 0.5, \
+            f"angle résiduel trop grand après correction : {residual}°"
+
+    def test_seuil_min_angle_respecté(self):
+        # Un skew juste sous le seuil ne doit pas être corrigé
+        img = _make_grid_image(angle_deg=MIN_ANGLE_DEG / 2)
+        _, applied = deskew_image(img)
+        assert applied == 0.0
+
+    def test_angle_forcé(self):
+        """On peut forcer un angle arbitraire indépendamment de la détection."""
+        img = _make_grid_image()  # droit
+        rotated, applied = deskew_image(img, angle=5.0)
+        assert applied == 5.0
+        # Taille conservée
+        assert rotated.size == img.size
+
+
+# ============================================================
+# Tests avec fixtures réelles (si cache dispo)
+# ============================================================
+
+class TestOnRealCachedPages:
+    """Ces tests s'exécutent seulement si le cache d'images existe."""
+
+    @pytest.fixture
+    def cached_pages(self):
+        paths = sorted(Path(".cache/images").glob("*/page_01.png"))
+        if not paths:
+            pytest.skip("pas de cache d'images disponible")
+        return paths
+
+    def test_detection_ne_crash_pas(self, cached_pages):
+        """Sur toutes les pages cachées, detect_skew_angle ne doit pas planter."""
+        for p in cached_pages[:5]:  # limite pour la vitesse
+            img = Image.open(p)
+            angle = detect_skew_angle(img)
+            assert isinstance(angle, float)
+            assert abs(angle) <= MAX_ANGLE_DEG

tests/test_json_utils.py

@@ -0,0 +1,119 @@
+"""Tests unitaires pour pipeline.json_utils."""
+from __future__ import annotations
+
+from pipeline.json_utils import (
+    close_open_json,
+    parse_json_output,
+    patch_missing_commas,
+    strip_fences,
+    truncate_empty_loop,
+)
+
+
+class TestStripFences:
+    def test_fence_json(self):
+        raw = '```json\n{"a": 1}\n```'
+        assert strip_fences(raw).strip() == '{"a": 1}'
+
+    def test_fence_simple(self):
+        raw = '```\n{"a": 1}\n```'
+        assert strip_fences(raw).strip() == '{"a": 1}'
+
+    def test_pas_de_fence(self):
+        raw = '{"a": 1}'
+        assert strip_fences(raw).strip() == '{"a": 1}'
+
+
+class TestPatchMissingCommas:
+    def test_objets_consecutifs(self):
+        raw = '[\n{"a": 1}\n{"b": 2}\n]'
+        patched = patch_missing_commas(raw)
+        assert '},' in patched
+
+    def test_deja_correct(self):
+        raw = '{"a": 1}'
+        assert patch_missing_commas(raw) == raw
+
+
+class TestTruncateEmptyLoop:
+    def test_moins_que_seuil(self):
+        raw = '[{"code":"","position":""},{"code":"","position":""}]'
+        # 2 objets vides = seuil par défaut, rien à tronquer
+        out = truncate_empty_loop(raw, max_consecutive=2)
+        assert out == raw
+
+    def test_boucle_tronquée(self):
+        objs = ['{"code":"","position":""}'] * 10
+        raw = '[' + ','.join(objs)
+        out = truncate_empty_loop(raw, max_consecutive=2)
+        # Après troncature, ne doit contenir que 2 occurrences
+        assert out.count('{"code":""') == 2
+
+    def test_pas_de_boucle(self):
+        raw = '[{"code":"K650","position":"1"}]'
+        assert truncate_empty_loop(raw) == raw
+
+
+class TestCloseOpenJson:
+    def test_deja_ferme(self):
+        raw = '{"a": [1, 2]}'
+        assert close_open_json(raw) == raw
+
+    def test_accolade_manquante(self):
+        raw = '{"a": 1'
+        closed = close_open_json(raw)
+        assert closed == '{"a": 1}'
+
+    def test_crochet_manquant(self):
+        raw = '{"a": [1, 2'
+        closed = close_open_json(raw)
+        assert closed == '{"a": [1, 2]}'
+
+    def test_accolades_et_crochets_imbriqués(self):
+        raw = '{"a": {"b": [1, 2'
+        closed = close_open_json(raw)
+        assert closed == '{"a": {"b": [1, 2]}}'
+
+    def test_virgule_trainante_supprimée(self):
+        raw = '{"a": 1, '
+        closed = close_open_json(raw)
+        assert closed == '{"a": 1}'
+
+    def test_accolade_dans_string_ignorée(self):
+        raw = '{"a": "{ ceci est une { accolade dans une string"'
+        closed = close_open_json(raw)
+        # On ajoute juste l'accolade finale manquante
+        assert closed == raw + '}'
+
+
+class TestParseJsonOutput:
+    def test_json_valide(self):
+        assert parse_json_output('{"a": 1}') == {"a": 1}
+
+    def test_vide(self):
+        assert parse_json_output("") is None
+        assert parse_json_output(None) is None
+
+    def test_fences_markdown(self):
+        assert parse_json_output('```json\n{"a": 1}\n```') == {"a": 1}
+
+    def test_virgule_manquante_recuperee(self):
+        raw = '[\n{"a": 1}\n{"b": 2}\n]'
+        result = parse_json_output(raw)
+        assert result == [{"a": 1}, {"b": 2}]
+
+    def test_boucle_tronquée_fermée(self):
+        objs = ['{"code":"","position":"","libelle":""}'] * 10
+        raw = '{"das": [\n' + ',\n'.join(objs)  # non fermé
+        result = parse_json_output(raw)
+        assert isinstance(result, dict)
+        assert "das" in result
+        # Après troncature, 2 objets vides max, puis JSON refermé
+        assert result.get("_truncated_loop") is True
+
+    def test_fallback_retourne_raw(self):
+        """Quand rien ne marche, on renvoie un dict avec _raw + _parse_error."""
+        raw = "ceci n'est pas du JSON du tout !"
+        result = parse_json_output(raw)
+        assert result.get("_raw") == raw
+        assert "_parse_error" in result

tests/test_recueil.py

@@ -0,0 +1,145 @@
+"""Tests unitaires pour pipeline.recueil (logique métier de la page recueil).
+
+Les fonctions testées ici sont toutes pures (pas d'appel au VLM) :
+- filter_cim10_codes
+- classify_codes_dp_dr_das
+- merge_codage_reco
+- resolve_recueil_zones (juste lecture de config)
+"""
+from __future__ import annotations
+
+from pipeline.recueil import (
+    classify_codes_dp_dr_das,
+    filter_cim10_codes,
+    merge_codage_reco,
+    resolve_recueil_zones,
+)
+
+
+class TestFilterCim10Codes:
+    def test_codes_valides_conservés(self):
+        codes = [
+            {"code": "K650", "position": "1"},
+            {"code": "T814", "position": "2"},
+            {"code": "Z954 *", "position": "3"},
+        ]
+        out = filter_cim10_codes(codes)
+        assert len(out) == 3
+        assert out[0]["code"] == "K650"
+
+    def test_ccam_rejeté(self):
+        """Un code CCAM (4 lettres + 3 chiffres) ne doit pas passer le filtre CIM-10."""
+        codes = [
+            {"code": "K650", "position": ""},
+            {"code": "EBFA012", "position": "1"},  # CCAM
+        ]
+        out = filter_cim10_codes(codes)
+        assert len(out) == 1
+        assert out[0]["code"] == "K650"
+
+    def test_code_vide_rejeté(self):
+        codes = [{"code": "", "position": ""}, {"code": "K650", "position": ""}]
+        out = filter_cim10_codes(codes)
+        assert len(out) == 1
+
+    def test_non_dict_ignoré(self):
+        codes = ["K650", None, {"code": "T814", "position": ""}]
+        out = filter_cim10_codes(codes)
+        assert len(out) == 1
+
+    def test_liste_vide(self):
+        assert filter_cim10_codes([]) == []
+        assert filter_cim10_codes(None) == []
+
+
+class TestClassifyCodesDpDrDas:
+    def test_cas_nominal(self):
+        """1er sans position = DP, 2e sans position = DR, puis DAS avec positions."""
+        codes = [
+            {"code": "K650", "position": ""},
+            {"code": "T814", "position": ""},
+            {"code": "Z954", "position": "2"},
+            {"code": "R33",  "position": "3"},
+        ]
+        dp, dr, das = classify_codes_dp_dr_das(codes)
+        assert dp == "K650"
+        assert dr == "T814"
+        assert [d["code"] for d in das] == ["Z954", "R33"]
+
+    def test_dr_vide_non_duplique_dp(self):
+        """Quand Qwen duplique le DP (parce que DR est visuellement vide),
+        on doit considérer que DR est vide, pas DR = DP."""
+        codes = [
+            {"code": "K650", "position": ""},
+            {"code": "K650", "position": ""},  # doublon
+            {"code": "T814", "position": "2"},
+        ]
+        dp, dr, das = classify_codes_dp_dr_das(codes)
+        assert dp == "K650"
+        assert dr == ""  # dédupliqué
+        assert len(das) == 1
+
+    def test_seulement_dp(self):
+        codes = [{"code": "K650", "position": ""}]
+        dp, dr, das = classify_codes_dp_dr_das(codes)
+        assert dp == "K650"
+        assert dr == ""
+        assert das == []
+
+    def test_tous_avec_positions(self):
+        """Si tous les codes ont une position, DP et DR sont vides, tout en DAS."""
+        codes = [
+            {"code": "K650", "position": "1"},
+            {"code": "T814", "position": "2"},
+        ]
+        dp, dr, das = classify_codes_dp_dr_das(codes)
+        assert dp == ""
+        assert dr == ""
+        assert len(das) == 2
+
+    def test_vide(self):
+        dp, dr, das = classify_codes_dp_dr_das([])
+        assert (dp, dr, das) == ("", "", [])
+
+
+class TestMergeCodageReco:
+    def test_crop_prime_sur_passage_principal(self):
+        parsed = {"codage_reco": {"dp": "", "dr": "", "das": []}}
+        reco = {"dp": "K650", "dr": "T814",
+                "das": [{"code": "Z954", "position": "2"}]}
+        merge_codage_reco(parsed, reco)
+        assert parsed["codage_reco"]["dp"] == "K650"
+        assert parsed["codage_reco"]["dr"] == "T814"
+        assert len(parsed["codage_reco"]["das"]) == 1
+
+    def test_crop_vide_garde_passage_principal(self):
+        """Si le crop a un champ vide mais le passage principal l'avait rempli,
+        on ne dégrade pas : on garde le passage principal."""
+        parsed = {"codage_reco": {"dp": "K650", "dr": "", "das": []}}
+        reco = {"dp": "", "dr": "", "das": []}
+        merge_codage_reco(parsed, reco)
+        assert parsed["codage_reco"]["dp"] == "K650"  # préservé
+
+    def test_codage_reco_initialement_absent(self):
+        parsed = {}
+        reco = {"dp": "K650", "dr": "", "das": []}
+        merge_codage_reco(parsed, reco)
+        assert parsed["codage_reco"]["dp"] == "K650"
+
+    def test_trace_crop_ajoutee(self):
+        parsed = {"codage_reco": {"dp": "", "dr": "", "das": []}}
+        reco = {"dp": "K650", "_elapsed_s": 1.5}
+        merge_codage_reco(parsed, reco)
+        assert parsed["_crop_recodage"]["result"]["_elapsed_s"] == 1.5
+
+
+class TestResolveRecueilZones:
+    def test_fallback_constantes(self):
+        """Sans config utilisateur, on a les zones par défaut."""
+        reco, cb = resolve_recueil_zones()
+        # 4 coords flottantes
+        assert len(reco) == 4
+        assert all(isinstance(v, float) for v in reco)
+        # Checkbox zones
+        assert len(cb.accord) == 4
+        assert len(cb.desaccord) == 4

tests/test_schema.py

@@ -0,0 +1,118 @@
+"""Tests unitaires pour pipeline.schema (nettoyage JSON)."""
+from __future__ import annotations
+
+from pipeline.schema import (
+    CLEAN_FIELDS_RECUEIL,
+    DEBUG_FIELDS,
+    SCHEMA_VERSION,
+    clean_dossier,
+)
+
+
+def _sample_raw():
+    """Un JSON pipeline type, riche en champs debug."""
+    return {
+        "fichier": "OGC 7",
+        "pdf_hash": "abc123",
+        "pages": [{"page": 1, "type": "recueil"}],
+        "extraction": {
+            "recueil": {
+                "etablissement": "CLINIQUE X",
+                "finess": "330780206",
+                "ghm_etab": "11M122",
+                "ghs_etab": "4323",
+                "codage_etab": {"dp": "K650"},
+                "accord_desaccord": "accord",
+                "_checkbox_debug": {"ratio_accord": 0.38, "ratio_desaccord": 0.19},
+                "_parse_error": "whatever",
+                "_truncated_loop": True,
+                "_crop_recodage": {"dp": "K650", "_source": "crop"},
+                "_validation": {
+                    "summary": {"valid": 3, "invalid": 0, "empty": 2, "total_codes": 3},
+                    "cross_checks": {
+                        "etab": {"checked": True, "coherent": True},
+                        "reco": {"checked": False, "reason": "ghm manquant"},
+                    },
+                    "codage_etab": {
+                        "dp": {"code": "K650", "valid": True, "libelle_ref": "Péritonite"},
+                        "dr": {"code": "", "valid": None},
+                        "das": [],
+                    },
+                    "codage_reco": {"dp": {}, "dr": {}, "das": []},
+                    "ghm_etab": {"code": "11M122", "valid": True,
+                                 "ghs_possibles": ["4323"]},
+                    "ghs_etab": {"code": "4323", "valid": True},
+                    "ghm_reco": {"code": "", "valid": None},
+                    "ghs_reco": {"code": "", "valid": None},
+                },
+            },
+            "concertation_2": {
+                "ghs_initial": "4323",
+                "ghs_final": "4323",
+                "decision": "retour_groupage_dim",
+                "date_concertation": "13/03/2018",
+            },
+        },
+        "_meta": {"pipeline_version": "v2", "ocr_model": "Qwen/Qwen2.5-VL-3B-Instruct"},
+    }
+
+
+class TestCleanDossier:
+    def test_retourne_schema_version(self):
+        out = clean_dossier(_sample_raw())
+        assert out["schema_version"] == SCHEMA_VERSION
+
+    def test_retire_tous_les_champs_debug(self):
+        """Aucun champ de DEBUG_FIELDS ne doit rester dans la sortie clean."""
+        out = clean_dossier(_sample_raw())
+        rec = out["extraction"]["recueil"]
+        for debug_field in DEBUG_FIELDS:
+            assert debug_field not in rec, \
+                f"{debug_field} devrait être retiré"
+
+    def test_garde_les_champs_metier(self):
+        out = clean_dossier(_sample_raw())
+        rec = out["extraction"]["recueil"]
+        for f in ["etablissement", "finess", "ghm_etab", "ghs_etab",
+                  "codage_etab", "accord_desaccord"]:
+            assert f in rec, f"{f} doit être présent dans clean"
+
+    def test_validation_compactee(self):
+        """La validation est conservée mais en format compact."""
+        out = clean_dossier(_sample_raw())
+        v = out["extraction"]["recueil"]["_validation"]
+        # summary garde tel quel
+        assert v["summary"]["valid"] == 3
+        # cross_checks compactés : juste le coherent booléen (ou None)
+        assert v["cross_checks"] == {
+            "etab_ghm_ghs_coherent": True,
+            "reco_ghm_ghs_coherent": None,
+        }
+        # Les codes validés gardent libelle_ref quand dispo
+        assert v["codage_etab"]["dp"]["valid"] is True
+        assert v["codage_etab"]["dp"].get("libelle_ref") == "Péritonite"
+
+    def test_concertation_2_conservee(self):
+        out = clean_dossier(_sample_raw())
+        c2 = out["extraction"]["concertation_2"]
+        assert c2["ghs_initial"] == "4323"
+        assert c2["decision"] == "retour_groupage_dim"
+
+    def test_champs_inconnus_ignorés(self):
+        """Un champ qui n'est pas dans CLEAN_FIELDS_RECUEIL est retiré."""
+        raw = _sample_raw()
+        raw["extraction"]["recueil"]["champ_inventé"] = "poubelle"
+        out = clean_dossier(raw)
+        assert "champ_inventé" not in out["extraction"]["recueil"]
+
+    def test_meta_preservee(self):
+        out = clean_dossier(_sample_raw())
+        assert out["_meta"]["pipeline_version"] == "v2"
+        assert "Qwen" in out["_meta"]["ocr_model"]
+
+    def test_pas_de_modification_input(self):
+        """La fonction ne doit pas modifier l'input."""
+        raw = _sample_raw()
+        before = raw["extraction"]["recueil"].copy()
+        _ = clean_dossier(raw)
+        assert raw["extraction"]["recueil"] == before

tests/test_validation.py

@@ -0,0 +1,146 @@
+"""Tests unitaires pour pipeline.validation."""
+from __future__ import annotations
+
+import pytest
+
+from pipeline.validation import (
+    _check_ccam,
+    _check_cim10,
+    _check_ghm,
+    _check_ghs,
+    _cross_check_ghm_ghs,
+    annotate,
+    validate_recueil,
+)
+
+
+# ============================================================
+# Vérifications par type de code
+# ============================================================
+
+class TestCheckCim10:
+    def test_code_valide(self):
+        r = _check_cim10("K650")
+        assert r["valid"] is True
+        assert "libelle_ref" in r
+
+    def test_code_vide(self):
+        assert _check_cim10("")["valid"] is None
+        assert _check_cim10(None)["valid"] is None
+
+    def test_code_avec_suffixe_pmsi(self):
+        # Les suffixes * et +N sont gérés par la normalisation
+        r = _check_cim10("C795 *")
+        assert r["valid"] is True
+
+    def test_code_invalide_avec_suggestion(self):
+        # K65O (O au lieu de 0) n'existe pas, mais K650 oui
+        r = _check_cim10("K65O")
+        assert r["valid"] is False
+        assert r.get("suggestion") == "K650"
+
+    def test_code_invalide_sans_suggestion(self):
+        # Code farfelu sans voisin proche
+        r = _check_cim10("ZZZZ9999")
+        assert r["valid"] is False
+        # suggestion peut être absente
+        assert r.get("suggestion") is None or r.get("suggestion") != "ZZZZ9999"
+
+
+class TestCheckGhm:
+    def test_ghm_valide(self):
+        r = _check_ghm("11M122")
+        assert r["valid"] is True
+        assert isinstance(r.get("ghs_possibles"), list)
+        assert len(r["ghs_possibles"]) > 0
+
+    def test_ghm_invalide(self):
+        r = _check_ghm("99Z999")
+        assert r["valid"] is False
+
+
+class TestCheckGhs:
+    def test_ghs_valide(self):
+        assert _check_ghs("4323")["valid"] is True
+
+    def test_ghs_invalide(self):
+        assert _check_ghs("99999")["valid"] is False
+
+
+class TestCheckCcam:
+    def test_ccam_valide(self):
+        assert _check_ccam("EBFA012")["valid"] is True
+
+    def test_ccam_invalide(self):
+        assert _check_ccam("XXXX000")["valid"] is False
+
+
+# ============================================================
+# Cross-checks GHM ↔ GHS
+# ============================================================
+
+class TestCrossCheckGhmGhs:
+    def test_couple_coherent(self):
+        # 11M122 a bien 4323 dans ses GHS possibles
+        r = _cross_check_ghm_ghs("11M122", "4323")
+        assert r["checked"] is True
+        assert r["coherent"] is True
+
+    def test_couple_incoherent(self):
+        # 11M122 ne correspond pas à n'importe quel GHS
+        r = _cross_check_ghm_ghs("11M122", "9999")
+        assert r["checked"] is True
+        assert r["coherent"] is False
+
+    def test_ghm_manquant(self):
+        r = _cross_check_ghm_ghs("", "4323")
+        assert r["checked"] is False
+
+    def test_ghm_invalide(self):
+        r = _cross_check_ghm_ghs("99Z999", "4323")
+        assert r["checked"] is False
+        assert "invalide" in r["reason"].lower()
+
+
+# ============================================================
+# annotate (intégration)
+# ============================================================
+
+class TestAnnotate:
+    def test_annotate_json_vide(self):
+        out = annotate({"fichier": "TEST", "extraction": {}})
+        assert "fichier" in out
+        assert out["extraction"] == {}
+
+    def test_annotate_recueil_complet(self):
+        raw = {
+            "fichier": "TEST",
+            "extraction": {
+                "recueil": {
+                    "codage_etab": {"dp": "K650", "dr": "", "das": [
+                        {"code": "T814", "position": "2"},
+                    ]},
+                    "codage_reco": {"dp": "", "dr": "", "das": []},
+                    "ghm_etab": "11M122",
+                    "ghs_etab": "4323",
+                    "ghm_reco": "",
+                    "ghs_reco": "",
+                },
+            },
+        }
+        out = annotate(raw)
+        v = out["extraction"]["recueil"]["_validation"]
+        assert v["codage_etab"]["dp"]["valid"] is True
+        assert v["ghm_etab"]["valid"] is True
+        assert v["cross_checks"]["etab"]["coherent"] is True
+        assert v["summary"]["valid"] >= 3
+
+    def test_annotate_preserve_source(self):
+        """L'annotation ne doit pas modifier l'input (copie défensive)."""
+        raw = {
+            "fichier": "T",
+            "extraction": {"recueil": {"codage_etab": {"dp": "K650"}}},
+        }
+        out = annotate(raw)
+        assert "_validation" not in raw["extraction"]["recueil"]
+        assert "_validation" in out["extraction"]["recueil"]

tests/test_zones_config.py

@@ -0,0 +1,85 @@
+"""Tests unitaires pour pipeline.zones_config."""
+from __future__ import annotations
+
+import json
+
+import pytest
+
+from pipeline.zones_config import (
+    DEFAULTS,
+    get_zone,
+    load_config,
+    save_config,
+)
+
+
+class TestLoadConfig:
+    def test_fichier_absent_retourne_defaults(self, tmp_path):
+        cfg = load_config(tmp_path / "inexistant.json")
+        assert cfg == DEFAULTS
+
+    def test_charge_depuis_fichier(self, tmp_path):
+        path = tmp_path / "zones.json"
+        custom = {
+            "recueil": {
+                "codage_reco": {"x1": 0.5, "y1": 0.1, "x2": 0.9, "y2": 0.4,
+                                "description": "test"},
+            },
+        }
+        path.write_text(json.dumps(custom))
+        cfg = load_config(path)
+        assert cfg["recueil"]["codage_reco"]["x1"] == 0.5
+
+    def test_merge_avec_defaults(self, tmp_path):
+        """Les zones non définies dans le fichier tombent en défaut."""
+        path = tmp_path / "zones.json"
+        partial = {
+            "recueil": {"codage_reco": {"x1": 0.1, "y1": 0.2, "x2": 0.3, "y2": 0.4}},
+        }
+        path.write_text(json.dumps(partial))
+        cfg = load_config(path)
+        # User override appliqué
+        assert cfg["recueil"]["codage_reco"]["x1"] == 0.1
+        # Default gardé pour l'autre zone
+        assert cfg["recueil"]["accord_checkbox"] == DEFAULTS["recueil"]["accord_checkbox"]
+
+    def test_json_corrompu_retombe_sur_defaults(self, tmp_path):
+        path = tmp_path / "corrupt.json"
+        path.write_text("{ not valid json [")
+        cfg = load_config(path)
+        assert cfg == DEFAULTS
+
+
+class TestSaveConfig:
+    def test_save_puis_load_round_trip(self, tmp_path):
+        path = tmp_path / "zones.json"
+        original = {
+            "recueil": {
+                "codage_reco": {"x1": 0.11, "y1": 0.22, "x2": 0.33, "y2": 0.44,
+                                "description": "abc"},
+            },
+        }
+        save_config(original, path)
+        reloaded = load_config(path)
+        assert reloaded["recueil"]["codage_reco"]["x1"] == 0.11
+        assert reloaded["recueil"]["codage_reco"]["description"] == "abc"
+
+
+class TestGetZone:
+    def test_zone_existante(self):
+        z = get_zone("recueil", "codage_reco")
+        assert isinstance(z, tuple)
+        assert len(z) == 4
+        assert all(isinstance(v, float) for v in z)
+
+    def test_zone_inconnue_retourne_none(self):
+        assert get_zone("recueil", "zone_qui_nexiste_pas") is None
+        assert get_zone("page_fantaisiste", "whatever") is None
+
+    def test_config_explicite(self):
+        cfg = {
+            "recueil": {
+                "my_zone": {"x1": 0.0, "y1": 0.0, "x2": 1.0, "y2": 1.0},
+            },
+        }
+        assert get_zone("recueil", "my_zone", config=cfg) == (0.0, 0.0, 1.0, 1.0)